“义和团起山东，不到三月遍地红。”义和团在山东兴起发展，不是偶然的。甲午战争期间，山东民众备受日本侵略者的蹂躏；战后，列强掀起瓜分中国的狂潮，山东又首当其冲，成为英、日、德等强国垂涎欲滴的一块肥肉和反复争夺的战场。到1897年底，德国出兵胶州湾，造成既成事实，迫使清政府出让，遂将胶州湾建成自己的军事基地，将山东划为自己的势力范围。
失去土地的农民
德国人将山东划为自己的殖民地，破坏了远东均势，俄国人不干了，乘机索要与山东半岛隔海相望的旅顺口和大连湾，从而使俄国军事力量能够通过东三省直达太平洋。
俄国人达到了自己的目的，而英国人又觉得吃亏了，觉得远东格局被德国、俄国打破了，于是英国人乘机索要威海卫作为补偿，以此与俄国人抗衡。
威海卫此时尚在日本的占领下，英日两国经过一系列秘密谈判达成谅解，英国人也如愿以偿。
于是，山东在甲午战争后几年间，实际上被这几个帝国主义国家所瓜分占领，山东民众在殖民主义统治下受尽煎熬。
下层民众当然不知道甲午战争对他们来说意味着什么，也不知道这些外国人不远万里来到山东究竟是为了什么，但是他们清楚知道，在经历了这一系列巨变后，他们的生活更加艰难，“集体无意识”促使他们不甘心于中国社会继续沉沦，不甘心于具有悠久历史文化传统的中国就此消亡，当然最不甘心的就是他们的生活水平随着这些外国人的到来逐步下降，甚至到了难以为继濒临死亡的困境，民族主义情绪在山东油然而生。
民间社会的民族主义情绪有着非常具体的政治背景和利益指向。自《马关条约》签订后，中国市场开始向外部世界开放，新兴市场的价格洼地和廉价的劳动力资源、低廉的成本，都在吸引着外国投资者。国际巨资不需要中国提供怎样的实质性担保，它们争先恐后涌入中国，攫取巨额利润。
外国资本潮水般地涌入，促动了中国经济超常规发展，促动了中国经济结构大幅度调整，中国经济获得了空前增长。然而，超常规的经济增长改变了中国的面貌，中心城市开始成型，经济网络开始布局。与此相伴的是，失业人口，特别是随着经济大发展而失去土地的农村人口大幅度增加，相对贫困化和绝对贫困化的人口也都有所增加。日出而作、日落而息的田园生活成为历史的记忆，动荡不安、朝不保夕，成为转型期中国民众必须承受的心理压力。
下层民众并没有上层社会那种“非我族类，其心必异”的心理，他们是最实际的自然人。他们不知道中国向西方学习究竟意味着什么，更不知道中国为什么要走向世界，与世界同步，他们所关心的只是出门七件事，柴米油盐酱醋茶。他们知道几十年前五口通商了，给他们带来了许多洋货和生活上的便利，洋火总比打火石来得方便和实用，洋布总比土布光鲜和耐用，洋油总比松脂光亮和持久。这些变化使他们并不觉得洋人可恶。相反，那些传教士不辞辛苦深入中国内地和边远乡村，为缺医少药愚昧落后的村民带来了外部信息和近代文明，他们对洋人反而有一种不同寻常的亲近感。
然而，甲午战争后随着生活状况日趋恶化，下层民众的民族主义情绪开始滋生蔓延。特别是随着洋货无节制大量输入，近代新式工业自沿江沿海向内地无止境崛起，民间生存状况较之战前进一步恶化。下层民众在将这种责任归罪于政府无能的同时，也感受到可能与那些洋人有关。洋人来之前，他们处在均贫状态，我穷，你也富不到哪里。现在不一样了，最先紧随洋人捞到第一桶金的那些假洋鬼子富裕了，而更多的人则因为跟不上时代步伐而日趋贫困。他们的不满和愤怒于是慢慢对准了传教士和那些所谓“教民”。
就传教士本身来说，他们肩负着传播“福音”的使命。甲午战争前，大多数传教士做了许多有益的慈善、教育普及等工作。但到了甲午战争后，相当一部分传教士已不安心于本职工作，开始直接或间接地为其国家利益服务，违背了其为上帝传播“福音”的原初宗旨。比如被罗马教廷批准归德国保护的圣言会的中国主教安治泰，就是具有浓厚政治偏见和文化偏见的宗教徒。在他的领导下，圣言会不惜与中国传统文化正面冲突，竭力向孔孟故里曲阜、邹城等地扩张，导致山东境内频繁的教案冲突。
