话说司马休之、鲁宗之、韩延之等人之前投奔到后秦，后秦被晋国歼灭后，鲁宗之已死，司马休之等人见机逃到北魏，北魏授予他们官职。没过多久，司马休之也去世了，他的儿子司马文思和鲁轨等人都成了魏朝的臣子。晋廷已派遣琅琊王司马德文和司空王恢之先后赶到洛阳参拜五陵。刘裕想奏请安帝将都城迁回洛阳，王仲德却说将士长年征战在外，极其思念家乡，而且迁都之事不便急于施行，刘裕这才打消念头。晋廷已经加封刘裕为相国，赐给他十个郡县，称他为宋公，并准备了九锡礼，刘裕依然推辞不肯接受。安帝又封他为王，再赏赐十个郡县，刘裕还是上表执意推辞。连番大胜之后，刘裕便谋划着进军西北，统一中原，忽然京都传来急报，说前将军刘穆之因病身亡，刘裕听到后不禁悲痛万分，泪如雨下。
刘穆之是刘裕的心腹大将，自从刘裕西征后，他掌管内外朝政，给在外征战的军队提供物资，决断如流，事无壅滞。刘穆之每天要处理很多事务，常常整间屋子站满人，所有事务经刘穆之目览耳听，手批口酬，很快得到处理。刘穆之平时喜欢结交名人雅士，家中高朋满座，他常对刘裕说道：“我家境贫寒，要供养的人很多，承蒙您善待我，才得到如今的官禄和职位。只是您给我的赏赐太过丰厚，除此之外，我不敢有负于您！”刘裕笑着允诺，始终信任他，从不怀疑他的忠心。刘裕每次外出征战，将国事家事全都委任于他，刘穆之总是尽心尽力报效刘裕。后来，安帝赐给刘裕九锡礼的诏文下达，刘穆之之前没有替刘裕争取，当他听说九锡礼是刘裕授意王弘向晋主要求的，他因此感到惭愧，不久便生病去世。
刘裕失去刘穆之后，便担心府中无主，决定东归。他任命次子刘义真为安西将军，镇守关中，督管雍、梁、秦州的军务。这时，刘义真年仅十三岁，担当不起大事，刘裕任命谘议将军王修为长史，王镇恶为司马，沈田子、毛德祖、傅弘之为参军从事，让他们留在关中辅佐刘义真，自己则率领其余人马返回京都。三秦父老听说刘裕整装欲返，都来到军门前哭请道：“贱民沾不上王侯造化的光，今天又目睹汉人的风采，人人相互道贺。长安十陵（指汉高以下十陵）是您家祖墓，咸阳宫阙是您家旧宅，您还要舍弃这些去往哪里呢？”刘裕也非常伤心，他随即劝慰道：“我奉朝廷之命，不能擅自留守，你们的诚意让我很感动，现在我派儿子刘义真和文武贤才共同守卫这里，你们可以继续平安居住，不会再有别的变动了。”乡亲们这才退去。
沈田子妒忌王镇恶的功劳，他多次向刘裕进言，说王镇恶家住关中，不能轻信于他，后来他又和傅弘之一同进谏刘裕，刘裕答道：“猛兽不如群狐，这是古人名言。如今我把你们十多人留在关中，你们手中的兵马过万，难道还怕一个王镇恶吗？”说完，刘裕便启程出发，从洛阳入黄河，再由汴渠往东返回京都。
当时后秦西北边有一座统万城，是夏王赫连勃勃的根据地。赫连勃勃本来姓刘，他的父亲叫刘卫辰，刘卫辰为北魏所灭，勃勃逃到后秦，秦授封他为安北将军，让他镇守北方。后来秦国与魏国通好，勃勃便背叛秦国，自立为王，称为夏王，他改姓赫连氏，曾多次侵犯后秦的边境。当他听说刘裕到了秦国境内，他便对群臣说道：“刘裕此行必定会攻下关中，但是不能久留，若他派手下将领驻守，那便不是我的对手，我想要夺取关中就很容易了！”于是，勃勃率领兵马占据安定，收降岭北的郡县。刘裕曾寄信给赫连勃勃，与他约定结为兄弟，勃勃只是含糊地答复。此时，刘裕无暇顾及西边，便仓促地回京了。随后，勃勃派遣儿子赫连璝率领两万兵马向南攻打长安，又派前将军赫连昌出兵潼关，长史王买德出兵青泥，自己则亲率大军在后方督战接应。
