赫鲁晓夫大声问道：是否所有运输武器的船只都不应该被命令立即返航？最后，他决定，在局势明朗化之前，已经到大西洋的船只不应继续靠近古巴，那些还在地中海航行的船只则立即返回黑海港口。但是，“亚历山德罗夫斯克号”货船还是个问题，它装载着R-14导弹以及一些FKR巡航导弹的核弹头，再有一天就可抵达古巴。主席团决定冒次险，让它尽快靠岸。
意识到这些变化可能会让古巴人感到不安，赫鲁晓夫建议告诉卡斯特罗，计划“已经成功了一半”。他想让危机消失，然后说道：“如果有必要，有可能再次运送R-14导弹。”赫鲁晓夫想让哈瓦那明白，他首先要稳定那里的局势，并通过联合国来确认的古巴权利，即它有权利拥有它认为可用于防卫的任何武器。
赫鲁晓夫认为，用于护航的潜艇不同于水面舰只，他相信这些潜艇仍可以保卫古巴。他也相信，潜艇可以航行到古巴的马列尔港而不被发现。10月23日的会议记录并不完整。从这些片断记录和米高扬的回忆中可以看出，似乎苏联领导层还不了解美国的反潜能力。就像几乎每一个苏联潜艇长所知道的那样，与后来双方海军改进后的潜艇相比，在1962年，即使最安静的潜艇，都是名副其实的自动唱机——可以听到船舱里掉落的茶匙声和推进器的摩擦声，还有提供动力的电池发出的电脉冲。在任何约定的时间里，美国海军那些加载了特殊装备的猎户座飞机都在监视着大西洋和加勒比海。通过放入水中的传感器，它们监听着这些声音。无论何时，只要他们认为听到了声音，就会向一艘军舰报告，而这艘军舰就要开动声呐来搜索。声呐探测噪声较大的F级潜艇极为有效。
确实，10月16日后，苏联潜艇开始向国内报告，他们能听到一些船舶在活动。尽管苏联人还不知道其中的原因。但是，10月14日U-2飞机发现导弹后，大批美国军舰已经出现在F级潜艇必经的水域。到10月23日，一直活动于此的美国军舰已经至少迫使一艘F级潜艇长时间潜于水下，以致其电池几近耗竭。
马利诺夫斯基似乎并未向主席团报告这一消息。如果他事先告诉赫鲁晓夫这些情况，那么，这次会议中，这位苏联领导人就会选择忽略这个消息。然而，赫鲁晓夫外交政策的主要批评者米高扬则认为，让潜艇来试探美国的封锁行为将是一个失误，为此他深感忧虑。米高扬试图要让马利诺夫斯基难堪，但赫鲁晓夫并不表态，只是旁观。米高扬坚持认为，让潜艇进入封锁区是一种冒险行为，而国防部长却拒绝作出任何让步。米高扬确信，美国海军可以发现这些潜艇。他解释道，克里姆林宫还要做这样的设想，因为美国会探测出这4艘噪声很大的柴电潜艇，那么，他们将会把潜艇继续进入封锁区的行为视为一种敌对行为。
马利诺夫斯基拒不接受米高扬设定的这个前提。尽管一些F级潜艇可能曾被探测到，但是当着主席团委员的面，苏联国防部长仍然坚持认为，这些潜艇能抵达古巴海岸，而不会被看见或听见。米高扬告诉委员们——也是他对国防部长的答复：这么做只会给苏联制造一种新的危险。但是，他这次发言并没有附议者。赫鲁晓夫、科兹洛夫、勃列日涅夫，以及主席团其他委员，要么断定马利诺夫斯基清楚他所谈论的内容，要么选择保持沉默。米高扬提议主席团下令潜艇停止靠近古巴，但提议被否决。然后，主席团休会用午餐。
午餐时，米高扬靠近赫鲁晓夫，私下向他提出一个要求，请主席团下午再次讨论潜艇事宜。“我坚信这些忧虑是存在的，”他告诉赫鲁晓夫，“而且我认为我们必须要回到潜艇这个问题上来，因为我考虑拒绝我的提议是一个错误。”赫鲁晓夫答应下午再次提出这一问题。
两小时后，主席团再次开会，听取米高扬的辩护。他再次告诫委员，一旦这些老式苏联潜艇进入美国封锁区，他们将会被发现。马利诺夫斯基也再次坚持认为，这4艘潜艇可以“抵达古巴而不会被发现”。苏联国防部长再次占了上风。
