顺治皇帝在位十八年，死时只有二十四岁，关于顺治之死广为流传的是出家圆寂之说。这位年轻皇帝因爱妾董鄂妃死悲恸无比，随后看破红尘，竟将万缕青丝一净跑到五台山当了和尚。其子康熙三上五台山寻父，顺治心灰意冷拒不相认，若干年后终成善果，坐化升天。所以传言孝陵是空券，墓中仅葬一把扇儿和一双鞋。
许多传说是有影可捉的，顺治皇帝平生信佛，他先后把几位高僧请入宫中说法，并请高僧为其净发，确实有过出家的念头。他于顺治九年五月降旨：“敕景忠山主持僧海寿知道，别山法师在尔山洞居住修静已经九载，朕今降诏请入京都大内供养，敕封曰慧善普应禅师。”上改椒园为禅室，特自景忠起。“顺治十六年因建储之议，远卜元君，复赐银一千两。十七年，又颁帑金一万，重修殿阁。”
顺治十四年，皇帝驾幸南苑，前往海会寺召见憨璞聪住持，并请进宫在万善殿说法十天，顺治十五年再次进万善殿说法，十六年敕封憨璞聪为“名觉禅师”，派他住持悯忠寺。
顺治十五年，皇帝遣使到湖州报恩寺请玉林住持进京说法，玉林于顺治十六年进京，受到极其优厚的待遇。顺治皇帝以禅门师长相待，一个月后玉林迟归，钦赐黄衣、银印。遣官护送回江南，并让玉林派其弟子随船回京。
顺治十六年，浙江宁波天童寺住持孟隐道人应召入宫，住在万善殿。顺治皇帝钦佩他博学多闻，赐封为“弘觉禅师”。驻京八个月，顺治十七年五月出京。顺治皇帝留下了他的弟子让他们分别在前门的善果寺、隆安寺住持开法，以便皇帝早晚和他们说话。
顺治十六年七月，顺治皇帝对玉林的大弟子茆溪森和尚极为赞赏，多次想封他为禅师，都被他拒绝。顺治十七年八月十九日董鄂妃死时，顺治帝郁郁寡欢，曾想弃俗远世。十月初请茆溪森为其履行了净发仪式。当十月十五日玉林第二次进京时，见到顺治皇帝已经净，发勃然大怒，当即命人架起干柴要把茆溪森当众烧死，顺治皇帝向玉林承诺蓄发，茆溪森才免了一死。顺治皇帝如果没有他理性深厚的母后和汤若望加以阻止，他一定会当了僧徒的。
顺治十八年正月初七日子刻，顺治帝因病痘死于紫禁城养心殿。遵从顺治遗诏请茆溪森为其举行荼毗--火化仪式。康熙二年四月二十二日，世祖章皇帝宝宫往孝陵，六月初六日葬世祖宝宫于孝陵地宫。
七十多年后，乾隆皇帝感到皇祖与和尚交往，和尚所写《北游记》、《侍香纪略》、《帝王明道录》等书，有失皇家体面，于是下令将皇祖批谕字迹收回并销毁。并说“昔我世祖章皇帝万几余暇，留心内典。比时玉琳国师、木陈禅师，并蒙宣召，讲论佛法。此不过偶尔方外之交，无可纪载者。前年我皇考检阅玉琳、木陈语录，见木陈所著《北游记》六卷，其中乖谬荒诞之处，不可殚述。又玉琳之弟子骨岩作《侍香纪略》一册，以纪恩遇，怪幻支离，竟同梦中呓语。我皇考已降旨中外，将此书悉行查毁。今朕又查出《帝王明道录》一书，系木陈门人纪载者。其荒唐之处与《侍香纪略》等，盖当日玉琳、木陈虽并承世祖章皇帝眷注，而二人之优劣，迥乎不同。至于两人之门徒甚众，而天下狂悖无知，行止不端之人往往藏其中。遂因偶尔之恩遇，矜肆夸张，并造作全无影响之谈，欺世惑众。此亦人心风俗之有关系者”。
