统一天下后，刘秀总结前朝教训，确立了一套新的治国方略，其核心是好儒任文、以柔治国。
刘秀“未及下车，先访儒雅”，想方设法把一些著名儒学人物拉到自己的身边，封官授爵，以礼相待，使得他身边很快就集中了如范升、陈元、郑兴、杜林、卫宏、刘昆、桓荣等一大批当时的著名学者。
刘秀自己就是一个爱好儒学的人。当朝廷议事结束以后，经常与文武大臣一起讲论儒学经典里的道理，直到半夜才睡觉。刘秀有时亲自主持和裁决当时今文经学和古文经学的争论。自从平息隗嚣、公孙述以后，除非紧急时刻，刘秀从不讲军旅问题。
刘秀为了适应由取天下向守天下转变的这一根本需要，他逐渐改变了官吏队伍的素质和结构，命令多数在战争中凭军功提拔起来的功臣交出手中的权力，各自回到家中养尊处优，用文吏职代功臣。刘秀还大力缩减自汉武帝时以来大为膨胀的官府及吏员设置，合并官府，减少吏员，使费用大为节省，减轻了人民的负担。
刘秀常常显示出一种恢廓大度、平易谦和的气貌。公元29年，割据陇右的隗嚣分别接到公孙述和刘秀的招降信，犹豫未决，就派他的将军马援先后去公孙述的成都和刘秀的洛阳考察。马援到成都，公孙述接见他时戒备森严，而等到了洛阳，刘秀接见马援时，却没有升堂坐垫，只是便衣便服，独自一人接见马援。刚见马援，他就微笑着说：“您遨游在两个皇帝之间，见多识广。今天见到您，我深感惭愧了。”马援见刘秀如此平易谦和，立即叩头说：“当今的局势下，不只是君主在选择臣下，臣下也在选择君主。我现在从远方来，陛下接见我连警卫都没有，就不提防我是间谍刺客吗？”刘秀笑着说：“你不会是刺客，只是个说客罢了。”马援心悦诚服，回去后劝隗嚣归附刘秀。隗嚣不听，他就脱身自己归服。
太原郡(晋阳，在今大原市以南)有很多春秋时期晋国公族的后裔，他们对新的统治者常常保持一种对立情绪，不肯称臣。以至于到刘秀时期，大原仍被称为“难化”之地。刘秀以恢廓大度、平易谦和的姿态，来对待他们，很快就令其心悦诚服。
刘秀在以柔道治理国家后，颁布了一些有利于奴婢的政令。他先后九次发布释放奴婢和禁止残害奴婢的命令。之后，并多次下令免罪徒为庶民，减轻租税徭役，发放赈济，兴修水利，并减四百余县，精简官吏，节省开支，抑制豪强，巩固中央集权。
为了加强皇权，刘秀还颁行图谶，神化皇权。他本来是不相信这些的，但后来发现它确实是支持和维护自己统治的“法宝”，便大肆推行，到了晚年还宣布图谶于天下，作为法定的思想统治工具。
刘秀在位期间，从不放纵奢侈。他不喜饮酒，不喜听音乐，手不持珠玉。刘秀即位后，只有皇后、贵人有爵秩，贵人的待遇只有谷数十斗。此外有美人、官人、才女三等，均无爵秩和规定的待遇。刘秀在世时要建陵墓，特意叮嘱地面不要太大，不要起高坟，低洼处只要做到不积水就可以了，将来要像汉文帝那样，不随葬金宝珠玉。
刘秀对于臣下的歌功颂德阿谀奉承，常能持一种清醒的、有时是厌恶的态度，而表扬一些刚正不阿的官吏。有一次，刘秀外出打猎，直到深夜才回来，他想从洛阳城的东北门进城，结果守门的郅恽拒不开门。刘秀没法，只好转到东城门进了城。第二天郅恽上书批评了刘秀一顿，但刘秀却赏了郅恽100匹布，把掌管东门的人贬为登封县尉。但刘秀毕竟是皇帝，不能容忍有伤尊严的事。大司徒韩歆为人直率，说起话来无所隐讳，刘秀经常对他不满，一次朝会上，韩歆列举大量事实证明要发生饥荒和动乱，言辞激烈，说起话来指天画地。自尊心受到伤害的刘秀气得当即罢了韩歆的官。韩歆回家后，刘秀仍怒气未消，又派人带着他的诏书去谴责他。罢官之后皇帝特诏谴责，这意味着要治死罪。结果是韩歆及其子韩婴被迫自杀。
刘秀对责成的过分行为有所约束，一般能够理智对待。刘秀大姐湖阳公主的奴仆大白天行凶杀人，躲在公主家中，官吏不能捉捕。洛阳县令董宣不能进公主府去搜查，就天天派人在公主府门口守着，只等那个凶手出来。听说公主要出厦门，跟随着她的正是那个杀人凶手。董宣得到了消息，就亲自带衙役赶来，拦住湖阳公主的车。湖阳公主认为董宣触犯了她的尊严，沉下脸来说：“好大胆的洛阳令，竟敢拦阻我的车马？”董宣没有被吓倒，不管公主阻挠，吩咐衙役把凶手逮起来，当场处决。公主立即回宫告到刘秀那里，刘秀大怒，立刻召董宣进宫，吩咐内侍当着湖阳公主的面，责打董宣，想替公主消气。
董宣说：“先别打我，让允许我说一句话。我说完了话，情愿死。”刘秀说：“你想说什么？”董宣说：“陛下是一个中兴的皇帝，应该注重法令。现在陛下让公主放纵奴仆杀人，还能治理天下吗？用不着打，我自杀就是了。”
说罢，他挺起头就向柱子撞去。刘秀连忙吩咐内侍把他拉住，董宣已经撞得血流满面了。刘秀赶紧要小大监抱住。要他给公主叩个头消消气。董宣坚决不叩，刘秀就要人按着脖强叩，董宣就两手撑地，最终也不低头。内侍知道汉光武帝并不想把董宣治罪，可又得给刘秀下个台阶，就大声地说：“回陛下的话，董宣的脖子太硬，摁不下去。”刘秀也只好笑了笑，下命令说：“把这个硬脖子撵出去！”湖阳公主不满地说：“陛下从前做平民的时候，还收留过逃亡的和犯死罪的人，官吏不敢上咱家来搜查。现在做了天子，怎么反而对付不了小小的洛阳令？”刘秀笑着说：“这就是天子与平民百姓不同啊。”刘秀奖励了董宣，给他加了一个“强项令”(意为刚强不肯低头的县令)的美名。
公元57年，文治武功的刘秀终于病逝。
