1954年1月25日，时任日本运输省官房长“壶井玄刚”因涉嫌收受山下汽船公司贿赂，并帮助其获得更多“计划造船”订单而被逮捕。2月8日，检方又搜查了日立造船、名村造船等3家企业。2月19日，在委员长田中彰治的推动下，众议院决算委员会决定对森脇将光进行质询，当天来了很多记者和旁听的人，以至于决算委员会所在的日本国会第九委员室外面的走廊上都站满了人。在这次质询中，森脇将一份记录了他所知道的曾在中川餐馆接受航运、造船业宴请的政界要人、开发银行高管名单交给了田中彰治。田中彰治并没有公开这份名单，但却对旁听的记者表示“如果我现在就公布这份名单，吉田内阁说不定现在就会维持不下去”，国内舆论顿时哗然，吉田茂内阁所面临的舆论压力迅速加大。虽也有人认为，田中彰治与反吉田茂的河野一郎关系很好，他这么做有借机打击吉田茂的嫌疑。但无可否认的是，吉田茂内阁与航运、造船业的关系在这次质询后成为国民关注的焦点，特别是法务大臣犬养健，也在这次的质询中被曝曾在“横田爱三郎”遭检方逮捕前两天与其在中川餐馆见过面，面对决算委员们锲而不舍的追问，犬养健给出的解释竟然是“我是去买馒头的”，一时传为笑谈。根据社会党众议院议员佐竹晴记公布的材料，在近8个月时间里，航运、造船企业总共在“中川”搞了近50个宴请，超过600名艺人出席陪酒，被宴请的对象主要就是政治家和对业界有影响的官员。其中，饭野海运做东25次，照国汽船、浦贺船坞做东4次，播磨造船做东3次，日本邮船、日平产业、山下汽船、中央汽船、日本海运等各1次。
2月24日，自由党副干事长、众议院议员有田二郎被检方逮捕。专案组的初步调查表明，同时兼任“名村造船”公司顾问的有田二郎为争取到第九次“计划造船”更多的订单，与该公司员工合谋，向时任运输省官房长官壶井行贿50万日元。2月25日，检察机关强制搜查范围进一步扩大到饭野海运、东西汽船、日本油槽船等8家公司。同日，饭野海运公司副社长“三盃一太郎”等7名相关企业高管被逮捕。3月11日，播磨造船、川崎重工两家公司被检方搜查，饭野海运公司社长“俣野健辅”被逮捕。28日，另一名政界要人，吉田茂的好学生、日后的日本首相——自由党政调会会长池田勇人遭检方传讯。3月17日，照国海运、三菱海运、日东商船等3家公司也被检察机关强制搜查。为了查清造船业行贿案的真相，东京地检特搜部先后进行了200多次入户强制搜查，查扣了大量的证据，以至于原有的证据室都装不下了，只好再临时改造了一间办公室来放置会计账本、银行资金往来明细、名片、高级餐馆的账单等书面证据，约50名检察事务官专门负责对这些证据进行整理、分析，经常是通宵达旦地工作。与特搜部方面的热火向天、干劲十足相反，整个航运、造船业却愁云惨雾、人心惶惶。
在被检方搜查的这些公司里面，川崎重工因为曾经参与过中国高铁项目的竞标而为较多国人所知。确实，作为一个起家于在明治维新时代的企业，川崎重工有着深厚的人脉基础，是日本企业中的“百年老店”。但当时身处风暴眼，更为舆论所关注的反而是另一家国人并不那么熟悉的日本企业——“饭野海运”。这家公司在日本二战投降后不久就“收购”了海军在舞鹤的造船厂，此后不断扩大自身实力。1950年，建造了日本第一艘大型油轮。1951年，面对日本邮船、大阪商船两家公司积极开辟国际定期航路的竞争压力，很快通过运作拿到了日本到北美的航路权。自日本政府实施第五次“计划造船”以来，饭野海运从未空手而归过，每次都能拿到一到两艘大型船只的订单，至第9次计划造船结束时，总共获得了11艘船只的订单，展现出长袖善舞的“人脉背景”。1953年4月，饭野海运公司不论是所拥有的船只数量还是吨位都超过了日本邮船和大阪商船，成为业界的日本第一。饭野海运公司的社长“俣野健辅”与吉田茂的亲信走得很近，实力强加上关系硬，俣野当然也就成为了行业协会“船主协会”和“日本造船协会”中颇具影响力的人物，就连饭野海运的副社长三盃一太郎也成了日本油轮业主协会的会长。有田二郎和饭野海运的正副社长被逮捕后，那些居庙堂之高的政客们开始坐不住了，担心火烧到自己屁股上。
