朱德在南昌起义中发挥了特殊的作用。周恩来曾评价说，朱德在南昌起义中所起的作用，“是一个很好的参谋和向导”。
1926年1月间，朱德遵照中共中央军委的指示，前往江西南昌，转到国民革命军第三军去工作。
那时，驻扎在南昌、九江、吉安、进贤一带的是国民革命军第三军朱培德部。第三军是云南部队。这年1月初召开的北伐军军务善后会议后，第三军编为北伐军总预备队（后改为第五方面军）。朱德同这支滇军部队的高级军官们有着很深的历史关系。总预备队总指挥朱培德和师长王均、金汉鼎都是朱德在云南陆军讲武堂的同班同学，以后又长期在滇军共事，交谊很深。朱德还有一些旧部和老同事也在这支部队里。
因此，他一到南昌，朱培德立刻委任他担任第三军军官教育团团长。不久，又委任他为第五方面军总参议。
在朱德的主持下，军官教育团的组建工作很快就绪，地址设在永和门内的原江西陆军讲武堂。学员分两部分：大部分是朱培德部的下级军官，编为第一、二营，共700余人；还有一个第三营，是学兵营，主要招收省内的中学生，也有一部分从上海来的北方宣传队队员，共400余人。教育团内的中下级军官和教官，除从第三军抽调外，还有随朱德来南昌的原二十军考察团成员以及原来在广州的第三军军事政治训练班的毕业生。他们在任职前，先经过测验，再到广场逐个考试军事实地指挥的能力，然后按照他们的实际成绩，分别委任连、排级职务。这种量才任用的做法，在当时军队中是少见的。
军官教育团的教育内容，包括军事和政治两个方面。朱德十分重视提高学员政治思想觉悟的教育。政治方面的课程，有孙中山在国民党“一大”重新解释过的三民主义，还有中国革命和世界革命问题、工人问题、农民问题和社会问题等。他们经常请国民革命军总政治部副主任郭沫若和共产党人方志敏、邵式平、曾天宇等讲课。在军事教育和训练方面，要求也十分严格。
军官教育团名义上虽然隶属于第三军，但在每个连队都秘密建立了共产党的小组，有的连党员达到学员的三分之一，参谋长陈奇涵担任党支部书记。一般工作人员也经常举行生活检讨会，开展批评和自我批评。当时江西的工农运动正在高涨，不少工人运动和农民运动的干部参加了教育团举办的短期训练班。整个教育团内呈现出浓重的革命气氛。
军官教育团是从1927年1月开始接收学员的。3月5日补行开学典礼，当时驻在南昌的蒋介石也前来参加。
那时候，由于北伐军在两湖、江西、浙江、安徽等省的胜利进展，担任国民革命军总司令的蒋介石的政治声望随之大大提高，实力也有很大扩充。他觉得自己羽翼已经丰满，便公开暴露出反对共产党、分裂国民党中央、准备实行个人独裁的面目来。就在蒋介石参加开学典礼的第二天，驻江西的新编第一师在蒋介石指使下，杀害了江西省总工会副委员长、赣州总工会委员长陈赞贤。3月16日，蒋介石离开南昌时，强行解散原来由国民党左派掌握的国民党南昌市党部和江西省学联等民众团体。17日，国民党九江市党部、总工会又遭到总司令部特务处处长杨虎组织的一伙流氓歹徒的围攻，在市党部打死3人，在总工会打死1人。
这股反动逆流的袭来，激起江西各界民众的极大愤慨，南昌工人罢工3天表示抗议。3月18日，南昌市各界群众数万人在大校场召开追悼陈赞贤烈士大会，会后举行示威游行，要求江西省政府主席李烈钧主持公道，严惩杀人凶手。朱德带领军官教育团参加了游行，他对教育团的学员们说：“反动派已屠杀我们的同志了，我们要准备出击。”30日，军官教育团配合南昌的工人纠察队，收缴了蒋介石留驻在牛行车站的宪兵团的枪支。
