当时陈独秀就在北京。
由于亚东的经营状况，一直未有起色，汪孟邹日坐愁城，连陈独秀这个书生，也不得不下海蹚浑水了。他的北京之行，主要是为了促成亚东图书馆与群益书社的合并。合并后成立一个规模较大的书局，庶可与其他大出版商一争长短。其实也是为《新青年》开辟一条活路，亚东、群益一天不告别“苟延”之局，《新青年》就一天不能摆脱“残喘”之苦。陈独秀与汪孟邹一起，仆仆风尘，到北京为书局招股。
其时陈独秀住在前门西河沿中西旅馆。北大校长任命发表的当天，蔡元培冒着严寒，到旅馆登门拜访。“这很像‘三顾茅庐’哩！”与陈独秀同住的汪孟邹说，“蔡先生差不多天天要来看仲甫。有时来得很早，我们还没有起来。他招呼茶房，不要叫醒，只要拿凳子给他坐在房门口等候。”汪原放《回忆亚东图书馆》。学林出版社，1983年版。
请陈独秀当文科学长，本来不是蔡元培的意思，是别人推荐的结果，究竟陈独秀在教育上有什么主张，令蔡元培觉得非他不可呢？
1915年，陈独秀针对当时中国教育的弊病，曾公开宣示他的四大教育方针：一、现实主义（注重现实生活）；二、惟民主义（民为邦本的民权主义）；三、职业主义（从事实际的社会生产活动）；四、兽性主义（体魄与意志的锻炼）。陈独秀《今日之教育方针》。《青年杂志》第1卷第2号，1915年10月15日。
在就任北大文科学长之后，陈独秀也曾与友人就教育方针交换过意见，他说：“吾国今日教育界之现象，上焉者为盲目的国粹主义，下焉者科举之变相耳，此先生所谓伪教育也。现代西洋之真教育，乃自动的而非他动的；乃启发的而非灌输的；乃实用的而非虚文的；乃社会的而非私人的；乃直视的而非幻想的；乃世俗的而非神圣的；乃全身的而非单独脑部的；乃推理的而非记忆的；乃科学的而非历史的。东洋式之伪教育，胥反乎此，欲求竞进，乌可得哉！”陈独秀《答胡子承》。《独秀文存》，安徽人民出版社，1987年版。
这与蔡元培在民元鼓吹的“五育并举”（军国民主义教育、实利主义教育、公民道德教育、世界观教育及美感教育），不谋而合，蔡氏本来就爱惜人才，既已当面，焉忍错过？于是便三顾、四顾茅庐，要请陈独秀出山了。
但陈独秀觉得自己既无学位，又无大学教学经验，对教书兴趣也不大，还是想回上海办《新青年》，他再三推辞，并荐胡适以代。
蔡元培说：“你把《新青年》杂志搬到北京来办吧。”同时也非常欢迎胡适回国，北大的哲学、文学教授，俱乏上选，亟盼胡适能回来挑大梁。陈独秀没办法再推了，只好答应，约定以三个月为期，如胜任继续干下去，如不胜任就回上海。蔡元培大喜，立即以北京大学名义，致函教育部，请派陈独秀为北京大学文科学长，随函附陈独秀履历一纸。
这份冠冕堂皇的履历，称陈独秀“日本东京日本大学毕业，曾任芜湖安徽公学教务长、安徽高等学校校长”，实乃全属虚构。蔡元培为了让教育部顺利批准，不惜替陈独秀伪造履历。
后来有人批评蔡元培这样做“违背现代文明社会程序正义优先的原则”，却忘记了蔡元培是个安那其主义者，痛恨国家制度，组织过暗杀团、御侮会，杀人放火都敢做敢当，他的校长办公室里，不仅有文房四宝，而且陈列着炸弹。区区造个假履历算得了什么。
北大学生罗章龙回忆：“陈先生担任北大文科学长，是蔡先生出长北大后发出的第一号校长室通知的。消息传出，全校震动。青年学生无不热烈欢迎，奔走相告，而教师中的遗老遗少则窃窃私议，啧有烦言。”按罗氏说法，仿佛陈独秀在北大学生中，是一颗万众期待的明星，其实，那时的北大，从上面几位亲历者的描述可知，简直是一个污水潭。“窃窃私议，啧有烦言”有之，“无不热烈欢迎”则未必。