“昔我皇考已降查毁之谕旨。朕恐外间奉行不力，可密寄信与各省都抚，凡丛林寺庙中，除敕赐御书匾额、对联、碑文外，若有世祖、圣祖、皇考批谕字迹及伊等抄录藁本与僧人所刻语录，如：《北游记》、干涉时事，捏造言词，夸耀恩遇，遇有一字关系世祖、圣祖、皇考者，无论刻本、写本，悉行查出，密封送部，请旨销毁，不得私藏片纸。此事奉行不在各处寺庙贴写告示，以图了事已也。必差员密访，细细搜查，又不可借端生事，若有疏忽遗漏等弊，将来发觉，必于乾隆元年、二年之该省督抚是问，不稍宽贷。”
其实顺治皇帝选择佛门规矩以火化处理后事的另一个原因，是遵循故土先祖之习，塞外满洲风俗就是火化。但到乾隆年间，皇帝谕旨：“古之葬者厚衣之，以薪葬之中野，后世圣人易之以棺椁，所以通变宜民，而达其孝心也。本朝肇迹关东，以师兵为营卫，迁徙无常。遇父母之丧，弃之不忍，携之不能，故用火化以便随身捧持，聊以随其不忍相离之愿，非得已也。自定鼎以来，八旗、蒙古各有安居。祖宗墟墓悉隶乡土，丧葬可依古以尽礼，而流俗不染或仍用火化，狃于沿司之旧，而不思当年所以不得已而出此之故也。朕思人子事亲送死，最为大事。岂可不因时定制而痛自猛省乎？嗣后除远乡贫人不能扶柩回里，不得已携骨归葬者，姑听不禁外，其余一概不许火化。倘有犯者按例治罪，族工及佐领隐匿不报，一并处分。”
关于顺治皇帝入葬的具体仪程。康熙二年四月二十二日辛酉，世祖章皇帝宝宫往孝陵，先是诸王大臣引据古礼，劝阻康熙皇帝亲驾远送，康熙皇帝执意不肯，最后诸臣以顺治皇帝生母，太皇太后的懿旨，再三恳切相劝，康熙皇帝不得已，才勉强遵奉慈命。
这一天黎明，王以下奉恩将军以上及内大臣侍卫，分两行聚集在寿皇殿门外。公、侯、伯以下满汉文武各官全都集中在东安门外。年仅九岁的康熙皇帝亲自奠酒，无比哀恸悲不自胜。顺治皇帝灵舆启行，王以下文武各官随后行。那些不能亲自送往孝陵的公、侯、伯以下满汉文武各官，随着送出城关，方伫步回转。灵舆每经过门、桥之地都要进行奠酒之仪，每天宿驻享殿都要供献奠酒，举哀行礼。
康熙二年六月初六日，葬世祖章皇帝于东陵与先前故去的孝康皇后、端敬皇后合葬。在举行安葬地宫礼前期，遣派辅臣及文武三品以上官员到孝陵致以祭祀，陈奉纸锭三万、纸钱三万、纸帛三万，盛筵二十五席，全羊七只，酒十五尊，进行读文、祭酒行礼。
前期三日，遣派官员祗告天地、太庙、社稷。安葬当日早上，帝王仪仗队全设礼部堂官、掌仪司官，奉世祖章皇帝、孝康章皇后、孝献皇后香册、宝奉安，置各自灵舆之内，送至地宫。辅臣一人到宝位即棺椁前跪叩，行奉移之礼，祭酒三爵。世祖章皇帝宝位由辅臣二人、内大臣一人奉安灵舆内。两位皇后的宝位分别由亲族大臣等奉安灵舆之内。入地宫时，内大臣侍卫在木城外，公、侯、伯以下参领、云骑尉在网城外排列两行站立整齐，等候灵舆一到全都跪下举哀。灵舆过后跟在后面举哀行。到地宫前，辅臣、内大臣、侍卫、公、侯、伯以下，副都统、侍郎、男以上官员，在地宫园城内序立。