1965年，出于自身发展的需要，洛克菲勒医学研究所改名为洛克菲勒大学，专授博士学位和提供研究员基金。
普通教育委员会
洛克菲勒的一生，有两个重要的事业，一个是石油，另一个就是慈善。他的一个口袋用来装赚来的钱，另一个口袋则负责将这些钱捐赠出去。在这个只有富人才玩得起的游戏中，洛克菲勒可以说是所有人中得分最高的。
教育是一项影响千百万人并造福人类的事业，洛克菲勒自然也将大量的精力和款项投入这项事业。洛克菲勒在教育方面的捐赠，也成为他慈善事业的支柱部分。
1903年1月12日，经过两年的酝酿筹备，洛克菲勒家族的又一项庞大的慈善事业——普通教育委员会宣告成立了，这个委员会专门协助南方地区的黑人及贫苦的白人求学向上。这个委员会的主要发起人是小洛克菲勒，热情而充满魄力的盖茨依旧是这个委员会积极有力的推动者。不仅如此，具有出色的商业才能的盖茨还深深懂得洛克菲勒在创建石油王国时的那些垄断原则，他认为这些原则也可以用于慈善事业上。在他的积极建议下，洛克菲勒给钢铁大王卡耐基写了一封信，邀请他担任普通教育委员会这个庞大的慈善事业的受托管理人。
最初，洛克菲勒父子和他们的助手只是研究成立某个机构来赞助南方黑人教育，一时却不知从何处下手。后来，小洛克菲勒认识了对南方教育有突出贡献的两个富商加利和奥登，还参加了一次由关心南方教育人士组织的南方之旅。他在南方进行了实地考察，还和这些人士进行讨论，最后商定应该成立一个“普通教育委员会”，请求洛克菲勒出资100万美元，在10年之内改进教育，受益人不受种族、性别和信仰的限制。
很多人对这个委员会的期望很大，希望它能拥有无限制的资金，而且能参与全国各地的各类教育活动。小洛克菲勒的岳父纳尔逊·奥尔德里奇当时是参议院红人，利用这层关系，国会很快就批准了这个委员会的成立，还授予了一切请求的权力，就这样，普通教育委员会成立了。
普通教育委员会一开始成立就成为实施垄断原则的一个实例，它以南方黑人教育为工作对象以洛克菲勒家族的财力为后盾，1904年，在南方教育委员会的支持下成立了联合体。这个联合体包括了已列为美国最早的慈善事业基金范例的“皮博迪-斯莱特基金会”，同时也包括塔斯基吉-汉普顿教育综合组织。
塔斯基吉-汉普顿教育综合组织的势力很快就独霸了南方，而普通教育委员会则又将其活动范围扩大，以至扩大到美国其他大部分地区。
起初，普通教育委员会只是想利用资金去改善落后贫穷地区的学校，但效果不是很理想。因为对南方小学教师的培训一般都低于法定标准，而且南方许多地方没有中学，一些孩子读了几年小学之后，就不得不退学回家了。可是委员会本身没有能力筹集足够的资金去兴建中学、培训师资。于是，委员们想到应该协助当地主管教育人士来改进他们的教育制度。委员会想出一个办法：他们拨出经费让当地专攻中学教育的人士来计划自己子弟的教育计划，适合办学校的地点，怎么开导乡民，怎样获得更多的经费等一切事项都由他们自己决定。这个办法还有另外两个好处，一个是只有当地人士最了解民情及他们的真正需要，另一个是由自己人出面研究执行，不会使当地人产生依赖和自卑的心理。
但是，这个方案不但新颖，而且庞大，所需要的资金高达几百万甚至上千万。普通教育委员会最初的基金是远远不够的。推动这个委员会的盖茨经过认真思考并和小洛克菲勒商量之后，在1905年6月3日，给洛克菲勒写了一封言辞恳切的信：
我同您的这笔巨大的财富每天生活在一起已经有15年了。对于这笔财富，特别是对于如何使用它，我什么都考虑到了。对于偌大的这笔财富的最后归宿这样一个重大问题置之不理，显然是不可能的。
在您的面前有两条道路。一条是您和您的儿女在活着的时候，应当为了人类的利益，以永久性公司形式的慈善事业，将您的财产做最后的安排，否则当现在活着的几个人去世之后，这份财产一定会像其他巨大财产一样，有不可预知的而且恐怕是不祥的可能，完全不知落入谁的手中。