果然，根据三盃一太郎的供述，4月1日，检方又逮捕了众议员冈田五郎、关谷胜利（原运输省政务次长），4月2日逮捕了参议员加藤武德。这三个人全部都隶属于吉田茂领导的自由党。与此同时，运输省那边也没有闲着，紧随官房长官壶井之后“进去”的是主管“计划造船”的海运调整部长国安诚一，海运局监督课长土屋研一等人。当天，东京地检特搜部还对“石川岛重工”公司总部等地进行了强制搜查，并以涉嫌违反“信托责任”的罪名逮捕了石川岛重工社长、日本造船工业协会副会长土光敏夫。4月10日，掌握了确凿证据的检方以涉嫌行贿的名义，逮捕了三菱造船社长、造船工业协会会长丹羽周夫和三井船舶社长、造船工业协会理事一井保造，以涉嫌受贿的名义，逮捕了自由党的“财务总管”桥本明男。同时，以涉嫌行贿的名义，再次申请逮捕饭野海运社长俣野健辅（当时他正因涉嫌违反信托责任被逮捕，处于拘押中）。
经过半年多时间高强度的密集调查取证，专案组初步澄清了航运、造船业的整个行贿链条：为确保第二次利息补助法案能够顺利通过，1950—1953年间，在饭野海运社长俣野健辅的牵头协调下，船主协会、造船工业协会各个成员公司同意新造船只按照每吨100日元的标准募集资金，用以打点运作。本来打算募得2300万日元，但实际所得仅1700万—1800万日元，不足部分最后由饭野海运、日本邮船、大阪商船、三菱造船四家大企业分摊。负责保管资金的饭野海运、山下汽船以账外资金的形式收到其他公司的款项后，由于既无法见光，又想保值增值，才“被迫”将其借给“猪俣功”这样会严守秘密的高利贷业者，没想到却因为高利贷行业的内讧而“翻船”，这正是“机关算尽太聪明，反误了卿卿性命”。
有了钱以后，日本航运、造船业者的代表通过关系介绍，在自由党干事长佐藤荣作家和他见了个面。双方商定，佐藤荣作将协调党内议员立场，确保第二次“利息补贴法案”在国会获得通过。作为“谢礼”，航运、造船企业将联合起来，向自由党“捐款”2000万日元。代为负担其在上次总选举中所欠下的债务，1953年9月，自由党“财务总管”桥本明男亲自操刀接收这2000万日元资金到账。按照自由党党内议事规则，本党向国会提出议案，首先必须要通过政调会、总务会的“审议”，佐藤荣作作为干事长协调党内议员和总务会问题不大，但同样是吉田茂赏识的政调会会长池田勇人，却不一定会买佐藤荣作的账。为避免夜长梦多，日本邮船、大阪商船、三井船舶、饭野海运四家公司也给池田本人“捐款”200万日元。另一方面，对于保守三党的其他两党改进党和分自党，船主协会和造船工业协会也没有忘记打点。通过改进党政策委员会委员长、众议员三浦亿雄的介绍，他们向改进党总裁重光奎“捐款”约300万日元，而“捐”给分自党的数额差不多也是这个数。
五、借助媒体力量，剑指执政党干事长的检方遭遇重挫
