北周的官制，由宇文泰仿《周礼》制定，既乱且滥。杨坚在参考秦、汉、魏、晋、南朝各朝官制设置的基础上，总结经验教训，建立了三省六部制。所谓三省，包括中央的决策机构内史省，负责起草和颁布皇帝的诏令，头子称内史令；中央的审议机构门下省，负责审察政令，匡正扶危，头子称纳言；中央执行机构尚书省，负责执行政令，头子称尚书令，二把手称仆射。三省互相独立，又互相牵制，共同执行秦汉时丞相的职责，以避免丞相权力过大而危及皇权。这一制度的建立大大削弱丞相的权力，使皇权得到加强。尚书省下设六部，即吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部，分别负责官吏任免考核、户口赋税、礼仪、军政、刑法、工程营建等方面的事务。六部尚书分掌全国政务，这一制度从隋朝建立起，一直延续到清朝末年。
隋建国以前，地方官制极为混乱。580年，北周仍实行州、郡、县三级制，“民少官多，十羊九牧”，造成极大的财政浪费。公元583年，杨坚把东汉以来的州、郡、县三级制，改成州、县两级制（后来隋炀帝改州为郡，实行郡、县两级制）；变地方的三级制为两级制。杨坚废去郡这一级，撤郡五百余，并且合并了不少州县，裁汰了不少冗官。
这种对地方行政机构大刀阔斧地精简，节省了中央经费开支，缓解了人民负担，提高了行政效率，有利于中央对地方的直接控制。两级制也成为后世定式。
北周末年，地方势力长期威胁中央政府。杨坚专权，也引起地方上的武装反抗。
隋朝以前，基本上是地方官就地自聘僚属，就地征用的属吏，基本上是本地豪强。这些人把持地方政权，贪污腐败，鱼肉百姓，极易引起民愤，也不利于中央对地方的控制。杨坚下令规定，所有九品以上的地方官，必须由中央的吏部任免，州县佐官要三年一换，不能连任，所用之人，必须是外州县者，凡本地人一律不得征用。这样，就把地方官用人之权全部收归中央，州县属官回避本州县，又防止了地方政权被当地豪强所把持。这些措施加强了中央对地方的控制。
杨坚还特别重视吏治，奖励良吏，严惩奸吏。汝南大守公孙景茂任职期间廉明清正，注重生产，社会秩序井井有条，隋文帝将他提拔为道州刺史，又将他的事迹颁告天下，供大家学习。杨坚还采取给田养廉的办法，使官吏不搜刮民脂民膏，惩治贪官污吏。同时，杨坚采取严刑，重惩奸吏。他还经常派人侦察全国大小官吏的执政情况，发现罪状便加以严惩。有时他秘密使人给官吏送去贿赂，一旦有官吏受贿，立即处以死刑。杨坚统治时期，大批良吏层出不穷，全国各地社会秩序井然，这与隋文帝这一套吏治手段是分不开的。
公元587年，隋文帝下令废除九品中正制，命令各州选拔人才时，要注重德才兼备，推荐上来的人才当中再以考试加以选拔。九品中正制源于汉末，是曹操“唯才是举”的政策体现，也为曹魏提供了大量人才，但到了曹魏后期，尤其是到了晋朝，九品中正制已不再是选拔真正人才的制度，而是贵族世袭官位的一个桥梁，选拔官职的原则完全看“家世”、“门第”，因而出现了“上品无寒门，下品无士族”的现象，把大批具有才能而出身低微的人排斥在官场之外。
隋文帝非常清楚九品中正制的弊病，因此将其废除，并制定了新的用人政策，他规定每州每年要推荐有才学的贡士三人，其标准是“文章华美”，把德和才结合起来，通过考试的途径来选拔人才担任官吏。到了隋炀帝时，又设立了进士科。进士科的设置，标志着科举制度的创建。
北周的刑律残酷而紊乱，杨坚登基后，马上废除了前朝各种酷刑，以“以轻代重，化死为生”为指导思想，颁布了《开皇律》。此律废除了前代枭首（斩后悬首于木上）、车裂、鞭刑等刑法，除了犯谋反罪，一律不用灭族之刑。《开皇律》的颁布，是中国法律史上的一大进步。
西魏、北周以来的府兵制规定，战士和家室、土地自成一个系统，不受地方州县辖制。隋朝也一直沿用这个府兵制，直到公元590年，杨坚才对府兵制进行了较大改革，将所有军人，户籍全部划入当地州县，土地分配和赋役征收与原来的农民完全一样，只是他们仍有军人的职责，受军府管辖。这种兵归于农、兵农合一的措施既增加了国家的财政收入，又加强了政府对军人的控制；这一制度到唐代仍然沿用。
