罗马教会在保证其在基督教国家中的领导地位的斗争中表现出了一个极大的弱点，那就是教皇的选举方式问题。
如果教皇确实要实现自己明显的野心，在整个基督教世界建立唯一的统治和和平，那么拥有强大、稳定而持久的领导权就成为必需。在有机会实现这一点的那些伟大时代里，首要的事情在于：教皇在位期间应该是年轻力壮的；教皇应该选定自己的指定继承人，并能同他商讨教会的政策；选举的方式和程序应该是清楚、明确、固定且没有争议的。但不幸的是这些条件一个都没有实现。人们甚至不清楚谁在教皇选举中有选举权；也不知道拜占庭和神圣罗马帝国的皇帝在这个问题上是否有发言权。那位伟大的教皇兼政治家希尔德布兰德（即格列高里七世，1073年－1085年在位），为使选举正规化做了很多工作。他将选举权局限于罗马的主教，同时把皇帝的权力缩小到只拥有教会让予他的形式上的批准权。但是他没有选定自己的继承人，故意让主教们在这个问题上争论不休，结果，有时教皇位置空缺竟能达到一年多。
直到16世纪，在整个教皇历史中，我们可以看到缺乏稳定的制度的后果。在很早以前，就出现过有争议的选举，同时有两三个人自称为教皇。这时教会就不得不忍辱求助于皇帝或外部调停者来解决纷争。同时，每个大教皇生涯的结束，都留下一大堆的疑问。他死后，教会很可能没有领导者，群龙无首，毫无效率可言；或者教皇被他的老对手所取代，他们只热衷于不信任和取消原来教皇的工作；甚至有一些已经徘徊在坟墓边的老人来继任他。
教皇制度中的这些弱点，不可避免的引来了大量日耳曼王侯、法国国王和那些统治英格兰的诺曼人及法兰西系的国王们的干涉。他们都想操纵选举，都想使罗马的拉特兰宫中有一位对自己有利的教皇。教皇在欧洲事务中越强大、越重要，这些干涉也就越来越急迫。在这种情况下，许多教皇软弱无能则不足为怪。但是令人奇怪的是，他们当中的许多人是有雄才大略的。
在这个时代的教皇中，最有活力、最令人感兴趣的是英诺森三世（1198－1216年），他很幸运，不到38岁就做了教皇。他和他的许多继承者，都和那位更有趣的皇帝弗里德里希二世作对，后者被人称为“世界奇才”。这一次国王和罗马之间的斗争成为历史上的一个转折点。虽然最后罗马教会击败了他，毁灭了他的王朝，但他已经给教会和教皇的声誉以致命的创伤，并开始走向衰落。
弗里德里希是皇帝亨利六世的儿子，他的母亲是西西里诺曼王罗哲尔一世的女儿。1198年，他四岁时继承了西西里王国。英诺森三世成为他的监护人。那时的西西里刚刚被诺曼人征服；其宫廷是半东方式的，宫廷里有很多知识渊博的阿拉伯人；有一些人还参与到对年轻国王的教育中。毫无疑问，向他解释清楚他们的观点是有一定的困难。他既接受了伊斯兰教徒眼中的基督教义，又接受了基督教徒眼中的伊斯兰观念。不幸的是，这双重教育的后果，就是他认为一切宗教都是虚伪的，这在那个信仰的时代是少有的。他自由的谈论各种话题；他的不信神、不敬神是有记载的。
当这个年轻人长大以后，他就和自己的监护人发生了冲突。英诺森三世对他的被监护人要求太多了。当弗里德里希有机会继位为罗马帝国皇帝时，教皇提出了干预条件：弗里德里希必须以强硬手腕镇压日耳曼境内的异教徒，另外，他还必须放弃西西里和意大利南部的王位，因为不这样，他的力量对于教皇来说太强大了。同时，日耳曼境内的神父的一切捐税都要免除。弗里德里希答应了——不过他并不打算遵守这些诺言。教皇已诱使法兰西国王在法兰西对自己的臣民发动了一场镇压沃尔多教派的残酷和血腥的战争；他希望弗里德里希在日耳曼也同样做。因此，当英诺森催促他征讨伊斯兰教徒，拯救耶路撒冷时，他一方面口头上答应，另一方面在行动上敷衍了事。
在确保了帝国的王位后，弗里德里希二世一直居住在西西里，他更喜欢这里而不是日耳曼作为自己的居住地。他完全没有履行与英诺森三世的任何约定。1216年，英诺森三世在挫败感中死去。