这些基金应该大得谁当其中一笔基金的受托人，他就立刻成为公众瞩目的人物；它们应该大得经管它们就像现在政府的任何职能一样是群众关切、群众质询和群众批评的事情；它们应该大得能引起整个文明世界的关注，就连它们的经管机构也成了全世界最有远见的批评的对象。在这些特殊范围内最有才能的人应当直接或间接地对它们讲话……作为这笔财产的法定继承人，小洛克菲勒也全力支持盖茨的想法。他在给父亲的一封信中这样说道：
盖茨先生给您的信在我看来是一次强有力的、无可置疑的辩论……是对这主题的全面的处理……我十分希望实施这项明智的计划。
不久，洛克菲勒作出了决定，他再追赠给普通教育委员会1000万美元，同时，附上了一封信，指定这笔钱必须用于“一种推进美国高等教育的综合体制”。一年后，他又追加了3200万美元。在大笔基金的支持下，南方的教育很快向前迈进了一大步，在此后的15年时间里，普通教育委员会为南方的黑人和白人学生兴建的中学达1600多所，这些新的中学为学院和大学输送了大批人才。
但是，没有多长时间，普通教育委员会又发现了另外一个问题，即以农业为基础的南方，贫穷落后的经济把许多农村儿童拒之于学校大门之外，所以委员会觉得上述办法还是不完美，应该首先改善南方落后的经济，只有整个物质生活水平提高了，学校的教学水平才能达到应有的效果。
于是，委员会的范围再次扩大到研究如何帮助贫困的农民掌握科学的耕作方法，以提高产量和收入。农夫的生活改善之后，再谈教育。当时南方的贫困状况让人难以想象。衣阿华州的农夫一年平均收入为1000美元，而南方的农夫仅有150美元的收入。在整整调查了一年之后，委员会聘请了农业专家西蒙·克那普博士研究示范耕作，克那普博士非常赞成委员会的设想，并协助其实现。
当时，克那普正在农业部工作，便将整个计划呈送农业部，农业部对此表示了大力的支持，克那普和委员会所派出的有经验的专家以及农夫从一个地方跑到另一个地方，在每一个地区对本地的乡民示范耕种方法，指导他们如何使每英亩的棉花产量增加一倍，甚至两倍。
农业部不参与实际工作，只是派遣专家进行指点。这种方法很有效，再加上洛克菲勒在经费上不断地资助，南方很快就从中获利了，农夫们也大受鼓励，很自然地就接受了它。这种行之有效的自助政策很快就推广到其他地方，成为美国科学耕作的真正开端。
南方受益的除了得克萨斯州以外，还有路易斯安那州、阿肯色州、密西西比州、阿拉巴马州、弗吉尼亚州、佐治亚州，以及北部的缅因州和新罕布什尔州，都得到了普通教育委员会的援助。根据农业部的资料统计，当时南方生产棉花的各州，在这个方法的帮助下农作物产量的确增长不少，完全可以自给自足，农民的生活水平极大地改善了。1911年，克那普博士去世，普通教育委员会对于南方农业的示范工作也逐渐减少了，由农业部接管。这是普通教育委员会第一阶段取得的成效。
普通教育委员会第二阶段的主要任务就是改进高等教育。通过和许多高等院校接触后，盖茨认为，当时的高等院校分散，水平很低，需要彻底改进，于是他再次建议洛克菲勒家族资助这项工作。洛克菲勒经考虑后答应支持他，但有两个前提条件：一是被资助的院校要改进它的计划和财务行政；二是要争取当地其他人士的支持。于是洛克菲勒又拿出成千上万的资金，以改良美国的高等教育。在经过认真考察之后，委员会向134所院校捐助了2000万美元以上，而这些院校又另外募集到了7600多万美元。这些资金，除了校方的用度外，还从中拨出一部分专门用于提高教职员的薪金，改善教师生活，间接地提高了教师的素质。除此之外，委员会还建议改进院校的教育设施。
第三阶段就是提高医学院的水平，普通教育委员会把洛克菲勒医学研究所对医学方面的关注和自身对教育方面的关注结合在一起，来推动这项工作。委员会计划设立有示范性质的高等医学院，这类医学院有自己的医院、诊所、检验部门等配套设施。洛克菲勒父子再次表示同意又拿出2000多万美元支持这个计划。委员会对已经成立的约翰·霍普金斯大学、耶鲁大学、圣路易斯的华盛顿医学院进行了进一步改进，还在芝加哥大学、哥伦比亚大学、罗吉斯大学及艾奥瓦大学设立了医学院，洛克菲勒对医学教育事业的这笔捐款，帮助了20多所高等院校的建设。