面对这些教案冲突，清政府按照传教章程，大都采取保护传教士稍微亏待自己人的策略予以化解，下层民众虽然略有怨言，但也没有办法。在这种情况下，一个本分的传教士应该知足，应该以为上帝服务的精神对待中国所有民众。可是安治泰并不这么想。他认为，中国民众之所以对圣言会抱有某种程度的偏见，是因为圣言会在中国享有的优待不够，于是他通过德国政府向清政府索要官阶，1893年获得了三品顶戴，翌年又获二品顶戴，以此提升自己和圣言会的政治地位。
安治泰如果仅是为了传播宗教而获取政治地位，人们或许还能理解。然而，当中德利益冲突时，安治泰不顾主教的尊严及保持中立的基本原则，这就不能不引起中国人的反感了。1897年底，巨野教案发生后，正在欧洲的安治泰闻讯后立即赶到柏林，急切建议德皇应该利用这个大好机会占据胶州湾，并将此变为德国在远东的一个重要基地。这种具有明显政治色彩的行为显然是以宗教外衣从事政治活动。
像安治泰这样的传教士在当时虽然并不具有普遍意义，但也为数不少。诸如法国传教士樊国梁、美国传教士丁韪良、李佳白等，他们虽然在近代中国社会转型过程中起过相当重要的作用，但当中国政府与西方国家发生冲突或外交紧张时，他们都在某种程度上背弃了宗教，屈从于更现实的政治，都曾向他们自己的国家竭力鼓吹过瓜分中国，要求其政府动手建立自己的侵略基地。在某种程度上可以说，甲午战争后列强在中国争夺租借地、抢占势力范围，企图通过武力或非武力的手段瓜分中国的阴谋，一直有传教士在其间起作用。正是在这样一种背景下，中国人民反对传教士和外国教会的斗争在甲午战后进入新的历史阶段，自然地与反对列强瓜分中国的阴谋紧密结合起来。
甲午战争后真正对中国人生存状况构成重大威胁的，无疑还是经济因素。根据《马关条约》和在此前后中国政府与列强所签订的一系列最惠国利益均沾原则，日本和西方各国大幅度扩大了向中国的资本输出。清政府当时完全可以不必向西方国家借钱偿还日本的战争赔款，可是，西方国家的银行向中国主动放贷，强迫放贷。他们不再像日本那样继续在领土、资源上打主意，而是通过贸易往来攫取利益最大化。
中国尚未充分开发，向中国投资就是一本万利的买卖。《马关条约》将中国大幅度拉入世界一体化轨道。这是一把双刃剑。外国投资为中国经济布局和后来的经济成长做出了贡献，但也彻底破坏了中国自给自足的自然经济。中国农民赖以为生的土地被大规模无限度地征用，修建庞大的铁路网，开发资源丰富的中国矿产，兴建各种各样的新兴新型工厂。这是一场非常奇怪的“羊吃人运动”。中国农民失去土地，一小部分成为城市新兴工业建设的廉价劳动力，但大批失地农民流浪在城市、乡间，他们没有工作，没有收入，可依然要养家糊口。
除此之外，还有大量的兵勇无法安置。甲午战争后，中国步入一个相对和平的发展时期，大量军队被裁减。这些人可不像一般农民那样老实，他们成为后来政治动荡的一个重要因素。
基于直观感受，流民们认为这一切都与洋人大规模进入中国有关。他们不知道中外之间达成的利益补偿原则，不知道外国人建厂房开矿山修铁路征用他们的土地，已经在双边或多边政府协议中达成补偿机制，所有损失都由外国政府外国企业通过贸易或税收的方式补偿给了中国政府中国企业，由中国政府负责这些失地农民的具体补偿。这些农民只知道自己的土地没有了，却没有得到补偿，或者补偿非常少。但作为真正的“弱势群体”，他们没有反抗的办法。他们一方面向外国企业出卖着廉价劳动力，一方面对外国人颇有微词，对于假洋鬼子特别是那些教民，更是不齿乃至痛恨。
他们以为，要想恢复往昔宁静生活，就只有将那些可恶的洋人驱逐出去。这种情绪持续发酵，终于酿成此伏彼起连年不断的教案。仅德国占据胶州湾后一年半，山东省境内因铁路、矿山及教案所引发的外交纠纷就有一千余件。
山东在甲午战争后先是遭受日本人的蹂躏和掠夺，胶州湾事件后又成为德国人的殖民地和势力范围。德国人在山东大肆修筑铁路，开采矿产，抢占强占民房民田，破坏水道坟茔，破坏中国人格外看重的风水。山东人民，尤其是铁路沿线的居民久已不堪忍受德国人。
