进入康熙朝，中原地区已经趋向稳定，恢复被战争破坏的生产成为头等大事。
既然不打仗，留着这么多的军队也没什么用，还得吃饭。于是朝廷开始裁撤军队。
当然裁撤军队肯定不会从朝廷最信任的八旗兵开始，要裁就裁那些杂牌军，特别是之前由降官降将组成的绿营军。裁撤他们还能增强中央朝廷的威严。
但这些做法却恰好是损害吴三桂利益的，“混蛋！我的军队主要就是绿营军。怎么？敢在我头上动土？！”
为此吴三桂对朝廷的怨气越来越大。
四位大臣辅政之时，索尼鳌拜等人就发觉到三藩对中央朝廷的危害，虽然采取一些行动限制他们的权力，但像这种恶疾要用猛药来治，他们采取的轻微的措施，丝毫没有减轻吴三桂等人的嚣张气焰。
康熙六年，吴三桂向朝廷请假，理由是眼睛有毛病，想辞去职务。
什么眼睛有问题，人到老了的时候开始出现花眼不是很正常吗？根本就是他心里有问题。其实他就是想试探一下朝廷有没有撤藩的意思。
吴三桂没有撤藩的诚意，朝廷此时连鳌拜都没处理完，更没有准备好撤藩，这件事最后不了了之。
康熙亲政处理完鳌拜后，日日考虑裁撤三藩的事情。
但撤藩有风险，需要谨慎，搞不好自己的命都得搭进去，明朝建文帝就是个例子。
别说康熙这样十几岁的少年，就是让他的先祖皇太极和多尔衮来处理撤蕃这件事都是一件非常棘手的事。康熙这个时候还不到二十岁，虽然除掉鳌拜时干净利落，但他却没有办法对付这三个在朝廷外面的庞然大物。
康熙十二年，平南王尚可喜上奏请求回辽东养老，留儿子尚之信继续镇守广东。
康熙大喜过望，他正想找个机会剥夺藩王的权力，眼下机会送上门了。
康熙顺水推舟，表彰他这么多年来为朝廷做的贡献，并同意他辞职的请求。
这三个藩王知道朝廷对他们拥兵自重早已心怀不满只是找不到机会裁撤他们罢了。
尚可喜可能是真的老了干不动了，他只想好好顺从皇上的意思希望能有一个安稳的老年生活。但耿精忠和吴三桂现在却绝对没有想走的意思，除非皇上逼着他们。
靖南王耿精忠看到尚可喜主动向皇帝辞职回老家，皇上很高兴，看来皇上撤藩的决心已定。
耿精忠想，与其赖在这个位子上不走，最后让人撵走，不如自己趁早把权力交出来换个后半生清净。耿精忠也继尚可喜之后向皇帝辞职回家养老。
三藩之中有两王向皇帝提出辞职，就还剩吴三桂一人无动于衷。
吴三桂岂不知自己在外面带兵称王朝廷有多么忌惮，但他实在不甘心就这样将好不容易得来的富贵和权力就这样交出去。不过就算一百个不甘心，他现在还是朝廷的大臣，该做的还是要做。
吴三桂也向朝廷提出，“我老了，想回家颐养天年，希望皇上能够批准。”虽然他也向朝廷提出撤藩的请求，但他却想，朝廷考虑到我在外面的权势一定不敢轻易撤我的藩，十有八九不会同意我的请求，到时候还可以继续在这里称王。
本来只有尚可喜辞职，现在一下子三藩全部来请求辞职。
康熙心里乐开了花，这可不是我要撤掉你们，是你们来求着我退休，我只不过是同意你们的请求罢了。
他已经决定要趁着这个机会撤藩了，但行动之前要先和大臣们商量商量，听听他们的意见。
这一商量却闹出大分歧，朝堂上顿时炸开了锅。
大学士索额图、图海等人坚决不同意撤藩。
他们认为吴三桂只不过是试探朝廷而已，其实并不想撤藩。吴三桂虽然镇守云贵等地不服管教，其实并没有谋反的心思，要是逼着他们撤藩，他们狗急跳墙一定会和朝廷公然作对。眼下朝廷没有足够的力量对付吴三桂，到时候天下大乱局势就不好收拾了。皇上您现在还年轻，吴三桂年龄已经很大了，再过几年等吴三桂老死之后三藩的危害自然就解决了。