面对步步紧逼的东京地检特搜部，自由党方面没有坐以待毙。当调查苗头指向自由党副干事长有田二郎时，执政党的能量就显现过一回。1954年2月16日，东京地检正式提出了逮捕有田的申请，因为当时国会正在开会，接到申请的东京简易裁判所转而征求日本众议院的意见。拥有很多自由党议员的众议院以“23日将审议政府年度预算案，这是一个非常重要的事情”为由，虽然批准了检方提出的逮捕申请，但却下发了一个截至3月3日之前都有效的延期逮捕令。专案组无奈只得服从这一决定，等到24日才逮捕了有田二郎。这为有田赢得了宝贵的一周时间。假如他真的有问题，一个星期的时间完全够他串供和毁灭证据了。有田二郎被逮捕10天后，东京地检又向东京地方裁判所申请延期羁押他，但却被地方裁判所直接驳回。检方好不容易才抓进来的有田二郎3月7日即重获自由，一出来他就向媒体发表声明称“河井信一郎在公报私仇”，坚决否认了检方对自己的所有指控。
面对重重阻力的东京地检特搜部不屈不挠，在有田二郎后又根据“横田笔记”以及“俣野健辅”的供述，对西乡吉之助、松野赖三等数十名议员进行了调查。为对抗来自政界的压力，特搜部还将“横田笔记”的内容披露给了《朝日新闻》。根据媒体的报道，山下汽船的社长横田爱三郎和专务吉田二郎曾先后向30多位政治家行贿，这里面既有一般的议员，也有内阁大臣。其中佐藤荣作收了150万日元，高桥丹三郎收了130万日元，岸信介也收了100万日元。此外，在1952年4月总选举前，还曾经送给鸠山一郎、重光奎、关谷胜利和时任外务大臣冈崎胜男各30万日元，送给林让治、益谷秀次、法务大臣犬养健、运输大臣石井光次各20万日元。这些数字在今天看来也许不算多，但在1954年的日本，一个大学本科毕业生进入银行工作的起薪是5600日元，进入政府部门担任公务员的起薪是5700日元，对比当时的物价和工资水平，成百上千万日元绝对是一个天文数字。日本国民看到政界如此腐败，愤怒之情可想而知。吉田茂领导的自由党虽然是执政党，在众议院也只有199席，在野党社会党左右两派加起来有138席，足够对涉案的保守三党形成牵制。1954年4月14日和17日，检方乘势追击，又两次传讯佐藤荣作，了解有关情况。4月15日，改进党总裁重光奎、顾问三木武夫被检方传讯。4月16日，池田勇人也被检方传讯。同日，检方还以行贿罪的名义逮捕了大阪商船的专务齐藤明。调查进行到这一步，检方已经直接将重点对准了吉田茂的“左膀”佐藤荣作和“右臂”池田勇人。佐藤本人也深知这一点，他曾在日本众议院食堂吃饭的时候对熟人后藤田正晴苦笑着说“再这样下去，我就变成案板上的鲤鱼（任人宰割）啦”。
佐藤和池田，专案组下一步的调查目标应该重点指向谁？在东京地检内部召开的秘密工作研讨会上，发生了激烈的争论。由于池田很快要访问美国，有调查员提出，应该在他的饯别会上将其逮捕；也有调查员认为，应该同时逮捕佐藤荣作和池田勇人。经过长时间的讨论，专案组最终确定，从目前已经掌握的证据出发，先办佐藤，再抓池田。为防止行贿人和受贿人串供，必须赶在饭野海运的俣野健辅羁押期限到期释放前，逮捕佐藤荣作。
逮捕执政党的干事长是一件非同小可的事情，在当时的政治环境中，一旦佐藤荣作被捕，吉田茂内阁垮台的可能性很大。为此，日本的检察机关多次召开了由各方面参加的圆桌会议，对此进行磋商。1954年4月17日（周六）上午11点，第一次检察机关首脑会议召开，日本最高检察厅的检事总长（总检察长）佐藤藤佐，次长检事（副总检察长）岸本义广、刑事部部长市岛成一，东京高等检察厅检事长（检察长）花井忠，次席检事（副检察长）长部谨吾，东京地方检察厅检事正（检察长）马场义続，次席检事（副检察长）田中万一，特搜部部长山本清二郎，主任检事河井信太郎以及来自法务省的事务次官（副部长）清原邦一，刑事局局长井本台吉，刑事课课长长户宽美悉数与会，可以说是汇聚了身处东京的刑事司法方面的精英。当天的会议开了2个小时左右，各方面对是否逮捕佐藤荣作未形成统一意见。佐藤总检察长最后以“检方的侦查还是存在一些不足”为由，决定下周再继续开会磋商此事。