按照中德双方约定，一旦发生群体性突发事件，应由中国地方官府从重惩办，德国人不得插手，更不得派兵直接镇压。然而由于中国地方官府行政效率太低，这些事件发生后，往往得不到有效控制。地方官府或许也对德国人的蛮横久怀不满，多少有点纵容中国民众的意思，事件往往由小变大，逐步蔓延。久而久之，德国人根本不再顾及之前的约定，一旦某地发生群体性事件，他们往往绕开中国地方官府，第一时间直接派兵镇压。但这并不能从根本上解决问题，反而使对立愈演愈烈。
为了平息中国民众的不满，参与处理纠纷的山东官员也曾向清政府提出过一些建议，希望仍由政府出面协调山东地方与德国殖民当局的关系。租界外发生纠纷，仍应归山东地方官府处理，德国人不能插手和干预。然而这样的建议或不被清政府所重视，或不被德国人所接受，导致矛盾越积越深，终于演化成大规模有组织有计划的武装反抗。
秘密社会悄然复兴
民间秘密结社在中国有着久远的历史传统，最近的源头也要从清初“反清复明”的白莲教算起。
白莲教最早就是净土宗，其始祖也就是净土宗始祖慧远法师。大约东晋时，慧远法师在庐山邀集十八高贤，结社于东林寺，立誓死后往生西方极乐世界。由于他们在立誓处凿石种植白莲花，因而将念佛之地命名为白莲社。名士陶渊明、谢灵运等时来游玩酬唱，东林寺遂成为僧俗雅聚之地。
经过几百年低调的发展，到了南宋，吴郡僧人茅子元在净土结社的基础上创建白莲宗，崇奉阿弥陀佛，“谨葱乳，不杀不饮酒”，因而被称为白莲教，并建立有比较成型的教门，师徒传授，宗门相属。
到了元代，白莲教一度被官方认可，进入发展全盛期。至元末，元朝统治者不顾人民死活，强征民夫堵塞黄河缺口，引发全国规模的白莲教起义。起义军以白莲教明教“弥勒下生，明王出世”的口号，帮助朱元璋夺取了政权，建立了“大明王朝”。
朱元璋当然知道白莲教的厉害，所以他在登基称帝不久就下令禁止白莲教。
奇怪的是，在明朝受到严格压制的白莲教却对明朝抱有不可思议的好感。明亡清兴之后，白莲教长时期倡导“日月复来”，倡导“反清复明”。因此，长时期受到清政府的严厉镇压。不过，这些秘密结社在下层社会盘根错节，世代相沿，拥有不易消除的巨大势力和不易掌握的庞大网络。他们时隐时现，起伏不定。一般来说，在政治统治比较巩固时，人民的利益诉求容易表达，民间秘密结社比较萧条；反之，民间秘密结社就比较活跃。
甲午战争后，各种秘密结社重新活跃。根据不完全统计，自1895—1899年间，在华北地区至少存在着武圣教金、如意教、弥勒教、八卦教、离卦教、黄洋教、在理教以及大刀会、江湖会、仁义会、红枪会、天地会、哥老会和红拳、义和团、梅花拳、六合拳、铁布衫、金钟罩、红灯照、圣贤道、一炷香等。这些教门成员游离于传统农业社会之外，诸如和尚、道士、拳师、术士、游勇、流民等。他们长年浪迹于江湖，见多识广，行踪诡秘，一无所有，勇于反抗，故而往往充当活动的急先锋或组织者。
这些民间秘密结社有着不同的复杂来源，但基本上都与白莲教有或多或少的关联。1899年，吴桥县令劳乃宣根据官方档案文献著有《义和团教门源流考》一书，认定义和团是19世纪初信奉太平盛世说的白莲教中的一个重要教派。这一观点影响很大，许多研究者认定义和团起源与这一以反朝廷为主旨的民间秘密组织有关。不过，后来的研究者并不完全认同这一观点，或以为义和团源于一种由官方提倡和主导以勤王为目的的民团组织，即担负着村庄防卫功能的民团；或以为大刀会和神拳在义和团运动发展过程中扮演着重要角色，但直鲁边界地区的义和团是这次民众运动的主要来源，即义和团运动显然是义和团运动的直接发展；或以为义和团运动的兴起和传播主要是因为鲁西地区特殊的文化环境，最具有核心作用的是其具有标志性仪式，即“刀枪不入”和“降神附体”。这种仪式易于接受，又与华北农村的文化和风俗习惯息息相关。