米高扬不愿服输，他的选择是打出最后一张牌。当委员们准备离席吃晚餐时，他建议请潜艇专家、苏联海军总司令谢尔盖·戈尔什科夫上将来讨论这个问题。米高扬非常狡猾，善于摆布人。他清楚，国防部和海军之间关系紧张，而他要给戈尔什科夫一次机会，让他当着主席团委员的面来揭发马利诺夫斯基。它意味着这位海军上将将不得不承认，美国海军能轻易探测出苏联的F级潜艇，但是，戈尔什科夫还要说明，F级不是苏联最新式的潜艇。
10月23日晚，主席团召开第三次会议。戈尔什科夫的表现非常出色。会议室里挂了一幅古巴海域地图。戈尔什科夫仔细解释着，要让潜艇靠近古巴海岸异常困难。越靠近古巴，这片海域就越浅。潜艇将不得不绕过许多小岛。要想靠近古巴主岛，潜艇必须经过一个非常狭窄的水道，而它却处于（附近）美国海军基地的雷达监视之下……换句话说，经过这个水道肯定会被发现。正如米高扬所希望的那样，戈尔什科夫建议，让F级潜艇待在离古巴有两到三天航程的海域。
米高扬认为他取得了胜利。“因为马利诺夫斯基的无能被曝光，”米高扬后来回忆道，“他不可能反驳了。”赫鲁晓夫似乎同意了这一看法，而且支持向潜艇艇长们发出新指令，要他们停留在离古巴有两天航程的海域。
尼古拉·舒姆科夫艇长对克里姆林宫有关这道命令而发生的争论一无所知。他的F级C-19潜艇有75人。潜艇长300英尺，宽仅26英尺，水面航行时速为18海里，潜航速度为16海里。潜艇是为冷水海域的航行设计的，既无空调也无电池冷却设施。电池如果过热，就要释放氢气。而在一个密闭的空间里，这是极其危险的。
除船员、食物、燃料外，每艘潜艇还配备了22颗鱼雷，其中一枚装有核弹头。艇长们被要求，只有在自卫时才能使用这些武器。就像舒姆科夫回忆的那样，“我们不能擅自开火。”但是，所有的潜艇艇长们都知道，战场上不可能与莫斯科保持一致。“我们只能在一定的时间内才和我们的司令部联系，”舒姆科夫回忆道，“美国人在海面，可以随时和其基地保持联系……因此，可能会发生这样的事，美国人已被命令开火，而我们却对此一无所知……那对我们极其不利。”
10月23日深夜，和其他苏联潜艇一样，C-19号潜艇浮出水面接收当天的命令。C-19号潜艇的无线电操作员说：“我们从司令部得知，美国在实施封锁。”舒姆科夫向艇员们宣布：“在我们的航道上有一支美国舰队，尤其还有一些反潜舰。但是，我们将要继续完成我们的任务——继续驶向古巴。”
尽管米高扬在克里姆林宫觉得自己赢得了胜利，然而，没有一艘潜艇收到取消航行的命令。要么是赫鲁晓夫和马利诺夫斯基决定不理睬戈尔什科夫和米高扬的主张，要么是苏联海军未能和潜艇取得联系。无论哪种情况，它都能说明，在这场危机中赫鲁晓夫为减少战争风险而做的努力也有失误。如果对美国有意要拦截潜艇有所怀疑，那么在10月23日的会议上，这个疑问应该被打消了。当主席团还在争论向潜艇发出何种命令时，美国大使馆向苏联海军递交了一份来自美国国防部的照会，照会详细说明了辨认那些试图违犯封锁令的潜艇的程序。
10月24日，华盛顿时间上午10时，美国的封锁令开始生效。一支美国舰队沿西印度群岛外缘排成一列，而苏联潜艇仍在向他们驶来。
10月24日早晨，华盛顿得到消息，苏联水面船只停止前进。凌晨2：30，美国国家安全局截获了另一道从敖德萨港发给所有苏联船只的紧急电报。还有一道命令指出，今后所有的电文都将来自莫斯科。7小时后召开国家安全委员会执行委员会议，肯尼迪得知，海军情报办公室已经查明，古巴水域的6艘苏联船只“要么停驶，要么掉头”。白宫一度还不能确定，这些离开古巴的船只，只是装载着古巴的货物，还是运载着苏联的武器。当这些问题被澄清后，国防部长麦克纳马拉向肯尼迪解释了美国海军拦截苏联潜艇应遵守的程序。海军已经探测出3艘苏联潜艇，并且认为已经发现第四艘潜艇。昨夜美国国务院向莫斯科发出电文后，麦克纳马拉已决定改变美国驱逐舰的战斗规则。“这里是准确的位置，”他说道，“我们有深水炸弹，它装载的炸药不多，可以被投放到海里。它们实际上可以击中潜艇，但不会炸毁它们。”当被问及是不是训练用的深水炸弹时，麦克纳马拉答道，因为估计苏联人将不能收到从声呐发出的警告信号，“这种深水炸弹就是一种警告信号，命令他们要浮出海面”。当肯尼迪总统听到，国防部长已经单方面下令美国海军违背国际标准做法，以便处置暴露的不明身份潜艇时，他经历了罗伯特·肯尼迪后来称之为“总统最担心的时刻”。他的弟弟后来描述道，那天，肯尼迪抬起手，“放在脸上，捂着嘴，捏紧了拳头。他的眼神很紧张，脸色阴沉。我们只是隔着桌子互相看着对方。”
