小文鸟徘徊在柳枝上，不时望向小女孩和她的爷爷远去的背影，不知道为什么，小文鸟心中对白文鸟贞子有了牵挂，让它那么想知道贞子去了哪里，它在柳枝上犹豫着，最终还是停止了徘徊，向小女孩消失的方向急切地追去。
小女孩和老爷爷走进了屋后栽着老桑树的那所私家花园，老爷爷把鸟笼挂在花园一棵绿油油的山茶树上，然后领着小女孩走进了别墅，不一会别墅里传来了小女孩弹奏的不很熟练的钢琴声。小文鸟沿着小女孩离去的方向，在河岸相连的别墅上空掠过，它在那所私家花园的上空看到了小女孩和她的爷爷走进了别墅，也发现了挂在山茶树上的竹鸟笼。于是，小文鸟停止了飞行，落在那棵它曾经经过的老桑树上。小文鸟看到老桑树青绿的桑叶里结满了黑黝黝的桑果，不时有熟透了的果子从树上掉下来。小文鸟在桑树枝间不停地跳跃，一颗桑果从桑叶中掉了下来，它急忙衔住，那酸甜的感觉沁透了它的心扉，那桑果的滋味美极了。小文鸟忍不住又摘了几颗黑黝黝的桑果吃，它想起了白文鸟贞子，于是也想给它挑一颗最好吃的桑果。小文鸟在桑树上跳来跳去，选来选去，终于发现一颗红彤彤、晶莹透剔的桑果甚是好看，它想这个桑果一定好吃，便小心翼翼地把它采摘了下来，衔在嘴里向那棵山茶树飞去。
透过稀疏的山茶树枝，贞子在鸟笼的巢中孤独地望向天空飘动的白云，想着心事。它感到自己就要忧郁地死去了，身边没有一位可以倾诉的亲人。它想起了京都绚烂的樱花树，想起了父母，想起了兄弟姐妹在一起的快乐时光，还有与它们的聚散与离合，那一切仿佛又出现在它的眼前……
日本有一所著名的鸟类研究所坐落在京都的植物园里，贞子的父母是这个鸟类研究所五年前培育成功的一对基因改良新品种-—白文鸟，它们的羽毛如雪一样纯白无暇，是那样珍贵，被人们喜爱。贞子的父母一出生，就被优雅地安排在植物园一个用银丝焊接的名贵鸟笼中生活，然而它们却没有爱情选择的自由，像一对孤儿，只能为科学实验和人们的喜好而彼此结合在一起。贞子的爸爸妈妈三年一共生育了十个孩子，贞子是去年秋天出生的，同年出生的还有她的一个哥哥和一个姐姐。贞子是父母最后生育的一个孩子，妈妈给它起了一个好听的名字贞子，希望它以后能有一个纯真的爱情，从那以后它的父母便再也没有生育过孩子了。它的父母对贞子疼爱有加，哥哥姐姐也很喜欢它，虽然生活在鸟笼里，但贞子仍旧在那里度过了幸福的童年，听妈妈讲过那些离家的哥哥姐姐留下的趣事。虽然贞子的父母婚姻并不幸福，时常争吵，但却都很爱它们的孩子。然而，随着贞子渐渐长大，它发现自己的父母彼此并不相爱，除了和孩子们在一起，它们很少说话，似乎心中都隐藏着一种无法倾述的痛苦和渴望，这给贞子幼小的心灵留下了深深的创伤，它发誓绝不背叛自己的爱情。
每年贞子的父母都会发现，每当春天樱花盛开的时候，都会有几个刚长大的孩子被一个穿着白大褂的人捉走，这在贞子父母痛苦的记忆中已经有两个年头了，所以它们并不喜欢春天，也不喜欢樱花，然而当今天春天到来的时候，植物园里一簇簇樱花竞相怒放，满园春色却让贞子和哥哥姐姐那么喜欢，它们透过笼子、通过窗户拼命地向外张望，尽管妈妈心中流着泪不让它们看樱花，那樱花却深深地映在贞子的脑海中，从未磨灭。在这个季节，每天夜晚贞子的妈妈总会用它无力的翅膀紧紧将贞子护在身旁，贞子却不知道为什么，甚至想要从妈妈的臂膀下逃离。然而，不幸还是降临了，它的哥哥姐姐还是被那个穿白大褂的人给捉走了，贞子拼命反抗，在鸟笼里翻飞，一只翅膀被鸟笼格栅上的银丝尖刺划伤了翅膀，鲜血染红了贞子的羽毛，它被留了下来。后来，贞子被研究所的一个中国留学生给接走了，他给贞子进行了包扎治疗。再后来，贞子渐渐康复了，被这个中国留学生买下带回了中国，成了这个中国留学生送给他心爱女儿五周岁的生日礼物，来到了这座不夜城。从此，贞子变得孤独，不再言语了，也越来越消瘦了，它在心中一直默默思念着它的亲人，日渐心灰意冷。