华北地区的这些秘密结社随着社会人口流动规模扩大和速度加快，逐步走向联合，大致形成以白莲教为主，以金钟罩（大刀会）、义和团（梅花拳）、神拳、红拳等为核心组织的网络架构。至1899年，逐渐归并为以刘士端为首的大刀会，以赵三多为首的梅花拳，以朱红灯为首的神拳等几大教门。这些组织最初并不以政府为斗争目标，而是以杀富济贫、打家劫舍、相互救济、相互保障为特征。他们最初活动于德国人控制比较薄弱的鲁西南以及直隶、山东交界地区，其中，活动最为频繁、影响最大的主要有曹州、单县的大刀会，冠县的义和团，以及茌平、高唐、平原等地的神拳等。
这些组织通过揭帖、坛谕、传言等方式，宣扬民间宗教的所谓“劫变”观念，宣称他们是顺应天意，拯救劫难，有神佛保护的团体，以此作为动员群众、组织群众，扩大影响的手段。他们在习拳练武外，兼习法术，举行各种具有明显荒诞特征的宗教仪式，渲染各种所谓刀枪不入的超自然本领。尽管这些手段在吸引群众、鼓舞士气、提高战斗力方面起过重要作用，但其非理性色彩比较容易受到具有一定文化水平的知识分子的质疑。
政府的态度：有限的镇压
义和团运动在初期，并没有引起清政府重视。他们觉得以强身健体、保家卫国为宗旨的民间秘密结社或许有利用价值，因而坐视这些组织成长壮大。
曹州、单县等地大刀会首领是刘士端，他们以“保卫身家”相号召，秘密反对外国教会。1896年3月，刘士端邀集大刀会众约十万人在山东单县城关火神庙聚会，唱戏四天，以聚会友，展示功夫。他们大多手持红缨枪，公开活动，捏言掐诀，念咒画符，吐火吞剑，排砖排刀，浑身上下无所不排，一夜即成，不畏棒击刀砍，不畏火枪洋炮，故其会众中又有金钟罩、铁布衫、无影鞭等名号。甲午战争后社会秩序比较混乱，农村居民为患盗贼，闻大刀会能避刀枪，可以保身家，于是争相学习，不惜钱钞，富庶之家堕其术者千万户。
刘士端为山东曹县烧饼刘庄人（今属单县），幼年时从白莲教传人赵金环习武，主攻金钟罩。后参与创立大刀会，并逐渐上升为曹县大刀会首领。与刘士端齐名的还有曹得礼，曹家境遇不错，有田数十亩。他们有点像走江湖的艺人，凭借身手吸引群众，并换得生活费用。当然，由于他们常年游走江湖，身上必然存在着浓厚的江湖义气。这种义气在升平时代固然有助于社会稳定和政治统治，而一旦社会动荡时，则不可避免地成为加剧社会动荡的因素之一。
天主教当然不相信大刀会真能刀枪不入，他们指责这些江湖艺人愚昧。大刀会就此与天主教结下梁子，凡天主教堂，大刀会思尽烧毁；天主教人，思尽杀灭。尤有甚者，大刀会聚众数万人，在曹县、城武县、单县、丰县、沛县、萧县、砀山、考城、兰仪等地同时举事，不仅烧毀了一些教堂，还伤害了一些教民。这大概是甲午战争后大刀会起事的开端。
1896年6月，江苏砀山县（今属安徽）刘隄头村教民凭借教会势力无理抢割平民庄稼，双方发生械斗。当地大刀会集合千余人，焚毀刘隄头教堂以示惩罚。邻近数县大刀会众闻讯后群起声援，先后焚毀、捣毀教堂二十余处。刘士端还派单县大刀会会众千余人赶赴江苏助战。他们在山东、江苏交界马良聚集捣毁官署，焚毀教堂。
江苏砀山县大刀会首领庞三杰闻讯后联络山东大刀会以及牛金声（一作尤金声）、彭桂林、韩秉义、陈玉得、刘仲文等首领，率众前往单县及江苏丰县戴套楼等地，找教民复仇，砸毀一些教民家中的家具，焚烧了薛孔楼洋学堂等。此次大规模民教冲突引起清廷注意，清廷谕令两江总督刘坤一、山东巡抚李秉衡各派队伍，速往镇压。
庞三杰起事之初，率众不过四五百人，活动区域主要集中在苏鲁交界马良集等地。刘坤一与李秉衡派出官兵与大刀会在马良集等地鏖战数次，先后杀伤大刀会众八百余人，彭桂林、刘士端、曹得礼等首领先后被捕，残部千余人继续活跃于山东曹州、河南东诸、江苏徐州等三省周边地带。
曹州、单县的大刀会斗争是甲午战争后山东地区第一次规模较大的反教会斗争。这次斗争时间不长，尽管遭到了无情镇压，但它对山东地区正在兴起的反洋教斗争以及义和团运动的进一步展开起到了相当重要影响。
李秉衡在对大刀会进行镇压的同时，也对山东民间结社的兴起高度关切。他一方面看到，这些秘密结社主要是为了对付外国教会的非法行为，当官府的力量不足以制约外国教会的不法行为时，这些秘密结社对于平衡民间社会结构是一种比较有效的组织；另一方面，他也注意到这些秘密结社的前身虽然具有反对清朝统治的性质，但现在已大为改变。他们不再是清朝统治的异己力量，反而成为清政府可以利用的一种民间势力，在与列强进行交涉时，也可以成为一种政治砝码。