同时，杨坚为稳固自己的统治，下令除边疆和京师守卫军队以外，其余的兵器等军事装备立即停止制造并且销毁，军人子弟应尽力改从学文，要把尚武之风改变成习文之气。
在进行政治制度改革的同时，杨坚也进行了一系列经济制度的改革。矛头首先对准的，就是原有户籍制度。为逃避国家的赋税、徭役，农民往往虚报年龄，以求躲过纳税年限；豪强地主占有大量依附人口，也想方设法不报户口。为扩大财政来源，公元585年，杨坚采取了“大索貌阅”和“输籍定样”（也称“输籍法”）两项措施，严格核对户口，实行户籍制度。这一年就检查出成丁男子44.3万，并把164万余人编入户籍。
根据人口情况，按最多标准订立缴纳赋税的额度，写成“定簿”。每年正月初五，县令派人检查，重新制定“定簿”，收获后即以此征收。这两项措施使国家掌握的人口剧增，增加了财政收入。
隋朝沿用北魏以来的均田制，每丁受露田八十亩，桑田或麻田二十亩，妇女受露田四十亩。露田在受者死后交还国家，桑田或麻田可传给后代子孙。丁牛一头受田六十亩，一家限牛四头。均田法又规定：京官一至九品都可得到1～5顷的职分田，收入作为俸禄，免官则交出土地；各级行政机构都可耕种一定的土地，称公廨田，其收入作为办公费用。用这种办法节省了大笔财政支出，也就变相增加了国家的实际收入。
均田制给一般农民提供了一定数量的土地，有利于生产力的发展。
与均田密切相关的是租赋的调整。隋文帝接受苏威“轻徭薄赋”的建议，几次下诏减免徭役和租税。租赋一般以床（一夫一妇）为单位，丁男一床，纳租粟三石，即租，桑田调绢一匹（4丈），绵三两，麻田纳布一端（6丈），麻三斤，即调。结婚的单身成年男女可交租调规定的一半。单丁及奴婢缴纳一半租税。成年男子每年为国家服徭役1个月，称“力役”。隋文帝后来又下令减轻租赋徭役，成丁年龄由十八岁提高到二十一岁，减少了三年。每年服役时间由一月减为二十天，调绢由一匹（4丈）减为2丈。
后来又允许五十岁以上的人可以输庸代役，即交纳布帛代替力役，这种办法被后来的唐朝所继承和完善。隋朝的租赋低于以前的朝代。这就调动了农民的生产积极性，大大促进了农业生产。
公元584年，杨坚命建筑家宇文恺率领民工开凿广通渠，以便于把潼关以东地区的粮食、布帛运到首都，也为两岸的土地提供了灌溉条件。
魏晋以后，国家分裂，币制非常混乱，影响着商品交换的发展。杨坚建国后，下令改铸五铢钱，废除其他古币和私人铸币，只准五铢钱流通，又统一了度量衡，有利于工商业的发展。
随着改革的不断深入，隋朝国泰民安，国势蒸蒸日上，而此时与隋南北对峙的是南陈，君臣沆瀣一气，荒淫糜烂，已经是日暮西山。这时的杨坚，已经准备率兵南征，统一全国了。但这时还是出现让他分心的事情，那就是突厥和南梁的残余后梁。杨坚还是先解决了突厥和后梁的问题，这才正式准备伐陈。
公元588年秋，杨坚发兵50余万大军，在东起海滨，西至今四川的绵长战线上，向陈发动大举进攻，次年便将腐朽的南陈皇帝陈叔宝及文武百官俘虏，灭掉南陈，完成统一。
另一面的杨坚
杨坚代周建隋，在政治、经济、军事、文化等领域成功地进行了一系列改革，进而完成全国统一，是历史上不可多得的好皇帝。但杨坚毕竟是个皇帝，也有其他皇帝所具有的缺点，尤其是在取得天下统一后，杨坚逐渐沉醉于自己所取得的伟大功绩，做出了一些较为平庸的事情。
杨坚在建隋称帝后，把自己代周篡位的事情作为教训，在用宗亲、亲信把持大权的同时，对朝廷百官、特别是功勋卓著的文武大臣保持高度的警惕，唯恐他们仿效自己而颠覆杨家的天下。到杨坚晚年，帮助杨坚建立隋朝的功臣，在南征北讨、统一全国的过程中立下汗马功劳的文武大将，以及辅佐杨坚进行一系列改革的朝廷重臣，或遭杀戮，或被废弃，在朝中已所剩无几。
王世积在平尉迟迥和灭陈时，立下许多大功，被封为上柱国。在亲眼看到许多功臣被杀后，王世积从此嗜酒如命，不再参与任何政事。后来，王世积的一个亲信皇甫孝谐犯罪，前来投奔王世积，王世积为了保住自己，没有接受。皇甫孝谐被捕后，为报复王世积，诬陷他谋反，杨坚立即下令处死王世积。
