1913年3月20日，国民党领袖宋教仁在上海遇刺身亡。调查幕后主使人竟是袁世凯的亲信赵秉钧，这个消息像晴空霹雳一般打碎了国内虚假的和平局面。一些沉迷于议会斗争的革命党人也从迷梦中清醒过来。社会进步舆论纷纷谴责袁世凯的卑劣罪行。
张謇这时正在南通，他对宋教仁的逝世非常痛惜。他亲书挽联一副：“何人忍贼来君叔，举世谁为鲁仲连？”
他还给朋友赵凤昌写信说：“遁初（宋教仁的字）以调和南北慷慨自任，无端被害，此必有不欲南北调和者，乱人横行如此，世岂可问？”
张謇担心宋案会影响刚刚走上统一安定的南方局势，再出现革命战争、社会动乱，因此在东南绅商上层人士的敦促下，参与了一系列调停活动。他在正式调停以前，首先发出了《调和南北致孙少侯、王铁珊函》，全面表明自己对宋案的看法。宋案发生后，江西的革命党人准备兴师问罪，张謇致函孙、王，力主宋案应由法律解决，反对诉诸武力，导致南北分裂，为列强瓜分中国造成机会，他再三呼吁，国家不能再经历像辛亥革命那样的战乱破坏。他又给袁世凯写信，陈述时局变化，他诉说自己的一片赤心：“区区私忱，但求从知觉中有国计民生四字，彼此相谅，各让一步，使正式政府早日成立，国会渐次宁静。”
张謇虽以调解者的身份讲话，但却没有一句话是责难袁世凯的，而对革命党的报复行动则多所指责，全国总商会发出了和他的想法几乎一样的公开信：“开岁以来，各省商务甫经发动，不意三四月间，谣言四起，险象环生。叠按各省商会函电报告，商货停顿，市面凋零，综计暗中损失不啻恒河沙数，匪徒乘机煽乱，意图劫掠，惊风骇浪，尤以他处为甚。其有谋不轨者，一体严拿，尽快惩治。”在他的眼里，袁世凯才是中国安定、社会发展的动力，革命党人是破坏社会的主谋。
5月下旬，全国商会劝张謇到上海调解日益紧张的局势，袁世凯暗中磨刀霍霍，准备内战，但为了制造假象，麻痹国人，也假意表示希望张謇出面调停，张謇深感此时千钧一发，各方面对自己寄予厚望，于是正式接受调停重任。
但是袁世凯是决心以武力解决的，6月9日，当他做好一切准备后，他首先下令将倾向于武装反抗的江西都督李烈钧免职。这时候的张謇已经通过和国民党谈判，把国民党中的一些请求谈和的条件通知袁世凯：国民党为顾全大局，仍选袁世凯为正式大总统；严禁军人干政，请袁暂不撤换江西、安徽、广东等省国民党都督；宋案依法律解决，并不予深究。
但是袁世凯是不会改变自己的既定方针的。6月14日，他下令撤换广东都督胡汉民；6月30日，下令撤去安徽都督柏文蔚。他还给张謇发电说：“调人络绎，名曰维持；而暴烈进行，仍不住手；无非甘心鄙人，破坏民国。”指责革命党人是破坏民国的祸首。
7月12日，革命党人忍无可忍，发起反击。张謇对此十分愤怒，他7月17日给赵凤昌写信说：“吾两人为人利用，信用失矣。实业生计大受损害，外交亦恐生危阻，殊可痛也。”他还表示“国军”快快消灭“叛军”。7月17日，他又给赵凤昌写信说：“沪上罔死之民之众，损失市产之巨，彼作难者何词以对吾民。南通实业之受损失亦数十万矣。可恨！”他认为民国以来工商业的发展都是袁世凯的功劳，而现在这一切都被革命党人破坏了，实为“可恨！”这年10月，张謇接受了袁世凯的邀请担任了北京政府的农商总长，成为袁世凯所说的“一流人才内阁”中的重要成员。
从1913年10月至1915年11月，张謇在北京政府担任了整整两年的农商总长。任职期间，他希望利用中央政府的力量来推行他的实业救国的方针政策。他制订了《公司保息条例》《公司条例》《公司注册规则》《矿业条例》《矿业注册条例》《商人通例》《商业注册规则》《商会法》《国币条例》《国有荒地承垦条例》《森林法》《狩猎法》等几十个经济法规，尽管有些法规并未完全执行或根本无法执行，但毕竟是中国历史上第一套比较系统的经济法规，而且对于第一次世界大战期间中国民族工商业的空前发展，亦有积极的推动作用和保护作用。在此期间，他还制订了保护民营工商企业的政策，提倡兴办银行，特别注重民营私立银行，利用外资振兴实业。这些政策，因财政困难，没有能完全实施，办中法合资银行，输入外国资金，也因第一次世界大战发生，完全搁浅。张謇初任农商总长时，和其他阁员一样，对袁世凯抱有幻想，然而经过不长的时间，他们就发现情况不妙。
1913年11月4日，袁世凯下令追缴国会中国民党议员的证书，一登上正式大总统的宝座，就下令解散国民党，最终解散国会，张謇等追求民主政治的阁员就感到不寒而栗了。
11月7日，张謇去拜见袁世凯，提出“维持国会”的建议，但是，他不明白，袁世凯要建立专制独裁统治，岂能容忍任何立法、代议机关的存在。尽管进步党忍辱负重，委曲求全，也不能使袁世凯这个铁了心的独裁者心慈手软。1914年2月1日，内阁以总理熊希龄为首的许多阁僚不能忍受，宣布辞职。向来厌于政坛风涛的张謇，这次却没有随同其他人辞职。善始善终，竭尽全力做好每一件事，是张謇的处事原则，他只想振兴经济，发展实业、教育。他就任农商总长不过数月，许多事情才刚刚着手，特别是他梦想多年的导淮工程，现已提上议事日程，二月初，他刚同美国公使签订了“治淮借款条约”，他若辞职，这项借款也就中止了。袁世凯见他心事在此，落得做个顺水人情，将原设导淮总局改为全国水利局，由张謇兼任总裁。
1914年4月，张謇带领从荷兰聘请来的水利工程师贝龙猛一道南行勘察淮河水情与河道。两个月以后，第一次世界大战开始，中法劝业银行所定借款条约中止，美国帮助中国治淮的借款也停止了。张謇的治淮方案只好也暂时搁浅。
夏天，一面是淮河大水滔天、汪洋一片；另一面是袁世凯迫不及待地要黄袍加身，筹安会闹得乌烟瘴气，张謇心急如焚。11月，他正式递上辞呈，没有得到袁世凯的批准。1915年春，袁世凯与日谈判，签订“二十一条”，出卖中国大片利权，对此张謇怒不可遏，再具呈辞职，直到1915年4月，才把辞职书批下来，说可以解除工商部总长和农林部总长之职，至于全国水利局总裁的职务没有提，也不知是同意还是不同意。
同年7月，因张謇尚未辞去全国水利局总裁职务，曾一度入京。当时，袁世凯称帝之声甚嚣尘上，筹安会一些人想拉张謇参加，饱经政海风涛的张謇，眼见这场复辟闹剧要引发一场举国一致的反袁风暴，他断然拒绝与筹安会同上贼船。8月16日，张謇正式辞去全国水利局总裁及参政所有职务，彻底与袁世凯斩断一切联系，退守通海一隅，实现自己的实业之梦。
1916年6月，袁世凯病亡，袁世凯帝制梦破灭。
