秦始皇采取了两种统一货币的主要途径：一是由国家统一铸币，严惩私人铸币，将货币的制造权掌握在国家手中。二是统一通行两种货币，即上币黄金和下币铜钱。改黄金以“镒”为单位，一镒为二十两。铜钱以“半两”为单位，并明确铸金币明“半两”二字。铜钱造型为圆形方孔，俗称“秦半两”。原来六国通行的珠玉、龟贝、银锡等不得再充当货币，及至秦，中一国之币为二等；黄金以镒名，为上币；铜钱识曰半两，重如其文，为下币。而珠玉、龟贝、银锡之属为器饰宝藏，不为币。
从公元前222年开始，秦始皇开始大幅修筑以国都咸阳为中心，向四面八方延伸出去的驰道，类似现代的高速公路。驰道并实行“车同轨”，均宽五十步。驰道的作用有数项，一说是使交通方便，以利管理六国旧地，一说主要目的为方便北方战争前线的补给，还有一说是方便始皇出巡时能畅通无阻。除秦直道和秦栈道外大多在秦故地与六国旧道以及在秦征伐六国时修建的道路上基础上拓建而成。著名的驰道包括：上郡道、临晋道、东方道、武关道、秦栈道、西方道及秦直道。
秦始皇在扫灭六国后，为方便运送征讨岭南所需的军队和物资，于是命史禄开凿河渠以沟通长江水系的湘江和珠江水系的漓江。运河在最终在始皇二十年至二十三年修成。灵渠是世界上最古老的运河之一，它自贯通后，二千多年来就一直是岭南与中原地区之间的水路交通要道。因此，此项工程在始全国重点文物保护单位之一。
战国时期，各国车辆形制不一。秦始皇统一全国后，定车宽以六尺为制，一车可通行全国。殷商以降，文字逐渐普及。作为官方文字的金文，形制比较一致。但是春秋战国时期的兵器、陶文、帛书、简书等民间文字，则存在着区域中的差异。这种状况妨碍了各地经济、文化的交流，也影响了中央政府政策法令的有效推行。于是，秦统一中原后，秦始皇下令李斯等人进行文字的整理、统一工作。
李斯以战国时候秦人通用的大篆为基础，吸取齐鲁等地通行的蝌蚪文笔划简省的优点，创造出一种形体匀圆齐整、比划简略的新文字，称为“秦篆”，又称“小篆”，作为官方规范文字，同时废除其他异体字。此外，一位叫程邈的衙吏因犯罪被关进云阳的监狱，在坐牢的10年时间里，他对当时字体的演变中已出现的一种变化（后世称为“隶变”），进行总结。此举受到秦始皇的赏识，遂将他释放，还提升为御史，命其“定书”，制定出一种新字体，这便是“隶书”。隶书打破了古体汉字的传统，奠定了楷书的基础，提高了书写效率。
秦始皇下令统一和简化文字，是对我国古代文字发展、演变做了一次总结，也是一次大的文字改革，他对我国文化的发展起了重要作用。
“行同伦”就是端正风俗，建立起统一的伦理道德和行为规范。在这方面，秦王朝也给予相当的重视。比如秦始皇二十八年，秦始皇来到泰山下。这里原是齐国故地，号称“礼仪之邦”。始皇就令人在泰山所刻的石上记下“男女礼顺，慎遵职事，昭隔内外，糜不清净，施于后嗣”（意思：男女之间界限分明，以礼相待，女治内，男治外，各尽其责，从而给后代树立好的榜样），予以表彰。而始皇三十七年在会稽刻石上留的铭文，则对当地盛行的淫泆之风，大加鞭笞，以杀奸夫无罪的条文来矫正吴越地区男女之大防不严的习俗。
焚书坑儒，全面改革
统一天下后，嬴政也知道，靠武力统一的天下并不一定长久。于是，他以秦国制度为蓝本，在政治、经济、文化等领域实行全面改革。自然，确定嬴政的地位和权力成为首要任务。他认为“王”含义狭小，必须更新方可彰显自己的无量功德和人君的至上权威，于是责成群臣议举尊号。群臣和博士认为秦王平定天下，功业空前，远超五帝，鉴于古有三皇而秦皇最贵的传说，建议尊号更为“秦皇”，命为“制”，令为“诏”，自称为“朕”。秦王嬴政觉得自己功兼三皇五帝，决定从“三皇”、“五帝”中各取一字，号为“皇帝”，并批准“制”、“诏”、“朕”作为皇帝专用术语，不许他人染指。不可一世的秦始皇还说：“朕为始皇帝。后世以计数，二世三世至千万世，传之无穷。”可惜得很，秦始皇的理想未能变成现实，秦王朝二世而亡。之后，秦始皇又非分封、置郡县，把天下分为36郡，并在全国范围内建立了一套有利于中央集权和皇帝专制的行政机构。这套制度对国家统一、中央集权和君主专制都起到了重大作用。此后的历代封建王朝都以此为蓝本，加以发展和完善，使中国的封建集权专制成为世界历史上最为完善的封建制度，但正是这样的制度阻碍了中国的发展，在15世纪以后，中国的科技文化水平远远落后于后来居上的欧洲，国门也因此而被西方的坚船利炮打开，使中国人民沦为西方资本主义国家的殖民奴隶。但从另一个意义上来说，是保证了中国在此后两千年的历史中统一的因素占主导地位，即使在长期分裂中，人心也趋向统一。