虞庆则在安抚突厥中曾立大功，颇受杨坚赏识，官至尚书右仆射，成为除皇帝外的第二号实权人物。就是这样一个高官，仅仅是在平定李贤叛乱后，回师途中，因为指着一个地方说了一句：“若在这里有一个合适的人驻守，只要有足够的粮食，便难以攻破。”杨坚便以谋反罪杀死了他。
杨坚经常派人四处查访，只要发现稍有过失的人，都要加以重惩。刑部侍郎因迷信穿红裤子有利于升官，上朝时便穿上红裤子，杨坚发现后，理解为辟邪，认为上朝穿辟邪的衣服就是躲避皇帝，马上下令推出去杀头。大理寺丞赵绰提出异议，认为根据法律不该杀头。杨坚说：“你可惜他的生命，难道就不可惜你自己的生命吗？”吓得赵绰不敢再吭声。又有一次，上朝时有个别武官的衣服与佩剑穿戴得不整齐，杨坚认为这是对朝廷的不尊。但他没有直接向武官问罪，而是拿专管弹劾大臣的御史开刀，责备他们为什么没有当场提出弹劾，于是命令杀掉御史。谏议大夫毛思祖出来劝阻，也被当场杀掉。为了禁止官吏受贿，杨坚还想出了歪主意，他派人四处行贿，一旦有人敢接受，马上将他处死。
杨坚非常崇信佛道、符瑞、阴阳五行及各种鬼怪等迷信的东西。本来在北周武帝灭佛之后，佛教在北方已经衰微。结果被迷信的杨坚一套崇佛的措施施行下来，佛教又在北方地区兴盛繁荣起来。他下令原来的和尚、道士重操旧业，听任天下百姓出家做和尚、道士，还在全国范围内按人口征钱，在各地营建佛寺，修塑佛像，缮写佛经。
杨坚不仅提倡佛道，对当时民间流行的各种迷信他都相信，包括山神、土地、河海龙王等，甚至对各种妖怪也不怀疑。杨坚的妻子独孤氏和杨素的妻子郑氏都得了病，御医不知道得的是什么病，又害怕杨坚杀他，于是撒谎说是有人故意利用狐妖作怪，杨坚深信不疑，还对此专门下了诏书：凡有意饲养并利用狐妖等怪物而害人者，一律流放边境。
杨坚自己不学无术，因而看不起咬文嚼字的读书人。杨坚认为文化无用，便认为不需要建立学校。公元601年，杨坚下令全国只保留供王公贵族子弟读书的国子监，废除天下郡县的所有学校。
杨坚还喜欢大兴土木，即位一年之后，他便借口旧长安城规模太小，而且宫中闹鬼，下令在旧城西北修筑大兴城（今西安市），皇宫称大兴宫，主要宫殿称大兴殿。
公元593年，杨坚对大兴城失去了兴趣，便令杨素为总管，宇文恺负责设计，在岐州（今陕西凤翔南）建造了仁寿宫。民夫死者数万人，杨素便把他们埋进了宫殿的地基里。用了整整2年的时间，仁寿宫才在民夫的白骨上面完成。
杨坚的猜疑和严刑，使大批优秀的官吏远离朝廷，迷信佛道又招来许多奸佞小人，大兴土木则苦了老百姓。杨坚的晚年虽然还是隋朝盛世，但潜在的危机已初露端倪。
杨坚属于比较“惧内”的丈夫，对独孤氏皇后一直存在畏惧心理，但他这种畏惧是有原因的。独孤信是北周重臣，杨坚的父亲杨忠追随独孤信起家，从属于独孤氏。杨坚和独孤氏的结合，深受这种关系的影响。杨坚由专权而称帝，独孤氏家族的地位和影响也起到了很大的作用。杨坚称帝后，独孤氏直接参与政事，实际成为皇帝的皇帝，因而宫中把二人合称“二圣”。
独孤氏嫉妒心很强，一般情况下不许杨坚和其他女人接近。虽然当时后宫也有嫔妃数十，但杨坚根本不能与她们亲近。杨坚做皇帝二十余年没有走上荒淫之路，在某种意义上应归功于独孤氏。
杨坚有五个儿子，同出一母，但也未能避免因争夺皇位而相互火并的悲剧。晚年的杨坚也认识到了儿子们的不可靠，对他们猜疑而最后一一将其废为平民。大儿子杨勇本来被立为太子，但因为自己言行不慎，再加上想当皇帝的杨广从中挑拨，杨勇的太子位自然不保，其他三个儿子也因为不同的原因病死或被杨坚废为平民，只有杨广凭借深藏不露的表演得到父母的青睐，成为最后的皇位继承人。但杨坚怎么也想不到，这个平常任孝俭朴、不近声色的杨广到杨坚病重时，会露出其本来面目，调戏杨坚的宠妃陈夫人。因而杨坚大怒，立即派人去招杨勇。杨广听说此事，便派亲信进宫把侍候杨坚的人全部赶出去。杨坚就这样莫名其妙地在当天死去。
