他选择中小企业有自己的道理：亚洲作为全球最大的出口供应基地，很多国家都是出口导向型经济。在这里，中小供应商十分密集，但是众多的小出口商由于渠道不畅，往往被迫受制于个别的大贸易公司。国外的B2B都是以大企业为主，他们来到中国还是寻找大企业，但是中国的大企业为数不多，而且其中有些信息化程度很低。基于这样的分析，马云果断地决定从中小企业打开局面。只要这些小公司登录阿里巴巴网站，就可以被带到美洲、欧洲等更广阔的市场上。后来的事实证明，他的选择完全正确。
可以说，这种以服务中小企业为主的模式是阿里巴巴独创的。它要找到属于自己的路，而不想简单模仿那些成熟企业过去的做法。
阿里巴巴最终的希望是完成“live at alibaba”（生活在阿里巴巴）的蓝图，所以就要打造一条与中小企业共生共荣的生态链。相对于同类其他公司，阿里巴巴B2B的最大优势在于其多年积累的强大客户服务能力和由此带来的庞大的客户群。它的平台十分本土化。阿里巴巴目前能够取得成功的一个重要因素就是：基于中国的土壤，建立中国式的平台和社区，为中国商人服务。阿里巴巴现在的产业布局，已经深入到一个中小企业经营者工作的方方面面。马云甚至认为，未来的商业世界是由小型公司组成的。他质问道：“如果电子商务把渠道的问题解决了，沃尔玛还有什么理由存在呢？”
除了B2B业务，阿里巴巴还有一张王牌，就是C2C业务。正如马云所说：“它是一个市场，谁有东西都可以上来吆喝。”C2C的代表便是淘宝网。
淘宝网在很大程度上是被eBay逼出来的，eBay于2003年并购易趣，成为中国市场上C2C的老大。基于“最好的防守就是进攻”这一信条，马云决定进军C2C领域。
2003年7月，阿里巴巴进入已经被eBay易趣垄断了90%的份额的中国C2C市场，推出以免费为突破口的淘宝网。创办淘宝网时，马云重新定义了一下C2C，他把eBay所用的“个人拍卖”改为“个人交易”。淘宝的出现虽然引发不少质疑声，但最关键的是，淘宝最终打败了eBay，一举荣登C2C老大的宝座。
2007年上半年，淘宝网总成交额突破157亿元，每天登录淘宝网购物的人数超过600万，相当于600多个大卖场。淘宝战胜eBay的原因主要有两个：一个是eBay水土不服，骄傲自大；另一个则是淘宝的未雨绸缪，以及“农村包围城市”、麻雀战等小打小闹的侵扰战术，当然，最主要的还是淘宝的免费服务。
淘宝成为C2C的老大之后，又迎来了自己的挑战者——百度。2007年10月17日，百度宣布将建立C2C的交易平台。面对这个新的竞争者，淘宝表现得很有王者风范，就在同一天晚上，淘宝回应道：“只要有公司加入，无论是否是互联网企业，对中国网购市场来说都是好事。”这不仅表现出了淘宝的风度，更显示了它的自信。
在B2B方面，阿里巴巴最初是为中小企业提供在线交易平台的初级服务，现在已经转变成为更高级的B2B业务，即为中小企业的生态链提供服务。阿里巴巴不仅为企业提供信息流、物流和资金流的服务，还在贷款融资、信息化管理、线下展会这些中小企业最欠缺的方面提供更加全面的增值服务。而在C2C方面，淘宝在赶跑eBay后，打出了“中华老字号”这张牌，自2007年6月开始，50多家“中华老字号”企业相继搭上了电子商务的快车。无疑，这一策略将进一步为淘宝巩固市场。
金刚指——诚信通打开商务之门
“金刚指”是少林寺的独门硬功，此功有很深的造诣，出指可以碎金断石。它要求内功辅以外功加以练习，如此才能达到硬如金刚的境界。人格品质的提升，就如同修炼金刚指，要内外兼修。做人首先要讲诚信，一个人诚信越好，他的声誉就越好，底气就越足，为人处世就会像拥有“金刚指”一样无坚不摧、无往不利。做企业就像做人，声誉和诚信对企业的发展同样重要。马云十分注重阿里巴巴网站上的企业是否能诚信经营，他要打造中国企业的诚信，树立阿里巴巴的诚信。