刑部尚书莫洛和兵部尚书明珠等人则是坚决请求皇上下令撤藩，又将三藩会给朝廷带来的危害说了一遍。
康熙收拾完鳌拜，此时已经是大权独握，究竟是撤不撤藩，就是他一句话的事。
但这句话却能决定历史的走向，也能决定无数人的命运，包括自己的命运，要不怎么说皇上的话是金口玉言呢，因此必须好好考虑。
现在是撤藩，吴三桂要反；不撤藩，吴三桂就把朝廷内外折腾得要死不活。
既然如此还不如放开手，撤藩。再说吴三桂的儿子还在朝廷，耿精忠和尚可喜的兄弟也在京师附近，这些人质在手，他们敢胡作非为吗？康熙认为，吴三桂等人就像风筝，无论飞得多高，线还是在我的手里，我一样牢牢地控制着他们。由此他料定，“吴三桂等人一定不会造反。”
康熙十二年，康熙皇帝下了一道诏书，在诏书中他表扬吴三桂、耿精忠、尚可喜三人对朝廷做出的突出贡献，并说朝廷永远不会忘记他们的功劳。皇上体谅功臣，不想他们再劳累下去了，同意三位藩王辞职的请求，希望他们能够安度晚年，并下令裁撤三藩的军队。
果如康熙所料吴三桂等人没有造反，而是回信谢主隆恩，非常高兴皇帝满足他们的请求，他们即刻准备回老家养老。
一切都风平浪静，不过这一切只是康熙表面上看到的，吴三桂心里却另有他的一套。
暴风雨来临之前有时是很宁静的，接下来吴三桂就要给康熙掀起一场****。
之前吴三桂再怎么折腾他也没有想过造反。他已经叛明降清，要是再叛清那还像什么话。
但他没想到自己只是口头上说说自己同意朝廷撤藩，没想到康熙真的让自己回家养老。他之所以能平安享受这些荣华富贵，就是因为他手里有兵，朝廷不敢拿他怎么样。要是突然失去兵权，还哪有这样的荣华富贵可享？
因此，一听说康熙真的要撤藩，他当时就下定决心要造反。
皇上下令让他从云南启程回老家，吴三桂一面假装答应一面慢吞吞地准备动身。他原想等他带领他的大队人马行进到中原腹地时突然起兵造反打清军一个措手不及，但又怕行军途中走漏消息。
最后一番激烈的思想斗争，吴三桂于当年起兵造反，同时杀死云南巡抚朱国治。这个朱国治在任期间搜刮老百姓没有限度，典型的一个贪官污吏，老百姓给他起了一个外号，叫他“朱白地”。多行不义必自毙，报应终究会来的，如今他死在了吴三桂的手里。
吴军浩浩荡荡，气势震天。只要是不顺从吴三桂起兵的当地官员都被他杀掉。吴三桂给自己封的职位是“原镇守山海关总兵官，今奉旨总统天下水陆大元帅，兴明讨虏大将军”。
名字很长，也很响亮。
吴三桂反了，但是吴三桂的儿子吴应熊还在京城里。吴三桂这是不想要儿子的命了。
毕竟下嫁的建宁公主和吴应熊还是有感情的。吴三桂一反，吴应熊倒是还没多大反应，因为他知道自己横竖都是死，还是不要哭着喊着请皇上饶命了，皇上非但不会饶了自己，自己还跌价，不如临死之时保留一下形象。
但是康熙的姑姑吴应熊之妻却哭着喊着跑到孝庄太后面前希望能够手下留情，饶她丈夫一命。
任凭建宁公主和吴应熊的关系怎么好，任凭她怎样哭，康熙都不会放过吴应熊的。康熙心想，“开玩笑啊，吴三桂都要来北京取我的命了，怎么可能让我留住他儿子的性命。”
吴三桂一开始反叛，康熙立即将吴应熊等吴三桂在京城的亲戚全部斩首。吴应熊的府上只剩下建宁公主一人，最后建宁公主孤单地过完一生。
