在水师日久，焦开积逐渐看出，随着战功的扩大，水师内部日渐腐败起来，军营里一切坏的习气，水师不仅全兼足备，而且大有发展。当官的欺压当兵的，强者凌辱弱者，比比皆是。当兵的最怕打仗输了同伴不救援，绿营此风甚烈。曾国藩建湘军之初，鉴于绿营这种恶习，曾以斩金松龄之首来力矫弊病。湘军初建的那几年，的确败不相救的情形较少。尤其是水师，在彭、杨率领下，更注意互相帮助。到了咸丰末年，湘军中这种好风气已所存不多了，见死不救，临阵各顾各则成为普遍现象。这时，哥老会在湘军中应运发展。刚开始时都是一些处于低下地位的勇丁参加，他们在营哨中拜把结兄弟，提出“有福同享，有祸同当”的口号，并以此作为严格的会规。这种团结起来的力量维护了弱者的利益。尤其是在打仗时，凡是哥老会的人都结成一伙，胜则挽手向前，败则抵死相救。
在一次战斗中，焦开积驾着一条小舢板冲进太平军船队，结果被团团包围，眼看就要面临灭顶之灾。正在这时，他的一个朋友赶紧驾了一条舢板冲了进来，紧接着有十几条舢板也冲了进来，拼死拼命地把焦开积抢出。死里逃生，焦开积分外感激那个朋友。朋友告诉他，是哥老会的袍哥们帮的忙。从那以后，焦开积参加了哥老会。在以后的战斗中，他靠着袍哥们的帮助，几次逢凶化吉。哥老会的力量逐渐强大，当官的也必须依靠哥老会才能站得住脚，不少将领也入了会。后来湘军陆师裁撤，不少袍哥在外流浪惯了，不愿回原籍，便以哥老会为组织，成团成伙地流落各地。在这种形势下，水师里的哥老会很快发展起来。大家说：“在江湖上混，朝廷靠不住，要靠我们自己捏合起来。”
曾国藩听了焦开积这段陈述，心中甚是不快。哥老会在他亲手创建的湘军中活动如此猖獗，这是他所没有料到的。
“焦开积，你刚才说也有不少军官加入了哥老会，你听说过最大的官职是多大？”
“老中堂，我也只是道听途说，不一定准确，说出来您老莫见怪。”
“你说吧，不管是谁都不要紧。”
“我听说哥老会后来在吉字营中人数最多，萧孚泗、李臣典、朱南桂、熊登武等人都入过，只是瞒着九帅一人。”
曾国藩大吃一惊。萧孚泗等人都参加过哥老会，这怎么可能呢？见曾国藩满脸惊愕怀疑，焦开积索性把这个秘密全部揭露：“老中堂，你可能还不知道，萧军门现在虽家居湘乡，他手里仍控制着几千哥老会。袍哥们都说：国家多事，洋人强梁，皇上又年幼，老中堂又体弱，说不定不久天下又要大乱，那时还要我们哥老会出来收拾危局。”
“一派胡言乱语！”曾国藩骂道，不过声音微弱，显得有气无力。
焦开积被戈什哈带走了。曾国藩心里有一种大不祥的预感：这些星散各地的湘军旧部，很有可能会在某一天重新聚集在一起，昔日保护朝廷渡过难关的功臣，将翻脸成为反抗朝廷的叛逆！这是多么可怕的事情。当然，曾国藩想，在他活着的时候，这种事情绝不会发生，只能在他死后出现，但即使是死后，他也决不能容忍。真的发生那种事，他的子孙都会被斩尽杀绝，他和他的父、祖的坟墓都会被挖掘，尸体将会被鞭挞焚毁，一切称颂他的文字都得改写，他将永远遭后世唾骂，遗臭万年。而现在其人已众多，其势已蔓延，既无法劝告他们改邪归正，更不能公开镇压。“唉，这或许是气数使然！”他重重地叹了一口气，重复这一句他近来常想起的话。
他草草结束这场对哥老会劫法场大案的审讯，并吩咐彭玉麟、黄翼升不要给他们任何处置，今后在水师中也不要再提起哥老会的事。
通过这次审讯，曾国藩愈加看出张文祥这个神秘人物的背景非比一般，必须从速判决，否则随时都有不测之变发生。
钦差大臣郑敦谨也从栖霞山回到江宁城内。这个以精于岐黄著称的刑部尚书，历官三十余年，对世事人情的洞明毫不逊于他的医术。他从慈禧太后并不急着催他出京，窥视出朝廷对此事的微妙态度，又从沿途以及到江宁后所听到的各种传闻中，隐约察觉到此案的复杂棘手。提审张文祥后，他一眼就看出刺客是个少见的顽梗之徒，此种人极不易对付。因此，他借口病未痊愈，每天只在江宁藩司衙门读书写字，修身养性。关于马案的一切，他都以曾国藩的意见为意见，用极为恳切谦虚的态度，将处理这桩奇案的担子完全压在曾国藩一人的肩上，为应付日后的麻烦，狡猾地留下一条退路。
