在东吴覆灭之后，局势演变成为刘备要和强大的曹操一决胜负的情况。而此时，曹操刚刚评完北方的叛乱，率领着大军兵分两路，一路攻荆襄，一路攻汉中，来势汹汹誓要剿灭刘备。在压倒性的不利面前，为了杀出一条活路，诸葛亮首先率军在汉中施展了神机妙算。
汉中城的城楼之上，刘备和诸葛亮连夜召集了所有的文臣武将，面对来势汹汹的曹军商讨对策。
诸葛亮对着武将们说道：“…计策本身就是到此为止。然而，这一战比计策更重要的是…”
诸葛亮此时环顾四周，看了看刘备，对着刘备说道：“重要的是，为了这场决战而赌上一切的主公还有将士们的士气。”
刘备此时站出来大义凛然地说道：“不错，曹军虽众，但当年被周公瑾一把火烧了他80万大军啊，这次我们有丞相的神机妙算，再加上各位勇将的效力，岂能败之于曹操？...先剿灭国贼，然后再替这个漫长的乱世划下休止符吧！”
诸葛亮点了点头，让府中将士各自分领了任务，散了出去。接着又找了个借口支走了刘备。
刘备走后不久，诸葛亮脸上突然出现了一抹不正常的红晕，接着一口鲜血喷在了面前的地图之上。诸葛亮苦笑着摇了摇头，伸出颤抖的手，拿起了羽扇，自言自语的说道：“咳咳，想不到能掌握大军的人，现在却连自己的这副身子都管不住了。咳咳~再撑一下，再撑一下就好……要撑下去啊！吾这残破的身体~咳咳咳~”
三日后，曹操率领大军抵达汉中地界，进驻阳平关。曹操率军攻打汉中，将数千万囊粮草搬运到北山囤积。杨洪以汉中是益州咽喉，家门之祸、存亡之机，劝谏诸葛亮在这种时候应该“男子当战，女子当运“，诸葛亮允诺。
刘备在诸葛亮的计策下踌躇满志，说即使曹操亲自前来，也不能改变什么，自己一定会击败曹操。一开始，刘备占据险要，固守不战，与曹操对持。
后诸葛亮调兵来支援，派赵云，姜维，魏延率领兵马走子午关，奇袭长安，断了曹操的后路。后又派黄忠率领一队人马秘密的前往了曹军的屯粮之处。
北山之上，黄忠见曹操运送了这么多的粮草，于是建议诸葛亮可以去劫取。但曹操的囤粮重地，应该是有重兵把守，为谨慎起见，诸葛亮与黄忠约定期限，然后再让黄忠领兵去劫粮。黄忠逾期未还，诸葛亮令数十骑出围迎视，曹军卒至，将张著被创，诸葛亮救得张著回营。曹军紧追不舍，直到诸葛亮营前，诸葛亮大开营门，偃旗息鼓，曹军司马懿怀疑诸葛亮设有伏兵，引军退走，诸葛亮趁机反击，曹军惊骇，自相践踏，死伤极多。
后来，刘备开始主动出击，派刘封于阳平关前叫阵，曹操大骂刘备常派义子出战，称自己可用黄须儿曹彰来与刘封一战。曹操于是派人去召曹彰来援汉中。
五月，曹彰日夜兼程，赶至长安。但曹操因为军粮不足已经率军撤出汉中的地界。
虽然魏军已经完全从汉中撤退了，另一方面，扬州荆州等地却接二连三地被魏军压制，时间拖得越长，对蜀就越为不利，如此判断的诸葛亮为了和曹操决一雌雄，挥兵前往五丈原。
随着时间的推移，病魔也让诸葛亮受尽折磨，奔走于军事，内政的日子，使得他的身心都已经疲惫到了极致。可是离刘备的天下一统只差那一步了，诸葛亮免强的振作自己，朝着最后的战场奔驰而去。
二月，诸葛亮率领十万大军从斜谷出兵攻魏军，一边的司马懿同样不甘示弱，率军二十万与诸葛亮对峙。
诸葛亮到达县，大军驻扎在渭水的南面。司马懿率领军队渡过渭水，背水立营抵御诸葛亮，对将领们说:“诸葛亮如果从武功出兵，依山而往东，确实可怕;如果向西前往五丈原，将领们就没事了。“诸葛亮果然驻扎在五丈原。司马懿便郭淮驻防在北原。营垒还没有筑成，蜀汉大部队已经到来，郭淮迎战，但不敌赵云被逼撤退。
之后司马懿与诸葛亮便陷入了相持的阶段。
司马懿在和诸葛亮相持的一百多天间，诸葛亮多次挑战，司马懿就是不出兵。诸葛亮就把妇女使用的头巾、发饰和衣服送给司马懿，司马懿恼羞成怒，上表请求出战。曹操派遣卫尉辛毗执持符节为军师来节制司马懿的行动，最终不了了之。
