有学者指出，尽管农村集体土地所有权制度中还存在诸多问题，但集体土地所有权的主体缺位是农地制度改革中最严重的顽疾（陈小君等，2002）。问题首先并不在于国家或是农民个体是否应该和需要拥有土地的所有权，而是缺失一个能够在所有权意义上对土地负责的主体或实体。一方面，集体并不能作为所有者对土地的相关权力负责，在农地分配、土地流转等事务上没有制定政策的权力，在遇到外部（主要是国家）需要征、占、用农村的土地时，也几乎没有同意与否以及维护相应利益的谈判能力。另一方面，“集体”又是若干个体自行其是的合法名义，“集体”或者是国家管理农村的一个虚拟中介，或者是具体个人管理农村的合法名义，它如何能保证对农村生产力的促进，尤其是如何保证农民能够获得由这种促进带来的利益，都是不确定的（孙津、郭薇，2006）。对于农村集体土地所有权主体的认知，徐旭等（2001）在浙江所作的一项调查显示，有22.8%的被调查农户认为承包土地的所有权属于个人（家庭），有48.7%的农户认为承包土地归集体所有，有26.7%的农户认为承包土地的所有权归国家所有。该调查结论认为，这反映出法律上的农地产权主体在现实中被架空的事实。一方面，通过长期承包经营，农民享有对农地产权的众多分割；另一方面，国家及其各级代理人（各级政府及相关部门）的行政权力对农地产权的限制和分割。174陈小君等（2004）在山东、湖北、广州等地所作的田野调查中，有60%的人认为是国家的，27%的人认为是村集体的，7%的人认为是生产队（小组）的，5%的人认为是个人的，还有0.4%多的人认为是其他人的。该调查结论认为，作为正式制度安排的集体所有权之所以在其成员中获得如此低的认同度与所有权本身的缺陷有密切关联，至少应在厘清公私法的基础上去实现集体所有权的完整化。175此外还有不少调查可以相互印证。虽然各地调查情况不尽相同，但农地所有权主体并不为农民集体的样本，仍占有相当比例。虽然进一步的分析可知，农村集体土地所有权权能的不完全性，与一般认为的所有权的社会化不同，而是与城市国有土地所有权相对比在权能上的欠缺和失衡。如果在法律上确认了农民的集体土地所有权，而实践中又严重限制和弱化这一所有权的权能，那么集体土地所有权只能变成一个无实际内容的空泛概念。
要解释空洞化的集体产权长期得以存在的原因，如前所述，正是国家权力的全面干预，通过一系列法律和政策对集体产权的利益关系进行安排，以维持集体产权的存在。国家权力干预及其政策构成的产权规则，既是造成集体产权空洞化的原因，又在一定程度上弥补了集体产权的空洞。集国家和基层政权的法律、法规、政策而形成的产权规则，其中有积极的方面也有消极的方面，这也正是集体产权和家庭承包责任制适应性与局限性的根源。农村土地集体产权的基本原则和制度安排，并非由农民集体和农民自主创设，而是由国家法律和政府政策从外部加以制定和调整，如集体土地的权利束的设置，农民集体和农民的权利及行使规则，所有权与承包经营权的分离等等，这种行政化的产权关系不是市场交易的产物而是国家赋予的，也隐藏着国家对农民土地使用权侵蚀的合理性。现行土地制度将本应由市场调节的各种经济主体与农村集体经济主体间的经济关系，异化为政府与农村集体经济主体间的行政约束关系，这种带有计划经济色彩的作法已不能适应市场经济的需要（包纪祥、姜爱林，1998）。由于受农村中现存的准行政关系的约束，各农民集体（乡、村、组）之间的地位和所有权边界实际上是不平等和不清楚的，而这正是集体产权利益残缺和流失的制度根源。从剩余索取权和控制权的角度看，现行政策和法律不仅极大地限制了农村土地的利用方向和方式，还形成了国家垄断权对集体产权的不平等竞争态势，以严重偏离市场均衡的低价强行征走了大量的隐性土地地租，“政府其实是比农民集体更大的所有者” （范兆斌、苏晓艳，2001）。