基于这种认识，包括李秉衡在内的几任山东巡抚对民间秘密结社进行镇压时就远不如甲午战争前严厉。李秉衡在处理这些事件时，区别会与匪、首与从的关系，对不同成员采取或镇压或安抚的政策。对于那些不愿屈从的“悍匪”，李秉衡进行残酷无情的镇压；对于并无政治主见的一般“会匪”，则采取较为温和的处理措施。其结果，在会者闻朝廷法外之恩，多能洗心革面，重做良民；其顽梗抗拒者，又即迅速捕获，悉以歼除。
李秉衡这种方法在某种程度上使民间秘密结社得到了控制。这既为他的继任者们所仿效，也是清廷在向外国宣战前对付山东、直隶一带义和团的一般方针。
后来接任山东巡抚的毓贤也对民间结社怀有某种好感。在李秉衡、毓贤影响下，山东一些地方官对于当地民众反对教会的斗争尽量予以掩盖；实在掩盖不住，就指责是那些“外来匪徒”假托当地拳会之名而捣乱。这在某种程度上纵容或支持了义和团运动的发生。
与李秉衡“会匪区别”政策相比，毓贤更进一步。他不仅认为应该区分会与匪，而且从根本上否认拳会是反洋教斗争的发起者和组织者。他的目的一是要以镇压“外匪”的名义，把人民自发反对外来侵略的斗争纳入官方许可的轨道；一是避免损伤人民群众反对外国教会势力的热情，并以此来抵制教会势力过分嚣张。
因此，毓贤采取了“惩首解从”的方针，对那些不堪教民欺侮投身拳会进行斗争的平民，毓贤要求分别良莠，悉令解散，反复告诫部署不要因少数人不法行为而扩大打击面，以免事态进一步扩大。显然，毓贤担心如不分别对待，诚恐株累太多；担心老百姓一旦不能忍受，势必铤而走险，溃川决防，不可收拾。
义和团之所以在那么短的时间里迅速发展成长，除了官方纵容、默许、支持外，也与山东地方政府试图将他们“官方化”有关。据记载，1898年6月30日，山东巡抚张汝梅上奏清廷，称正在山东、直隶交界处活跃的义和团实际上是清咸丰、同治年间创立的乡团，建议“化私会为公举，改拳勇为民团”，督饬地方官吏剀切劝谕，严密禁察，将拳民列诸乡团之内，听其自卫身家，守望相助[1]，将民间无序力量纳入官方轨道。
张汝梅的建议得到了清廷默许，于是“改拳勇为民团”成为山东地方当局对待义和团、大刀会的一般方针。至1898年11月，清廷又将这一方针推广到直隶、奉天等地，许多拳会、大刀会会员都被政府强制收编为乡团，使这些民间秘密组织公开化、官方化。
毓贤出任山东巡抚后，继续执行张汝梅这一方针，一方面禁止民间私立大刀会、义和团等名目的拳会，一方面命令地方官员认真稽查，凡属私团，概行收归官办，以杜流弊，并企图以官办方式将这些民间自组织转换成政府能够掌控的力量。
“改拳会为乡团”在最初确实有一定效果，秘密结社在一定程度上有所遏制。然而这一政策的主观目的不是要从根本上消除民间秘密结社，而是期望通过将民间力量整合为政府所能凭借的工具。这一政策必然使民间秘密结社扩大、兴盛。大刀会、义和团、神拳相继兴起，斗争规模越来越大，政府越来越无法控制。
不过必须指出的是，义和团在山东的势力越来越大的另一个原因，是外国势力特别是列强驻北京公使过于偏袒传教士和中国教民，举凡发生民教冲突，公使们就听信传教士一面之词，一味向清政府施压。特别是德国公使，甚至不惜制造谣言以影响舆论。这样一来，中国地方政府理所当然对中国民众产生同情，并对外国势力深恶痛绝，于是矛盾越积越深。这一点诚如山东巡抚张汝梅1898年2月20日致盛宣怀信中所说的那样：在山东境内，中德冲突越演越烈，而我政府迄今并没有引起足够的重视，一味听从德国人摆布。德兵占据胶澳，将及两月。巨野教案一月前早已办结，而德国方面忽借口曹州又有欲杀洋人之事。实际上，据该道府县禀报，全属捕风捉影之谈。简直就是以势相凌，故意与我为难。胶澳为南北洋枢纽，事关全局，如果处理不当，后果不堪设想。