关中守将沈田子和傅弘之督军出关抗敌，因听闻夏兵气势强盛，便不敢往前，于是退到留回堡，同时派使者去报告王镇恶等人。王镇恶对王修说道：“刘裕将他年幼的儿子托付给我们，我们应该尽力辅佐。现在大敌当前，我们却拥兵不前，这样如何能击退敌人呢？”于是，王镇恶遣回使者，自己亲率军队赶去增援。
沈田子接到使者的回报，他更加怨恨王镇恶，私下编造谣言，说王镇恶想杀尽南人，将刘义真遣送回去，自己占据关中为王。这谣言一传出，此唱彼和，几乎众口同声。只有王镇恶尚未听说，他匆匆赶到留回堡，与沈田子商议军情。沈田子邀请王镇恶来到傅弘之的军营，托言有机密军事商量，他让王镇恶屏退随从，王镇恶不知这当中有诈，便独自来到军营，沈田子的党羽沈敬仁突然带兵杀出来，竟将王镇恶砍死在军帐前。
沈田子声称奉刘裕的密令来诛杀王镇恶。王镇恶原是前秦王猛的孙子，他投靠了刘裕，刘裕与他一见如故，提拔他为参军，后来又升到上将，现在却被沈田子所杀。傅弘之未免害怕，他飞奔告知刘义真，刘义真急召王修过来商量对策。王修保护刘义真披甲登城，又暗中命令亲军埋伏在城外，从容待变。一会儿，他们便看到沈田子率领数十名随从奔驰而来，刘义真命人向沈田子喊话，问他王镇恶被杀一事。沈田子立即下马，他刚说出“镇恶造反”四字，便被埋伏在周围的士兵给擒住。王修指责沈田子擅自杀死大将，命令手下砍下他的首级，又命令将军毛修之取代沈田子担任安西司马，命他和傅弘之等人一同作战。他们在池阳打败赫连璝，随后又带兵攻破寡妇渡，斩获众多敌军，夏军退兵了。
刘裕回来后便镇守彭城，他尚未入朝就听到王镇恶被害的消息，他上表朝廷，请求追封王镇恶为左将军、青州刺史。随后，刘裕任命彭城内史刘遵考为并州刺史，兼任河东太守，出兵镇守蒲阪。刘裕调遣荆州刺史刘道怜为徐、兖二州刺史，调徐州刺史刘义隆出兵镇守荆州，又任命刘彦之、张邵、王昙首、王华等人为参佐。刘义隆年纪还小，荆州事务便全部交由张邵裁决处理。刘裕又当面嘱咐刘义隆道：“王昙首气量宽宏，谋略过人，具备宰相的才能，你若有事便向他请教，就不会误事了。”刘义隆领命离去。
这时，刘裕接到关中急报，夏兵从四处逼近长安城，这事让一向沉稳内敛的刘寄奴也难免惶恐起来。原来刘义真年纪小，喜欢结交一些谗言小人，赏赐也没有节制，王修每次都将赏赐裁减，因此激起众怨，这些人便勾结起来诬陷王修道：“王镇恶想要造反，被沈田子所杀，王修又杀了沈田子，难道他不是想造反吗？”刘义真刚开始不信，但经身边人反复诬陷中伤，最后竟然信以为真。于是，刘义真命令侍卫刘乞带人刺杀王修，王修被刺死后，长安城中人心惶惶。刘义真命令将城门关闭，所有卫兵都入城防守。夏兵又乘机攻打，秦地的百姓和官兵陆续投降，许多郡县都被夏占领。赫连勃勃领兵驻扎咸阳，他截断长安的柴、水之源，刘义真非常恼怒，他急忙派人奏报朝廷，请求支援。刘裕接到报告后，立即派遣辅国将军蒯恩率领军队火速赶去长安，召回刘义真。同时，刘裕指派右司马朱龄石为雍州刺史，命他暂时镇守关中。临行前，刘裕对朱龄石说道：“你到达长安后，立即让刘义真轻装出发，让他出了关外再放慢脚步，如果关右守不住了，你就和义真一起回来吧。”