甚至，集体“只是具有名义上的所有权而已。真正拥有支配权的是国家，而这恰好是土地所有权的核心和灵魂所在”。176也有学者（刘凤芹，2005）认为，我国的法律和有关文件将农耕土地这样关系农民生存权利的极度稀缺的资源，实际上界定给了村委会这样一个半官方机构，该机构掌握了土地的所有权，并享有土地发包权、改包权、收费权等等其他相当多的经济权利和行政权力，还常常借助行政权力对农民的一些经济权利进行剥夺和侵犯。究其原因，在土地所有者（委托人）缺位的条件下，村委会扮演了政府在乡村的代理人、为社区服务的当家人和集体资产管理的代理人等三种相互矛盾的角色，不同的角色和职能在运作过程的相互博弈，很容易使村委会从集体土地产权代表演化为政府的附属物，造成集体产权利益的流失。此外，种植业生产成本大幅上升，国际国内粮价倒挂，农民种地不挣钱、有地不愿种、有地不敢种等现象，在很大程度上也是政府价格干预、农资垄断和政策压制造成的。在这些方面，需要政府对集体产权和农民利益给予真实的界定和保护。
农村土地集体所有权的空洞化，也导致了农村经营体制的残缺。虽然名义上建立了统分结合的双层经营体制，但家庭经营与集体服务二者没有协调发展和相互促进，规模经营和集体工业两个重要支撑点都相当软弱无力。事实证明，双层经营能够在很大程度上增强农村生产关系的适应能力，农民通过集体经济组织参与市场也是可行的选择。承包制使农户获得了很大的生产自主权，但也相对削弱了集体的功能，使得依靠集体来搞的一些社会福利事业和农业基本建设成为薄弱环节。双层经营体制的残缺，使得家庭承包经营这种农业普遍采用的经营形式，难以发挥出其全部绩效。由于“联产承包”与“责任”概念比较空泛，加之农村小农经济思想一息尚存，农户宁愿对土地进行粗放经营甚至抛荒，也不愿放弃所承包的土地，致使小块土地难以集中，土地规模效益难以发挥，不仅限制了农村土地专门化的发展和农业新技术的推广，而且也阻碍了对有限的农业资源进行高效而合理地利用。乡镇企业一度创造了乡村工业化的奇迹，但很快在政府主导的整顿和改制中整体衰落，并导致乡村工业化长期滞后。从理论上讲，现代企业组织形式具有价值中立性或工具性，企业可以为个人占有，也可以集体占有，集体成员也可以共同分享大部分利润，如华西村、南街村的集体企业就是明显的例证（王晓林、沈建明，2006）。因此，乡镇企业的衰落对集体经济而言是一个重大的损失。经过二十多年发展，集体经济除了在少数村庄略感兴旺外并不景气，在相当多的农村地区，双层经营只剩下家庭经营这一层，使我国农村呈现出现代小农经济的特点。随着村办企业的大量倒闭和改制，不少地方村组“机动地”又基本被取消，农村集体经济变成了“空壳”，原有的统分结合的双层经营体制已名存实亡。
集体产权空洞化也表现为农民对土地的实际利用不足，使得农村生产力日趋空洞化。农村发展要因地制宜地考虑土地和劳动者的配置，劳动力要素与农村经济增长有着密切关系。虽然土地管理法和农村土地承包法强调了农民对土地的耕种，但由于理论认识和实际政策却是鼓励农民作为剩余劳动力进城务工，所以农村优质劳动力实际上并未与农村土地很好结合，使得农村土地总体上利用不足。一个时期以来，主流观点认为农村劳动力是严重过剩的，甚至是无限供给的，进而提出减少农民是解决“三农”问题的治本之策。在相关政策的配合下，农民大规模向城市转移，虽然解决了城市化所需的廉价劳动力问题，但“三农”的面貌并未因此发生根本转变。进城农民大多因户籍管理、就业能力等原因无法变身市民，农民数量并未真正减少，数量颇多的农民工甚至使“三农”问题演化为“四农”问题（胡鞍钢，2005）。由于农村承包经营权的存在，进城农民大多不会放弃农村的土地产权，因而农村人地比例并未根本改变，但耕种土地的农民却实实在在地减少了。