一切肉眼看不见的或看不清的微小生物都叫微生物。微生物个体小于0．1毫米，构造简单，有单细胞的、简单多细胞的和非细胞的，它们进化地位低；体积小、面积大；生长旺、繁殖快；适应强、易变异；分布广、种类多。
显微镜发明之后为人类对微观世界的研究提供的帮助，1675年的一个雨天里，列文虎克倚在窗前，望着淅淅沥沥的小雨突然生出一个念头：“不知道雨水里会有什么东西？”想到这里他去园中舀来一杯雨水，在显微镜的载物片上滴了一滴仔细观察起来，列文虎克通过显微镜在这滴雨水中发现了许多奇形怪状的小生物正在不停的蠕动着。列文虎克非常吃惊，又跑到院子里，取了些雨水，在显微镜下重新观察。结果仍然可以看到这些小的生物。
神秘的围观生物世界的大门被列文虎克敲开了，从此，人类走进了另一个肉眼看不见的新天地。
生物界的微生物达几万种，大多数对人类有益，只有一少部分能致病。有些微生物通常不致病，只有在特定环境下才能引起感染，这种微生物称为条件致病菌。微生物还能引起食品变质和腐败，正因为它们分解自然界的物体，才能完成大自然的物质循环。