张汝梅建议政府坚持定见，维护中德之间已达成的诸多谅解。他还说，在山东，不仅德国人飞扬跋扈，而且英国人也仗势欺人，无视中国主权与文化传统。如英国传教士至曲阜欲游览文庙，守门者以无人带领相阻，致彼此口角。英领事不明真相，竟相信传教士被戕害的谣言，向清政府提出抗议。似此无中生有，令人应接不暇，交涉何从措手？真令人闷损！
在这样一种委屈心情支配下，怎能指望地方官如列强所期待的那样，不分青红皂白去镇压那些可怜的同胞呢？
李秉衡、张汝梅、毓贤等之所以对大刀会、义和团等民间秘密结社采取有限的镇压政策，除了他们的个人思想认识外，更多是历史条件使然，是清廷在外国教会势力、地方统治势力以及民间势力多种因素中平衡的结果。清政府认为，当外来压迫日益严重时，不妨有限度地利用民间力量予以制衡。毓贤就曾说过：当此时局艰难，外患纷沓之际，当“以固民心为要图”[2]，试图以民间自发力量平衡中外矛盾。
当然，清政府对秘密结社的政策也与当时的外交困境密切相关。1898年秋天以来，光绪帝或许因百日新政的操劳而健康受损，或许因为用人失察而自我反省，总之，无法在皇位上安稳地待下去。1899年底，废帝另立新主或为皇上立储的传言满天飞，列强对光绪帝深表同情，希望清廷不要废黜皇上另立新主。这在清廷看来，无疑是干涉内政。外交胶着由此产生，义和团不期然成了清政府对外斗争的一个武器。
不到三月遍地红
继曹州、单县大刀会起事后，冠县义和团反洋教活动相继展开。冠县反洋教斗争始于梨园屯教案，起因也是民教经济纠纷。
康熙年间，梨园屯士绅李成龙捐出一些土地和闲宅一所，本村富户在李成龙的示范下，也相继捐些土地，兴建了一所义学。后来村民在义学后面兴建了一座玉皇庙，作为本村和四乡敬神赛会场所。
随着传教士东来，先前宁静的梨园屯不再是中国传统神祇的一统天下，至1869年（同治八年），梨园屯的天主教徒已发展到二十余户。他们与村民发生了分歧，先前由大家出资共建的义学、玉皇庙等公有财产都面临着解体与分析的危险。经三街会首、地保及执事人等公议，梨园屯将土地、义学、庙宇按四股均分。非教民分得三股，计坡地三十余亩。教民分得宅院一处，上带破厅房、破西房各三间，大门一座，计宅基地三亩余。
1873年（同治十二年），梨园屯外籍传教士违背总理各国事务衙门传教章程，公然以个人名义在宅地上拆庙堂建教堂，引起村民公愤。村民以三街会首为首，教民以王贵龄为首，互控到县。冠县令韩光鼎以同治八年分单为依据，审断可以在庙宅基地上建立教堂，并将阎立业等人以滋事之由分别责押，以示惩罚，后经保释。
第一次庙堂之争暂时化解，但双方对于玉皇庙地基的归属一直存在很大争议，矛盾不断。1881年2月7日（光绪七年正月初九），梨园屯举行新年玉皇庙会，村民雇得彩船、小戏庆贺。当这些村民拥挤着经过天主教堂时，游人围观，不慎将教堂大门挤开。这是否为村民故意挑衅行为不得而知，但由于民教双方有很深的心结，引发了很大冲突。
教民向教会方面做了夸大性汇报，天主教方济各会山东主教顾立爵要求法国驻华公使出面干涉。在法国驻华公使压力下，总理衙门行文山东巡抚，要求秉公处理梨园屯庙堂纠纷。山东巡抚任道镕经调查禀报，称法国公使所责各节似与原案不符，根据该教堂建有多年的事实，不便骤令搬出，故最后议定先将原宅基归教民“暂行借用”，待教民另买地基建立教堂后，再议归还原宅基地。这是第二次庙堂之争，教民在官府的偏袒下将先前不太合法获得的土地继续占有，这自然使村民不太甘心。
1887年（光绪十三年），传教士费若瑟到梨园屯传教，欲重建教堂房屋。唆使教民王三歪等人拆毀村民公有的庙堂扩展地基，再次激起梨园屯乡民的公愤。梨园屯三街会首左建勋、刘长安、阎立业等集众数百人，手持器械阻止教会建堂，民教冲突一触即发。
为平息事态，民教双方又呈讼到县，请求官府审断。村民方面推举士绅王世昌、刘长安、左建勋等六人赴县呈控。知县何世箴明知教会无理，却不敢触动教会势力，强行压制村民，依然允许教会重新建筑教堂。