吴三桂杀了朱国治，康熙杀了吴应熊，两人关系彻底闹翻，再也不可能回头。康熙杀吴应熊就是想让天下人看明白，我现在已经将能和吴三桂谈判的最后筹码都扔了，无论如何我是是不会向吴三桂妥协的，不是他死就是我亡。
吴三桂通知平南王和靖南王自己已经起兵，同时告诉在台湾的郑经一同响应他反清。
持续八年之久，席卷大半江山的三藩之乱自此开始。
一时之间，各地纷纷响应吴三桂，辛辛苦苦打下的江山顿时失掉将近一半，康熙亲政以来哪有经历过这样的场面。
他有点后悔当初鲁莽撤藩的决定，但是后悔也没有用，已经和吴三桂撕破脸皮，只能硬着头皮往前走。
就在吴三桂在南方掀起惊天巨浪之时，北京内部以及北京北面的蒙古也趁机闹腾起来了。
先说说北京内部的混乱。
当年李自成攻破北京之时，杀了崇祯帝的太子但另外有两个皇子逃跑不知去向。既然没死，那就大有文章可做。适逢吴三桂在西南叛乱，朝廷内外人心惶惶，北京有个叫杨起隆的人自称是前明朱三太子，纠结人马起兵反清。这股反清势力很快被镇压，不过杨起隆却趁乱逃跑，不知去向。
后来，打着朱三太子的名号反清复明的人数不胜数。
再说说北边蒙古。从吴三桂刚开始闹事，北边的蒙古就蠢蠢欲动，这次起兵反清的是蒙古察哈尔部首领布尔尼。
布尔尼，他的爷爷就是跟努尔哈赤和皇太极作对的林丹汗。林丹汗被皇太极灭掉后，他的儿子额哲率领察哈尔部归顺清朝。额哲倒是很忠于清朝，可是额哲死后，额哲的弟弟阿布奈就很不听话了。
首先，阿布奈没有请示清廷擅自娶了嫂子。兄死弟娶其嫂，本来按照当时的习俗，这是很正常的事。普通人娶老婆朝廷是不会多管闲事的，可是阿布奈不是普通人，作为察哈尔部的首领娶妻要汇报给朝廷。虽说汇不汇报没啥实际用处，这个老婆是娶定了，但形式还是要走一走的。可是阿布奈没有走这个形式，清朝就觉着很不爽。
后来顺治帝驾崩，顺治帝发丧期间，所有的蒙古王公贵族都来到北京，唯独阿布奈没有去。如果说之前娶老婆不汇报是阿布奈对清朝小小的试探的话，那么这次不参加顺治帝的发丧就是明显的挑衅了。那个时候康熙还小，主政的孝庄太后决心要好好教训阿布奈。
康熙八年，鳌拜被铲除。此时孝庄太后与康熙决定收拾阿布奈。康熙通知阿布奈，“你的祖先的坟墓在盛京（沈阳），我的祖先的坟墓也在盛京。你先到北京来吧，我们汇合后一起去祭祖。”
“叫我去北京？”阿布奈总觉着有些蹊跷，但他又找不出拒绝的理由，只能不情愿地来到北京。
刚来到北京，康熙就数落阿布奈的种种罪行，将他圈禁扣押。随后康熙下旨，阿布奈的儿子布尔尼继承王位。
布尔尼来到北京谢主隆恩，一切礼仪程序走完之后，他请求皇帝让他临走之前看一眼他老爹。
“不行！赶紧回去！”康熙斩钉截铁地回答他。
布尔尼回到了察哈尔，但他感到受到了莫大的耻辱，发誓要报仇雪恨。
他一直在忍耐，在等待，在等待报仇的最佳时机。
时机来了，吴三桂反了，耿精忠反了，尚之信反了，郑经也开着船来了，此时不反更待何时？
他也反了。
布尔尼挑动其他的蒙古王公贵族起兵反清，他率几千蒙古兵进逼张家口。
当得知布尔尼造反之后，康熙吓得目瞪口呆，因为吴三桂等人造反远在南方，而布尔尼的察哈尔部就在离北京不远的北边，他们要是加把劲不歇班地往北京跑的话，几天的时间就到了。平时在北京附近驻防的八旗兵大部分都调往南方打吴三桂去了，京师兵力空虚，要是布尔尼来了的话，怎么办？
就在康熙深感忧愁之时，太皇太后向他建议，“大学士图海可用。”
