在北伐军横扫中原、直逼大都的时候，元军却在因皇位的争夺而忙于内战。待潼关失守，元顺帝才慌忙调集正内战不休的扩廓帖木儿（王保保）、李思齐的队伍，南下迎战。但腐败的元军根本没有战斗力，逢战必溃。元顺帝眼见大势已去，深夜带着后妃和太子狼狈逃往上都（今内蒙古多伦）。第二年八月，徐达统领大军攻进大都，统治中国达97年的元朝政权宣告败亡。
接着，徐达、常遇春乘胜挥兵前进，攻占了北方诸省。洪武四年（公元1371年），朱元璋又遣水陆两军，平定了四川。洪武十五年（公元1382年）平定了云南。洪武二十年（公元1387年），元朝丞相纳哈出降辽东。至此，除漠北新疆外，统一全国的大业已基本实现。
至正二十七年（公元1367年）七月，在朱元璋兴致勃勃地与熊鼎等文臣研究庆典雅乐时，李善长便率群臣上表，劝元璋即皇帝位。朱元璋认为时机尚不成熟，“一统之势未成，四方之途尚便”，而没有采纳。到了十二月，在战场上大局已定时，李善长又率文武百官奉表劝进。朱元璋自谦说：自己“功德浅薄，自愧弗如，还不足以当此造福万民的皇帝重任”，而再一次推辞不就。第二天，李善长再率百官恳请，说道：“殿下谦让之德，已经着于四方，感于神明。愿为生民百姓的利益着想，答应群臣的要求。”朱元璋终于同意登基做皇帝了。
至正二十八年（公元1368年）正月，正当北伐军胜利攻克山东的时候，40岁的朱元璋在文武百官的欢呼声中，于应天正式登上帝位，国号大明，建元洪武，以应天（今南京）为都城。朱元璋立马氏为皇后，长子朱标为皇太子。仍以李善长、徐达为左右丞相。就这样，做过牧童、穷和尚的朱元璋，经过艰苦奋斗，终于成为我国历史上继刘邦之后又一位出身布衣的开国君主。
严刑峻法皇权专制
凡事冷静，是朱元璋成功的一大秘诀。越是打了胜仗，越是办事顺利，他的头脑就越清醒，就越是能从中捕捉到可能发生的隐忧隐患。现在衮冕登极，实现了多年的愿望，他自然处在极度的兴奋当中，不过他很快就从激动的情绪中平静下来。即位第二天，他就告诉身边侍臣，说：“你们知道，创业之初是怎样的困难，而不知道守成会更加困难。”第三天，在奉天殿内外大宴群臣时，他又专门讲了保持忧患意识的重要性，说：“处天下者，当以天下为忧；处一国者，当以一国为忧；处一家者，当以一家为忧。身担天下国家之重，不可顷刻忘却警畏。”
大明王朝建立的前夕，明太祖朱元璋将文武百官请到自己的身边，给大家出了个题目：元朝为什么会迅速土崩瓦解？不久将诞生的新王朝当务之急是什么？请大家各抒己见。高参刘基首先进言：“宋元以来，宽纵日久，当使纪纲整肃，然后才能实施新政。”
朱元璋感到言之有理，也深感大明朝的当务之急，应是制定法律，以法治国。根据朱元璋的命令，法律的制定工作加紧进行，到洪武三十年（公元1397年）正式颁布了几经修改的《大明律》。《大明律》简于《唐律》，严于《宋律》。《大明律》规定“谋反”、“谋大逆”者，不管主、从犯，一律凌迟，祖父、父、子、孙、兄弟及同居的人，只要年满16岁的都要处斩。对官吏贪污，处罚也特别重。犯有贪赃罪的官吏，一经查清，一律发配到北方荒漠中充军。官员若贪污赃银60两以上，将被处枭首示众、剥皮实草之刑。命在各府州县衙门左侧设皮场庙，就是剥皮的刑场，贪官被押到这里，砍下头颅，挂到竿子上示众，再剥下人皮，塞上稻草，摆到衙门公堂旁边，用以警告继任的官员。
朱元璋对自己制定的法律，满怀信心，带头实行，而且执法相当严厉，这在中国古代封建皇帝中是少有的。他的女婿、驸马都尉欧阳伦，凭着自己是马皇后亲生女儿安庆公主的丈夫，不顾朝廷的禁令，向陕西贩运私茶。后来河桥巡检司的一位小吏向朱元璋告发了此事。朱元璋立即下令赐死欧阳伦，同时还发了一通敕令，表扬那位小吏不畏权贵的斗争精神。朱元璋惟一的亲侄、开国功臣朱文正违法乱纪，朱元璋也毫不留情废了他的官职。开国功臣汤和的姑夫自以为有硬邦邦的靠山亲戚，就隐瞒常州的土地，不纳税粮，朱元璋也将他依法处死。