何世箴的袒教激起村民激烈反对，村民齐心合力继续公推六位绅士向东昌府控告。不料，东昌府知府洪用舟竟公开表示不敢约束教民，劝告村民忍辱做点牺牲。王世昌等据理力争，洪用舟大怒，遂将六位士绅监禁半年。他们六人打了两年官司，不但没赢，还破财遭禁，故人称“六大冤”。后经十八村梁庄名绅潘光美等出面调停，民教双方都不愿将争讼延续下去，教民王三歪等情愿将教堂所占庙基归于该村为庙，刘长安等亦情愿另购地基为王三歪等新建教堂。知县亦考虑若矛盾太深，难保酿成祸患，既经调停，两方就此完结，期望民教相安。
不过，两年后，争议再起，法国公使依照方济各会山东主教马天恩请求，于1889年10月向总理衙门提出按照同治八年所立地亩分单，同意教会在原庙基上建立教堂。
官府的偏袒深深伤了村民的心，他们由此不再相信官府，觉得只有凭借自己的力量才能保护财产不受侵犯。于是，许多村民在阎书勤、高元祥等人率领下练功习武，期待将来有机会与教会一决胜负。
阎书勤出身贫苦，平时善习红拳，长于刀法，刚直不阿，在远近村民中享有较高威望。高元祥平时疾恶如仇，爱打抱不平，深受村民信任。包括阎书勤、高元祥在内的十八位村民在习武练功的同时不断表示要用武力夺回庙宇，保护村民公产，被村民誉为“十八魁”。此后，该屯乡民纷纷跟随他们习红拳，加入武装护庙行列。与此同时，教会方面为防不测，也派人持枪把守，寻事生非。1892年（光绪十八年），知县何世箴担心事态扩大，亲到梨园屯调解，再次将庙产判归天主教堂。翌年春，教会继续修建教堂，反诬“十八魁”谋反，要求官府予以严惩，甚至开枪射击前来辩论的乡民。阎书勤等人怒不可遏，奋起开枪还击，并把枪械集中在玉皇庙中，准备与教会拼命。
为解决多年来的土地纠纷，至少是为了打击教会的嚣张气焰，阎书勤等人主动与位于直鲁豫三省交界的梅花拳首领赵三多联系，加习梅花拳。
赵三多又名洛珠，字祝三、祝盛，人称赵老祝，威县沙柳寨人，自幼习拳练武，为人仗义豪爽，痛恨洋教势力，是远近闻名的梅花拳第十四代传人，其势力范围遍及冠县、威县一带。
对阎书勤等人盛情相邀，赵三多慨然应允，遂传帖集合直隶威县、曲周、清河、南宫及山东临清、邱县等地拳众三千余人，于1897年3月24日到梨园屯“亮拳”三天，显然是向教会示威。
数千人在小小的梨园屯纷扰三天，难免与教会方面发生争执。第三天，数千拳众在赵三多、阎书勤率领下，向梨园屯玉皇庙教堂工地发起攻击，阻止教堂继续施工，打死教民一人。
纠纷发生后，东昌府知府洪用舟奉旨前往查办调解，并按照一般教案处理原则赔款缉凶，将玉皇庙地产充公。至于教堂建设用地，由官府另行解决。这一方案兼顾了双方利益，尽管对村民来说还是有点不公。
然而到了德国强占胶州湾后，时局动荡，方济各会山东主教马天恩反悔，推翻原议，坚持拆毀庙宇，索讨原基地，致使村民与教会的冲突再次发生。
冲突发生后，东昌知府洪用舟于1898年2月28日率兵勇赴梨园屯镇压，击毙一名拳民，枪伤阎书勤，并将庙宇拆毀，将原基地归还给教会。这引起了当地拳会及村民的严重不满。再加上当时“要来洋兵”的传言，冠县、威县一带拳民迅速集结，并与外地拳会取得了联系，似乎在酝酿更大规模暴动。
洪用舟闻讯后传见赵三多，劝告他不要用梅花拳蛊惑人心，聚众闹事。洪用舟的警告引起了赵三多的警觉，为了梅花拳各支未来前途，于是联合其他拳众，打出“义和团”的名号，由此揭开义和团运动举事序幕。
3月，阎书勤、赵三多以义和团名义传书直隶、山东、河南、江苏等地，呼吁“毁教灭夷”，各地拳会数千人闻讯赶往冠县梨园屯援助，并焚毁附近教堂。新任冠县代理知县曹倜软硬兼施，一面劝谕赵三多“解散徒众”，一面调集马队攻剿坚持斗争的义和团余众[3]。
曹倜的手腕使义和团活动一度消沉，然而法国公使却不满足，一再要求总理衙门威逼山东巡抚严禁拳会，赔偿梨园屯方济各会的损失，并指名索要“十八魁”。7月，山东洋务局与方济各会主教马天恩就教会损失赔偿问题达成妥协，由洋务局赔银两万两，并答应严厉缉拿十八魁。梨园屯教案本可就此了结，然法国公使仍坚持缉拿十八魁之后始能销案。