于是康熙让图海去平定布尔尼叛乱。八旗兵都被调到南方了，图海怎么平叛呢？总不能让他一个人去送死吧。
图海有办法。
他从八旗兵家里的奴才中挑了一万来人就去平叛了。让家奴去平乱，这才是真正的驱市人而战。
一路上图海纵容这些家奴们烧杀抢掠。这些家奴们一边抢夺财物，一边向察哈尔部推进，很快就遇到了察哈尔部的主力。
在和察哈尔部进行决战之前，图海问大家，“这几天抢的爽不爽？”
“爽！”大家齐声高呼。
“要我说你们这几天抢的东西实在算不上什么值钱的宝物。真正的金银珠宝才刚刚出现。”
大家都瞪大了眼睛，竖直了耳朵，“难道还能弄到更值钱的东西？”
图海接着说道，“你们之前抢的都是老百姓的东西，实在算不上什么宝物，本将军看不上，你们也看不上。你们面前的察哈尔部是元朝的后裔，元朝从建立到现在已经有数百年的基业了，积累的珠宝财物数不胜数，你们如果把这些东西抢到手可以保证一辈子的富贵啊。”
这番话一说完，大家无不心动。
抢吧！
只要胆子大，啥都能办到。
巨大的利益在前面诱惑着，家奴们无不以一当十，布尔尼大败。仅用不到两个月的时间，图海就平定了严重威胁北京的察哈尔部叛乱。布尔尼被杀，被囚禁的阿布奈也被处死。从元朝末年便失去的大漠以南地区再一次被中央朝廷牢牢地控制在手中。
图海领着这些立了大功的人凯旋班师，这些人一个多月前还是不会打仗的奴才，一转眼便变成了立了大功的功臣。康熙率领文武百官到南苑大红门迎接凯旋而归的图海。行完君臣之礼后，康熙把图海叫进宫里，向他询问战况。
“你好大的胆子，敢纵容他们一路上烧杀抢掠！”虽然图海立了大功，但他对所过州县所造成的损失也是巨大的，康熙很生气。
图海赶紧跪下，诚惶诚恐，片刻之后回答道，“以家奴的贫贱，打仗时让他们自保尚且不可，现在让他们对抗强大的蒙古骑兵，如果不用金银财宝激发他们的胆量，怎能让他们以死相效呢？”
非常之时，应当采用非常之手段。在当时的那种紧急情况下，图海仅用一群乌合之众就战胜了强敌，把朝廷从危急之中解救出来，他的“非常之措施”是明智的。康熙赏赐一等男爵，并下令免除图海大军所过之地的赋税。
决定三藩之乱走向的关键人物是一个叫王辅臣的人，他手握重兵并且驻扎的地方靠近京师。他究竟是投降吴三桂还是效忠康熙，这个问题至关重要。投降康熙，便可率领蒙古军和八旗军打入云南；投降吴三桂，便可会同吴军直逼京师。因此康熙和吴三桂都使劲拉拢他。
可这个人立场不大坚定。
摇摆不定的王辅臣。
王辅臣原本是明末农民起义军的一员，被清军打败后的王辅臣旋即投降，成功跳槽成为清政府的一员。最初默默无名，后来得到顺治帝的重用。
吴三桂认为王辅臣有些本事，将来或许有大用，对他很好，极力拉拢他。
王辅臣陪着吴三桂攻云南，入缅甸，擒住南明永历帝，一路上也出了不少力，二人关系一直不错。
但还是发生一些不愉快的事。
有一次，吴三桂的侄子吴应麒和王辅臣喝酒。喝着喝着他们在酒桌上开起了玩笑，吴应麒喝醉了，一身酒气问王辅臣“哈哈，我...我说王大人，你能不能把这么一碗带着苍蝇的饭吃下去。”（喝多了，说话都不利索，眼神也不好使，可能把炒糊的葱花碎片看成苍蝇了）
王辅臣大笑，“这有何难？老子是从死人堆里爬出来的，什么场面没见过，别说是一碗有苍蝇的饭，就是那些达官贵人的脑髓我都敢吃。”（这饭吃的确实不文明）
