在保罗之后，还有很多基督教的传教士把哲学当作了传教的武器。正因为他们的工作，基督教才拥有了完善的理论基础，和其他宗教相比，它获得了巨大的优势。同一时期的其他宗教在历史长河中大都衰落了，只有基督教最终成长为世界性宗教。
在哲学史上，这时的哲学被称作“教父哲学”。
帮基督教宣传这事，对于哲学来说既好也不好。
好的地方在于，这回是显了哲学的大能耐了。基督教对世界影响深远，起步阶段的汗马功劳就是哲学立下的。
不好的地方在于，宗教和哲学在根子上是无法协调的。宗教要求信仰，哲学要求怀疑，两者相悖。要不苏格拉底也不能被控诉不敬神。和宗教结合在一起之后，哲学注定无法发挥自己事事怀疑的真能耐，只能沦为宗教宣传的幌子。
比如在教父哲学时期，基督徒看希腊哲学很有威望，就喊出“真哲学即真宗教，真宗教即真哲学”的口号。还有人说，在基督降临之前，基督教的光芒就已经照到了部分希腊人的心灵，所以才出现了希腊哲学。
总之在教父哲学家们的口中，哲学的怀疑精神一点也没有了。这里的哲学只是用来装潢门面的招牌，就跟今天算命的搬个电脑搞“科学算命”一样。
不过教父哲学里有一个人可以说一说，他叫奥古斯丁。
奥古斯丁早年信仰摩尼教，还沉迷肉欲享乐，有过几个情妇。年轻人嘛，控制不住很正常。他曾经祷告说：“给我贞洁，但不是现在！”
但在本质上，奥古斯丁是一个有着宗教追求的人。内心里，他希望能克制欲望，获得更高级的精神追求。可是咱都知道，克制欲望哪儿那么容易啊。王尔德说过：“我能抵抗一切，除了诱惑。”临考前徘徊在网吧门口的同学们，减肥时反复开关冰箱门的姑娘们，最能理解抵抗诱惑时的痛苦和投降后的懊悔了。
据说有一天，奥古斯丁因为控制不住自己的欲望而痛苦万分，为此几乎绝望，躺倒在一棵无花果树下边哭边祈祷。这个时候，他突然听到一个清脆的童声在反复吟唱：“拿着，读吧！拿着，读吧！”
刚开始，他以为这声音是自己心里的幻想，于是他努力回忆过去是不是听过孩子唱过类似的歌谣，但他怎么也想不起来，因此认为这声音一定是神谕。听到这声音的召唤，奥古斯丁随手翻开一本书，正是保罗当年写的《保罗书信》，他正好翻到教诲人要克制欲望的篇章。奥古斯丁读了之后感到内心平静，从此皈依了基督教。他按照基督教的要求，卖掉了自己所有的家产，把它们分给穷人，自己终身过着清贫的生活，成为基督教历史上重要的圣贤。
奥古斯丁在皈依基督教之前仔细思考过信仰的问题，也认真学习过哲学，因此他并不是单纯把哲学当作神学的工具，而是真心想通过哲学来探求真理。奥古斯丁的贡献之一，就是解决了一个长久困扰基督教的逻辑漏洞：
《圣经》说上帝是全知、全能和全善的，那为什么会允许人间存在这么多丑恶和痛苦？
我们知道，《圣经》里说亚当和夏娃偷吃了禁果，违反了上帝的禁令，所以被逐出伊甸园，所以人类才会开始无尽地受苦。
但上帝是全知的，不仅知道过去所有已经发生的事情，还知道未来所有即将发生的事情。那么前面那个问题就可以问成：
上帝既然知道亚当和夏娃会偷吃禁果，为什么一开始不去阻止他们？
奥古斯丁的解释是，关键在于自由。上帝给了亚当夏娃和人类自由意志，所以也必须让人类有作恶的可能。