10月中旬，姚文起以山东巡抚衙门出票缉拿拳民，传帖聚众；又因驻临清小卢防勇至沙柳寨抢夺村民牛肉，与拳民发生冲突，姚文起遂于10月25日与阎书勤等并威县二门拳民至沙柳寨，拥赵三多到冠县蒋家庄。第二天在蒋家庄马场祭旗起义，聚众两千余人用头帕和长靴做标记，主要武器为火枪或长矛，旗号则冠以“扶清灭洋”，公开昌言与列强为敌。拳民们首先攻打了冠县、临清交界的黑刘村教堂和红桃园教堂。队伍随之扩大，活动区域遍及直隶曲周及山东临清、邱县一带，威震四方。
蒋家庄起事后，清政府急电直隶总督裕禄、山东巡抚张汝梅加速镇压。裕禄、张汝梅遂派两队人马分路围剿，擒获义和团早期首领姚洛奇等数十人。义和团受到一定程度打击，部分拳民在赵三多率领下主动北撤，继续进行一些小规模反教会活动。
冠县义和团起事后，邻近的高唐、恩县、茌平、临清、平原一带拳会及其他民间秘密会社也纷纷起事，反教会斗争此起彼伏，声势浩大，逐步形成以朱红灯为首领且具全省规模的义和团。
朱红灯本名或为朱红登，因自称为明朝皇帝朱元璋后裔，故有人称其为朱红灯，或朱逢明，暗示其具有“反清复明”的寓意。朱红灯家无亲属，只身游荡，稍有文化，略通医道。1898年春，因避水灾来到长清县大李庄（今齐河县）舅父家，以卖药行医为生，并兼设神坛练习神拳，招收门徒，似乎也是为了补贴生计。由于朱红灯略通医道，且自称其拳术得自神授，可打击洋教，故其名声越来越大，活动也旁及周边一些地区，追随者越来越多。后来由于受挫于当地民团，转至山东茌平五里庄，遂以茌平为基地，发展组织，训练拳众，从事反教会政治宣传。朱红灯的神拳注意与当地及外地各路神拳联合，在茌平县860个自然村中，几乎村村设有供拳众练拳的专门场所。
1899年9月，平原县杠子李庄神拳与教徒冲突，该县知县蒋楷率官军前往捕拿拳民六人，激起众怒。该庄神拳首领李长水幸得逃脱，遂邀朱红灯相助复仇。仗义行侠的朱红灯义无反顾，慨然答应。10月9日，朱红灯联合高唐、茌平、长清等地拳民数百人前往平原县杠子李庄支援，又传帖邀请附近拳民相聚。由于朱红灯名声太大，平原、恩县拳众及曹州府大刀会会众等先后赶来。
11日，知县蒋楷闻讯率官军数十人前往杠子李庄捕拿。朱红灯闻讯，迅速将旗号并不统一的各路拳民集中改编成“义和团”，竖起“天下义和团兴清灭洋”的旗帜，表明他们尽管受到袒护教会的官军迫害，但他们并不以官军为敌，而是坚持反教会的既定立场。
在朱红灯指挥下，天下义和团“轮伏轮起，轮退轮进”[4]，在杠子李庄大败前来镇压的清军，击毙官兵二名，击伤数人，蒋楷率兵仓皇退出，朱红灯的名声由此更加响亮。朱红灯决定乘胜追击，17日率众攻打恩县刘王庄、庞庄两个教堂，后驻扎于距平原县城十八里的森罗殿。各地拳民陆续前来参加，人数扩大到数千人。
朱红灯起事震动朝野，对义和团原本非常同情的山东巡抚毓贤速派官兵前往镇压。18日，朱红灯的队伍在森罗殿一带受到清军三路围攻，激战数小时，互有伤亡，情形万分危机。
面对险境，朱红灯沉着应战，集中兵力猛攻中路清军。中路清军终于溃退，其他两路清军也不战而逃。朱红灯率领拳民取得了战斗的胜利。
森罗殿战斗在义和团运动史上具有转折意义。通过这次战斗，不仅展示了拳民战斗力量，而且使山东反洋教斗争的各种力量很快集中在以朱红灯为首领的旗帜下，并将各地队伍普遍改称为“义和团”，明确提出“天下义和团兴清灭洋”，使群众性运动变得更加组织化、政治化。
就义和团组织形态而言，它们比较松散，虽然在一些重大战斗战役中能够紧密团结、相互配合，但基本上没有上下级隶属关系。各个自然村设立“坛口”或拳场，由武艺高强、威望较高、入道较早的拳师出任首领。这些人一般被称为大师兄、二师兄等，具有浓厚的宗法社会色彩及秘密结社特征。在各个自然村暨各个坛口拳场上，有时也有几个或几十个坛组成一个总坛，其首领一般被称为“老祖师”。
当义和团发展到直隶后，组织形式变得稍微紧密。他们遇到一些大的战斗或某些特殊需要希望联合时，往往通过揭帖聚合，将几个坛组成一个团，然后以八卦中的某一卦名为团名，比如“乾字团”、“坎字团”等。