中国电子商务在发展初期就遭遇到了诚信危机。2001年末，著名的B2C网站My8848轰然倒塌，直接将网络信用推向崩溃的边缘。当时，许多网络公司纷纷单方面撕毁了之前承诺的免费协议，从免费网络服务转型成为收费服务，网络信用变得岌岌可危。这也是中国网络环境变得非常浮躁的一个缩影。
另外，由于各电子商务公司为扩大规模纷纷降低门槛，平台上各位客户的品质难以保证，出现了良莠不齐和鱼龙混杂的局面，整个虚拟市场的大环境都受到了影响。电子交易中的诚信问题因而被推到台前，成为马云和阿里巴巴不得不马上解决的难题。
马云不仅善于发现问题，而且善于寻找解决问题的方法。2002年3月，他力排众议，与信用管理公司合作，启动了“诚信通”计划。该计划主要是通过第三方认证、证书及荣誉、阿里巴巴活动记录、资信参考人、会员评价等5个方面，来审核申请“诚信通”服务的商家的诚信。该计划实施的结果显示，“诚信通”的会员成交率从47%提高到了72%，这是用传统手段而非技术手段解决网络商家之间的信任问题。
诚信是摆在中国电子商务面前的一座独木桥，只有勇敢跨越才能获得胜利。2004年，阿里巴巴顺利融资8000多万美元以后，马云就已经觉察到，阿里巴巴的当务之急是建立和健全诚信体系。他有一个口号：“只有诚信的商人才能够富起来。”电子商务进行到一定阶段，就会遇到一道门槛，那就是社会诚信体系。电子商务是在虚拟的网络平台上进行的，如果没有诚信，最后就做不成生意。
阿里巴巴在网络诚信每况愈下的环境中，开始重塑网络信用，这是因为在马云心中，诚信非常重要。他认为在B2B领域，最终决定胜负的是诚信，而不是资金或技术。国内诚信环境的缺位、邮政网络的滞后和在线支付系统的欠发达，所有这些都使得安全支付成为电子商务发展的一大“瓶颈”。如果没有完善的诚信体系作保障，电子商务信息流就会变得没有任何价值。
阿里巴巴向商家提供服务，同时每年向“诚信通”会员收取2300元的会员费。针对商家都希望自己的商品在搜索中排在第一位的心理，阿里巴巴推出了“搜索关键字竞价”这一新的收费服务。企业可以通过竞价排名锁定关键词，让自己的产品在众多的商品中排名靠前，从而获得更多的商业机会。
但这种信用服务体系也存在缺陷，例如一些企业不太愿意公开信用评价，在合作双方完成交易后，无论双方满意与否，基于不愿付出时间成本以及不愿苛求等心理因素，他们可能都会选择以沉默的方式代替公开评价。而且网站会员能否公正、客观地评价对方信用，仍需要考验。有一些企业为了增加诚信指数不择手段，与那些根本没有业务往来的企业互换好评，常常会出现一家诚信指数本来很低的企业在几天之内就蹿升到前几名。
对于这些弊端，马云认为这与中国当前的环境有关：目前中国电子商务发展的桎梏，仍然是诚信体系的不完善。要想带动整个互联网进入“网商”时代，必须有完善的诚信体系护航。如果说这种方式在普遍讲诚信的发达国家是多余的，那在中国则是恰逢其时。
然而，在一个大的社会诚信体系没有建立起来之前，阿里巴巴能以一己之力建立起这个诚信机制吗？面对这一质疑，马云的回答是：在阿里巴巴的游戏规则下游戏，就一定要遵守诚信通这个机制。久而久之，阿里巴巴的诚信通业务就会变成一个新的行业标准。因为诚信通可以使人们轻松地了解到对方的商业信誉记录，以减少自己在交易中上当的可能性。所以长期下来在做生意的时候，大家就会自然而然地把对方是否是诚信通的用户作为考量因素。事实上，阿里巴巴的确以一己之力建立起了一个有中国特色的信用体系。
马云全力打造诚信通，改善电子市场环境，规范中小企业行为，这不仅增加了阿里巴巴的业务量，更重要的是提升了阿里巴巴的品牌影响力，一举多得。马云让“诚信”真正通达天下。