曾国藩对郑敦谨的用心洞若观火，但这对他有利。他开始构思结案的奏报。张文祥的供词无疑不能上奏，涉及马新贻的言辞也须小心，至于沟通回部的传闻，更是牵涉到朝廷大计，丁蕙蘅谋杀一说，又与丁日昌搅在一起。所有这些，都不能触及一字，否则将遗患无穷。如何措辞呢？他亲拟的奏章成百上千，唯独这篇难以下手。
“大人，我和叔耘商量，决定把马制军这个案子查个水落石出。”吴汝纶推门进来，后面跟着薛福成。
“你们有新发现？”曾国藩问，并招呼他们坐下。
“没有。”吴汝纶答。
“你们有什么法子可以查个水落石出？”
“我们两人想好了，决定微服私访。”薛福成说。案子的重大、案情的迷蒙、牵涉面的深广，吸引着这两个涉世不深又正直有事业心的热血青年。他们极为敬佩铁面无私的包公，想学习他的品格，模仿他的方式来侦破马案，不管此案涉及何人的头上，哪怕真的是醇郡王主谋也不在乎！
“微服私访？”曾国藩的嘴角边露出微微一笑，“你们打算从哪里访起？”
“大人，这个案子目前暴露的疑点很多，只要认真查，自有下手之处。”心直口快的吴汝纶立即接话，“张文祥的‘养兵千日，用在一朝’的话已说得很明白，他是受人指使的，而且此话已由魁将军上奏太后、皇上，又公之于《京报》，普天下都知道。倘若这背后的指使者不查出，如何向世人交代？”
曾国藩沉吟不语。这几句话的确击中了要害，没有查出幕后指派人，能叫结案吗？
“卑职想，从现在所得到的线索来看，幕后的人不外乎这几个。”吴汝纶掰起指头数着，“浙江海盗龙启云，法华寺的和尚圆灯，丁中丞的公子丁蕙蘅。”
“还有，”薛福成补充，“京师的醇郡王！”
曾国藩微微一怔，随即在心里做出决定：必须制止他们的荒唐之举！
“不必你们再去微服私访，马制军这个案子我已经查清楚了。”曾国藩严肃地指出。
“查清楚了？”吴汝纶惊奇地睁大眼睛。
“幕后指使者是谁？”薛福成忙问。
“指派张文祥谋刺马穀山的人，就是十恶不赦的江洋大盗龙启云！”
“真的是他！证据呢？”吴汝纶觉得奇怪，他以为张文祥多半是丁蕙蘅重金买通的死士。
“还要什么别的证据呢？证据就是张文祥自己的招供。”曾国藩显然被这个问题问得不悦，他以斩钉截铁的口气公布，“张文祥乃漏网长毛，与马穀山既有前仇，又有新怨，复受海盗龙启云收买，遂以死行刺。案情就是这样清清楚楚的，你们不必再节外生枝了。”
吴、薛二人扫兴退出。屋子里，曾国藩倒大大地松了一口气：刚才还迟疑不能落笔的奏报，被他们这么一逼，不就逼出来了吗？他很快草拟了一份奏稿，派人送给郑敦谨过目。郑敦谨看完后没有改动一个字，当夜便送回来。第二天，这份奏章便以刑部尚书和两江总督会衔的名义拜发。
半个月后上谕下达，张文祥凌迟处死。临刑前，马新贻的弟弟马四买通刽子手，要他们在张文祥的身上割三百六十刀，才让他断气。杀张文祥的那一天，围观的百姓达数万之多，两个刽子手像剔鱼鳞似的从张文祥的全身取下一块块血淋淋的肉来，张文祥至死没有哼过一声。这真是个天底下独一无二的硬汉子！围观的百姓无一不在心里为之惋惜，发出赞叹。刽子手行刑后，马四又操起一把牛耳尖刀，划开张文祥的胸膛，取出心脏来，在马新贻的灵前祭奠。
马四的这个举动引起曾国藩的深思：马家对张文祥有着深仇大恨，这幕后操纵者实际上并没有查出来，倘若今后遇到什么机会，马家对此案提出疑问，那又多出一些麻烦。再说，马新贻的先世也很可能是回民，目前陕甘新疆回民正在闹事，如果让他们抓住马案做借口要挟朝廷，于国家安定亦大不利，必须给马新贻身后以破格之荣，方可堵住西北回民之口。曾国藩想到这里，又给朝廷拟一奏稿，请赠马新贻太子太保，予骑都尉兼云骑尉世职，并请在原籍菏泽及江宁、安庆、杭州、海塘等立功之地建专祠。郑敦谨照例同意，于是又会衔上报，朝廷一概照准。
有清一代空前绝后的谋刺总督案，就这样宣告了结。