参领、云骑尉在圆城外，享殿后两旁序立，各自举哀。到了所谓吉时，恭奉世祖章皇帝宝位奉至地宫，安设宝床上正中。孝康章皇后宝位安设于左，孝献皇后宝位安设于右，完后掩闭元宫石门。辅臣在地宫前再跪，祭酒三爵。内大臣、侍卫、文武各官都随着再行祭礼而后各自退出，当日葬礼所用的依仗全部焚烧干净。第二天辅臣、内大臣、侍卫、文武各官还要到陵拜谒辞别，进圆城之内序立举哀完毕，辅臣等跪于陵前祭酒三爵，文武各官皆行三跪九叩之大礼，再序立两旁举哀。这一套做完后各自退出回京。
康熙六年五月初六日所建立的孝陵神功圣德碑上，刻有“皇考遗命，山陵不崇饰，不藏金玉宝器”。所以人们都传说孝陵是空券，里面没有珠宝金银。实际上孝陵地宫中只葬有三个骨灰罐，与“皇考遗命”相符。可能这些事也曾传入盗陵者耳中，所以孝陵地宫洞口已被人打进3米但没有打通，这大概是施工者灰心胜过侥幸的结果，才使孝陵成为清东陵所有陵寝中唯一没有被盗的陵寝。
孝陵葬两位皇后的传说
在顺治皇帝的孝陵地宫中葬着两位皇后。一位是孝康章皇后佟佳氏（1640-1663），初入宫册为妃，为都统佟图赖之女，居景仁宫。
佟佳氏顺治十一年三月十八日生皇三子玄烨，年纪十五岁。这段历史官书上曾有过神奇的描绘，说佟佳氏到慈宁宫给婆母皇太后问安，将出门时，从她的长袍衣襟处有盘隐龙出现。皇太后感到惊异，忙问左右其是否已经妊娠。皇太后向身旁的侍卫们说：“朕曩孕皇帝时，左右尝见朕裾褶间有龙盘旋，赤光灿烂。后果诞生圣子统一寰区。今妃亦有此祥征，异日生子必膺大福。”等到玄烨诞降之辰，果然合宫异香经时不散，五色光气充溢庭户与日并耀，这时宫人、内侍无不称奇瑞。
玄烨接皇位后于康熙元年十月二十七日，尊封生母为慈和皇太后。皇太后病重期间，康熙皇帝以九岁之龄日夜守候在母亲身边，亲尝汤药夜晚衣不解带，目不交睫。康熙二年二月初一日，这位年仅二十四岁的皇太后离开了人世。康熙皇帝哀号放声，捶胸顿足哭得死去活来，几天水米不进。二月二十一日奉移梓宫，二十八日奉移梓宫往孝陵。六月初六日随世祖章皇帝宝位，葬于孝陵地宫。
康熙十六年，康熙皇帝以孝康章皇太后推恩所生，特赠自己的外祖父佟图赖等公爵，令其子佟国纲承袭，并令改隶满洲镶黄旗。佟国纲曾任内大臣、都统等职，康熙二十八年（1689），作为副使参与订立《中俄尼布楚条约》，次年在乌兰布通（今赤峰境内）战死殉国，这位国舅在历史上也是位人物。
孝康章皇后乾隆元年尊谥为：孝康慈和庄懿恭惠温穆端靖崇天育圣章皇后。
另一位是孝献端敬皇后董鄂氏（1639-1660），满洲正白旗人，为内大臣鄂硕之女，生于崇德四年，十八岁入宫，顺治十三年八月立为贤妃，十二月晋皇贵妃。她在宫中的生活情况有德国传教士汤若望曾写道：“顺治皇帝对一位满籍军人之夫人，起了一种火热爱恋，当这位军人因此申斥他的夫人时，竟被对于他这申斥有所闻的天子亲手打了一个极怪异的耳掴。这位军人于是乃因愤致死，或许竟是自杀而死。皇帝遂即将这位军人的未亡人收入宫中，封为贵妃。这位贵妃于一千六百五十七年产生一子，是皇帝要规定他为将来的皇太子的，但是数星期之后，这位皇太子竟而去世，而其母于其后不久亦薨逝。”
