曹雪芹的叛逆思想深深地击痛、惹恼了封建势力，引来了当时统治势力的摧残和迫害。据专家推测，这正是《石头记》后数十回佚亡的主要原因。当脂砚斋在往外传写八十回以后内容时，发生了很大的顾虑，遭遇了意外的困难的原因之一。最值得思考的是，壬辰本脂批有“索书甚迫”的文字。
为了控制民众思想，乾隆皇帝大兴文字狱，“一字违碍，每兴大狱”，对文人思想加以野蛮镇压。像《红楼梦》这样的大流行于世的小说，岂会不引起统治阶层的注意？据史实记载，乾隆二十五年庚辰春，皇帝在永璇家见到《石头记》，并带走了一本，事后声称要查清此事，虽未窥全豹，不尽了然，但却是祸事的初起。
据胡子晋《万松山房丛书》本第一集《饮水诗词集》“唯我”有一段跋语说：“…某笔记载其《红楼梦》删削源委，谓某时高庙〔乾隆〕临幸满人某家，适某外出，检籍，得《石头记》，挟其一册而去。某归，大惧。急就原本删改进呈……”而郭则沄《清词玉屑》卷二也说：“…乃作是书；曰太虚幻境者，诡其辞也。初不甚隐。适车驾幸邸，微睹之……亟窜易进呈……”说的是，这些人为了避祸，将《红楼梦》讳上的话语悉尽删改，世上于是有了改删版的《红楼梦》。据目击的宫内人传出，“进呈”本的样式，是一本黄绫装面的大册，上面已将“脂砚斋”等字样扫数删净了，一些秽语也净化了。至两年后的九月，脂砚斋便记下了“索书甚迫”的话语，显然与此有关。此时他已加紧了批阅，为保全书稿而努力。曹雪芹此时显然已经知道有一个相当大的势力意图毁坏他的书稿，他与脂砚斋都在想办法如何保全书稿，可惜的是，恶势力终究拿走了他的稿子。第二年，雪芹病重下世，虽然爱子夭亡也是一个伤害健康的原因，但更悲愤的还是他一生的心血为人所毁坏。在雪芹英年早逝，抱恨而去后，脂砚斋终于没有办法保护全稿，只勉强将友人处分借的书稿凑齐了，可是已有“狱神庙五六稿，为借阅者迷失”了！损残的细节，更不计其数，他苦撑着做了一些力之所及的补缀工作。雪芹临终死不瞑目，这位奇才的大恨，敦诚记在了他的挽诗中：“邺下才人应有恨”，“目岂瞑”，说的正是此意。
有清代学者在《能静居笔记》云：“于翁（宋于庭，即宋翔凤）言：曹雪芹《红楼梦》，高庙（清高宗乾隆皇帝）末年，和珅以呈上，然不知所指。高庙阅而然之，曰：‘此盖为明珠家作也。’后遂以此书为珠遗事。”如果这个孤证是真的，那么《红楼梦》极有可能是被官方所“腰斩”的！
和珅出身本微贱，凭着一副鬼伶俐，对文墨之事颇有些了解，靠着一派揣摩迎合，博得了乾隆的喜欢和信任。乾隆时期有一个最伟大的文化工程，就是下令收集全国的书籍，编纂一部规模浩大、包罗万象的《四库全书》。这原本是一件好事，但皇帝出于政治顾虑，害怕世人还能看到金代到明代的满汉两族之间的历史矛盾而引起分裂情绪，因而将很多有“碍语”之处暗暗地删、改、抽换若干部分，最不容许留存的则全部焚毁，宫内武英殿设有专门焚书的大炉。这种不正当的阴谋做法，不但对历史线性规划之书册如此对待，就连民间剧本、小说也是同样严厉办理。朝廷曾下令于各省地方大吏，彻查奏报。这套书的总主持人就是和珅。他对删、改、换的章法自然是谙熟于心。
就在《四库全书》即将编完之际，乾隆又找到和珅，要他查一查民间流行的《石头记》手抄本一事。凭着鬼伶俐，和珅很快就弄明白了这部书的来龙去脉以及“圣意”。于是，他通过管该旗的上司，来寻求雪芹的全稿。当他判明这书只曾传出过前八十回时，便物色适当人选，编造四十回假书，凑成“全本”，再按整治《四库全书》的办法，用偷梁换柱的手段，对《石头记》前八十回也偷偷加以“润色”，使其换步移形、夺胎换骨于不知不觉之间。于是，他找到了高鹗，一个人他嫌进度太慢，后来又找到了程伟元……
