尊重是感情和睦的前提，于是蔡元培在对学生的第一次讲话中就强调要“敬爱师友”，“教员之教授，职员之任务，皆以图诸君求学便利，诸君能无动于衷乎？自应以诚相待，敬礼有加。”对于那些不尊重老师和职员的学生，他是决不姑息的。1918年1月11日，蔡元培在《北京大学日刊》上发布了《关于决不姑息学生对职员有无礼情事的布告》，其中写道：“以后遇有学生对职员有无礼情节，查明后定当照章惩戒，断不姑容。”为了达到教育的效果，他又于1921年12月7日专门发了一个《劝北大学生尊重教师布告》，以深情的笔触谆谆劝导广大学子，其循循善诱之态溢于纸外。
要实现感情和睦，沟通是必不可少的，而要有沟通就必须要有沟通的场所，于是蔡元培组织全校师生建立了学会、社团等各种组织，而这些组织的第一宗旨都无一例外的被规定为“联络感情”。《北京大学日刊》就被蔡元培视为“全校同仁联络感情、交换意见之机关”，1918年12月21日，蔡元培向教育部申请组织全国专门学校联合会，他在申请报告的宗旨一款中写道：“第一条，本会以联络感情，讨论教育上共同事业为宗旨”，联络感情被置于首位。1919年1月25日，在《发起学余俱乐部征求会员启事》中，他同样写道：“第一条，本部宗旨，因本校同人求学于闲，借以联络感情、交换学识为主”，联络感情还是被放在第一位。可见，蔡元培相当重视感情因素在学校管理中的作用。正是这种重视感情沟通的管理思想使得北大在思想自由的个性主义原则下不但没有呈现一盘散沙的局面，反而形成了一股强大的向心力和凝聚力。
思想自由，兼容并包
“思想自由，兼容并包”是蔡元培坚持的办学原则，是他任北京大学校长时从大学应该是研究高深学问的学府这一思想出发而提出的。这一办学原则主要体现在对待学说和教员两方面。
他认为大学应该广泛吸收各种人才，容纳各种学术和思想流派，让其互相争鸣，自由发展。如果墨守成规，抱残守缺，持一孔之论，守一家之言，实行思想专制，是不可能使学术得到发展的，大学不可能成为真正高水平的大学。他说：“对于学说，仿世界各大学通例，循‘思想自由’原则，取兼容并包主义”，“无论何种学派，苟其言之成理，持之有故，尚不达自然淘汰之命运者，虽彼此相反，而悉听其自由发展”。
由于学说必须由人提倡、宣传和发展，教员又以研究、传授学问为己任，所以思想自由、兼容并包的办学原则，在实际中更多的是体现在对待教员方面。蔡元培聘请教员，最重要的是有无专门学问。“对于教员，以学诣为主。在校讲授，以无背于第一种之主张为界限。其在校外之言动，悉听自由，本校从不过问。亦不能代负责任。例如复辟主义，民国所排斥也，在校教员中，有拖长辫而持复辟论者，以其所授为英国文学，与政治无涉，则听之。筹安会之发起人，清议所指为罪人者也，本校教员中有其人，以其所授为古代文学，与政治无涉，则听之。夫人才至为难得，若求全责备，则学校殆难成立。”只要有真才实学，有研究学问的兴趣和能力，就聘为教员。反之，如若学术水平低，不管什么人，都坚持辞退。而对于教员的政治见解、学术派别，只要不妨碍授课，则不作为取舍标准。
此外，他还要求学生“以研究学术为天职”，鼓励学生兼听不同学派的课，进行独立评判，并大力支持学生成立各种学会和研究会，培养学生自由思考和独立研究学术的能力。
蔡元培“思想自由，兼容并包”的思想使北大教师队伍一时出现流派纷呈的局面。如在文科教师队伍中，既网罗了许多新文化运动的著名代表人物，如陈独秀、李大钊、鲁迅、胡适、钱玄同等，也招致了大批政治上保守而旧学渊博的学者，如黄侃、刘师培、黄节、辜鸿铭、崔适等。在政治倾向上，有的主张革命，有的赞成改良。在新派人物中，有马克思主义、三民主义、无政府主义、国家主义的不同代表。当时的北大，《新潮》与《国故》对垒，白话与文言相争，百家争鸣，盛极一时。