“我们要打他们的哪个部分？”片刻后肯尼迪问道，“我想今天我们应当等等看。我们不想首先打它的潜艇。我宁愿先打一艘商船。”麦克纳马拉并不同意：“总统先生，就我们所面临的局势而言，我认为若不及时打潜艇，那会极其危险。不打潜艇，那意味着我们很容易会损失一艘军舰。”面对麦克纳马拉的忧虑，肯尼迪决定不改变海军的命令。但是，如果苏联人损失一艘潜艇或商船后，赫鲁晓夫将会做何反应？对此，他颇为忧虑。他预料，苏联人将以其所占有的地理优势作出回应：“他们将会说，不能进出柏林——那也是一种封锁。”这个结果正在困扰着他，“然后我们会面临什么处境呢？那时我们要做什么？”在那些困难的日子里，肯尼迪不止一次担心，在古巴危机中美国的武力行为可能会招致苏联在柏林问题上的报复。
正当肯尼迪抱怨中欧可能会发生冲突时，中央情报局局长约翰·麦科恩带来了令人宽慰的消息，海军早先发现的那些苏联船只已经掉头，“这些船只都是向西航行驶向古巴的。”当肯尼迪问及详情时，麦科恩补充道，“不是让这些船只停下来，就是让它们掉头。”这些船只都位于大西洋中部、亚速尔群岛以西。并不是所有的苏联货船都掉头了，但掉头的全是那些舱口为7英尺的货船，美国情报机构认为它们运载的是导弹。
这条消息让人得到一丝宽慰，迪安·腊斯克转向麦乔治·邦迪并说起悄悄话，“我们的目光遇到一起，我想其他人也是眼睛一亮”。肯尼迪提醒部下，美国不碰任何已经停驶或掉头的船只。然而，苏联潜艇还没有掉转航向。
外交方面也听到好消息。10月23日，“美洲国家组织”一致通过隔离古巴的决议。在联合国，克里姆林宫矢口否认在古巴部署导弹，这让瓦列里安·佐林极为尴尬。10月25日，美国常驻联合国大使阿德莱·史蒂文森问佐林，莫斯科是否已在古巴部署了导弹。因此而上演了一场激烈的辩论——那是冷战时期最著名的辩论之一：
佐林：我不是在美国法庭上。因此，我不希望回答用原告口吻提出的问题。
史蒂文森：现在你就在世界舆论的法庭上，你可以回答是或不是。
佐林：你将会以适当方式得到答案。
史蒂文森：我准备等待这个答案，直到世界末日来临。
然后，史蒂文森展示了苏联导弹发射场的照片，美国电视正在直播这一场景。
10月25日，星期四，克里姆林宫的气氛很紧张。一天前，赫鲁晓夫已向肯尼迪发出一封措辞强硬的信件，把美国海军的封锁行为称之为违法行为，并建议美国，避免军事冲突的唯一方式就是放弃封锁。他写道：“对于美国军舰在公海上的海盗行为，我们当然不会仅仅当一个旁观者。”然而今天，赫鲁晓夫对古巴局势却又有了不同看法。他开始相信，在局势失控之前，应该采取主动。当赫鲁晓夫再次召开主席团会议以提出危机解决办法时，佐林在联合国蒙羞的事件还没有发生。这位苏联领导人相信，灵活改变战术的时机已经来到，而且他建议直接进行一场交易。如果肯尼迪保证不入侵古巴，赫鲁晓夫将下令撤出弹道导弹。
赫鲁晓夫试图把退却解释成苏联取得的一次成功。“毫无疑问，美国人已经胆怯了，”他说道，用一句俄罗斯谚语来说，“显然，肯尼迪睡在了一把木刀上。”甚至连见多识广的米高扬都不清楚这条谚语的来历。“为什么是一把木刀？”米高扬问。“有人第一次猎熊时，”赫鲁晓夫解释道，“他带了一把木刀，以便更容易清理沾满泥巴的裤子。”对话打破了会议室的紧张气氛。