朱龄石走后，刘裕又派中书侍郎朱超石携带诏书去安抚黄河、洛水一带。蒯恩率先赶到长安，他督促刘义真收拾行装返回京都，刘义真光收拾服饰、古玩等就花了三五天，待朱龄石赶到长安时，他还没有出发。朱龄石再三催促，刘义真才从长安城出发。刘义真的手下又乘机抢夺财物，还强行掳走几名美貌女子，全部载到车上，才慢慢上路。途中听到夏世子赫连璝率领三万大军从后方追杀而来，傅弘之急忙对刘义真说道：“刘公有令，让我们火速出关，现在车上的物品太多，严重拖累行军速度，现在夏兵马上就要追来，请您立即扔掉这些辎重轻装上路，才能避免这场灾祸。”刘义真哪舍得扔下这些宝贝，加上他身边的亲信从旁阻挠，更不愿意听傅弘之的话，依旧缓慢而行。这时，后面突然传来几声胡哨，回头一望，夏兵蜂拥而来，眨眼间就到了身后。傅弘之赶紧让刘义真先走，自己和蒯恩带兵断后，合力阻击夏兵。夏兵先被击退，但他们等傅弘之、蒯恩继续往前赶路时，又悄悄追上来。傅弘之、蒯恩走一程，战一场，一日之内交战多次，累得人仰马翻，根本没有时间休息；再加上刘义真等人还在前面，辎重车走得很缓慢，他们又不好抢到前面行军。他们好不容易到了青泥，天色已晚，斜刺里突然杀出一支敌军，为首的就是夏长史王买德。试想一下，此时的傅弘之、蒯恩还能坚持住吗？傅弘之拼死抵抗，蒯恩也是奋勇格斗，他们被夏兵团团围住。夏兵用箭将二人的坐骑射倒，两人先后被擒，晋兵也无一幸免。还有司马毛修之，他和刘义真在逃跑时走散，此时正在四处寻找刘义真。但是冤家路窄，偏偏让他遇上王买德，也被西夏兵所擒。刘义真躲藏到草丛中，他身边的人都逃散了，辎重物资也失去了，只剩下孤零零一人，非常凄凉。当时天色昏暗，根本看不清路，身边又是成堆的死人，刘义真非常害怕。忽然听到有人喊他的名字，声音听起来非常熟悉，他爬出来一看，原来是参军段宏，顿时喜极而泣。段宏将刘义真绑在后背，骑马飞奔，这才得以逃脱。
赫连勃勃攻入长安城，朱龄石烧毁宫殿后便出城逃往潼关，偏偏被赫连昌截住，进退无路之下，朱龄石只能束手就擒。朱龄石的弟弟朱超石带兵赶往蒲阪探望哥哥，他也被西夏兵抓住，押送到赫连勃勃的军前，两人一同被杀。赫连勃勃听闻傅弘之骁勇善战，便强迫他投降，傅弘之不肯屈服。当时，天气非常寒冷，赫连勃勃命人剥光傅弘之的衣服，把他放在雪窖之中，傅弘之在雪窖中大骂，最后冻死了。随后，赫连勃勃攻入长安，占据关中。
刘裕听说青泥战败后，他不知道儿子刘义真是死是活，便甩起袖子要立即出兵替儿子报仇。谢晦等人极力劝阻，他还是不肯听。这时，正赶上段宏飞马前来禀告，他才知道儿子刘义真已经脱险，登上城楼往北看，感慨地流下泪来。刘义真回到彭城后，刘裕将其被降职为建威将军兼司州刺史，提拔段宏为黄门郎，令他率领太子的右卫队，又命刘遵考东还，令毛德祖接替他驻守虎牢关。这时，刘裕听说赫连勃勃称帝，他也忍不住雄心勃勃，想和赫连勃勃东西对峙，做一个江南天子，晚年娱乐一下。于是，刘裕接受相国之位，也接受宋公的荣封和九锡殊礼，他尊称继母萧氏为宋公太妃，任命长子刘义符为中军将军，辅佐相国府，任命太尉军谘祭酒孔靖为宋国尚书令，青州刺史檀袛为领军将军，左长史王弘为仆射，从事中郎傅亮、蔡廓为侍中，谢晦为右卫将军右长史，郑鲜之为参军，殷景仁为秘书郎。此外，其他部下都依照晋朝制度封官，差不多是晋、宋分邦，彼此互不干涉了。只有孔靖不愿接受任职，他气愤地走了。
刘裕依据谶文，说晋武帝后面还有两个皇帝，安帝继承晋武帝，到此才有一代，好像晋国国祚不至于马上灭亡，应当还有一个末代皇帝。天命不可违，时机难坐待，刘裕想出一个办法，他悄悄派中书侍郎王韶之入京，按计划行事。各位想知道这个计划吗？原来，刘裕命王韶之去京城买通皇宫中的侍从，他想谋逆篡位啦！
