忍者的世界，因为几大忍村的几次大战而破败不堪，曾经的几大忍村因为内战而受到重创，突然，暗影忍连的出现，让整个忍界收到了改变，忍界未来的希望被托付给了那些可以使用遁术的忍者们，甚至有些忍村进行了合并，于是各大忍村为了培养人才，忍者修行，被加入了人们的义务教育中，世间变得安宁起来。但是，这些短暂的安宁，都是暗影忍连的阴谋，与企图掌握世界，而暗中活跃的暗影忍连所战斗的，便是传说中的忍者之神----神乐月坂，他身穿着紫色战甲与暗影忍连激战数年，最后到死也没有铲除暗影忍连。
忍者之神去世后的一千年后，几大忍村已经发展了起来，恢复了曾经的辉煌，而暗影忍连也安静了好久，然后慢慢开始做善事，组建吸引一些其他的忍者加入，慢慢地组成了一个忍村，名曰：暗忍村，与其他几大忍村共存在这个忍界中。
虽然暗影忍连在其他人们的眼里已经开始改邪归正，但是，这些短暂的安宁，都是暗影忍连的头目·虹蛇的阴谋，与企图掌握世界，而暗中活跃的暗影忍连所战斗的，便是传说中的忍者之神的继承者，假面骑士忍者。
不知昏迷了多久，莲太郎凭借一丝的信念重新拿回了身体的掌控权，他震惊地看着自己身上的血迹，狠狠地抽了自己一掌，“我在干什么啊.....我可是要用自己的忍术来拯救他人的....我为什么因为自己的私心就杀了人呢.....”。
“哎...身上的血迹也不好清理....看来只能这样了.....忍法·水遁之术·水流”，他的头顶出现了一朵乌云，乌云开始下雨，将他身上的血迹全部清洗干净了，但是他的身体也湿透了，清理完了，他回到了自己的寝室。
第二天，他还是无聊的度过了上午的课程，中午吃完饭，打算到学院各处晃晃，走着走着，走到了高年级的寝室，高年级的寝室比他们这些新生的寝室好得多，而且寝室楼附近的环境也比他们好。
“哇....这就是高年级的寝室吗？”他惊讶地看着周围说道，“这一比，我们寝室简直就是个垃圾啊.....”
三个像小混混的高年级学长刚从楼上下来，“哎....今天又没抢到多少钱....现在的后辈都这么强了吗？”其中一个人说道。
“没办法...最近的四年级都学了中级忍术，已经可以反抗我们了.....”另一个人说道，“对了....我们可以去抢新生的钱啊...新生又没什么实力.....”
“对啊对啊...咱们走吧....”剩下的那个人说道，他们刚打算前往新生寝室时，刚好看到了身穿新生校服的莲太郎从不远处走来。
“老大，老大，那有个新生，咱们去勒索他吧....”一个人用肩膀怼了怼身边的“老大”
“好，那咱们开始行动。”那个“老大”和他的小弟一起走到莲太郎的面前，拦住了他的去路，莲太郎抬头看了一眼拦住自己的学长，说道：“学长，有什么事吗？”
“学弟啊....学长最近缺钱花....给学长搞点钱呗.....”其中一个人说道。
“可是...可是....我没钱啊...”莲太郎将自己的兜全部翻了一遍，全都是空的，那三个学长见莲太郎身上没钱，怒气瞬间上头，“老大”直接将他抓了起来，莲太郎知道了这三个学长的目的，他们想要抢低年级学生的钱。
“你小子....居然没钱....你已经很成功的惹怒了我.....”其中那个“老大”很愤怒地说道。
“我说了....我是真的没钱.....”莲太郎拼命地挣扎，可是那个“老大”开始越来越发力，他开始感到呼吸困难，“可....可恶....”
“小子，要么给钱....要么死....”其中一个人说道。
“额.....呃啊.....”莲太郎用尽全力终于挣脱，一脚踹开“老大”，然后转身逃跑，“老大”咬牙切齿地说道：“呀...还敢逃？你今天不可能逃出这里.....”，他开始结印，并且一直紧随其后。
莲太郎见他们再后面穷追不舍，只能向前逃跑，“忍法·火遁之术·豪炎龙”，一直巨大的火龙立马飞来，咬住了莲太郎，然后将莲太郎拉了回来，“老大”再次抓着莲太郎的脖子，并且一直用力，莲太郎根本无法挣脱。
他凭借一丝力量，从包中摸出一把苦无，直接划伤了“老大”的脸，然后一个回旋踢将身后的一个混混踢开，他立马结印，“忍法·火遁之术·豪火球”，向后一跳，接着向混混学长直接吐出一口火球。
“老大”摸了摸被苦无划中而流下的血，说道：“你敢搞我....你完了....忍法·火遁之术·豪炎龙”，他立即向莲太郎释放出一只火龙，他身旁的一个混混学长也开始结印，“忍法·风遁之术·螺旋飓风”，突然出现了一个龙卷风，立马将莲太郎吸了进去，火龙抖了抖身体，向莲太郎飞去。
火龙近在眼前，莲太郎根本接不住这一招，自己又不能暴露实力，只能等死，突然，一个红色身影出现在他的面前，然后一只巨大的瀑布水墙挡住了火龙，红色身影拉住莲太郎，然后带他离开了龙卷风。
莲太郎模模糊糊地睁开双眼，看着面前的红色身影，问道：“你....你是谁啊....”
“可恶...是谁啊....”，“老大”怒斥道，“我的火龙居然被挡了下来。”
“对啊，我的飓风都能逃出来.....”之前那个释放风遁忍术的混混学长惊讶道。
“看我的，忍法·土遁之术·大地石链”，地面龟裂，龟裂的地方身处一条条石链，石链向莲太郎和那个红色身影飞去。
莲太郎立马跑到红色身影的面前，说道：“小心！”，然后给挡在红色身影的面前，红色身影推开莲太郎，说道：“谢谢你，哥哥，我知道你一直都会保护我的....”，然后红色身影瞬间吐出一口巨大的火球，火焰瞬间将石链变为齑粉。
“你....你....我怎么感觉....感觉认识你....”莲太郎说道，但是自己因为刚才被掐了两次，呼吸困难，于是直接倒在地上晕了过去。
“老大”语无伦次地说道：“你....你是....冰焰女神......神藏红芭......”
“什么....是女神！”另一个人说道，“那可是院长的亲传弟子啊...而且....而且还是风纪委员会的副会长啊......”
“赶紧求饶，不然我们就没了。”，“老大”立马拉着两个小弟跪下，接着说道，“女神大大，我们错了....大大饶了我们吧.....”
红色身影终于露出了自己的面目，她就是莲太郎的亲妹妹，神藏红芭，她生气地说道：“你们是不是最近都在到处勒索低年级的？”
“老大”点头求饶道：“大大.....大大....我们错了....下次再也不敢了.....”
“下次要是再让我看到你们搞事，你们的腿....就别想要了.....”神藏红芭一脚踩在“老大”的头上说道。
“大大....大大....绝对没有下次....绝对没有....”，“老大”身边的一个小弟求饶道。
“好.....给我滚....”神藏红芭吼道，然后转身离开，“老大”和小弟立马离开了这里，红芭立马扶起晕倒的莲太郎，然后将他带回了自己的寝室，将他扶到自己的床上，给他盖上了被子，自己在他的身旁陪着他沉沉入睡。