4月18日，专案组继续加紧工作，夯实有关证据。主任检事河井亲自赶到圣路加医院，向在那里卧床治病的日本邮船公司社长浅尾新甫了解取证。个子矮小的佐藤总检察长则在蜂拥而至的记者的注视下从容地往返于自己和犬养健的办公室之间（两人办公室在同一栋大厦内），反复说明检方已经掌握的情况和立场，希望法务省能够采取与检方一致的立场。不久前在国会质询中被发现与横田爱三郎在中川餐馆见面的法务大臣犬养健深知自己处境不妙、必将面临两难抉择，暗中向副总理绪方竹虎提出了辞职的请求，但未获批准。
4月19日上午9时30分左右，佐藤总检察长一到办公室，就发现佐藤荣作的辩护律师——原司法大臣松阪和原总检察长福井，以及俣野健辅的辩护律师——原东京高等检察厅检察长佐藤博三个人在办公室等着他。对于这三位找上门来的“老熟人”，佐藤直接打发他们去找副检察长岸本，自己则继续埋头准备如何说服犬养健。10时一过，佐藤总检察长再次到犬养健的办公室与他商议下一步的对策，参与讨论的还有法务省次官清原、刑事局长井本。在商议中，佐藤明确提出，希望犬养健同意检方逮捕佐藤荣作的口头请求。犬养健既担心拒绝会导致自己名声受损，又担心同意会招致吉田茂和绪方竹虎猛烈反弹，他没有正面回答这一问题，只给了一个模棱两可的答复“兹事体大，应慎重研究后再做结论”。11时，佐藤总检察长回到自己的办公室，向那些等待在这里的部下传达了犬养健的意思，并马上召开新一轮的检察系统首脑会议，讨论是否有必要逮捕佐藤荣作，结果当然还是和以前一样。
下午4点半，锲而不舍的佐藤检察长再次来到犬养健的办公室，向他汇报下午会议的结果，希望其能接受检方的意见，然而，犬养健仍然没有给出明确的答复，只是在会见中表示“还是下次再给结论吧，目前还有一些法律上的问题需要搞清楚”。这里所谓的法律问题，主要是指根据目前已经掌握的证据，最有可能将以“向第三者行贿罪”的名义逮捕佐藤荣作。“向第三者行贿罪”我国刑法中没有，是指公务员或仲裁人在与职务相关的问题上接受请托，不直接收钱而要求请托人向与自己有关系的第三者提供贿赂的行为。该罪名是1941年日本在修订刑法时新增加的。本案中，身为自由党干事长的佐藤荣作肩负着为党内各位议员候选人“找钱”的重任，当日本船主协会和造船工业协会的代表拜倒在他门下，要求帮助运作通过第二次利息补助法案时，佐藤荣作很爽快就答应了。事实上他也做到了，作为对价，佐藤荣作要求这两个协会向自由党暗地里捐献2000万日元的政治献金。佐藤荣作替人消灾，却要求别人向自己所属政党捐钱的行为，属于典型的“向第三者行贿罪”。该罪名司法实践中并不常见，所以犬养健才会以“还存在法律上的问题需要搞清楚”为借口拖延答复检方的请求。
19日晚上，佐藤总检察长和下属们一直在办公室待到晚20点，继续磋商如何说服犬养健。与此同时，犬养健在进行自己的“协调”行动。据说，他本人刚开始是倾向同意逮捕佐藤荣作的，但不知道这样的决定会在内阁中引发什么样的反应，才迟迟没有做决断。为了解最高层的“意思”，19日晚21点左右，犬养健秘密前往内阁副总理大臣绪方竹虎的家中，花了2个多小时汇报有关情况，听取绪方的意见。据说，犬养健本来是希望说服吉田茂接受检方立场的，但吉田茂坚决不同意，甚至以要罢免他任命新的法务大臣作为威胁。在强势的首相面前，犬养健改变了自己最初的立场。
