忍者的世界，因为几大忍村的几次大战而破败不堪，曾经的几大忍村因为内战而受到重创，突然，暗影忍连的出现，让整个忍界收到了改变，忍界未来的希望被托付给了那些可以使用遁术的忍者们，甚至有些忍村进行了合并，于是各大忍村为了培养人才，忍者修行，被加入了人们的义务教育中，世间变得安宁起来。
但是，这些短暂的安宁，都是暗影忍连的阴谋，与企图掌握世界，而暗中活跃的暗影忍连所战斗的，便是传说中的忍者之神----神乐月坂，他身穿着紫色战甲与暗影忍连激战数年，最后到死也没有铲除暗影忍连。
之后，他带着自己的家人回到自己的老家，并且在家乡附近的深山中隐居起来，并且耗尽全身查克拉，将自己的查克拉和紫色战衣，锻造出神器----忍者葫芦，然后拜托自己的儿子好好替自己保管。
忍者之神去世后的一千年后，几大忍村已经发展了起来，恢复了曾经的辉煌，而暗影忍连也安静了好久，然后慢慢开始做善事，组建吸引一些其他的忍者加入，慢慢地组成了一个忍村，名曰：暗忍村，与其他几大忍村共存在这个忍界中。
但其实，暗忍村（暗影忍连）并没有就此放弃统一忍界的计划，而是依旧派遣着无数暗影忍者去烧杀抢掠，妄图削弱各大忍村的实力，从而彻底称霸于忍界。
无名小忍村，都会有一个特定的日子，村子里六岁的儿童们就会被带到几大忍村成立的组织忍界神社，会有一些中级下忍的大师会来给这些六岁孩子们觉醒。
今年，神藏莲太郎和他的亲妹妹神藏红芭，也要参加觉醒查克拉。一大早，神藏莲太郎就穿好了衣服，准备好去村口和其他小朋友一起觉醒，他左手抓了一个饭团，口中叼了一个饭团，右手提着便当，就立马跑向村口。
“哥哥，哥哥，等等我啊！”神藏红芭吃完早饭，拿上便当，然后立马追上神藏莲太郎，然后他们一起来到了村口。一到村口，就看到了有很多孩子在这里，村长站在村口的道路上，见人齐了就转过身来。
“孩子们，待会儿跟紧我，我们一起去附近的神乐县。”村长说道，然后带着孩子们步行十分钟来到了村子附近的县城，然后接着步行来到了神乐县的忍界神社，一个身着白袍的男人站在神社大门前，一直等候着他们。
白袍银发男来到村长的面前，说道：“村长您好，我先带着这些孩子进去吧。”
“谢谢您，忍者大人。”村长说道。
然后转过身子对孩子们说：“孩子们，你们待会儿先跟着忍者大人进入忍界神社觉醒查克拉，我在外面等着你们。”
“好！”孩子们异口同声地说道，然后跟着白袍男走进了神社中。走到一个广场，然后停下，白袍男说道：“待会儿我叫到名字的人，就上来。”
“好！”孩子们说道。
“佐藤灵鸾。”白袍男喊道，然后一个小姑娘走上前来，白袍男说道：“走到这个法阵里，待会儿都听我指挥。”
小女孩走到法阵中，白袍男立马运起身体里的查克拉，然后驱动法阵，法阵瞬间笼罩了女孩，过了几分钟，法阵恢复原样，白袍男将一个水晶球递给女孩，女孩拿着水晶球，然后将手放在了上面，水晶球的颜色瞬间由无色变成了蓝色。
“嗯.....水属性.....下一个....”白袍男满意地点点头，然后让小女孩下去了，接着继续叫人上来觉醒属性。
中午，莲太郎和红芭一起到神社的花园吃便当，下午，终于到了神藏莲太郎，白袍男呼唤着他的名字，他立马高兴地走来，白袍男还是按照正常的觉醒仪式流程做事，过了几分钟，他觉醒完成，白袍男也将水晶球递给他，他用左手拿好水晶球，右手放在水晶球上。
过了很久，水晶球没有由无色变成其他的颜色，白袍男无奈地摆摆手，示意他下去，“哎，居然出来了一个觉醒了查克拉却没有属性.....这个孩子这一生.....废了啊....”
莲太郎也知道了自己没有觉醒出自然属性，也就是只有查克拉而不能释放遁术，还是跟普通人差别不大，内心十分地伤心，等红芭觉醒完了后，就立马跑向无名村，红芭见哥哥又跑了，也知道了哥哥并没有觉醒出属性能力，立马追了上去。
“哥哥，等等我啊！”红芭因为是女孩子，没有莲太郎跑得快，只能看着莲太郎渐渐消失在自己的视野里，自己也知道回到村长那里，然后立马跟村长说莲太郎的情况。
莲太郎伤心地流着泪，不论方向，一直沿着路跑着，眼角流下的泪水随着风一起飘走，不知道跑了多久，他再也没有力气跑了，只好慢慢地走，走着走着就到晚上了，他也走到了自己根本不知道的地方。
他走到了一个石洞前，因为自己已经没有力气了，又饿又累，于是走进洞里寻找有没有什么吃的。石洞中，周围的石壁上画满了壁画，虽然莲太郎根本看不懂，他只好继续深入，洞中居然有许多光源照亮了通往洞内的路，他顺着路向前走着。
走到了石洞的深处，有一个像是供奉台一样的地方，上面是一座紫色大鼎，旁边有一些馒头，他立马跑到大鼎旁，拿着馒头就吃了起来，吃完了馒头后，他好奇地看了看鼎内。
鼎突然发射出一道紫光，一个紫色的葫芦就出现了，他好奇地将葫芦从鼎内紫光中拿了出来，摇了摇葫芦，发现里面根本没有东西，于是他打开了葫芦，一团紫色的雾气瞬间喷了出来，他就晕了过去。
供奉台的整个直接转了过去，一个黑色长发的女子走了过来，见那女子大约十八九岁年纪，身形苗条，大眼睛，皮肤如雪，脑后露出一头乌云般的秀发，简直可以用“回眸一笑百媚生，六宫粉黛无颜色。”来形容他的美貌。
小姐直接将他抱了起来，她看着神藏莲太郎，看到他的右手拿着紫色的葫芦，她惊讶道：“怎么....怎么会.....他居然获得了忍者葫芦的认可....这个孩子先天并不好，却获得了忍者葫芦的认可.........我必须要收他做我的弟子。”
她利用忍术·记忆读取之术，然后走到了无名村，然后将莲太郎送回了家。因为莲太郎的失踪，他的父母和其他村民找了很久，最后都放弃了寻找。
他的妈妈来到莲太郎和红芭的房间，悲伤地看着莲太郎的床，突然看见莲太郎躺在自己的床上沉沉的睡着，她非常惊喜，立马跑出来把这个消息告诉了红芭和莲太郎的父亲，他们都呼了口气，然后都马上洗完澡就睡了。
作者过来填个坑，只要觉醒出一种查克拉属性，你的这个属性就比其他属性要强，所以一旦觉醒出一个属性，你就可以释放所有属性的忍术，但其他属性始终没有你刚开始觉醒的属性要强。
