忍者的世界，因为几大忍村的几次大战而破败不堪，曾经的几大忍村因为内战而受到重创，突然，暗影忍连的出现，让整个忍界收到了改变，忍界未来的希望被托付给了那些可以使用遁术的忍者们，甚至有些忍村进行了合并，于是各大忍村为了培养人才，忍者修行，被加入了人们的义务教育中，世间变得安宁起来。但是，这些短暂的安宁，都是暗影忍连的阴谋，与企图掌握世界，而暗中活跃的暗影忍连所战斗的，便是传说中的忍者之神----神乐月坂，他身穿着紫色战甲与暗影忍连激战数年，最后到死也没有铲除暗影忍连。忍者之神去世后的一千年后，几大忍村已经发展了起来，恢复了曾经的辉煌，而暗影忍连也安静了好久，然后慢慢开始做善事，组建吸引一些其他的忍者加入，慢慢地组成了一个忍村，名曰：暗忍村，与其他几大忍村共存在这个忍界中。
虽然暗影忍连在其他人们的眼里已经开始改邪归正，但是，这些短暂的安宁，都是暗影忍连的头目·虹蛇的阴谋，与企图掌握世界，而暗中活跃的暗影忍连所战斗的，便是传说中的忍者之神的继承者，假面骑士忍者。
时间一晃就过了四年，红芭和莲太郎也分离了四年，这四年里，莲太郎和月悦师傅一起修炼、一起生活了四年。
自从那次事件，整个村子都被暗影忍者杀光了，所以幸存的村民只有红芭和莲太郎。月悦师傅也怕自己先祖的村子被世人发现，于是就用强大的封印忍术设下结界，并且只有自己、红芭和莲太郎才能解开，每年莲太郎父母的忌日，莲太郎都会回无名村祭拜，但是红芭却从不和莲太郎一起祭拜，从来只偷偷回来祭拜。
终于，莲太郎终于到达了12岁，他可以去火忍村的忍者最高学府忍者学院学习，也可以去见他四年都没见的妹妹红芭，今天，就是莲太郎入学的前两天，因为路程的原因，他要提早两日出门。
莲太郎拿上包裹，他走到石洞口，看到了月悦师傅站在这里，月悦师傅见他来了，说道：“莲太郎...准备好了吗？”
“月悦师傅，准备好了...我要出发了....谢谢你这几年的照顾和教导...你永远都是我的师傅！”莲太郎向她深深地鞠了一躬。
月悦师傅说道：“莲太郎，这个药方和这些钱你先拿着，记住，一定要多多修炼，早日恢复到以前的实力....”，她将手里的一袋钱和一张药方递给他。
他收下钱和药方，向她再鞠了一躬，然后就离开了，他看了看地图，清楚了一下路线后，就向森林走去。
走着走着，突然，他的面前冲来一群野猪，它们横冲直撞地直径向莲太郎冲来，他停下脚步，静静地看着野猪们，慢慢地结印，结印完了后，“忍法·火遁之术·豪火球”，一团火球直接滚向野猪们。
野猪们被火球淹没，火焰散去，野猪们都被烤的半生不熟了，“咕.....”，他的肚子因为饥饿而开始叫，他摸了摸自己的肚子，“算了，吃饭吧！”，他将野猪都拖到一旁的草丛里，然后他拿了一些木柴。
“忍法·火遁之术”，他的左手被火焰覆盖，接着向前一个抓取，堆好的木柴堆瞬间被点燃，他用忍刀切分了一下野猪们的肉，然后他用树枝将肉串了起来，然后放在火堆上烧烤。
将肉都烤熟了后，他就开始吃了起来，不到一会儿，他就吃完了，清理了现场的垃圾后，然后几脚将火踩灭，拿上包袱，继续向森林深处走去，走了一会儿，不远处就传来激烈的战斗的声音，他脚踏轻功，落在战场的一根树枝上。
一块空地上，周围都是树木，一个黑魔豹正在和面前的一队下忍小队对峙着，“忍法·火遁之术·豪火球”，其中一个下忍开始结印，然后向黑魔豹吐出一口火球，黑魔豹向一旁一闪闪过火球，然后直接向他们扑来。
另一个下忍开始结印，然后将手放在地上，“忍法·土遁·土流壁”，一面石墙直接出现在下忍小队的面前，石墙拦住了黑魔豹的道路，它怒吼着，向前咆哮着，一层风团直接碾碎了石墙，下忍小队见状，立马向后跑去。
可动物跑的始终比人快，它纵身一跃，直接跳到了他们的面前，它磨了磨自己的獠牙，已经锁定了它的猎物们，下忍小队发现根本逃不了，自己的查克拉也不多了，只能站着等死。
黑魔豹见这些人类不再反抗，直接向其中一个下忍扑来，莲太郎立马戴上面罩，然后一脚踢中黑魔豹的头，直接将它踢飞，他站稳身子，用手护住身后的一名下忍，结果不小心碰到了“他”的胸，他一感觉立马发现了不对，立马向前一跃。
原来他保护的那个下忍，是个女忍者，这整个下忍小队原来是由三名女忍者组成的，他刚刚保护她的时候不小心摸到了她的胸，她们纷纷扯下扯下面罩，那个被莲太郎保护的女忍者哭着说道：“你干什么！”
莲太郎站起来，说道：“抱歉，我也是不小心...”，黑魔豹偷偷绕到下忍小队的身后，直接再扑了过来，莲太郎看到了黑魔豹想要偷袭，直接从腰包中摸出一枚苦无。
“呜呜呜呜呜....你干嘛...色狼.....”那个女忍者看见他拿出了苦无，以为要将自己灭口，她立马更加大声地哭了起来，“小心！”，他向她们身后的黑豹丢出苦无，苦无在飞向黑豹的过程中不小心刮下了她右边的一撮头发，然后刺中黑豹，黑豹倒在了地上。
她们立马跑到莲太郎的身后，那个女孩还是在哭，她的两个朋友走过来安慰她，莲太郎转过身来，向他不停地道歉，可是黑豹又站了起来，向它的敌人莲太郎扑来，可是莲太郎还在道歉，女忍者擦干泪水，一抬头就看到了黑豹的偷袭，大喊小心。
莲太郎听到了她的话，他的双眸瞬间变成了紫色，然后一记回旋踢将它踢飞，他的眼眸瞬间恢复成了黑色，然后对她们说道：“你们赶紧到安全的地方躲起来，我来对付它。”，女忍者们立马躲进旁边的树林里。
莲太郎和黑魔豹绕着圈对峙着，他从腰包中拿出三枚手里剑，然后向后一个翻滚，直接丢出手里剑击中黑魔豹，黑魔豹哀嚎地后退几步，莲太郎从腰间取下忍者葫芦，然后打开葫芦，紫气冒出，倒出紫色液体，液体化为腰带绑在他的腰上。
他拿着手里剑起始器，然后向右踢出右腿，然后左手撑地，然后站了起来，手架成“十”字。“henxin（变身）”，然后将手里剑起始器放在腰带上，然后用右手向下一甩，带动手里剑起始器的转动，“何人！在下！”，腰带瞬间吐出一个卷轴，然后变成一个圆圈，他的身后出现一只站立的紫色青蛙，然后趴了下来，青蛙吐出紫色铠甲的部件。
紫色铠甲瞬间穿到他的身上，“忍者！Shinobi，参上！”，他变身成假面骑士忍者，他开始念起了自己的台词，“忍字之意，心上悬刃，假面骑士忍者！”，他从腰间抽出忍刀，直接向黑魔豹冲去。