对此，清光绪三十三年出版的《小说林》，载有署名为“蛮”的一篇《小说小话》，其中写道：“石头记》原书钞行者终于林黛玉之死，后编因触忌太多，未敢流布。曹雪芹者，织造某之子，本一失学纨绔，从都门购得前编，以重金延文士续成之，即今通行之《石头记》是也……世俗不察，漫指此书为曹氏作，而作《后红楼梦》者且横加蛇足，尤可笑焉。”蛮的话不够准确，前八十回的确是曹雪芹所著没错，但最重要的是那句“以重金延文士续成之，即今通行之《石头记》是也”。这里记录了清代人世代流传的一个事实：《石头记》的“后编”（即伪续四十回）是有人以重金延聘文士续成的。那么这个人是谁呢，谁出得起这重金，又能在极短的时间刊印的，当然其后台来头不小！
乾嘉人吴云，号花韵庵主人，他在嘉庆二十四年刊本为《红楼梦传奇》作序，说：“红楼梦……当《四库书》告成时，稍稍流布，率皆抄写，无完帙；已而高兰墅（鹗）偕陈（程）某足成之，间多点窜原文，不免续貂之诮……”这段话明显地指出，高鹗和程伟元正是在修辑《四库全书》告成的时候，将《红楼梦》也作了狗尾续貂的修改。
在武英殿，和珅拿着这个增删削减的本子进呈给乾隆，乾隆看后，“以为然，说：‘此盖为明珠家作也。’后遂以此书为珠遗事。”什么意思呢？就是说，乾隆对这一百廿回“全本”《红楼梦》表示了赞赏，还探讨性地认为，原来《红楼梦》写的是“圣祖仁皇帝”康熙朝相国纳兰明珠家的事情！据宋翔凤说：在此以前，是没有人这样认为的，自从乾隆这样说了之后，别人才只得跟着也这样说。当世凡看过《石头记》手抄本的人都知道，《红楼梦》明明是一部针砭时事的小说，取材近在眼前，只不过是著作人笔头狡狯，善为隐晦而已；于是便将它的时代轻轻往上一推，推到康熙朝，找一个大家习知的“明珠家”作为“替身”，小说中所有的现实政治意义就都不解而化了。
后来，《饮水诗词集》的“唯我”说：“…高庙乃付武英殿刊印。书仅四百部，故世不多见，今本即武英殿删削本也。”乾隆五十六年（1791），《红楼梦》在极短的时间内连作带印，全功告成。世人俗常说的“宫里头的”印本，就是所谓的“武英殿刊本”，在皇家的授意与和珅的指使下，《红楼梦》在皇家武英殿修书处以活字摆印，公开流行！在此以前，《石头记》只有手抄本，价钱贵，且犯忌讳，坊间不敢公然流传，有办法得到的，也只能避人偷看。很快，在短短三个来月的时间内（普通书坊无论如何不可能在这么短的时间刊出），刊出一部细加修改的重刊百甘回（程乙本）大书来。次年，程伟元、高鹗为再刊本《红楼梦》作引言道：“是书词意新雅，久为名公钜卿赏鉴……”有学者认为，所谓名公钜卿，指的大概就是和珅。不全的《红楼梦》在高鹗、程伟元的努力下终成全本，其贡献也确实不可忽视。至此，曹雪芹与他的《红楼梦》在乾隆末年就公开流传开来，其价值和意义早就由世人所认知和确立。
曹雪芹一生坎坷，穷愁著书，最后凄凉地抱恨而终；但在他身后却扬名万世，获得了无数后世人的称赞。他的反封建的进步思想以及在艺术上的卓越成就，使他成为中国文化史上的一大巨匠，其对封建旧势力的反叛与挑衅，更令他如文化英雄般地光辉伟岸，令后人瞻仰至今，探索至今！