琅琊王司马德文是晋安帝母亲的弟弟，从谒陵回到京都。他看到刘裕权势日益强盛，担心刘裕有朝一日会带兵逼宫，因此时常对其严加防范。每日在宫中当值时，他一定小心检查，就连安帝平日吃的食物都要亲自尝过后，才放心给安帝送去，所以王韶之等人无机可乘，安帝得以苟活几天。不料，安帝命数该绝，司马德文好端端的却生病了，他回到宫外的府第居住，这时王韶之便乘机动手，他命令内侍把安帝钳制住，用散开的衣服做成绳结，硬是将安帝勒死。
紧接着，他们便向外散布安帝驾崩的消息，传出遗诏，命令司马德文继承皇位。司马德文明知宫内发生政变，但无奈满朝都是刘裕的爪牙，他一个人势孤力薄没有办法，只好得过且过，暂时登上皇位，史学家称他为晋恭帝。第二年，晋恭帝改年号为元熙，册立王妃褚氏为皇后，依照历朝惯例，大赦天下，加封百官。晋恭帝封刘裕为宋王，又加赐给十郡采邑，此时刘裕便老实接受封赏，又把都城迁到寿阳。后来，刘裕又秘密命令朝臣替他请愿，要求特殊礼遇。恭帝不敢怠慢，又赐命刘裕可以戴王冠，造天子旌旗，出入警戒清道，可以乘坐金根车、驾六马等，晋封王太妃为太后，封刘裕的世子为太子，居然和晋朝没有两样。
就这样过了一年，刘裕已经六十五岁了，他觉得自己来日不多，便急于想要篡位称帝，但他一时不好开口，只能宴请群臣向他们暗示自己的想法。酒喝到半酣时，刘裕才摸着胡须说道：“桓玄叛国篡权，晋朝的国祚已经转移，我刘裕倡议起义出兵，复兴晋国大业，平定四海，功劳显著，才获得九锡爵位。现在我已经年老体迈，享受了很多荣耀和恩宠，感觉内心很不安，想把爵位奉还，回到京师养老去，各位意下如何？”群臣听了这话，都摸不着头脑，只能随口敷衍，争先说着那福寿绵绵的奉承话；但是他们见刘裕脸上毫无喜悦之色，反倒很是惆怅。群臣暗自想了半天，始终不明白刘裕的意思，好不容易挨到日暮撤席，他们便各自散去。
中书令傅亮已经走到门外，他忽然恍然大悟地说道：“我知道了！”于是，他转身再入刘府，见到刘裕便说道：“我将暂时回京。”刘裕不禁点头，面露喜色。傅亮知道自己已猜中刘裕的心思，便立即告辞离开。傅亮走出刘府，抬头望天，他见天空出现一颗明亮的星星，光芒四射，便拍着大腿说道：“我以前不相信天文，如今才知道天象灵验了！”第二天，他便飞马赶往京都。
刘裕自从傅亮走后，他便整天等待消息。过了几天，果然有诏书传来，命刘裕进京辅佐恭帝。刘裕留四儿子刘义康驻守寿阳，任命参军刘湛为长史，管理府中的全部事宜，自己则亲率大军启程前往京都。
刚到京都，傅亮已遍结朝臣，迫使恭帝禅位，并拟好诏书呈给恭帝。恭帝看完后，对左右说道：“桓玄专横跋扈，我晋朝已经失去天下，全赖刘裕才恢复江山，到现在已经二十年了，我早就料到会有今日，甘愿让出皇位。”于是，恭帝提笔写下诏书，命令刘裕受禅。
刘裕得到禅位诏书后，还上表假意谦让，那时晋恭帝已被逼出宫，退居到以前的琅琊王旧府。文武百官送旧君迎新君，一派喜气洋洋，只有秘书监徐广还带有哀伤的神色。刘裕三次上表拒接皇位，太史令骆达收集数十条天文符瑞，作为宋王接受天命的依据。于是，刘裕在南郊筑坛祭告天地，礼毕后回到太极殿接受百官朝贺，下诏大赦天下，改年号晋元熙二年为宋永初元年，封晋恭帝为零陵王，将他迁居到秣陵城，指派将军刘遵考率兵去护卫，这明摆着是管束故主的意思。正是：
洛阳当日归夷虏，江左残邦付贼臣。
剩得秣陵一片土，留埋亡国主人身。