但是，也有很多教育者对普通教育委员会持批评态度，他们认为委员会给他们造成了一定的压力。他们经常要参与学校的查账、方针等行政方面的工作，这给学校带来了很多不便。于是，1920年，委员会改变了方针，决定不再频繁地过问学校的行政事务，而只是在捐献基金的时候对款项的用途和原则进行说明，其余的则由学校自己做主。从此，学术界没有人再去批评洛克菲勒了。
据后来统计，洛克菲勒前后共捐赠给普通教育委员会1.2亿多美元。他很高兴这样做，而他的这一善举，也引来了社会上无数人效仿，更多有实力的人跟着他一起捐款，用他自己的话说就是：“如果联合起来经营事业有成效，可以节省资金并获得更好的效果，那么何乐而不为呢？”
盖茨提倡的垄断和联合的原则已经被洛克菲勒接受了。而且，洛克菲勒还比较满意，因为所有这些捐赠行为都取得了一定的成绩，影响也非常好，这使洛克菲勒从公众舆论的阴影中解脱出来，人们对他的印象已经在不经意间发生了改变。
洛克菲勒还有一项慈善事业，那就是成立了洛克菲勒卫生委员会，这项事业可以说是非常富有戏剧性。
1908年，西奥多·罗斯福总统在位，美国南方的人民生活普遍非常清苦，一大批人患有一种严重的传染病——钩虫病。美国公共卫生署的一个名叫查尔斯·斯蒂尔斯的大夫在这种传染病方面有着多年的研究，他认为这种病的危害很大，南方各州棉花工厂中的工人大部分都有嗜睡症，就是由这种钩虫病引起的，而且有几百万人曾受这种病的影响。因此，他呼吁人们，要对这种病加以重视，不过，他的呼吁收效甚微。
一次，在普通教育委员会就职的沃尔特·佩奇先生参加一个访问南方的考察团时，查尔斯·斯蒂尔斯大夫和他同行。在南方的一个火车站，佩奇发现一个人的肚子鼓得大大的，既可怕却又可怜，脸上一副痛苦的表情。斯蒂尔斯告诉他，这个人是“食土病患者”，这种病就是因为传染钩虫病才得的。
这种病引起了佩奇的关注，就询问斯蒂尔斯是怎么回事。
斯蒂尔斯向佩奇解释说，这种钩虫很小，只有1／3英寸长。当一个人光着脚在肮脏的地面上行走时，它就会通过人的脚底而进入人体，在小肠内寄生，可以孵出几千枚卵，还能放出毒液，从而使人体衰弱。
佩奇再次询问目前是否有治疗的办法，斯蒂尔斯告诉他，其实要治疗这种病很简单，只需要几剂麝香草酚，让钩虫将其钩子松开，然后服用泻药泻几天，钩虫就会被打下来了。之后，这个人就好了，治疗这种病只需要50美分。但如果大范围地治疗则需要很多钱。
南方人因为贫困，无钱医治，得病了只能忍着。佩奇看到患者如此痛苦，决定要利用普通教育委员会的力量来帮助他们。他一返回北方，就立即向委员会作了报告。盖茨看完报告后，与洛克菲勒医学研究所的弗莱克斯纳商量了一番。然后，盖茨又跑到洛克菲勒的住处，将这一情况向他作了汇报。洛克菲勒当即同意拿出100万美元支持这项工作。很快，1909年，洛克菲勒卫生委员会成立了。
委员会的主要工作就是改善南方黑人的卫生环境，对那些患有钩虫病的人给予免费医治。在洛克菲勒卫生委员会的帮助下，这种病的防治取得了很大的进展。1913年，大约有90万人接受了检查，50万名传染者接受了治疗。到1927年，已经被治愈的人达70万。很快，钩虫病就得到了控制，直至最后消失。卫生委员会也渐渐合并到洛克菲勒的其他机构中了。
这项工作取得的辉煌成就让洛克菲勒受益匪浅，人们对他的态度再次发生了改变。洛克菲勒在退休后，对南方贫苦大众，特别是黑人，确实有着不可磨灭的贡献。
洛克菲勒基金会
客观地说，洛克菲勒前面的几项重大的慈善事业——洛克菲勒医学研究所、普通教育委员会、洛克菲勒卫生委员会等促进了社会文明的发展，对社会生活的某些方面都已起到了积极的作用。但是，洛克菲勒对此并不满足，他想开创一项永久性的慈善事业，按照他的设想，这项事业的影响与捐款的数目都要比以前的几项慈善事业要大。
20世纪初，因为美国的富足和进步，不但在世界上处于领先地位，还带来了很好的国际关系，美国的富强和小国的贫弱形成了鲜明的对比，美国的慈善事业具有向外接济的趋势。而洛克菲勒后来在各地经商，在各地赚得了大量的财富，因此，他也想把他的慈善事业扩展到海外，以帮助那些贫困人士，增进人们的身体和心灵的健康。