4月20日早上8时20分，犬养健来到首相官邸，与吉田茂和绪方竹虎进行了短时间的会谈。9时，匆匆赶回办公室的犬养健将佐藤总检察长、清原副部长叫来，开了半个小时的闭门会议。会议结束后，佐藤藤佐总检察长召集了第三次检察系统首脑会议，对此问题进行再一次的磋商。很显然，吉田茂和绪方竹虎不同意逮捕佐藤荣作，要求犬养健协调解决这个问题。下午13时30分，佐藤藤佐直接从检察系统首脑会议的会议室去了法务大臣的办公室，再次明确告知犬养健，检察系统首脑会议的结论依然是：必须立即逮捕自由党的干事长佐藤荣作，请求犬养健同意。犬养健依然没有给出明确答复。
从犬养健的办公室出来后，佐藤总检察长希望借力媒体和公众舆论，打破僵局。4月19日，目睹佐藤总检察长穿梭于最高检和法务省之间的记者们已经敏锐地意识到，检方希望逮捕自由党干事长佐藤荣作的传言是真的。20日，在犬养健办公室外的走廊上焦急等待的记者更多了。佐藤总检察长主动开腔，告诉等候记者：“检方的（要求逮捕佐藤荣作）的方针没有改变！”佐藤总检察长的这一声明，实际透露出了吉田茂等自由党高层不希望逮捕佐藤荣作，犬养健受压正在协调检方撤回申请的事实，但同时也表明了检方不妥协的立场。得知此事后，犬养健再次前往首相官邸，与绪方竹虎面谈。
4月20日18时30分，佐藤总检察长第三次前往犬养健的办公室，正式告诉犬养健，检方依然希望能立即逮捕佐藤荣作。晚上20时左右，两头不讨好的犬养健带着清原副部长和井本刑事局长，冒着雷雨再次拜访绪方竹虎，双方谈了2个多小时。22时左右，犬养健回到办公室，随后，清原副部长向依然留在会议室的检察首脑会议成员报告了犬养健与绪方第三次会见的情况。23时30分左右，态度坚决的佐藤总检察长向犬养健提出了要求逮捕佐藤荣作的书面申请。这说明日本检方最终拒绝接受犬养健的“协调”，未改变要求逮捕佐藤荣作的立场。当天，东京地方检察厅马场检察长、田中副检察长两人没有回家，留在佐藤总检察长的房间陪他通宵加班。
4月21日一大早，《朝日新闻》就刊出报道称，“不承认逮捕佐藤（荣作）的决定，法相将行使指挥权”。原来，世上没有不透风的墙，四处打听消息的《朝日新闻》记者从绪方竹虎的一个亲信议员口中得知，昨晚绪方在第三次与犬养健见面时，要求他以法务大臣的身份行使“司法指挥权”，否决检方逮捕佐藤荣作的请求。上午10时，刚刚来到办公室的犬养健把清原、井本两人叫来，共同商定了下一步的具体措施，起草确定了书面的“司法指挥书”。
21日12时20分，法务大臣犬养健将关于“暂缓逮捕佐藤荣作”的“司法指挥书”交给佐藤总检察长。这份“司法指挥书”明确，根据《日本检察厅法》第14条的规定，犬养健决定就是否逮捕佐藤荣作一事行使“指挥监督权”，出于法律方面的考虑（前文已述，佐藤荣作构成的是向第三者行贿罪），同时由于国会正在讨论研究制定两部重要的法律——《日本防卫厅设置法》和《日本自卫队法》，所以命令检方暂缓逮捕佐藤荣作，而且今后对佐藤荣作只能使用“任意搜查”。需要指出的是，在日本，刑事侦查分为两种：“强制搜查”和“任意搜查”。强制搜查是指警方或者检方拥有搜查证，当事人不得阻挡；任意搜查与其字面汉语意思相反，警方或检方非但不能任意地搜查，相反，必须征得被搜查人同意才能进行搜查。既不能逮捕佐藤荣作，又不能在没有征得佐藤荣作本人同意的情况下搜查他的家和办公室，这大大增加了检方的“举证难度”，专案组变成了“被缴械的士兵”。