融通文理
蔡元培执掌北京大学期间，曾一再强调要把“文”与“理”沟通起来。1934年，他在《我在北京大学的经历》一文中写道：“那时候我又有一个理想，以文理是不能分科的。例如文科的哲学，必植基于自然科学；而理科学者最后的假定，亦往往牵涉哲学。从前心理学附入哲学，而现在用实验法应列入理科。教育与美学，也渐用实验法，有同一趋势。地理学的人文方面应属文科，而地质地文方面属理科。历史学自有史以来属文科，而推原于地质学的冰期与宇宙生成论，则属于理科。……”
在蔡元培自述的传略中也谈到：“孑民又发现文、理分科之流弊，即文科之史学、文学均与科学有关，而哲学则全以自然科学为基础。乃文科学生，因与理科隔绝之故，直视自然科学为无用，遂不免流于空谈。理科各学，均与哲学有关，自然哲学，尤为自然科学之归宿，乃理科学生，以与文科隔绝之故，遂视哲学为无用，而陷于机械的世界观。”他认为，有几种学科，“竟不能以文、理分者，如地理学，包有地质、社会等学理。人类学，包有生物、心理、社会等学理。心理学，素隶于哲学，而应用物理、生理的仪器及方法。进化学，为现代哲学之中枢，而以地质学、生物学为根底。”他指出，文科里面包含着理科，理科里面包含着文科，不能截然分开，文理两科之间，“彼此交错之处甚多”，传统文、理分科的做法已不适应近代科学相互联系、相互渗透的发展趋势，“故建议沟通文、理，合为一科。”
在科学和哲学的关系方面，蔡元培既作了纵向的历史考察，也作了横向的异同比较。科学与哲学由合一而逐渐分离，两者都是有系统的学说，“其所异者，科学偏重归纳法，故亦谓之自下而上之学；哲学偏重演绎法，故亦谓之自上而下之学。”“哲学为一种普遍之科学，合各科学所求得之公例，为之去其互相矛盾之点，而组织为普遍之律贯。又举普遍知识之应用于各科学而为方法、为前提者，皆探寻其最高之本体而检核之。”他指明：哲学追求普遍规律，必须以自然科学为基础；而哲学作为普遍知识又必从方法、前提等根本方面对自然科学有所帮助。所以既不能离科学而治哲学，也不能离哲学而治科学，二者应互为因果，相得益彰。
蔡元培不仅重视科学，而且喜好美术，他对科学与美术的关系有很深切且独到的理解。他指出，科学与美术不同：科学是用概念的，美术是用直观的；科学运用推理力，文艺运用想象力。然而他以数学、声学、光学、矿物学、生物学、天文学等为例，说明科学中有许多美的东西，有许多可应用美术眼光的地方；而美学研究，例如审美之研究，亦趋向于运用科学中的实验方法，有所谓“实验的美学”。他还指出，文艺虽有种种，而以文学为总代表，文学永远与科学并行不悖，永远与科学互相调剂。他倡导人们在治科学的同时也兼治美术，有了文艺、美术方面的兴趣和陶冶，人生就会变得更有意义，更有价值，在治科学的时候更增添勇敢、活泼的精神。他不但看到了美术与科学之间的相通和互益，更可贵的，是他还进一步指出美术和科学都具有增强国家实力的功能和作用。他在自述传略中说：“孑民对于欧战之观察，谓国民实力，不外科学、美术之结果。”
在蔡元培的教育体系中，除了提倡教育科学化和教育劳动化之外，还提倡教育艺术化。他曾一而再、再而三地强调美育的重要性，认为“美育为近代教育之骨干”，不仅要在我国创办专门的艺术学校，而且要在各类学校都推行艺术教育，以提起全国人民对于艺术的兴趣，养成高尚、纯洁、舍己为群的思想。
1918年10月30日，蔡元培将他的“沟通文理”的建议提交给专门以上学校校长会议讨论。经校长会议及教育调查会赞成后，由北京大学试行。当时他提出的一项具体措施是，大学本科，“融通文、理两种之界限：习文科各门者，不可不兼习理科中之某种（如习史学者，兼习地质学；习哲学者，兼习生物学之类）；习理科者，不要不兼习文科之某种（如哲学史、文明史之类）。”