据国务院发展研究中心2006年在全国17省区57个县市的2749个行政村的调查，农村青壮劳动力外出打工或就地从事非农产业的比例平均为54.12％，比全部劳动力转移率47.9％略高；3／4的村庄已无青壮劳动力可向外转移，大部分村的干部认为能够转移的农村青壮劳动力大都已经转出。据统计，2006年四川省转移和输出农村劳动力1874.1万人，约占当年全省农业人口6651.7万人的28%，2007年该省农村劳动力转移输出2002万人。177有学者（韩俊，2007）认为农村劳动力“既过剩又不足”，农村劳动力的时间和总量是过剩的，还有不少老、弱、低文化的劳动力，但农村青壮劳动力基本转移出去了——尤其是东部沿海地区，中西部尚有少量，同时受过培训的技术工人十分短缺。也有学者（蔡昉，2007）认为，农村尚有1.5亿或1.6亿剩余劳动力的判断属明显高估，目前农村40岁以下的剩余劳动力，绝对数量只有五千余万。大量情况表明，农村劳动力供求关系正在发生重要变化，农村已经进入青年劳动力短缺与中老年劳动力过剩并存的阶段，农村只能维持土地等生产资料与较低素质的劳动力的结合，制约了农业生产力的进一步提高。近年来，由于种植业比较效益低、农村劳动力大量转移和外迁等原因，全国各地出现了具有一定规模的土地撂荒现象，还有不少土地代耕及三季种两季、两季种一季。以重庆市万州区的调查为例，该区现有耕地面积86.12万亩，其中撂荒面积1.5万亩，占总耕地面积的1.7%，而地处偏远高山的地宝乡2007年撂荒面积800亩，占其耕地面积的21.6%。同时，该区2007年农村劳动力转移就业44.34万人，占农村劳动力总数的59%，而且转移的是农村劳动力最精干的部分，在家务农的基本上是没有办法外出打工，年龄偏大或素质较差的劳动力。农村优质劳动力的普遍流失，仍属农村支持城市的第一个“普遍性趋向”的发展阶段，也是农村生产力空洞化的一个表现。从产权的角度分析，主要原因在于：（1）现行集体产权的根本价值取向，是使农民获得长期有保障的土地承包经营权，即使农民存在某些机会主义行为，一般也不会轻易丧失，有关政策为农民转移实际上开了绿灯；（2）现行集体产权的构造，维持着较低的土地规模化经营程度和农业劳动生产率水平，以及乡村工业和其他产业的缺乏，促使优质劳动力转而寻求更高的比较收益。由于农村土地产权与劳动力产权之间没有达到协调配置，只能维持低于现有生产技术水平的农业生产力状况。
在国家强有力的政策控制下，农村长期保持着“家家承包、户户种田”的平均化、小规模、分散化的小农经济生产方式，但小农经济基础上是无法真正建成新农村和发展现代农业的。弱势的产权、弱质的农业、弱小的农民，正是当前新农村建设所目前面临的总体图景。马克思主义经典作家指出，小农经济在社会化的大市场条件下注定是要破产的，市场经济“生产形式的发展，割断了农业小生产的命脉；这种小生产正在无法挽救地灭亡和衰落”178，“我们的小农，同过了时的生产方式的任何残余一样，在不可挽回地走向灭亡”179。由于小农规模效益低、农产品储藏困难、生产周期长而固定、工业产品价格上涨、对农产品的需求弹性较低，以及上亿农户彼此孤立而使农产品的供应难以预测等原因，农民往往在市场经济中受挫。但真正的症结在于土地按人口均摊承包经营，随着人口的不断增长，土地经营规模不断缩小，农业机械难于大面积推广使用，造成农业生产方式落后，生产效率和土地资源效率不能充分发挥。按照恩格斯的设想，发展工副业可以吸纳部分农村剩余劳动力，从行业上分流农民，达到减少农民数量来改善人地比率的效果。同时，随着农村市场经济的发展，为应付千变万化的大市场，农民需要新的组织形式来保护自身的力量。在市场化、工业化、城镇化和经济全球化的过程中，农民既需要有家庭经营作基本的保障，也需要集体经济、集体组织和乡村工业，否则只有可以预见的相对贫困甚至破产，而这些都需要集体产权，以及集体产权在市场经济条件下的适应性构造。
