高一那年夏天，森岛帆高离开位在离岛的家乡，独自一人来到东京，拮据的生活迫使他不得不找份工作，最后来到一间专门出版奇怪超自然刊物的出版社担任写手。不久，东京开始下起连日大雨，仿佛暗示着帆高不顺遂的未来，在这座繁忙城市里到处取材的帆高邂逅了与弟弟相依为命，不可思议的美少女天野阳菜。
第一次遇见是在肯德基饭店，帆高每一次在此进食时吃的都是最便宜的玉米粥，有一次仅15岁却隐瞒年龄、做着女服务员兼职工作的的阳菜偷偷送给帆高一个汉堡，这是帆高吃过的最丰盛的晚餐。可是，当阳菜的真实年龄被揭穿后，她的兼职工作被迫辞职。
父母双亡，与弟弟天野凪相依为命的阳菜不得不找一份高薪工作，为此，她一直隐瞒着自己的15岁年龄，包括帆高，她都刻意谎称着自己将接近18。
当帆高第二次遇见阳菜，他发现一群小混混正欺负她，帆高带着阳菜跑了一段路之后还是被抓住了，还遭到小混混的毒打，他为了自卫，同时救阳菜，他掏出了之前在角落里见到的手枪，开下了第一枪，差点打中，在小混混来不及反应之时，他们成功逃脱了，但帆高却被警察盯上了，也因此被刻上了“私带手枪”的罪名，到后来甚至成为了通缉犯。
他们来到了一座废弃大楼的顶端，从刚才到现在，天一直下着雨，东京的天气一年前就开始变得异常起来，无法用科学来解释。
“等等就会放晴了喔。”
阳菜告诉着帆高，不久，头顶的乌云逐渐散去，耀眼的阳光洒落街道，仿佛雨水原来，阳菜拥有改变天气的奇妙能力，她的帆高也交上了朋友，此后帆高和阳菜一直密切地待在了一起，他们的这份友情逐渐发展为了爱情。
自从一年前，阳菜便于这个天空连接在了一起。
这背后却隐藏着一个令人冰冷的残酷秘密，阳菜每使用一次超能力都只能使天气暂时恢复晴朗，而且每使用一次她的身体就会变得更加透明，而且使用太多会导致天气的负面效应使天气不断下雨。
因为阳菜利用晴天来赚钱，不得不使用很多次天气之力，使她的身体越来越透明，在严重的情况下，天气会变得出奇的恶劣，必须献祭阳菜，才能彻底换来东京的晴朗。
但阳菜一直都没有告诉帆高真相。
更糟糕的是，帆高“私藏手枪”“离家出走”的事迹被传到了警局，他的父母也贴上了寻人启事，警察正在到处寻找他，这不，直接找到了阳菜的家里来了，阳菜为了隐藏帆高，刻意对警察说了谎，警察又扯到她和凪两个孩童在没有监护人的情况下单独生活是有问题的
“可是！”阳菜大声说：“我们没有给任何人带来麻烦！”
当警察暂时离开后，帆高却得知明天警察会和儿童咨询所的人再来一趟，不仅是帆高遇到了危机，阳菜姐弟也面临问题，他们的心一团糟。
“怎么办，我们要分开了！”帆高衣兜里的手机突然阵阵作响，掏出来一看，发件人是须贺先生。
“帆高，不得了了，警察……”
须贺先生的车就停在外面，他把退职金给了帆高，建议帆高赶快回去
。
“你明天回家吧，这样的话，一切都会回到原来的轨道，挺简单的，搭上渡轮就行了。”须贺先生掏出钱包，用手数着钞票。
“对所有人来说，都是最好的。”他往帆高手里塞了几张一万日元的钞票，然后看向帆高的脸，帆高露出惨兮兮的表情，快哭出来了吧，须贺从刚才起就一直没有喊他的名字。
“变成大人吧，少年！”
帆高打开公寓的门，房间里一片狼藉，阳菜姐弟俩正往背包里塞行李，阳菜仍盯着手中的活，说道：
“这里已经待不下去了。”
“可是，你们要住哪里。”
“不知道，可是……”
“哪里都可以！”凪爽快地说：“只要和姐姐在一起就行！”
阳菜怜爱地瞄了他一眼，目光又落在手头上，对帆高说：
“帆高，你还是在被送去教育前返回老家吧，毕竟你还有地方可回。”
连阳菜也说出了和须贺先生一样的话，接着，他又向帆高咧了咧嘴，露出像是在安慰小孩子般的笑容说：
“我们会没事的！”
帆高沉默了半天，混乱的心思还是清晰了：“不！我不回去！”
姐弟俩停住手，望着帆高，帆高想起还有自己该做的事情，他的腿脚停止了颤抖，他要守护这两个人。
“一起逃吧！”帆高使劲呼出气喊道。
当天到了傍晚，雨越下越大，入夜后更是异常猛烈，大楼底下一截被烟雨遮掩，顶上一截隐没在浓雾中，中间像是漂浮着的一大块废墟，仿佛是天空的水龙头坏了，雨水像河水一般川流不息，冲洒着这个城市。每个电台都在播送气象信息，八月竟然出现了寒潮，东京市内的气温跌至十摄氏度以下，以及巨大的气旋，反季节的气温甚至已经能危害体弱者的健康，还要拿出外套。
“目前的异常天气在今后数星期内仍将继续！”
帆高陷入忧虑之中，白天他转述了气象神社的神主说的话：“天气巫女是人柱。”这便是这场大雨的起因，帆高回想起了阳菜说的话，自从那以后，阳菜便与这个天空连接了。
他们曾尝试坐地铁，但所有的地铁因为这场大雨全停了，帆高等人不得不回到街上，找一个酒店度一晚。
“你们几个，等一下！”两名穿制服的警官抓住了帆高、阳菜和凪三人，此时他们正在闹市区。
“这种时间怎么只有几个孩子在外面晃荡，很危险啊！”
阳菜不得不撒谎说：“我们就要回家了，我是大学生，他们是我的弟弟！”
“你是姐姐啊，请出示你的学生证！”
“我现在没带着。”阳菜刚说完，一名警官就和帆高对上视线。
“你是高中生吗，背这么大的包？”警官打量着帆高：“可以把帽子掀开一点吗？”
帆高二话不说，冲了出去，但背着沉重背包的他一下子就被交警抓住了。
“妨碍公务！”传来一声怒吼的同时，阳菜也冲过来，奋力推开了警官，警官冒出了怒火，举起了警棍，阳菜迅速交叉双手，叫到：“拜托了！”
紧接着，伴随一声震耳欲聋的轰鸣，一道闪电击中了远处的货车，货车被冲击得飞起，下一瞬间，货车发生爆炸，这吸引了警官的注意，使他们暂时摆脱了警察。
帆高和阳菜成功逃脱，他们还找到一个比较豪华的情人旅馆，却发现凪不在身边。