回到最高检察厅后，佐藤藤佐总检察长面容憔悴地向等候在会议室的最高检有关部门领导说明了犬养健的决定。他直截了当地将责任归咎到自己身上，“这一切都是我领导无方（德望不够）所导致的”。从会议室出来，面对新闻媒体记者，佐藤总检察长更是悲愤不已，苦笑着大声说“由于犬养法务大臣史无前例地行使指挥权，给检方今后的调查工作带来了相当大的困难。对（大臣）如此行使指挥权，我个人觉得非常遗憾”，“就好比登山快到山顶时，突然遇到了意想不到的障碍，只好重新选择道路绕过障碍攀登一样”。
21日12时30分，犬养健在自己的办公室召开记者招待会，走廊上的记者都涌进来，闪光灯响个不停。刚刚做出一个艰难决断的犬养健没有如释重负之感，而是面色铁青、一本正经地坐在沙发上，开始“照本宣科”读事先起草好的新闻稿。在场的记者发现，犬养健拿着法务省专用信签纸的左手在不知不觉地颤抖。在笔者看来，身处风暴眼的犬养本人深知，做出“暂缓逮捕佐藤荣作”的决定非但不意味着事情的结束，相反，可能是另外一场风暴的开始，甚至意味着自己政治生命的终结。4月22日，千夫所指的犬养健主动辞职，希望以退为进，缓解国内舆论对自己的不满，日后等待时机东山再起。
六、隶属于行政权力的检察权“先天不足”
在与吉田茂、绪方竹虎和犬养健为代表的行政权力的正面冲突中，佐藤藤佐所代表的检察机关一败涂地。从根本上看，这是因为按照日本的制度设计，检察权本质上隶属于行政权，因此很难与其抗衡。
明治维新期间，日本以欧美，特别是法国和德国为样板，对社会政治制度进行大刀阔斧的近代化。其中，就以法国为样板建立起了近代检察制度。具体来看，1873年（明治6年），明治政府邀请法国巴黎大学教授波阿索那特赴日参加民刑实体法和诉讼法等的法典编纂工作，波阿索那特教授以法国当时的刑事诉讼法为蓝本，制定出《治罪法》。该法1882年1月1日正式施行，其第34条规定：“关于刑事案件，检察官之职权如下：（一）侦查犯罪；（二）请求裁判官做犯罪之调查及法律之适用；（三）指挥裁判所做出的判决或者命令的执行；（四）法庭上保护公益。”第一次在日本确立了近代检察制度的基石——“国家追诉主义”和“起诉独占主义”。
但是，《治罪法》在司法实践中很快就出现了水土不服的情况。一方面，《治罪法》和明治时代的刑事诉讼法采取的都是起诉法定主义，即对符合法定条件的当事人检察官必须起诉，结果导致监狱人满为患。另一方面，由于《治罪法》也全盘照抄了法国关于检察官一般不直接参与案件调查的制度设计，规定由预审法官收集证据，严格限制检察官的侦查职能，规定检察官“不得做勘验之处分，仅止于弄清被告人之姓名、凭证数目，一旦其事查实，便可请求预审或公判”，检察官以司法调查人的身份，对非现行犯罪，以做出调查笔录等方法进行侦查，在当时被视为非法。后果就是现实中出现了“三高”的“病症”，即起诉率、预审免诉率和无罪率都非常高。1896年日本的起诉率是80%、预审免诉率是44%、无罪率7%，这说明，无罪者被起诉的可能性很大，而真正的犯人又往往可能因证据不足而得不到应有的处罚。显然，照搬照抄来的刑事诉讼体制存在问题，需要修正。为此，“最好的学生”日本在不动摇近代检察制度的基石——“国家追诉主义”和“起诉独占主义”的前提下，开始对《治罪法》不断进行修改和完善，以使其能够更好地适应本国国情。