小文鸟衔着桑果飞到了山茶树上，它看到贞子在呆呆地望着天空，不知道它在看什么，小文鸟抬头望去，天空除了漂浮的白云什么也没有，山茶树也只有绿油油的叶子在随微风轻动，没有美丽的花儿开放，也没有果实在树上。小文鸟于是跳到悬挂在山茶树上的鸟笼上，鸟笼不禁晃动起来，贞子被鸟笼的晃动惊醒了，它看到小文鸟衔着一个鲜红的果实立在鸟笼外的格栅上，不时微张着翅膀，想把果子送给贞子。贞子明白了小文鸟的用意，从巢里站了起来，跳到小文鸟身旁的格栅上，感激地向它鸣叫着。小文鸟衔着果子从笼子格栅伸进去，贞子有些害羞，它对这个小伙子有了好感，感觉它是那么值得自己信任和依赖。小文鸟第一次和贞子相距这么近，它甚至能听到贞子轻微的喘息声，内心慌乱地不知道如何是好，直直地盯着贞子出神，它被贞子一身纯白的羽毛和俊俏的容颜惊呆了，过了好一会儿，才回过神来，它语无伦次地对贞子说道：“快吃吧，你，尝尝，这是桑果，非常甜！”贞子第一次见到这么漂亮的果实，它看到小文鸟紧张的样子，信任地倾身向前轻轻地咬了一口桑果，这让小文鸟感到从未有过的幸福，可是没想到那桑果酸透了，贞子连忙吐了出来，嗔怒地瞪着小文鸟。小文鸟刚体验到幸福的滋味，便一下子从幸福坠入了深渊，它不解地望着贞子，弄不明白贞子为什么发怒。它有些难过，心想：“我选了最好的桑果给你，怎么能这样对我呢？”贞子从小文鸟的表情感觉到了小文鸟的难过，知道错怪了小文鸟的好心，它想：“也许，小文鸟也不知道这个桑果是酸的。”于是，贞子灵机一动，噗嗤一声笑了起来，对小文鸟说道：“好东西不能一个人独享，我们一人一口分着吃好吗？”说完，它把桑果从小文鸟嘴里叼了过来，冲着小文鸟扮了个鬼脸，把桑果探过格栅伸向小文鸟所在的笼外。小文鸟心里想着桑果的甜美，便咬了一大口，它的表情立马变得非常难堪，那浓烈的果酸味让它窒息，可是在自己喜欢的同伴面前它又怎么能吐得出来呢，小文鸟只好闭着眼睛强咽了下去，过了好一会儿，才从酸麻的酸水中恢复过来。它看到贞子还在冲着它扮着鬼脸，像是在问还要不要再来一口，小文鸟明白了贞子的良苦用意，心中暗暗佩服贞子的聪明。小文鸟不好意思地说道：“对不起，贞子，我不是故意的，我不知道这个漂亮的桑果是酸的，我知道什么样的桑果是甜的了，等我马上重新挑一个桑果给你，保证甜！”说完，小文鸟衔起贞子嘴里的那个桑果，把它扔到了地上，便迅捷地飞走了。其实，贞子从小文鸟吃那个桑果的憨样，已经知道小文鸟不是故意的了，它看到小文鸟诚实地承认了过错，心里更加喜欢它了。
不一会儿，小文鸟便衔着一颗黑黝黝的大桑果飞了回来，而贞子也一直在鸟笼边等着它归来。小文鸟衔着这颗黑色的桑果，贞子把整个桑果都吃掉了，那桑果真甜，贞子从来没有吃过这么好吃的果子，到中国以后也从来没有这么开心过，它笑的是那样甜，这些小文鸟都看在眼里，喜在心上。小文鸟知道，贞子喜欢它，这对它来说已经足够了，毕竟自己现在还只是一只孤独流浪的小鸟。黑黝黝的桑果把它们的嘴巴都染成了深紫色，它们互相看着彼此像画了妆的样子，都忍不住哈哈大笑起来。小文鸟看到贞子很快就吃完了这颗桑果，知道它很喜欢，便又去老桑树衔了一颗熟透了的大桑果，贞子没有独自享用，坚持要小文鸟和它一起分享，这颗桑果于是在它们的嘴里、笼子里外不停地变换着位置，变得越来越小了，这两只小鸟就这样幸福地分享着这颗桑果，体验着爱情的甜蜜。贞子又用鸟笼白瓷瓶里的清水把自己和小文鸟染色的嘴唇洗得干干净净，于是它们又恢复了原来的模样。