秦始皇为了维护秦朝的统治，又先后进行了迁富豪、毁兵器、毁城防、筑驰道、订秦律、车同轨、书同文等有利于国家统一的措施，巩固了帝国的统一。
成为皇帝的秦始皇，统治是异常残酷的。他的身世对他后来的统治影响很大。
秦始皇从出生伊始，就作为人质生活在异国他乡，童年时代又是在逃避赵国的追捕中度过。回到秦国成为太子，他的境遇大有改观，一下子从惶惶不可终日的“质子（人质）”成为一人之下，万人之上的太子，其间的世态炎凉、人情世故也只有他自己才能深刻体会。待到熬上秦王之位时，权力又被母亲赵太后和吕不韦所把持，而自己的亲生母亲又与假宦官嫪毐勾搭成奸，还给自己生下了两个同母不同父的弟弟，贵为君王的秦始皇当然不可能忍受这样的耻辱。对于秦始皇而言，他只有采取残酷的镇压政策，才可能以威服众，堵上对他有不敬之词的人的嘴。此后，秦始皇又重用战国末期“法家”的代表人物李斯，其治国思想中多少受到了李斯的影响。而统一天下后，面对六国贵族势力的反扑和民心不一的局面，秦始皇也只有采取残酷的统治措施，才可以巩固自己的统治，使自己一手创立的江山能够千秋万代。
此外，秦始皇毕竟只是凡人一个。在自己创立的帝国面前，秦始皇踌躇满志，不可一世，当然会为自己的丰功伟绩竖碑立传，先后修建了阿房宫和骊山墓等两个庞大工程，又为抵御外族的入侵，巩固边疆的统治而修筑了万里长城。这些庞大的工程耗资巨大，征用的人力物力又太多，自然会引起不堪重负的老百姓的不满，也就给了那些六国遗老们以恢复国土的口实。
春秋战国时期诸子百家的后代士人，也在这时候扑腾起来，对秦始皇大加挞伐。士人的指责，引起了秦始皇的不满。公元前213年，博士淳于越站了出来，他在一次庆祝宴会上重新提出，分封制度不能废除，他认为不按照古代的规矩办事是行不通的。李斯提出了反对意见，说：“现在天下已经安定，法令统一。但是有一批读书人不学现在，却去学古代，对国家大事乱发议论，在百姓中制造混乱。如果不加禁止，会影响朝廷的威信。”李斯又给秦始皇上了一封奏书，建议命令史官将《秦记》以外的史书统统烧毁。除博士官掌管收藏以外，天下所有的《诗》、《书》和诸子百家书籍，一律送到郡中烧毁，有敢谈论《诗》、《书》的人杀头，以古非今的灭族。官吏知情不报同罪。
令下30日不烧即判刑。保存医药、卜筮、和农书不毁。如果有人想学法令，拜官吏为师。“秦始皇批准了李斯的奏书，全国各地便展开了一场大规模的”焚书活动。
焚书并未能封起士人的口。大量焚书，引起不少读书人和方士的不满，他们继续大造舆论，谩骂、攻击秦始皇，说他像一个专职杀人的狱吏，并以处罚削斩人为乐以此逞威，等等。加上秦始皇信神仙家之说，民情怨愤，士人的议论如浪如潮。秦始皇大怒，派御史进行调查。结果犯禁者460余人，秦始皇把他们全部坑埋在骊山深谷。因为其中多为儒生，所以史称“坑儒”。
秦始皇的长子扶苏进谏说：“天下初定，远方的黔首还没有安下心来，诸位先生都诵法孔子，陛下重法绳之，臣恐天下不安。望陛下三思。”秦始皇怒扶苏多嘴，把他轰出咸阳，让他到北边的上郡（今陕西榆林东南）去执行监军任务。
寻找仙药，驾崩沙丘
秦始皇的暴政，引起老百姓的不满。楚地流行着“楚虽三户，亡秦必楚”的歌谣，诅咒秦王朝灭亡。始皇三十六年，东郡（今河南濮阳一带）落下一块陨石，有人在石上刻了一行字：“如皇帝死而地分。”秦始皇知道后，派遣御史追查刻字人，由于无人承认，便把陨石附近的居民全部杀死，然后销毁陨石。
在这样的局面下，秦始皇难免有些害怕起来。他一方面自认为功盖三皇五帝，另一方面又认为自己必须得以长生不老，方可将秦王朝的统治延续下去。所以在他的一生中，秦始皇为了寻求能长生不老的仙药，总是接连不断地出巡。