一传十十传百，传播路上一直变。当这件事慢慢传到吴三桂的耳中时早已变了味儿，说王辅臣自称敢吃平西王爷的脑子。
吴三桂一听此话自然生气。没想到自己年纪一大把还让人开这种玩笑。
他让人责备王辅臣，“你们开玩笑归开玩笑，老夫年纪大了，不要把老夫扯进去。”
“为什么单单点名教训我一个人！”，王辅臣不知自己的话到吴三桂耳朵时已经变了味儿，他还以为吴三桂偏袒侄子故意找他麻烦。
一气之下王辅臣离开吴三桂。
离开吴三桂后，王辅臣来到陕西做提督，镇守平凉。临上任之时，康熙皇帝隆重地接待他。
王辅臣很感动，没想到自己这样的人还得到皇帝如此重视，他跪在地上说，“臣怎么敢不尽忠贞之节、竭犬马之力，粉身碎骨报答陛下大恩。”
吴三桂叛乱后，吴三桂写信给王辅臣希望他能够帮助自己。
王辅臣收到信后直接让他儿子王吉贞将这封信带给康熙。
康熙很高兴王辅臣没有反叛，当即为王辅臣、王吉贞父子两人加官进爵，希望他们永远忠于朝廷。
不巧的是，康熙命令莫洛出京担任大学士，指挥陕西一带的兵马征讨吴三桂。
莫洛和王辅臣有过节，二人互相谁都不服谁。后因兵马分配不均，王辅臣和莫洛两方人马打在一起。莫洛阵亡，王辅臣收编莫洛余部。
这一下子可好，把朝廷派来的大学士弄死了，朝廷那边不好招待。干脆反了。
王辅臣派人联系吴三桂，自己愿意反清。
此人确实勇猛，降吴之后，王辅臣帮助吴三桂一连攻克多座城池，这个时候吴三桂在战斗形式上占有优势。
但吴三桂一而再再而三的投降，还把南明皇帝给杀了。很多人非常讨厌他。不得人心肯定撑不了多长时间。
康熙任命图海为抚远大将军，图海率兵直奔陕西，不久包围平凉城，在红衣大炮的轰击下平凉城岌岌可危。属下建议乘势一举拿下城池，有个叫周昌（字培公）的人却不以为然。
周培公认为应该想办法让王辅臣投降，他对图海说，“陕西地处关中是天下的脊梁，控制了陕西便可进而夺取天下。吴三桂实在是太不明智，他不从云南出发直取陕西，反而率兵在湖广和朝廷抗衡，这是自取灭亡。王辅臣并不是想做乱臣贼子，他是被逼无奈才造反。如果我们晓之以理，动之以情，是可以让他回心转意的。”
周培公说的确实有道理。图海说，“城里的百姓都是皇上的子民，我不忍心杀戮他们。”
城中百姓听说后，都很感动，而城中将士守卫的决心开始动摇。
图海并不一定真的是为百姓着想，其实图海曾经和王辅臣关系不错，他不想就这样把城池攻占后处置王辅臣。到时候王辅臣就被当做乱臣贼子，谁都救不了他。
图海派周培公去劝降王辅臣。周培公对王辅臣说，“圣上说过，只要你能够悔改对你既往不咎。”
他极力劝王辅臣投降。
王辅臣自己心虚，他不相信朝廷会既往不咎，所以仍在苦苦坚守等待吴三桂的救援。
吴三桂的援军迟迟不来，但城中的粮草却是越来越少。最后无可奈何王辅臣再次降清。
康熙果然既往不咎，仍委以重任，恢复王辅臣平凉提督的职位，加封太子太保。
后来王辅臣一直对自己降而复叛，叛而复降这件事感到羞愧。康熙二十年，王辅臣畏罪自杀。康熙说到做到始终没有因为王辅臣三心二意之事处罚他，更没有连累到他的家人。
从康熙十二年吴三桂起兵反清以来，吴三桂攻占湖南，进入四川，响应者不计其数，清军节节败退。
虽然南方各地混乱不堪，但吴三桂可能年纪大了，胆子变小，他并没有乘势北上，而是在南方修筑防御工事，想在南方立足脚跟。这给了康熙帝以喘息的机会，他因此得到足够时间调动兵力进攻吴三桂。