1885年，司法大臣发布了“微罪不检举”的训令，首开日本免予起诉制度的先河。1918年，日本司法部法务局发出指令“凡被疑案件，虽诉讼条件完备，有充分犯罪嫌疑，且犯罪情节并非轻微，但根据嫌疑人的主观情况，在一定期间可暂缓提起公诉，以观察其间之行为。如有违法行为时，则诉诸起诉程序。以此为目的实行不起诉处分”。这实际上在司法实践中确立了检察官享有可以根据情况免予起诉的权力，法学上称为“起诉便宜主义”。1922年，日本颁布的新《刑事诉讼法》第279条规定“根据犯罪嫌疑人之性格、年龄及境遇，犯罪之情节和犯罪后之情况，认为没有必要追诉时，可不提起公诉”，正式确立了“起诉便宜主义”。二战后日本依然坚持“起诉便宜主义”，现行《刑事诉讼法》第248条就明确规定了这一点。
与“起诉便宜主义”相适应，检察官也被赋予了起诉前自主调查嫌疑人和其他涉案人的权力。实践证明，在独立侦查诸如渎职犯罪、公司犯罪、违法选举犯罪等案件中，检察机关的侦查工作更加有效率，往往能够发现一些容易被警方忽略的犯罪事实。数据也能说明问题，1921年，日本的起诉率是为31%，预审免诉率为5%，无罪率为1.6%，“三高”问题得到了有效缓解。
二战结束后，日本开始大量吸收借鉴美国的法律思想。在刑事诉讼程序上，强化了当事人诉讼结构，要求法官审理案件必须遵循“保持中立、排除预断”的原则，预审制度被废除，检察官作为代表国家行使追诉权，全面承担支持公诉的责任，其侦查职能也不断加强。日本现行《检察厅法》（第6条第1款）和《刑事诉讼法》（第191条第1款）赋予了检察机关“对任何犯罪都可以进行侦查”的权力，彻底废除预审制度，赋予检察官的调查笔录与警察的调查笔录完全不同的特殊证据能力。
建立在“国家追诉主义”、“起诉独占主义”和“起诉便宜主义”基础上的日本检察机关的权力比很多国家的检察机关的权力都要大。例如，有的国家虽然也有“起诉便宜主义”的规定，但都是有明确限制条件的例外性规定，原则上还是“起诉法定主义”。而日本的“起诉便宜主义”则是一般性的，只有《日本少年法》第45条第5款等少数例外性规定。我国1979年制定的《刑事诉讼法》也规定检察机关享有免予起诉的权力，但1996年3月通过的《全国人民代表大会关于修改〈中华人民共和国刑事诉讼法〉的决定》废止了免予起诉制度。再比如，日本检察机关的侦查权也比我国要大得多。按照我国《刑事诉讼法》第18条的规定，刑事案件的侦查一般由公安机关负责。只有贪污贿赂犯罪，国家工作人员的渎职犯罪，国家机关工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、报复陷害、非法搜查的侵犯公民人身权利的犯罪以及侵犯公民民主权利的犯罪，才由人民检察院负责侦查。对于国家机关工作人员利用职权实施的其他重大的犯罪案件，经省级以上人民检察院决定，可以由人民检察院立案侦查。可见，我国检察机关则只对特定案件拥有侦查权。
正因为日本的检察机关拥有如此大的权力，立法者担心，一旦其受政治力量的影响，不恰当地使用手中起诉或免予起诉的权力，就可能沦为一派政治力量打击另一派政治力量的工具，最终使民众对日本司法体系失去信心。因此，必须对检察机关施以必要的制约和监督。而且，日本法学界通常认为，尽管检察机关因其所行使的公诉权与审判有直接关联，因此具有与审判机关同样的司法性质，但本质上仍然属于行政权的一部分。按照日本宪法，内阁要就所有的行政事务向国会负责，基于责任与权力对等的原则，也就必须要有内阁成员代表国家最高行政机关对检察事务行使一定的指挥权和监督权。但检察机关同时具备的司法属性又要求其比一般行政机关更为“独立”，法务大臣作为内阁代表对检察机关的指挥和监督必须是有限度、不能妨害检方独立办案的。
