为了从正面进一步证明“上帝从无创造出世界”，托马斯·阿奎那根据亚里士多德关于效果与原因、被动与主动、潜能与现实等理论，先后进行了11个证明。，现列举其中之一：“假设某些东西是上帝创造的效果，而在这某东西之前或者已存在着另一东西，或者不存在任何东西，如果：不存在任何东西，则证明了这个命题：上帝创造某东西这一效果时，并没有应用任何预先存在的东西。反之，如果在这某东西之前已经存在着某些东西，则可以不断推论下去，然而哲学家在《形而上学》第2卷第1和第2章已经证明，关于自然界的原因，不能永远推论下去的，因而就要推到一个没有比之更先的第一个东西。这第一个东西，只能是上帝本身，因为本书第1卷第17章已证明，上帝不是任何事物的质料，但上帝又不能不是万事万物的原因。所以结论是：上帝创造万物这效果，并不需要备用材料，而是由于自身的活动”。
通过以上反面和正面的反复证明，托马斯·阿奎那感到“上帝从无创造出世界”的问题已经圆满解决。这个问题不仅理智可以认识，而且哲学家通过推理也完全可以证明。所以，他接着又用很长的篇幅阐述亚里士多德的世界永恒性问题。
托马斯·阿奎那认为，世界永恒性的命题是没有说服力的，但是又是难以驳倒的。
首先，他提出，无论从上帝方面还是从万事万物方面提出世界的永恒性，都是没有说服力的。他说：“有些人坚持这样一个论证：万物必然是永恒的。这和基督教信仰是相矛盾的，因为基督教主张，除了惟一的上帝永恒外，所有事物的存在都是有所开始的。”他认为，那些主张世界永恒的人，或许只注意到上帝本身、上帝的活动和上帝的意志等永恒性，而忽视了其效果是有条件的。因与果不一定是同时的，目的与作用无法保证成正比。另外，就万事万物而言，更没有充足的理由使人们相信世界的永恒性。他说：“无论生与灭或运动，都无法证明万物是无始无终的。
无论时间或空间，即使有人在说时间存在时，可以把时间理解为无始无终而永恒的，但也只是想像中的假设；即使有人在说天外有天时，可以把天以外的天理解为无边无际而永恒的，但也只是想像中的假设。所以，从万物方面提出种种理由来证明世界的永恒性，显而易见是没有说服力的。总之，无论从上帝方面，或者从万事万物的方面提出世界的永恒性，都是没有说服力的。”显然，托马斯·阿奎那忠于基督教信仰，坚持基督教观点，为基督教关于世界在时间上有始有终这条教义作论证。
其次，托马斯·阿奎那又认为，世界永恒性的命题无论是在教会还是在理论上都是难以驳倒的。他说：“没有确切的根据足以驳倒世界永恒的意见。”《圣经》上只是记述了。世界在时间上有一个开端，但没有任何论证。也没有哪一位科学家或哲学家能够证明这个世界有一个开端的时刻。即是说没有什么人证明过世界有始有终，这就从反面说明了世界无始无终也是难以驳倒的。托马斯·阿奎那还指出，世界无始无终的永恒性并非不可能，从理论上讲，无始无终的创造是能够成立的。他说，仅就“创造”这项工程来说，无论有始或者无始，都不会影响上帝，使上帝本身发生任何变化。上帝是永恒的，他可以在“永恒”中创造世界。所以，世界永恒性的命题是难以批驳的。
托马斯·阿奎那既相信世界有一个开端，又承认世界是永恒的。在他看来，理性所推理的情况与信仰所告诉人们的事情是不矛盾的。理性与信仰的关系很复杂，其中的奥秘一时难以理解也是不足为奇的。看来，托马斯·阿奎那决不会违背教义，也不会不顾客观事实放弃亚里士多德的学说，为了避免理性与信仰、哲学与神学的矛盾，协调它们之间的关系，他要用亚里士多德哲学论证基督教教义，从而寻找一条两全其美的道路。