英诺森的继位者霍诺里乌斯三世对弗里德里希也无可奈何。1227年成为教皇的格列高里九世下定决心，不管付出什么代价，都要解决这个年轻人的事情。他开除了弗里德里希的教籍，不准他享受宗教上的一切权利。但在西西里这个半阿拉伯化的宫廷中，几乎没有产生什么特别的不安。教皇还给皇帝写了一封公开信，列举了他的恶行（这是不容置疑的）、背教和一般的失职行为。为此，弗里德里希回应了一封更尖锐有力的信。这封信是写给欧洲所有的王侯的，它第一次明确地清晰地说明了教皇与王侯之间的矛盾问题。他毫不客气地攻击了教皇想要成为整个欧洲的统治者的明显野心。他提议诸侯联合起来对抗这种僭越行为，他还提醒王侯们，要特别注意教会的财产。
弗里德里希点燃了这颗致命的炮弹后，便决定履行12年前的旧约，召集十字军东征。这就是第六次十字军东征（1228年）。作为一次十字军东征，它就是一场闹剧。弗里德里希二世到了埃及，与苏丹会晤并交换政见。这两位都持有怀疑观点的君主，交换了意气相投的观点，并订立了互惠的商业条约，苏丹同意把耶路撒冷转交给弗里德里希。事实上，这是一次新型的十字军东征，是通过私人条约实现的十字军东征。征服者既没有进行屠杀，也没有出现喜极而泣。由于这次十字军的领导是一个被解除教籍的人，所以他进行的是完全世俗化的耶路撒冷王的加冕礼，亲自从祭坛上取下了王冠——因为所有的牧师们一定会避开他。之后，他回到了意大利，他把侵入他领土的教皇军队全部赶回他们自己的领地，并强迫教皇恢复自己的教籍。在13世纪，君主这样对待教皇，也不再有群众愤怒反抗的风暴了，那样的日子已经过去了。
1239年，格列高里九世重开与弗里德里希的斗争，再次解除他的教籍，再次开始公开的侮辱战，教皇受到严重的伤害。格列高里九世死后，英诺森四世继位为教皇，争执重新开始。弗里德里希又发了一封深入人心的反对教会的破坏性信件。他谴责教士的骄傲和漠视宗教，并把当时所有的腐败现象都归咎于他们的骄傲和财富。他建议各王侯统一没收教会的全部财产——这是为了教会好。这个建议此后一直萦绕在欧洲王侯的脑海中。
我们不再叙述他的晚年了。他一生的特殊事件，远不及他生活的一般气氛那么重要。我们可以从他在西西里宫中的生活中窥见一斑。他的生活很骄奢，喜欢美丽的东西。他被描述成一个放荡不羁的人。但是，很明显的，他是一个富有好奇心、喜欢探究的人。他把犹太教、伊斯兰教和基督教哲学家召集在自己的宫廷里，他还竭力向意大利人灌输撒拉逊文化。正是通过他，阿拉伯数字和代数才被介绍给基督教学生。在他宫中有一个叫做迈克尔·斯哥特的哲学家，曾翻译了部分亚里士多德的著作和阿拉伯大哲学家阿韦芳埃斯（科尔多瓦人）的对其著作解释。1224年，弗里德里希建立那不勒斯大学，又扩大和丰富了萨勒诺大学的医学院。他还设立了一个动物园。他留下了一本关于放鹰的书，这表明他曾仔细观察过鸟类的生活习性，他还是第一个用意大利语写诗的意大利人。意大利诗事实上就是在他宫中诞生的。一位有才华的作家曾称他为“第一个近代人”，这恰当的描述了他在知识上无偏见的客观立场。
正当教皇与权力不断增强的法国国王发生冲突时，支持教皇的势力进一步下降。皇帝弗里德里希二世在位时，日耳曼已经陷入分裂，法国国王开始扮演教皇的保护者、扶持者和竞争者的角色，此前这都是由霍亨索伦家族承担的。几代教皇都实行了支持法兰西君主的政策。在教皇的支持和赞成下，法国的王侯们在西西里及那不勒斯建立了王国，法兰西国王们看到了复兴和统治查理曼帝国的可能。然而，霍亨斯陶芬王朝的最后一位皇帝——弗里德里希二世死后，日耳曼出现了权力真空，直到哈布斯堡家族的鲁道夫被选为第一位哈布斯堡王朝的皇帝（1273年），罗马的政策开始按照各位教皇的喜好，在法兰西和日耳曼之间摇摆。在东方，希腊人于1261年从拉丁皇帝手中夺回了君士坦丁堡。新的希腊王朝的创立者迈克尔·佩罗加斯，即迈克尔八世，在几次和教皇假意的暂时性的和解之后，和罗马教会完全脱离；由此，再加上亚洲拉丁王国的衰亡，教皇在东方的统治结束了。