蔡元培亲自出来回答那些质疑：“仲甫先生精通训诂音韵，学有专长，过去连太炎先生也把他视为畏友。”罗章龙《陈独秀先生在红楼的日子》。《团结报》1983年6月4日。陈独秀在清末民初曾发表过《说文引申义考》、《字义类例》、《荀子韵表及考释》、《连语类编》等著述。这才把质疑者的嘴巴给堵住了。
陈独秀终于踏入了北京大学的门槛。《新青年》也随他从上海迁到北京，在箭杆胡同九号落脚（但出版地仍在上海）。出乎陈独秀的意料，果然是树挪死，人挪活，他从上海挪到北京，不仅把《新青年》挪活了，而且亚东图书馆竟也咸鱼翻身，获得了北京大学出版部书籍在上海及南方地区的经理权，凭借着聚集在北大的一批文化精英，注入了强大的活力，渐渐回黄转绿，现出了勃勃的生机。
北大教授马裕藻（幼渔）的公子后来在一篇怀念文章中写道：
蔡元培没有错，陈独秀一任北大文科学长，很快就把全国杰出文科人才集中于北大，当时文科真是人才济济、教授成堆：
国文系教授：马幼渔（兼主任）、沈尹默、沈兼士、钱玄同、林损、黄节、单丕、吴虞、刘文典、吴梅、刘半农、张定璜、周作人、沈士远。
史学系教授：朱希祖（兼主任）、马衡、陈汉章、崔述、张尔田。
哲学系教授：陈大齐（兼主任）、胡适、马叙伦、徐炳昶、樊际昌、张竞生。
英文系教授：胡适（兼主任）、陈源、温源宁、林语堂、张欣海、关应麟、徐志摩。
法文系教授：李景忠（兼主任）、宋春舫、贺之才、李宗侗、铎尔孟（d`Hormou）。
德文系教授：杨震文（兼主任）、Hundhouse。
俄文系教授：顾孟余（兼主任）、伊凤阁（Ivanov）。
东方语文系教授：周作人（兼主任）、张定璜、徐祖正。
教育系教授：高仁山（兼主任）、樊标昌、蒋梦麟。
政治系教授：陈启修（兼主任）、陶履恭、李大钊、高一涵、周览、张慰慈。
经济系教授：顾孟余（兼主任）、王建祖、马寅初、罗惠侨、皮宗石、余文灿。
以陈独秀为文科学长的北大文科各系（当初“系”称“门”，如“国学门”、“哲学门”等等）包括文史哲、东西方语言学等各系（门）教授多达五六十人，如此雄厚的教授队伍构成当年北大独树一帜的风景线。马泰《永远的北大人》。《我的父辈与北京大学》，北京大学出版社，2006年版。
其时北大尚在景山东街四公主府，校内北侧为讲堂，东侧为教员休息室，每人一间，人称“卯字号”。新文化运动时期，卯字号星光熠熠，冠盖如云，真是猗欤盛哉，恒为北大校史上最值得骄傲的一段时光。
说这些人都是受陈独秀的吸引而来的，那是夸大了陈独秀的影响力，他们当中不少人在陈独秀之前，已在北大执教了。生在南洋、学在西洋、婚在东洋、仕在北洋，通晓九国语言的怪儒辜鸿铭，支持袁世凯复辟帝制，因“一念之差，误了先人清德”的经学家刘师培，以及“以骂人名海内”的音韵训诂学家黄疯子黄侃等等，都是蔡元培请回来（或保留下来）的名重一时的学术大师。蔡元培看人，只看称职与否，守旧也要守得称职，不能马马虎虎地守。
辜鸿铭脑后留着一条大辫子，到死也不肯剪，连雇回来替他拉车的车夫，也是拖着辫子的。他这条辫子在北大赫赫有名，无论走到哪里，都能招来无数注目礼。第一天上课时，学生们为之哄笑。辜鸿铭不慌不忙地说：“你们笑我，无非是因为我的辫子。我的辫子是有形的，可以马上剪掉，然而，诸位脑袋里面的辫子，就不是那么能剪掉的啦。”这一番话，直如当头棒喝，把大家震得不敢吱声。有资格笑辜鸿铭的人，普天下确实数不出几个来。
蔡元培又聘请了孙国璋（芾仲）到北大教授世界语。这与蔡氏的安那其世界主义情结有关。世界语在民元前后，曾一度风行，后渐式微。蔡元培希望利用北大的阵地，重振旗鼓。而新学诸子又正提倡改造汉字，双方不谋而合，故积极推波助澜。