朱元璋当皇帝的30年中，还公开镇压了几起大贪污案，其中最大的是郭桓案。郭桓案发时为户部侍郎，洪武十八年（公元1385年），御史余敏等告发北京承宣布政使司、提刑按察使司的官吏李或、赵全德等人，伙同郭桓等人贪污舞弊，吞盗官粮。朱元璋抓住线索，命令司法部门依法严加追查。这个案子后来又牵连到礼部尚书赵瑁、刑部尚书王惠迪、兵部侍郎王杰、工部侍郎麦志德等高级官员和许多布政使司的官员，贪污盗窃的钱折成粮食达2400多万石。案件查清后，朱元璋下令将赵瑁、王惠迪等人弃尸街头，郭桓等六部侍郎及各地方布政使司以下的官员有上万人被处死，有牵连的官吏几万人被逮捕入狱，严加治罪，各地卷入这个案件的下级官吏、富豪，被抄家处死的不计其数。
为了加强对臣民的监视和控制，朱元璋专门设立了巡检司。当时，全国各府县的关津要冲之地，都由巡检司负责把关盘查，缉捕盗贼，盘诘奸伪。百姓如果要到百里之外去，事先必须办妥路引，否则就通不过关卡。
中国古代政治思想中本来就缺乏人权观念，但故意建立摧残人权制度的，则由朱元璋创始。洪武十五年（公元1382年），朱元璋又正式把自己身边负责警卫事务的亲军都尉府（前身是拱卫司）改为锦衣卫，后来又增设相同性质的“东厂”、“西厂”和“内厂”等非正规的司法系统。这些特务组织最初是负责监视百官动静的，只是负责调查及逮捕谋反妖言大奸大恶之人，后来发展到专门用于迫害在政治斗争中的失败者。这些特务组织相互交错，密如蛛网，遍布全国的各个角落。这样，街头巷尾的一举一动，夫妻吵架和市井打斗，早上发生，晚上就到了皇帝耳中，这是中国前所未有的现象。
朱元璋在位的30多年间，特务多如牛毛，遍布街巷路途，严密监视着朝野内外、文武官员的活动。吏部尚书吴琳已告老回到自己的家乡，但朱元璋对他仍不放心，便派特务到吴琳家乡去侦察其活动。特务来到稻田，只见一个农民模样的老人从小凳上站起来，便上前问道：“这里有个吴尚书吗？”老人回答：“敝人便是。”朱元璋听了特务的这一报告后非常高兴。
大学士宋濂是着名的学者，对朱元璋可谓赤胆忠心，但朱元璋还不放心，经常派特务监视。一次宋濂在家设宴招待客人，第二天朱元璋问他，“昨天请客，喝酒了吗？做的什么菜？”宋濂如实做了回答。朱元璋笑道：“说得对，没骗我。”臣子宋讷一天在家暗生闷气，偷偷监视他的特务竟把他这时的样子画了下来，上报皇上。朱元璋见了宋讷问道：“昨天你在家生什么闷气呀？”宋讷照实做了回答。他吃惊地问朱元璋如何知道此事？朱元璋将画像递给他，他展图一看，方才醒悟，慌忙磕头谢罪。
一次，博士钱宰罢朝回家，在路上信口吟道：“四鼓咚咚起着衣，午门朝见尚嫌迟，何时得遂田园乐，睡到人间饭熟时？”第二天上朝，朱元璋对钱宰说：“昨天做得好诗！不过我并未‘嫌’你啊，改作‘忧’字怎么样？”钱宰一听，连忙跪下叩头，吓得出了一身冷汗。好在朱元璋并不是要追究他的罪责，而是要显示自己的无所不知，钱宰才算没有倒霉。
还有位大臣一日无事，在家与妻妾玩麻将，无意中丢了一张二万，怎么找也找不着。第二天上朝，朱元璋问这个大臣昨天在家干什么，该大臣如实说是在家与妻妾玩牌，请皇帝恕罪。朱元璋听后说：“卿不欺我，朕不怪也。”说完从袖中摸出一张二万扔给了他。
对人权具有同等摧毁功能的还有廷杖，即在大庭广众之下，用木棍打罪犯的屁股。这是一种痛苦难忍的刑罚，受刑人大声哀号，头面撞地，尘土塞满口中，胡须能全被磨脱，情形惨不忍睹，强壮的人可支持八十下，超过一百的往往在杖下毙命，侥幸不死也要割去败肉数碗，医治半年以上。肉体的痛苦也许是次要的，最难医治的还是心灵的创伤，在众目睽睽之下暴露下身并呼天抢地，那是一个有自尊心的人无法接受的羞辱。在廷杖制度下，上自王公大臣，下至平民百姓，没有人能维持人性的尊严。
朱元璋还大肆实行舆论控制，以建立他在人们意识中的崇高地位。在时人看来，朱元璋的出身十分微贱，祖祖辈辈都是替地主干活的农夫，而且朱元璋本人还做过和尚，因此，朱元璋做皇帝，不仅不符合当时的标准，简直对民众是一种污辱。尤其是许多贵族出身的文人，更是看不起朱元璋，至于出来做明朝的官，他们更是不干。对于这部分文人，朱元璋毫不留情。