1294年，博尼法斯八世成为教皇。他是一个意大利人，仇视法兰西人，充满了罗马伟大传统的意识和使命感。他曾经独断一时。1300年，他组织一个大庆典，大批朝圣者来到罗马。“流入教皇财库的金钱是如此之多，以致于两个助手不得不用耙子来收拾圣彼得墓上堆积的奉献物。”这次盛会只不过是表面上的胜利。1302年，博尼法斯与法国国王发生了冲突。1303年，正当他要宣布解除法国国王的教籍时，出乎意料的在阿纳尼他自己祖先的宫殿中，被纪克姆·德·诺加雷逮捕了。这个法国国王的使者闯入宫殿，直冲到受惊的教皇的卧室里——他正手持十字架躺在床上——大肆威胁、侮辱他。一两天后，教皇才被市民释放，回到罗马。在那里他被阿尔斯尼家族逮捕，并再一次被拘禁起来。几个星期后，这个受惊、失望的老人，像个犯人一样死在了他们的手中。
阿纳尼的人民确实对第一次的暴行不满，他们群起反抗诺加雷，救出了博尼法斯，但那是因为阿纳尼是教皇的故乡。值得注意的很重要的一点是，法国国王这次粗暴对待基督教世界领袖的行为是得到了人民完全的支持的。在采取行动前，他曾召集三级会议（贵族、教会、平民），得到了他们的一致同意。无论是意大利还是日耳曼和英格兰，无不赞成这次对教皇的自由行动。基督教世界的观念已经腐朽到不再有控制人的思想的权力了。
整个14世纪，罗马教皇在恢复它道德上的影响力上无所作为。紧接着被选出的教皇是克雷蒙五世，他是法兰西人，由法王菲利普选定。他从来没有到过罗马。他把教廷设在亚维农镇，该镇虽然在法国境内，但那时不属于法国而属于教皇的教区。此后，继任的几代教皇都住在这里，直到1377年格列高里十一回到罗马的梵蒂冈宫。但格列高里十一并没有把全部教会的同情带回罗马。红衣主教大都是法兰西血统，他们的习惯和社交团体都深深地扎根于亚维农。1378年格列高里十一去世，意大利人乌尔班六世当选，但这些持不同意见的红衣主教宣布选举无效，并推举另外一位教皇克雷蒙七世，与罗马教皇对立。这次的分裂被称为“教皇分立”。教皇仍在罗马，一切反法兰西的势力，包括罗马皇帝、英格兰、匈牙利、波兰的国王，以及北欧都效忠他。另一方面，对立的教皇仍住在亚维农，由法国国王及其同盟苏格兰、西班牙、葡萄牙国王，以及许多日耳曼诸侯支持。两方的教皇都解除了对方的信徒的教籍，并诅咒对方的信徒（1378年－1417年）。
此后，毫无疑问，全体欧洲人民都开始慢慢学会在宗教事务中为自己着想。
在前几章中我们曾提到过方济各会和多明我会，它们只是基督教世界内新兴势力中的两个，他们根据自己的判断，或支持教会，或反对教会。教会对这两种教派都加以吸收和利用，尽管对前者曾施加过一点暴力。但是对于其它教派，教会明确持不容忍和批判的态度。一个半世纪后，出现了一个叫威克里夫（1320－1384年）的人。他是牛津大学一个很有学问的博士。到了晚年，他公然批评神父的腐败行为和教会的愚昧。他组织了许多穷苦的神父，成立了威克里夫派，在英格兰各地传播他的思想。为了使人们在教会和他之间进行判别，他把《圣经》译成了英文。他的学问和才能都高过方济各会和多明我会的人。他有上层社会的支持者，在人民中有大量的追随者；虽然罗马教会对他非常震怒，并下令拘捕他，但直到他去世，他仍是自由的。然而那种把天主教会引向毁灭的黑暗和腐朽的精神，却不让他的尸骨安眠于地下。1415年，根据康斯坦茨宗教大会的教令，他的遗骸被掘出并被焚毁，这项决议是由主教弗莱明于1428年奉教皇马丁五世之命执行的。这种亵渎举动并非只是单独的狂妄行为，而是教会的正式决议。