后来，秦始皇开始了他的最后一次巡游。他从咸阳出发，首先来到南方的云梦（今洪湖、洞庭湖一带），在九疑山祭祀了虞舜。然后顺江东下，由丹阳（今安徽当涂东）登陆，来到钱塘（今浙江杭州），绕道向西120里渡江登上会稽山，在山上祭祀了大禹。祭坛大禹，秦始皇在会稽山刻石留念，然后下山，经吴中（今江苏吴县）北上。秦始皇一行从江乘（今江苏镇江）渡江，一直沿着海边向北，又来到琅邪。他总想能在海边有所收获，遇见仙人或得到仙药，所以一直靠着海岸走，然而仍一无所获。看看求仙无望，便决定返回咸阳。连日的旅途劳累，加上途中遭到张良等人的伏击，心情沮丧，到平原津（今山东平原附近）就病倒了。于是秦始皇和随从一路疾驰，准备赶回咸阳，不料到了沙丘（今河北广宗县西），秦始皇终于病逝。时为始皇三十一年七月。秦始皇在位37年，称王25年，称帝12年，终年50岁。安葬于骊山。
或许秦始皇注定是一名历史上的争议颇多的人物，他的死如他的身世以及此雄才大略，同样引起了后人的争议。目前史学界有两种截然不同的观点，一说死于疾病，一说死于非命。
持第一种观点的人认为，关于秦始皇之死，《史记》记述很多，分别见于《秦始皇本纪》《李斯列传》《蒙恬列传》等处，死因已明，无可置疑。发现了刻有“始皇帝死而地分”的陨石和出言“今年祖龙死”的“仙人”。秦始皇很迷信，这些现象使他感到恐惧不安。为了消灾避难，寻找长生不老药，秦始皇听从了一名相卜者的建议，准备第五次巡游。然而由于一路劳顿，秦始皇到平原津（今山东平原附近）就病倒了。赵高奉命写遗书，给受命监军河套的秦始皇长子扶苏：“与丧命咸阳而葬。”信还未发出，秦始皇就死在沙丘行宫（今河北邢台市广宗附近）。
有的学者认为，秦始皇自幼有疾，所以体质较弱。他勤政，每日批阅文书一百二十斤，工作极度劳累；加以巡游中七月高温，以上诸因素并发，促使他在途中病发身亡。至于他死于何病，有人认为他死于癫痫。癫痫发作一般分四个时期：起初头晕、胃部不适，继尔突然意识丧失，隔肌痉挛，面色青紫、瞳孔散大、呼吸暂停，然后全身肌肉抽动、口吐白沫，最后数十分钟才能清醒。郭沫若根据《史记·秦始皇本纪》记载“秦王为人蜂准，长目，鸷鸟膺，豺声，少恩而虎狼心……”推测秦始皇幼时患有软骨症，时常患着支气管炎，所以他长大后胸部和鸷鸟一样，声音似豺狼，后来由于政务繁重，引发脑膜炎和癫痫等病症。后来秦始皇渡黄河，癫痫病发作，后脑壳撞在青铜冰鉴上，加重了脑膜炎的病情，人处于昏迷状态；当车赶到沙丘后第二天，赵高、李斯发觉秦始皇已死去多时。
持第二种观点的人从几篇有关秦始皇死亡情况的史书推敲，发现了可疑之处。这次出游随从人员主要有赵高、李斯、胡亥等人，上卿蒙毅也在随行之列。蒙毅是蒙恬的亲弟弟，扶苏的亲信，可是当秦始皇在途中病重时，蒙毅被遣返回边关。从突然的人事变动来看，这似乎是赵高等人的计谋。因为蒙恬领兵30万随公子扶苏驻防上郡，从秦始皇的身边遣走蒙毅，也就是去掉了扶苏的耳目；加之赵高曾被蒙毅治罪而判死刑，后因秦始皇赦免，赵高才恢复官爵，赵高从此对蒙毅恨之入骨，发誓要灭掉蒙氏一族。
秦始皇死后，赵高采取了说服胡亥威胁李斯的手法，二人经过一番密谋，假造秦始皇发布诏书，由胡亥继承皇位。同时，还以秦始皇的名义指责扶苏为子不孝、蒙恬为臣不忠，让他们自杀，不得违抗。在得到扶苏自杀的确切消息后，胡亥、赵高、李斯这才命令车队日夜兼程，迅速返回咸阳。为了继续欺骗臣民，车队不敢捷径回咸阳，而是摆出继续出巡的架势，绕道回咸阳。由于暑天高温，秦始皇的尸体已经腐烂发臭。为遮人耳目，胡亥一行命人买了许多咸鱼装在车上，咸鱼的味道掩盖了尸体的腐臭味，迷惑了大家。到了咸阳后，胡亥继位，是为秦二世，赵高任郎中令，李斯依旧做丞相，但是朝廷的大权实际上落到了赵高手中。赵高阴谋得逞以后，开始对身边的人下毒手。他布下陷阱，把李斯逐步逼上死路，李斯发觉赵高阴谋后，就上书告发赵高。秦二世胡亥不仅偏袒赵高，并且将李斯治罪，最后将李斯腰斩于咸阳。赵高升任丞相，由于他可以出入宫禁，特称“中丞相”。