诸葛亮派遣使节到司马懿军中，司马懿向使者询问诸葛亮的睡眠、饮食和办事多少，不打听军事情况，使者答道:“诸葛公早起晚睡，凡是二十杖以上的责罚，都亲自披阅;所吃的饭食不到几升。“司马懿告诉人说:“诸葛孔明进食少而事务烦，他还能活多久呢!“
在不久之后，果然蜀军中传出来诸葛亮病重的消息。司马懿大喜，连命斥候日夜打探消息，带诸葛亮身死之后，便率大军出击，决战蜀军。
一月后，诸葛亮在军中去世，弟子姜维整顿军队而退。斥候跑着去报告司马懿，司马懿大喜率大军追击蜀汉军。姜维一边假装败退引魏军追击，一边又传丞相密令，让马超在上方谷中，暗伏精兵，虚搭窝棚，准备好柴草和引火之物，以待曹军。
最终成功的于上方谷之中，火烧曹军二十万，一举打破僵局，司马懿和其二子葬身于大火之中。诸葛亮笑着坐在轮椅上，被姜维从军营中推了出来时，蜀军上下将领才知，诸葛亮诈死，故意引司马出兵于上方谷火攻之。
三月后，诸葛亮和刘备等人认为时机难得，于是集合全部兵力。经过历时一年半的征战，魏国虽有邓艾，张仪，曹彰等人的奋力抵抗，但最终也未能阻拦住，蜀汉大军前进的步伐。
诸葛亮率领着30万大军，兵分三路，齐头而进。最终攻到了魏国都城许昌城下。三路大军包围都城许昌，劝降不成后就决定强攻。
二月，许昌落陷，曹操同麾下二十余位谋臣武将，一起战死于城墙之上。
至此乱世终结，天下一统。
此时，攻入魏国国都的刘备，兴高采烈着对着诸葛亮说道：“多亏丞相的神机妙算！我们终于……”
此时，原本好好的诸葛亮却突然倒了下去，手中的羽扇也落在地上。刘备大惊失色，连忙冲到诸葛亮身前，一把搀扶起了诸葛亮的上身。
诸葛亮有气无力的说道：“有点儿累了呢!...亮也许该去见庞统，还有关羽大人了……”
刘备痛哭流涕，抱着诸葛亮大声喊道：“孔明......万万不可，你还不能死啊！拜托你，活下来，不必再帮我出什么计策也没关系，我只想求你...陪我一起看看这个安稳的大汉天下…”
“主公……亮这一生..咳咳...能遇见主公...无怨...无悔”
言罢，诸葛亮的手从刘备的手中垂了下来，落在了地上。
“丞相啊！......我的军师啊！苍天待备，何其薄耶！”
“报，大王。曹操麾下医师华佗求见……”
“华佗？！请，快快有请……”
三个月后，张飞的家乡--涿郡桃园中。
一脸关切神色的黄月英正推着轮椅上大病初愈的诸葛亮正在桃园中呼吸新鲜空气。
一身龙袍的刘备走进了桃园中，对着诸葛亮关切地说道：“已经可以起身了吗？朕的丞相大人。啊？哈哈哈......”
诸葛亮手持羽扇坐在轮椅上，对着刘备深施一礼说道：“是啊，似乎还要在等一阵子才能见到那些令人怀念的面孔。”
刘备抓住诸葛亮的手，坚定的说道：“那是当然的，因为朕和你约好了，要一起走向这个崭新的大汉天下。”
诸葛亮感动地点点头，看着不远处的桃树说道：“再过不久，桃花就要盛开了呢。”
“是啊，春天又要来了。朕也想让你看看......那个朕曾和义兄弟们一起看过最美丽的桃花。”
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诸葛亮，字孔明，号卧龙（也作伏龙），汉族，徐州琅琊阳都人，三国时期蜀汉丞相，杰出的政治家、军事家、散文家、书法家、发明家。在世时被封为武乡侯，死后追谥忠武侯，东晋政权因其军事才能特追封他为武兴王。其散文代表作有《出师表》、《诫子书》等。曾发明木牛流马、孔明灯等，并改造连弩，叫做诸葛连弩，可一弩十矢俱发。于建兴十二年（234年）在五丈原（今宝鸡岐山境内）逝世。
刘禅追谥其为忠武侯，故后世常以武侯、诸葛武侯尊称诸葛亮。诸葛亮一生鞠躬尽瘁、死而后已，是中国传统文化中忠臣与智者的代表人物。