七月的不夜城天气格外炎热，不知不觉晌午的太阳便照在当空。小文鸟和贞子的内心也像这炎热的天气一样充满了热情，不停地窃窃私语，说着知心的话。贞子把它所有的秘密都告诉了小文鸟，从哪里来，它的悲欢离合，还有故乡的樱花树。小文鸟惊呆了，它没想到贞子有这么多传奇的经历。贞子望着眼前的小文鸟，想起还不知道它的名字，忍不住轻声地问道：“你叫什么名字呢，现在可以告诉我了吧！”小文鸟没有言语，它知道爸爸妈妈没有给它起过名字，自己从出生便不过是一只普普通通的宠物鸟，怎么能有高贵的名字呢？在它懵懂的时候，小文鸟总以为自己是神的孩子，将来会无所不能，无所不会，经历过这么多沧桑，它才知道自己是多么的平凡，不过如尘世间的一粒灰尘，心中并没有神的光环，只能用平生所积累的经验和力量在坎坷中挣扎。小文鸟不想欺骗贞子，它把自己的一切也都告诉了贞子，它没有名字，不过是一只逃出笼子的宠物鸟，为了生存，成了孤儿。小文鸟讲述的那些痛苦经历和飞向故乡的梦想，深深打动了贞子，也让它知道了小文鸟的梦想，它想起了再也回不去的京都，想起了那里的亲人和自己的伤痛。贞子没有想到眼前的这个小伙子是如此的坚强，飞了那么远，它的眼睛湿润了，它知道自己已深深地爱上了眼前的这个小伙子。贞子此刻多想紧紧拥抱这个小伙子啊，好让它孤独的心得以慰籍。然而，那层竹格栅将它们分割在两个不同的世界里，它们只能相望，不能相拥。贞子知道自己无法离开这个鸟笼，它羡慕小文鸟的勇敢，不想让小文鸟为它放弃了飞翔的自由，它更愿意小文鸟像雄鹰一样去翱翔生命的天空，实现它心中的梦，这也是贞子藏在心中的夙愿。贞子艰难地抉择着，它不愿意小文鸟为自己在这里苦苦守候，在鸟笼前荒废了一生，它毅然抉择不把这段感情继续下去，好让小文鸟继续追寻它的梦。贞子望着小文鸟，温柔地对它说道：“你该走了，我有些累了。”它不等小文鸟回答，便飞离了小文鸟的身边，转身回到了自己的巢。它静静地卧在巢里，背对着小文鸟，它内心是那样痛苦，心中多想和小文鸟在一起啊，哪怕到天涯到海角它都愿意。小文鸟不解地看着贞子转身飞回了巢里，它不明白贞子为什么会说累了，为什么会突然离开。它无限倦恋地望着贞子，向贞子鸣叫着，希望贞子能告诉它为什么。贞子在巢里紧紧闭着双眼，怕眼泪流出来，任凭小文鸟怎么呼唤也不回头。小文鸟无可奈何，只好离开了鸟笼，飞向了山茶树高高的枝头。它知道自己无法打开那扇被人紧紧锁住的窗户，无法带贞子体验田野里自由的飞翔，它愧疚自己给不了贞子所要的幸福。它们的命运就这样被鸟笼隔成了两个完全不同的世界，互相只能隔岸相望，不能在一起。贞子在山茶树的林荫下一动不动，等待着小文鸟的离去，像是睡着了。小文鸟无奈地抬头望了望天上的骄阳，又回头看了看山茶树下的鸟笼，知道太阳无法晒到入睡的贞子，才恋恋不舍地飞走了。贞子一直等到小文鸟飞走，才转身望着它离去的方向，默默地祈祷小文鸟早点飞回自己的故乡。渐渐地，贞子在巢里睡着了，在它的梦里，小文鸟正陪它依偎在鸟笼里的巢里，它在给小文鸟唱着妈妈教给它的歌……