汤若望在宫中任钦天监，他所记述的军人未亡人，正是皇太极第十一子，顺治皇帝同父异母兄弟和硕襄亲王的夫人。和硕襄亲王于1656年7月突然死去，董鄂妃正是这年进宫，第二年她生了一个皇子出生三个月就夭折了。顺治皇帝为安慰董鄂妃，追封这个连名字都没来得及取的皇四子为“和硕荣亲王”，在清朝宗室十二等封爵中为头等爵位。不仅如此，还在京东的黄花山下专门修建了一处荣亲王园寝。于顺治十五年在昌瑞山西部的黄花山下恭葬了“和硕荣亲王”，添设守备一员、千总二员、守兵一百名巡护防守。在和硕荣亲王的地宫中，有一块墓碣石，上面刻有“和硕荣亲王，朕第一子也……”此石现藏天津蓟县文物保管所。然这位顺治皇帝过分钟爱的不足百天的“第一子”死后两年，其生母董鄂妃也忧郁而亡。
顺治帝对董鄂妃之死悲痛欲绝，不仅亲自为其守陵，还传谕亲王以下四品官以上并公主、王妃以下命妇，俱于景运门内外，齐集哭临，辍朝五日。又破例追封。“皇贵妃董鄂氏于八月十九日薨逝，奉圣母皇太后谕旨：‘皇贵妃佐理内政有年，淑德彰闻宫围，式化倏尔薨逝，予心深为痛悼，宜追封皇后，以示褒崇’；朕仰承慈谕，特用追封加之谥号，谥曰：孝献庄和至德宣仁温惠端敬皇后。”顺治皇帝还专为董鄂妃写了“行状”数千言，夸赞她对皇太后孝顺，对皇帝起居饮食问寒问暖关怀备至。虽不干朝政，却主张宽以待人，严于律己，她生活节俭，不用金玉，顺治帝又命大学士金之俊为妃作传。
董鄂妃正是汤若望笔记中的满籍军人之夫人，卒年二十二岁。董鄂妃生前居承乾宫，死后在景山建水陆道场，由茆溪森一手主办。顺治帝亲诣景山观德殿，先后为董后祭五七、六七、十月初八日为董后断七。“景山启建大道场、忏坛、金刚坛、梵网坛、华严坛、水陆坛，一百八员僧，日里铙钹喧天，黄昏烧钱施食。厨房库房香灯净洁，大小官司员上下人等，打鼓吹笛，手忙脚乱，念兹在兹，至恭至敬，申供养董皇后。”顺治帝临终时在遗诏中曾谈及“端敬皇后于皇太后恪尽孝道，辅佐朕躬，内政聿修。朕仰奉慈追念贤淑，丧祭典礼过从优厚，不能以礼止情，诸事渝滥不经，是朕之罪一也”。孝献端敬皇后宝宫停黄花山，康熙二年六月初六日付葬顺治帝孝陵地宫。
在清初内国史院满文档案中记载顺治十四年十月初七日，恭惟皇第一子生，本月初九日告祭天坛、地坛、太庙、社稷坛四处提到“臣第一子生”，颁行诏书礼仪天下，当天将刊刻诏书颁布天下：“奉天承运皇帝诏曰：自古帝王继统立极，抚有四海，必永绵历祚，垂裕无疆。是以衍庆发祥，聿隆胤嗣。朕以凉德缵承大宝十有四年。兹荷皇天眷佑，祖考贻庥，于今年十月初七日，第一子生，系皇贵妃出。上副圣母慈育之心，下慰臣民爱戴之悃，特颁肆赦，用广仁恩。”
董鄂妃与顺治皇帝之间的缠绵情节，被一些文人墨客巧施移花接木之术，竟然编造出一段董小宛与顺治皇帝的风流故事，此与事实不符。
