很自然地，倪嗣冲在第一时间把冯国璋准备召开南京会议的事情告诉了袁世凯，袁世凯得知消息后，立即判断出冯国璋召开这次会议的目的。
据说，当时袁世凯就对王士珍说，南京会议看起来是北洋政府各省一次商议国事的大会，其实商议的所谓“国事”“实不啻由予手中攘夺大柄”，也就是商议如何从袁世凯手中夺取大权。然而，就算是袁世凯对冯国璋召开南京会议的意图了如指掌，此时的他也确实没有办法加以阻止了。
他能够做的，就是一方面从表面上对冯国璋表示极大的信任，想要用昔日的交情打动冯国璋，并答应给予冯国璋对将来的南北议和以“自由决断”的全权，以及对南北议和过程之中各种提案的“审核之权”。即便是南北议和没有取得成功，袁世凯表示，冯国璋依旧可以“参与重要军政”。
在另一方面，袁世凯则派出了自己的不少心腹，比如蒋雁行等人，暗中破坏会议的进行。而袁世凯所使用的手段，则是利用冯国璋、张勋以及倪嗣冲三人之间意图的不同，抓住间隙制造矛盾，从而达到分裂大会的目的。实际上，这一招就是典型的“反问计”。
一切准备就绪之后，南京会议按照既定日程于1916年5月15日召开。
很显然，由于袁世凯的从中破坏，这次会议从一开始就十分不顺利。大会虽然在15日就开始了，但是开会的头一天，偌大的会场上却稀稀拉拉地坐着很少的代表。
无奈之下，冯国璋只好延迟了第一次会议的时间。一直到18日，各省的代表才陆续赶到南京。于是，冯国璋召开了第一次会议。就算这样，当天与会的代表总共也只有23人。
会议召开后，与会代表一致推选冯国璋为大会的主席。这是预料之中的事情，大家虽然目的各异，但是都不会在这件事情上斤斤计较。
很快，大会就开始了第一个议题的讨论，这个议题自然就是袁世凯在取消帝制之后的去留问题。在第一轮的发言中，山东将军靳云鹏的代表丁世峰首先发言。他表示，在当前的局势下，已经身败名裂的袁世凯应该“暂弃尊荣”，也就是立即交出手中的权力。
对于丁世峰的发言，冯国璋并没有表态，相反，江西代表何恩溥、湖北代表杨文恺以及胡南代表胡瑞麟都表示了赞同。紧接着，山西省和吉林省的代表也附和了丁世峰的意见。这样一来，在会议一开始，袁世凯一方就处于了劣势，会场上弥漫着一股强烈的反袁气氛。
18日会场上的情况，很快就由暗中安排进会场的人告知了袁世凯。袁世凯得知消息后，自然十分气愤。
为了扭转局势，他立刻命令统率办事处，给大会发去了一份措辞严厉的电报，对丁世峰、何恩溥和杨文恺等人不仅痛加指责，而且还语带威胁之意。
袁世凯的意思很明显，就是要丁世峰等人知道，自己虽然处于被围攻的境地，但是实力还是有的，千万不要把自己逼急了，不然后果会很严重。
在发了一封电报之后，袁世凯依旧不放心，干脆让倪嗣冲带着一支全副武装的卫队，于19日开到了南京，这自然也是为了给那些反袁势力一个下马威。不仅如此，在20日的大会上，倪嗣冲还按照袁世凯的部署，抢在第一个发言。
大家想都想得到，倪嗣冲发言的主要内容，肯定就是要全力维护袁世凯的地位和权力。在倪嗣冲看来，根本不能动摇袁世凯的总统地位，因为一旦动摇，中国的政局将会出现四分五裂的局面。既然如此，为了防止出现如此糟糕的状况，在这次会议结束后，与会的未独立各省就应该团结起来，一起剿灭那些宣布独立省份的护国军。
倪嗣冲的一番发言，几乎将原本是为了南北议和而召开的南京会议变成了一次动员剿灭护国军的会议，真是让人啼笑皆非。
倪嗣冲的上述举动确实起到了预期的效果。就在倪嗣冲抢先发言的当天，那些先前还极力主张袁世凯必须立即下台的与会代表们，面对倪嗣冲的嚣张气焰开始害怕起来。他们要么在接下来的讨论时沉默不语，要么就干脆放弃了先前的主张，反而同意倪嗣冲的意见，认为应该暂时保住袁世凯的总统地位和权力。