据曾执教于北大的傅振伦教授说：“苟无北大之世界语宣传运动，恐世界语早成过去历史上之名词，列入死的语言Lingvo mortita之林矣！”在校长及陈独秀、钱玄同、周作人等教授推动下，“当时世界语学者Esperantisto，在五百人以上，分为甲乙丙丁戊五班讲习之。”傅振伦《五四以后之北大世界语宣传运动》。《北京大学卅五周年纪念刊》，1933年12月。
应该说，很多人是冲着蔡元培去的，不是冲着陈独秀去的。蔡元培学养纯厚，胸襟廓然，奉行十六字箴言：“囊括大典，网罗众家，思想自由，兼容并包”，有如黑暗中的一盏暖灯。虽然身材瘦削矮小，但他雍容雅步的身影一出现，几有“伯乐一过冀北之野，而马群遂空”的盛况。
一所现代的大学，就应该在学术上有容纳各流各派的泱泱大风。“万物并育而不相害，道并行而不相悖”。陈独秀对蔡元培也大加赞叹：“自戊戌政变以来，蔡先生自己常常倾向于新的进步运动，然而他在任北大校长时，对于守旧的陈汉章、黄侃，甚至主张清帝复辟的辜鸿铭，参与洪宪运动的刘师培，都因为他们学问可为人师而和胡适、钱玄同、陈独秀容纳在一校；这样容纳异己的雅量，尊重学术思想自由的卓见，在习于专制好同恶异的东方人中实所罕见。”陈独秀《蔡孑民先生逝世后感言》。《中央日报》1940年3月24日。
不过，人们通常称赞蔡元培“兼容并包”，或“兼收并蓄”，很少说他“容纳异己”。事实上，蔡元培从未说过辜鸿铭、黄侃等人是“异己”。他们也许是陈独秀、钱玄同的异己，但不是蔡元培的异己。陈独秀把蔡元培延聘辜、黄等人称为“容纳异己”，包含了一句潜台词，即蔡元培是“我们”这一边的人。辜鸿铭也曾经吹嘘，中国只有两个好人，一个是蔡元培，一个是他自己，他要和蔡氏共同进退。朱维铮《辜鸿铭生平及其它非考证》。《读书》1994年第4期。似乎也表示，蔡元培是他那边的人。
蔡元培强调，他希望北大只有学术宗师，没有学术门派。他说：“我素信学术上的派别是相对的，不是绝对的；所以每一种学科的教员，即使主张不同，若都是‘言之成理，持之有故’的，就让他们并存，令学生有自由选择的余地。”蔡元培《我在北京大学的经历》。《东方杂志》第31卷第1号，1934年1月1日。
1917年，蔡元培聘请只有中学毕业程度的梁漱溟到北大任讲师，讲授印度哲学。梁氏到校第一天，就问蔡氏对孔子持什么态度，蔡氏回答：“我们也不反对孔子。”梁漱溟《东西文化及其哲学》。商务印书馆，2005年版。这是他的心里话。蔡元培反对的只是政治化的孔子，反对独尊孔子，并不是要把孔儒扫地以尽。他所持的完全是一种平等心和平常心。当梁漱溟表示，他到北大，“不仅是不反对（孔子）而已，我此来除替释迦孔子去发挥外更不作旁的事”时，蔡元培也照样无任欢迎。
后来梁漱溟对蔡元培有一个很恰当的评论，他说：“天性上具有多方面的爱好，极广博的兴趣。意识到此一需要而后兼容并包，不免是伪的；天性上喜欢如此，方是自然的。有意兼容并包是可学的，出于性情之自然是不可学的。有意兼容并包，不一定兼容并包得了。惟出于真爱好而后人家乃乐于为他所包容，而后尽复杂却维系得住——这方是真器局，真度量。”梁漱溟《我的努力与反省》。漓江出版社，1987年版。若论对蔡元培的理解，梁漱溟比陈独秀深刻与贴近多矣。
白话文与文言文，一度被视为是新旧文化对峙的楚河汉界。蔡元培虽然毫不怀疑白话文最终将取代文言文，成为通用的书面语言，但他却没有把赞成文言文的人划入“异己”范畴。他的主张很鲜明：“兼用白话，但不攻击文言”。
