魏征平生致力于朝纲肃正，吏治清明，不遗余力地反对“告讦”，临终之前，犹留下“去邪勿疑，任贤勿贰，可以兴矣”的遗言。唐太宗头脑比较清醒，颇能兼听纳下，以杜谗邪。特别在贞观初期，他打击谗人告讦，态度是相当坚决的。一些人多次造谣中伤，诬告魏征，都未能得逞。尽管太宗后来有所退步，但他和魏征始终保持着君臣加挚友、君臣加师友的密切关系。
魏征死后，唐太宗给以很高的荣誉和许多特殊的待遇，把他誉为“人镜”，追思不已。一些人妒火中烧，“毁短百为”。对于这些谗言，太宗开始根本就不听。日子久了，听得多了，也难免不为所动。特别是魏征死后，朝中的大背景发生了较大变化，废立太子的一场风波株连到了魏征，竟导致了太宗对魏征的信任发生动摇。
如前所述，魏征等人出于维护唐王朝政局安定的目的，坚决反对废太子承乾而立魏王泰。太宗大概也是出于同样的考虑，暂且放弃了废长立次的企图，并且让魏征做了太子太师，同时又加强了对太子承乾的教育，以观后效。他曾向太子左庶子杜正伦交了“底”，对杜说：“我儿疾病，可事也。但全无令誉，不闻爱贤好义，私所引接，多是小人，卿可察。若教示不得，须来告我。”杜正伦本是一个直言敢谏的良臣，少善属文，隋时与其兄正玄、正藏俱以秀才擢第。隋代举人秀才总共只有10余人，正伦一家就出了三个秀才，甚为当时称美。贞观元年，魏征表荐正伦“以为古今难匹”，于是擢授兵部员外郎，因诤谏深受褒奖，迁中书侍郎，加散骑常侍，行太子左庶子，赐爵南阳县侯，“出入两宫，参典机密，甚以干理称”。杜正伦听了太宗的嘱咐以后，更加尽心尽力地劝谏太子痛改前非。但是承乾根本听不进去，正伦无奈，便把太宗的话说出来，“冀其有惧，或当反善”。不料承乾却“抗表奏闻”，从而加剧了李氏父子之间的矛盾。太宗迁怒于杜正伦，把杜正伦贬为谷州刺史，又改为交州都督。
魏征病逝后，太子承乾“悲不自胜”，他所期寄的一线希望破灭了。众亲信怂恿他谋反，三月，承乾与同谋者“皆割臂，以帛试血，烧灰和酒饮之，誓同生死”。密谋引兵攻入西宫大内。正当他们策划发动政变之际，唐太宗第五子齐王佑在山东齐州率先发动了叛乱。承乾自鸣得意地对其亲信纥干承基等人说：“我宫西墙，去大内正可20步耳，与卿为大事，岂比齐王乎！”但是，齐王佑的叛乱很快就被平定了。纥干承基因与齐王案牵连被捕入狱，便告发了承乾谋反一事。唐太宗立即采取措施，废黜承乾为庶人，处理了他的同谋者，汉王元昌（太宗弟）赐死，吏部尚书侯君集，左屯卫中郎将李安俨，洋州刺史、开化公赵节（高祖女长广公主之子）、驸马都尉杜荷（杜如晦之子）皆伏诛，太子左庶子张玄素、右庶子赵弘智等，以不能诤谏而被免官。
承乾政变未遂，即告流产。事败之后他对太宗说：“臣贵为太子，更何所求？但为泰所图，特与朝臣谋自安之道。不逞之人，遂教臣为不轨之事。今若以泰为太子，所谓落其度内。”太宗认为承乾的话也有道理。若立魏王泰，便表明储君的地位可以靠谋求而得到，很可能影响到其他诸子而导致互相攻杀。若立了魏王，承乾和晋王李治都将难以活命。在长孙无忌等人的支持下，太宗改立嫡三子晋王李治为太子，这场废立风波才被宣告结束。
参加承乾政变的侯君集，原是秦王府的僚属。李世民发动玄武门之变时，他是重要谋臣之一，后来出为将领，入参朝政，并有时誉，在平定高昌的战斗中，又立下了汗马功劳。只因攻下高昌后私取财物，曾被太宗诏令下狱，从此“志殊怏怏”，直至怂恿承乾谋反。承乾事败后，侯君集被斩决，籍没其家。据说在杜正伦被贬之后，承乾曾派侯君集给他送过金带，因此，杜正伦遂被流配。
侯、杜的案件，株连到了已故的魏征。因为他曾以“才任宰相”推荐过他们二人，故当这二人获罪以后，有人便趁机攻击魏征“阿党”，又说他曾经录写了前后诤谏言辞往复，给史官看过，等等。太宗由此对魏征产生了怀疑，解除了公主与魏征长子叔玉的婚约，派人推倒了自己亲手所撰、亲手所书的墓碑，对魏征家人的照顾也就淡薄了。
魏征曾不厌其烦地反复提醒过唐太宗，不要偏听谗言，胡乱猜忌臣下。但未曾料到，所担心的事情竟这样突然降临在他的头上。下葬不满4个月，就横遭停婚、扑碑之祸，真是一个大悲剧！
酿成这一悲剧的原因，自然与当时的政治背景不无关系，但谗言告讦起了重要作用，则是不容置疑的。唐太宗原来“兼听则明”，使企图离间君臣关系的谗佞之徒无机可乘。但自废立太子风波之后，他开始猜忌臣下，诛杀功臣，谗人乘隙而入，“毁短百为”，竟使与太宗关系非同一般的魏征也未能幸免，的确发人深思！
贞观十八年（644年）冬，唐太宗不顾大臣的劝阻，发动了对高丽的战争，直至次年秋天才班师回朝。这次御驾亲征，旷日持久，虽然俘获了许多人口，但并未达到目的，将士死伤十分惨重。太宗深为懊悔，惆怅地说：“魏征若在，不使我有是行也！”于是，没等回到京师，即把魏征的家属召到途中的驻所，赏赐慰问他的妻儿，并且以少牢祭祀了魏征的陵墓，重新树立了墓碑，厚待魏征的家人。魏征蒙受的不白之冤，终于由太宗的醒悟而得以昭雪。