实际上，别说是作为这些单个实力并不强大省份的代表，就连冯国璋本人，也对倪嗣冲的发言感到震惊和顾虑。在冯国璋看来，现在自己处于左右为难的地步了：要是直接对倪嗣冲的嚣张行为还以颜色，那么就意味着与袁世凯撕破了脸皮，并且一旦其他未独立省份因为倪嗣冲的恐吓而不与自己合作，那么仅凭着自身的力量，冯国璋还是担心不是袁世凯的对手。可要是因为这个原因而放弃掉自己一直以来的计划，那么冯国璋心底上又是难以接受的。
就这样，一时间冯国璋陷入了顾虑重重之中，不知如何是好。但是，长期以来锻炼出来的政治智慧让冯国璋意识到，关于袁世凯去留的问题实在是太棘手、太敏感、太致命了。既然可能会因为这个问题无法达成一致，甚至导致更危险局面的出现，那还不如干脆避而不谈。
这样想过之后，冯国璋就以袁世凯的去留，南京会议并没有权利决定为理由，回避了这个十分要命的问题。但是，在这样做的同时，冯国璋又想出了一个制约倪嗣冲和袁世凯的办法，那就是向大会提出，应该邀请南方独立各省派出代表参加会议。冯国璋的意图很明显，就是要想找来独立各省帮助自己，压制倪嗣冲的嚣张气焰，进而慢慢实现自己的目标。
对于冯国璋的这个提议，多数与会代表表示了支持。在这些代表们看来，参加这次会议本来就是要逼迫袁世凯退位并交出权力，可是这个倪嗣冲却如此嚣张跋扈。现在，冯国璋想到找来独立各省的代表对抗倪嗣冲，他们自然是求之不得。然而，南方各独立省份的代表却并没有派出代表前来参加南京会议。这又是怎么一回事呢？
原来，当这些省份听说此次会议竟然还在纠缠于袁世凯是去还是留这样的问题时，直接就表示，关于这个问题，在“和平解决”八条大纲提出时就已经解决了，那就是袁世凯必须立即退位，哪还需要专门开会讨论呢？再加上这些省份听说倪嗣冲带着军队恐吓与会代表，考虑到所有这些事情，南方各独立省份就不想参加会议了，这样一来，冯国璋的如意算盘也就落了空。
本来，冯国璋想的是，通过召开这次会议，自己表面上当一个和事佬，实际则在调和南北矛盾的同时做大。可是，形势的发展却并不有利于冯国璋。
一时之间，他认为局势会变得对自己很不利，甚至还向女婿陈之骥流露出想到日本避难的念头。
在这样的情况下，无心恋战的冯国璋于5月30日宣布解散南京会议。同时，他还宣布，自己暂时无意于参加各种有关全国政局的会议，只是想一心保护好江苏省的民生和秩序。至于那些原本主张袁世凯必须立即下台的与会代表，则被倪嗣冲拉到了徐州，参加了一个由张勋主持的，意在与南方独立各省作对的徐州会议。
南京会议的失败，实际上不仅仅让冯国璋心情不好，而且也让袁世凯忧心忡忡。大家会觉得，南京会议没有取得成功，袁世凯应该高兴才对啊。然而，袁世凯经过这次事件，已经彻底认清了冯国璋。在袁世凯看来，此时的冯国璋已经跟自己完全形同陌路了，别说是支持和帮助自己，冯国璋只要不明着反对自己就算是幸运了。
正是由于这个原因，南京会议结束后，袁世凯就对人说：“滇黔反侧，远在边地，尚非紧要。浙粤之变，余亦另有把握。冯乃我手下最有力量之人，彼竞公然宣布叛言，遂使各省皆为摇动，大事益为棘手，令予进退维谷。”由此看来，袁世凯一直忌惮的都是自己的老部下冯国璋。
也就是在如此的忧心忡忡下，加上其他政事的折磨，袁世凯的身体状况出现了问题。实际上，还在1916年2月的时候，袁世凯就已经感觉到身体很不舒服。据说，他整天都觉得精神十分疲倦，很想睡觉可是又睡不好，弄得精神萎靡不振。
本来，这些病症只要用中药调养，同时好好休息、身体健康便可以得到好转。但是，在这之后，又连续出现了4月的广东、江西宣布独立，而5月中旬，陕西、四川和湖南三省又先后宣布独立。这样一来，袁世凯的精神一直都处于极度紧张之中，根本就没有得到很好的休息和调养。
到了6月1日深夜的时候，他的病情突然加重，据说是“小便不通”，“苦闷焦躁殊赏”。最终，这位晚清枭雄怀着绝望的心情，于6月6日上午病死在了自己的府邸中。