更具体地说，上帝是善的，而上帝的善表现在上帝对人类的行为要进行公正的赏罚。既然要赏罚，前提是人类必须拥有自由意志，必须有能力自己选择行善还是作恶，否则人类就不应该对自己的行为负责。
这段论证对我们的意义是：首先，它十分巧妙，把一个看似自相矛盾的说法给解释开了；其次，这解释强调了自由的重要性。
上帝允许人类有作恶的自由。这说明什么？这说明在上帝看来，自由比善更重要。
可是等一等，上帝不是全善的吗？
“上帝允许人类拥有自由”的理论是奥古斯丁出于护教目的提出的，其推论却和教义产生了矛盾。
矛盾还不止如此，该理论还可以推论出，上帝不能干涉人的自由意志。因为上帝是万能的，所以有能力预测出人们按照自由意志在未来会作出的各种恶，但是有很多恶上帝都没有阻止。
可是，上帝不是全能的吗？
因此，奥古斯丁的解释虽然聪明，却不是很受基督教的欢迎。很多信众在提出疑问的时候，只是被粗暴地告知“不要妄测神”。
在宗教看来，思考本身就是不对的。
就拿奥古斯丁本人来说，虽然他是虔诚的基督徒，但只要他一开始思考，就注定要和宗教权威发生冲突。奥古斯丁早年相信摩尼教，后来发现宗教文献中一些关于天文学的知识和当时的科学结论不符，他还被要求不许怀疑这些错误，只许强行接受。奥古斯丁因此对摩尼教产生了怀疑。罗素因此说，如果奥古斯丁生活在伽利略时代，也就是科学家们在用天文知识挑战基督教的时代，那他该怎么做呢？奥古斯丁这个基督教的圣人，会不会也像怀疑摩尼教那样怀疑基督教呢？
八成没什么好结果。
宗教天生拒斥思考。
有个教父哲学家有一句名言：“上帝之子死了，虽然是不合理的，但却是可以相信的。埋葬以后又复活了，虽然是不可能的，但却是肯定的。正因为荒谬，所以我才相信。”
这话常被人总结为：“因为荒谬，我才相信。”
换句话说，他认为信仰这种事用哲学来论证，这本身就是错的。对于宗教，信就信了，你不能质疑，不能思考。很有讽刺意义的是，说出这句话的教父晚年和罗马教会决裂，自己成了异端。但他这话却说到了理上，宗教和哲学本来就不能调和。保留哲学，对教会来说就是养虎为患。现代著作家威尔·杜兰就把亚里士多德的哲学比作希腊人留给基督教的“特洛伊木马”。
总有一天，苏格拉底的讨厌精神也会让教父们抓狂的。
不过时候还早，基督教还有更大的麻烦需要解决。
公元64年7月17日夜里发生了一件大事。西方世界的中心，全欧洲最富饶、最美丽的城市罗马突然烧起了大火。这火太大了，持续烧了六天七夜，整个罗马城的三分之二都被烧为灰烬。
当时的罗马皇帝尼禄还不错，不仅积极救火，还打开自己的宫殿安置灾民。但随后传出各种猜想。有的说尼禄是想要写出一篇能和描写特洛伊大火相媲美的诗篇，故意让人放火的；也有的说，尼禄是为了扩建自己的宫殿放火的——三分之二的罗马城啊，如果后一条传闻属实，那么尼禄毫无疑问是史上效率最高的拆迁商。事实上，在罗马大火后不久，尼禄的确在废墟上建起了更大、更漂亮的宫殿。
在那个年代，基督徒们相信世界末日就快到来，有些人到处宣传“上天将会降下巨大的火球烧毁一切”。因此当时还有些人认为，罗马的大火就是基督徒放的。或许是为了洗脱自己的嫌疑，不久以后，尼禄正式宣布这场大火是基督徒所放，同时展开了对基督徒大规模的逮捕和残杀。
一般认为，保罗就死于这场大火之后的审判中。基督徒们从此受到了极为残酷的迫害。
