鸦片战争以后，许多外国传教士来到中国。他们凭借在不平等条约中取得的特权，强占中国的大量田地、房屋、庙宇，极力扩大教会势力。每当教民与中国的百姓发生矛盾时，教会总是无视中国法律，庇护教民。清政府的地方官也不敢得罪洋教士，经常帮助外国人压迫中国百姓。外国教会与中国百姓之间的矛盾越来越尖锐。
日军与清朝巡捕在安定门外残杀义和团团民1898年，义和团在山东兴起。义和团原名义和拳，本来是山东一带的民间习武组织。随着外国侵略势力的不断加深，义和拳以“扶清灭洋”为口号，发展成了反教会、反侵略的爱国组织。
1899年，义和团首先在山东平原县发动起义。他们在朱红灯的率领下，四处打教会，烧教堂，与同教士狼狈为奸的地方官作对。清政府害怕义和团惹恼了西方列强，连忙命令山东的地方官镇压。山东巡抚毓贤对义和团采取抚剿并施的措施，一边承认义和团是合法的民间组织，一边对义和团进行镇压。
义和团的势力不断壮大。不久，天津、直隶地区也相继爆发了大规模的义和团运动。1900年，山东、河北两省义和团联合起来向北京进军。慈禧太后害怕继续镇压会危及自己的统治，又想利用义和团来对付外国势力，就暂时承认了义和团的合法地位。
义和团的浩大声势震动了西方列强。他们先是逼迫清政府镇压，后来看到清政府无法控制局面，就决定出兵。1900年6月，英、美、德、法、俄、日、意、奥八国组成联合军队向北京进攻。清政府被迫向八国联军宣战。但清政府抗敌决心并不坚定，他们一边听任义和团进攻外国大使馆，一边派人送去粮食和水果慰问使馆中的外国侵略者。由于义和团组织松散，战斗的方式和武器都比较落后，抗击战争终于失败，北京陷落。慈禧太后带着皇帝逃到西安。
为了向列强求和，清政府出卖了义和团。他们宣布义和团是“拳匪”，并任袁世凯为山东巡抚，与外国军队联合绞杀了义和团。1901年，清政府与八国联军签订了《辛丑条约》。从此以后，清政府完全成为帝国主义统治中国的工具。