贵溪儒士夏伯启叔侄俩为了找借口不出来做官，竟把手指截断，朱元璋听说了，就特意把他们召来，当面质问：“过去世道动乱的时候，你们住在哪里？”他们回答说：“红寇窜乱之时，我们住在闽、赣一带。”朱元璋一听，勃然大怒，他起自红巾军，夏伯启竟敢把红巾军称为寇，实是胆大包天，当即下令把他们处死，并命令凡是不听征召，不与政府合作的知识分子，一律杀头抄家。
如果无意当中冒犯了他，甚至被人无中生有地构谄，朱元璋也横加杀害。例如，尉氏县教谕许元作的《万寿贺表》中有“体乾法坤，藻饰太平”之句，其中“法坤”读作“发髡”，即剃去头发，朱元璋怀疑是讽刺自己当过和尚，“藻饰太平”与“早失太平”同音，这位教谕当然也就成了枉死城里的新鬼。怀庆府学训导吕睿作《谢赐马表》中有“送瞻帝扉”，“帝扉”可读作“帝非”，朱元璋也怀疑这是吕睿暗示他不能当皇帝，也将之杀头。亳州训导林云作《谢东宫赐宴笺》中有“式君父以班爵禄”，其中“式君父”可读作“失君父”，祥府县学谕贾翥作《正旦贺表》中有“取法象魏”，其中“取法”可读作“去发”，朱元璋都以为是对自己不敬，均处以死刑。
逢年过节或是谢恩上表，总免不了要写一些歌功颂德的话，谁知这些文人却大遭其殃。最为怪诞的是杭州学府教授徐一夔起草的《贺表》里有“光天之下，天生圣人，为世作则”之句，这本是极尽颂扬的话，谁知朱元璋见了大发其火，他说：“‘生’者，僧也，这是骂我当过和尚；‘光’则秃也，说我是个秃子；‘则’音近贼，是说我当过盗贼。”这位拍马屁拍到驴腚上的教授，只好呜呼哀哉了。在这种严酷的文字狱的统治之下，文人学士只好缩头缩脑，别说高谈阔论，发表什么政治见解，就是平时说话作文，也要小心万分，否则，不知什么时候，横祸就会飞到自己的头上。
朱元璋还建立了八股取士的科举制度，严重束缚了知识分子的灵魂。在明朝以前，官吏虽然得到社会普遍的认同，但有些具有真才实学的诗人、画家、医生是不愿做官的，山林隐士一样得到世人的尊敬。东晋的陶渊明不愿“为五斗米折腰”，挂冠归田，凡是经过九江的社会名流或达官贵人都要去他的草屋登门造访，以表达自己的礼敬。唐代的大诗人李白不愿也不会做官，可全社会的人依然对他敬慕有加，连唐玄宗李隆基也对他表现了极大的尊敬。但自明王朝以后，官本位的思想使得官职的大小成为衡量人才的惟一尺度。
通过科举制度选拔官吏是中国封建社会对人类文明的一大贡献，可到了明王朝科举制度却进入了一个死胡同，成为阻碍社会前进的桎梏。唐宋科举考试范围很广，既有政治策论等从政艺术，也有诗词歌赋等反映人情感、修养的文学艺术，有时还考天文地理历史知识，能够较为公正地衡量一个人的综合素质。明王朝的科举考试则对题材和体式进行了严格的规定，考试范围极为狭窄，只以“四书”“五经”为题材，四书五经又以理学领袖人物朱熹的注解为标准。试卷格式则硬性规定使用八股文。作八股文不能发挥自己的见解，完全不是自己在说话，而是儒家圣人系统在说话。八股文看起来四平八稳，面面俱到，实际上什么都没有触及。它跟代数学上的方程式差不多，只要把圣人系统的言语恰当地代入八股的套路中，便是一篇最好的文章。知识分子所从事的惟一研究工作，是从“四书”“五经”中选出全部可作为考试的题目，请精于此道的八股作家，撰写数百篇八股文，日夜背诵。考试时把切题的一篇照抄一遍，就像赌博时押宝一样，押中时就成为进士，被任命为官员；押不中则落第而归，下次再来。通过这种途径考中的知识分子是难得有真才实学的。知识分子不接触其他任何书籍，甚至连四书五经也不接触，没有自己的思想，更没有自己的情感，不知道人类还有别的知识和别的情操，只知道如何做八股文和如何做官。
明王朝有一项不成文法，非进士出身，不能担任宰相或部长级官员，也就是说只有知识分子才能当大官。科举对知识分子的重要性一目了然，它是知识分子的惟一出路。汉唐王朝还有立功边疆一途，明王朝则没有任何其他机会。明王朝统治阶层即由这类知识分子组成，他们对人的评价，完全以官职为标准，一种遗害无穷的官本位价值观就这样形成了。