然而，基督教教会内部的奥古斯丁主义者们，对这条两全其美的道路是不理解、更不能接受的。他们指责托马斯·阿奎那违背教义，用亚里士多德说教反对传统神学理论，是同自然主义世界观的阿威罗伊一伙同流合污。如鲍纳文多拉就直截了当地说，不能由于上帝本身的永恒性，便假设上帝可以在“永恒”中创造世界。“永恒”和“创造”这两个概念是矛盾的，在永恒中创造世界是不能成立的。
对此，托马斯·阿奎那十分恼火，他痛恨奥古斯丁主义一类的保守派不光明磊落，一直到5年之后还写了一篇题为《论世界永恒性驳窃窃私议者》的文章，驳斥保守派的观点。文章指出，创世概念不是一个时间性的概念，而只意味着“有一个起源的原因”。重申自己同他们一样忠于基督教信仰，坚信《圣经》中的创世说。同时也承认亚里士多德主张的世界永恒性不是没有道理的，劝告保守的奥古斯丁主义者，不要由于信仰而无视理性和排斥推理，对世界永恒性只是简单否认，并不能够解决问题。
（2）灵魂是肉体的形式。
《反异教徒大全》第2卷，用了许多篇幅阐述灵魂问题，认为肉体并不是灵魂的覆盖物，也不是灵魂的监狱。相反，灵魂是肉体的形式，是使肉体成为它所是的那种有生命的肉体的东西，就好像钥匙的形状是使钥匙成为一种特定的钥匙的东西，一个音符的高度是使它成为一个特定的音符的东西一样。在这里，托马斯·阿奎那批判了柏拉图关于灵魂与肉体联结的学说，批判了阿威罗伊学派关于理智灵魂统一陛的理论，吸收并改造了亚里士多德的观点，阐明了他的“理智灵魂”观。
托马斯·阿奎那在论述灵魂之前，首先对灵魂一词作了广义的辞释，他说，对任何生物来说，“魂”是至关重要的，“魂”是“有机生物体的首要活动”，惟有“魂”才能使某种东西成为活的。没有“魂”就没有生命。他举例说，植物之所以能生长是由于“生魂”；动物除了生长之外，还有感觉，应统称为“觉魂”；人们除了具备植物、动物的各种能力之外，更可贵的是有思想，有理解和思维能力，这就是“理智灵魂”，简称为“灵魂”。他认为，“生魂”、“觉魂”和“灵魂”由于等级不同，就造成了不同的生命，其中人的灵魂最为高级。他说，人不仅具有植物和动物那样的生活活动能力，而且还能实现更高级的生活活动，即为一般植物和动物不可能有的理智活动。所以，人的灵魂在所有的生物生命中是最高级的。
托马斯·阿奎那公开申明不同意柏拉图的主张，他说：“柏拉图及其追随者主张，理智灵魂与肉体的结合，不是像形式与质料的结合那样，而是像发动者与被动者那样的结合。他们说灵魂在肉体里，如同水手在船舱里，因而灵魂与肉体的结合，无非是力量的联结。可是，这种说法看来并不符合事实，因为力量的联结不会组成一个绝对统一的东西。然而，灵魂与肉体的结合所组成的是一个人。所以，按照前面的说法，人不是一个绝对统一的存在者，而是偶然联合的存在者，人不再是个‘单个’的人。”他接着说：“为了避免这样的结论，柏拉图曾提出，人不是灵魂和肉体构成的一种组合，而是灵魂使用着肉体。”“可是，这种论证是不能成立的，因为人和动物的本质，惟有灵魂才是真正的本质，这与实际情况不符，因为灵魂既不是感性的东西，也不是物质的东西。所以，主张人和动物是灵魂使用肉体，而不是灵魂与肉体结合而成的东西，这是不能成立的。”在这里，托马斯·阿奎那不仅批判了灵魂寓于肉体的主张，而且也批判了把肉体作为工具被灵魂所使用的观点。所有这些无疑是对以奥古斯丁为代表的基督教传统理论的批判改造。因为奥古斯丁曾经说过“人是一个拥有理性而宜于管理肉体的实体”，“人是一个有理智灵魂并使用一个能死的和现世的肉体”。这里体现了托马斯·阿奎那反对教会传统的革新思想。