4月7日，朱培德就任江西省政府主席。9日，任命朱德为南昌市公安局长。朱德在全局干警大会上告诫大家，要切实负起责任，保护民众，尽快恢复南昌的秩序。
当时朱培德的政治态度是很微妙的：他同蒋介石有矛盾，武汉政府刚委任他代替李烈钧担任江西省政府主席，革命势力同反动势力在江西已形成尖锐的对立，“朱培德在这中间就采取了中立态度，他对于革命不反对，可是对反革命者也不离开。”朱德利用这种矛盾，大胆地开展活动，使江西的工农运动得到比较顺利的发展。不久，朱培德派朱德率军官教育团到赣东的抚州一带剿匪。军官教育团在赣东活动了一个多月，平息了真正的匪患，农民运动迅速发展起来。部队调回南昌前，朱德又派军官教育团的副官卓廉诗担任抚州公安局局长，排长冉国平担任临川县农民自卫大队大队长。这些，不仅支持了农民运动，而且使军官教育团的学员得到实际战斗的锻炼，提高了军事指挥能力。
但就在这个时候，国内的政治局势已迅速恶化了。“四一二”反革命政变发生了。接着，蒋介石在南京另立国民政府，与当时还保持着国共合作关系的武汉国民政府相对立。广州等地也大规模地捕杀共产党员和革命群众。到5月间，武汉地区的政治形势也越来越严重，反共活动迅速表面化，以汪精卫为首的武汉国民党中央和国民政府一步步向右转。
5月13日，原驻宜昌的国民革命军第十四独立师师长夏斗寅公然通电联蒋反共，并向武汉发动军事进攻。21日，国民革命军第三十五军团长许克祥在长沙发动马日事变，收缴工人纠察队枪支，捣毁湖南省总工会、农会和其他革命团体，大肆捕杀共产党员和革命群众。朱培德一时在表面上还没有公开反对共产党，但也在5月29日下令“礼送共产党出境”，6月6日又下令在江西全省停止工农运动。
正在赣东剿匪的朱德得知朱培德“礼送共产党员出境”的消息后，在6月中旬赶回南昌，向朱培德提出辞去公安局长一职，并且将军官教育团的第一、二营学员提前毕业，只留下第三营。毕业的学员大部分回到扩编的第三、九两军，其余分到赣江流域各县做工人运动和农民运动的工作。同月下旬，朱培德也以“礼送”的名义要朱德离开南昌。朱德后来回忆说：“我因为平素与朱培德他们感情还好，而博得一个‘欢送’。”不久，朱德离开南昌，经九江转往武汉。
到7月初，局势更加严峻了，宁汉合流的趋势日渐明朗。随后“，七一五”反革命政变发生。
7月中旬，中共中央召开会议，作出在南昌举行暴动的初步决定。因为朱德在江西有便利的工作条件，对情况也熟悉，就派他先赶回南昌。
7月20日中午，朱德乘江轮抵达九江。他下船后，直接到赣北警备区司令部去见国民革命军第五方面军第九军军长兼赣北警备区司令金汉鼎。金汉鼎同朱德是多年共患难的老朋友，这时，正奉召准备上庐山去开会。他告诉朱德，朱培德打电话通知他，说汪精卫和张发奎上了庐山，有要事相商。
两人一同乘小船前往莲花洞九江车站。在船上，朱德向金汉鼎分析了目前的形势和今后革命发展的趋势，劝金汉鼎说：“在江西的这班人都是灰色的，不愿革命了。我们一同到广东去建立新的革命根据地。”金汉鼎后来回忆说，当时因为他有阶级偏见，没有答应朱德的要求。
到了莲花洞，去南昌的班车早已开走，金汉鼎约朱德上山休息几日。朱德婉言谢绝了金的邀请，留在莲花洞，等候第二天的火车。21日，朱德回到南昌，立刻投入紧张的暴动准备工作。
他根据中央的要求，精心绘制了南昌市区的地图，并且对敌军兵力部署的分布情况作了详细的了解。同时，频繁地同第三、第九两军留驻南昌的几个团的团长进行接触。
27日，奉中共中央之命负责发动并领导南昌起义的周恩来来到南昌，当晚住进花园角2号的朱德寓所。朱德详细地向周恩来汇报了南昌国民党军队的情况以及他所做的工作。