澄静指——阿里软件让天下没有难管的生意
武林功夫千变万化，难以捉摸。盲目应战，跟着对手的步调出招终将失败。因此，“澄静指”强调以静制动，后发制人。这正是高手所说的顺其自然，相时而动，以不变应万变。马云在软件炙手可热的时候，按兵不动。等到他电子商务的“达摩五指”修炼到一定境界时，他便审时度势，因势利导，推出了阿里软件。虽然该软件面世的时间相对较晚，但是作用非常明显。阿里软件将帮助中小企业解决管理问题，做到“让天下没有难管的生意”。
2007年1月8日，在历经3年筹划之后，阿里巴巴（中国）软件公司在上海注册成立。其定位是向中小企业提供客户资源管理、市场营销管理、资金信用管理、风险防范管理、信息管理、成本控制管理、物流配送管理等一系列解决方案。阿里软件和阿里巴巴集团旗下的阿里巴巴、淘宝、支付宝及雅虎中国共同组成“五朵金花”。
对于进军软件业，马云已等待了许久，他是在认真思索了5年之后才决定成立阿里软件公司的。马云最初涉足电子商务时，电子商务中通行的美国模式就是要先做企业管理软件再做网上交易。但是阿里巴巴走的路正好相反，当时很多人对此十分不解，预言阿里巴巴一定会倒闭，甚至有人说要收购阿里巴巴。这些事给马云很大的刺激。他虽然从内心相信对方赢不了阿里巴巴，相信阿里巴巴的模式会成功，但是他当时也不知道自己能否赢对方，以及会怎么赢。事情的发展证明阿里巴巴的独创模式是成功的，马云将阿里巴巴做大做强之后，重新回过头来，瞄准了软件市场。
作为阿里巴巴“达摩五指”的重要一员，阿里软件实际上一直秉承阿里巴巴集团长期以来对中小企业需求的理解。现有的管理软件由于存在着操作复杂、成本较高等问题，很难在中小企业中得到进一步普及。据信息产业部统计，我国中小企业信息化率还不到10%，市场发展潜力很大。因而，一种低门槛的软件的出现也就成为迫切的需求，这也是“阿里软件”诞生的原因。
阿里巴巴网和淘宝网在2007年4月推出“阿里软件”系列免费试用版，这套软件包括内贸版、外贸版和网店版。“阿里软件”的目标是，把电子商务延伸到中小企业内部，提供电子商务营销工具、客户管理、供应链管理等软件工具。从中小企业的角度看，实际上是把本来由企业完成的部分管理与营销功能外包给阿里巴巴。而一些用户也这样反馈：其实它根本就不是一个软件，而是一个虚拟的职业经理人。
“阿里软件”采取SAAS（在线软件服务）模式，在不安装客户端软件的情况下就可以使用软件。正因如此，“阿里软件”能够帮助客户安全保存数据，防止病毒攻击，非常安全。而且众所周知，中小企业习惯于用互联网进行商务搜索以及市场营销。SAAS模式在国内还没有成熟应用的产品，所以“阿里软件”推出正式商业化的SAAS模式的软件产品，可谓独辟蹊径。“阿里软件”推出不到一年时间，就做到了SAAS市场的第一。
“阿里软件”为企业管理提供了更为科学、先进、便捷的方法和手段，它所做的事情是值得充分肯定的。它又是一个OPEN的平台，对中国乃至世界的所有软件企业开放。所有这些都为众多中小企业选择阿里软件提供了充分的理由。而今，阿里软件已经像阿里巴巴、淘宝网、支付宝几位老大哥一样，在所属行业里担当起了领头羊的角色。当然，它的成功离不开阿里巴巴集团庞大的中小企业资源。
在马云描绘的公司新蓝图中，B2B主要为中小企业提供贸易平台，淘宝网主要提供企业和个人对终端消费者的在线销售，雅虎中国主要为企业和用户提供低成本的在线营销，支付宝主要为企业和个人提供强大的网上支付体系，阿里软件主要帮助商人管理生意。在五大平台上，信息、信用、沟通、支付等各大体系互相支持、互相影响。如此一来，马云心中那个电子商务帝国的结构已见雏形。
