袁世凯临终前，曾将老部下及其亲信人物徐世昌、段祺瑞、王士珍、张镇芳等招到病榻前，作临终留言，仅说出“约法”二字就呜呼哀哉了。但大家知道，民国建立后，既有一个南京临时参议院与孙中山制定的《中华民国临时约法》，又有一个袁世凯自己炮制的《中华民国约法》，老袁究竟指的是哪部约法，作为其身后的立国大法，这个答案看来无人能解了。现在的迫切问题是，袁世凯之后谁来担任总统。
若根据《临时约法》，袁死后，当由副总统黎元洪继任之，这依据的是《临时约法》第四十二条之规定，“临时副总统于临时大总统因故去职，或不能视事时，得代行其职能”。但该约法已被袁世凯命令废止。若根据《中华民国约法》，其二十九条也规定“大总统因故去职，或不能视事时，得代行其职能”。这样一来，总统之位应该是非副总统黎元洪代行不可。黎元洪在继任大总统位置方面占据了任何人所没有的优势地位
而按实力，段祺瑞是不二人选。一是他在北洋内部，是反对帝制的第一人，由此获得南方好感。二是袁世凯之后，他实力最强，而且得到大部分北洋同僚的支持。三是他已经具有优势的有利地位，国务总理兼陆军总长，袁世凯之后大权在握，自信有此能力。所以段祺瑞的政治态度最为关键。
当然有资格有野心的还有袁世凯的老朋友徐世昌，虽然没有实力，但在北洋内部颇有影响。但他清楚地知道，他目前还不是核心人物，核心人物只有段祺瑞和黎元洪。所以当大家要他发表意见时，他耍了滑头。徐世昌精明、老到，他深知若在段祺瑞和自己之间选一个人，不仅让两人对立，而且自己还会处于下风，更糟的是会让南方独立各省继续反对北方。但若选了黎元洪，无论依据新旧约法，皆可说得过去，南北两方都无话可说。所以“不言新旧，但言约法，就能够做到两面讨好”。不过这样一来把最想做，也最有能力做总统的段祺瑞的出路彻底堵塞了。于是徐世昌转过来咨询段祺瑞，说到这个意见只是代表自己，最后的决定还要段总理决定（1916年4月21日，北洋政府公布《政府组织令》恢复责任内阁，5月8日，将政事堂改为国务院，国务卿改称总理）。大家心知肚明，于是把眼光都盯向了段祺瑞。此时的段祺瑞如放在热火上熏烤的铁锅，心理火辣辣却说不出一句话来，室内竟沉寂了一刻钟，段祺瑞才冷冷地说了一句“很好”。
其实，段祺瑞的心情很不好。袁临终前，北洋内部就曾决定，在段祺瑞、冯国璋二人中推举一人继承总统之位。但是北洋内部又有分歧，担心一来这样会使北洋集团分裂，二来会遭到南方反对，使国家继续分裂。据张国淦回忆，是否让黎元洪继位，段曾与幕僚、手下开了一夜会，段拿着笔，始终不知如何签署意见，最后终于摔了笔，甩下一句话：“好吧，去接他来吧！”决定还是让黎元洪继任大总统，而自己任总理，实际掌握军政大权。
1916年6月7日，即袁世凯死后的第二天，段祺瑞三次到黎元洪的府上，劝黎元洪根据《约法》代理总统。黎元洪起初是坚决不就的，但段祺瑞口气很强硬地说：“公为副总统，当然继任。”并表示“公出，北京秩序，祺瑞当一人负责”。这段话看似合乎情理，但段祺瑞话里有话，让自己负责一切，分明是不把黎元洪放在眼里。因为清末新军时期段祺瑞早已做了统制、江北提督，革命爆发后做军统、湖广总督，黎元洪充其量为一协统，革命党人枪逼上的都督而已，段祺瑞压根就看不起黎元洪。也算段祺瑞识时务，或者说不得不放弃了自己的想法。
当天，黎元洪在东厂胡同宅府中宣布继承总统之位。而就在当天黎元洪想以大总统的身份给段祺瑞打电话，过问一下京城内外的情况和段的打算时，哪知段对电话根本就不接，对黎元洪派来的张国淦也是板起面孔，冷漠而傲慢地说：“我姓段的说要姓黎的，我的话始终不会改变。无论有天大的事，我姓段的一力承担，与姓黎的不相干。”听这番话，天下事好像都归了姓段的，跟姓黎的没关系了。段祺瑞还把北洋将领反对黎元洪的电文让张国淦看，电文里有嘲讽黎元洪“优柔寡断，群小包围”等语。在张国淦的一番“好事做到底”的规劝话下，段才将这些电文删掉，拍发出去。可见，段祺瑞从黎元洪当上总统第一日起，心里就疙疙瘩瘩，总感觉坐在总统位置上的这位是自己的天大对头。这不可能不为以后府院之争埋下隐患。
这样以黎元洪为总统，以段祺瑞为总理的北京新政府宣告成立。这个新政府在各项政策方面，实在是乏善可陈、乏新可言。新政府成立后首先是为袁世凯办理后事。黎元洪就任总统后发布第一道政令宣布就任，而其中对前任总统袁世凯不无恭奉之词，其中提到“民国肇兴，由于辛亥之役，前大总统赞成共和，奠定大局，苦心擘画，听夕勤劳”。并宣布袁世凯“所有丧葬典礼，应由国务院转饬办理人员参酌中外典礼，详加拟议，务极优隆，用副国家崇德报功之至意”（《大总统申令》，《政府公报》第153号，1916年6月8日。）。之后，北洋政府拨给专款50万元以国丧礼办理丧事，下令所有机关下半旗27天，此间停止民间娱乐。6月6日至6月27日，袁世凯的灵柩在北京停灵21日，接受各界吊唁。23日这天，还由黎元洪亲自主持公祭。28日出殡这天，各地寺庙鸣钟声101下，北京鸣炮101响。接着由政府大员及袁氏族人护送灵柩到彰德安放。
袁世凯墓地不仿效历代帝王称陵墓，也不仿国外政治家称为堂，而取名“袁林”，风格仿照美国总统格兰特的陵园与朱元璋的明孝陵的风格，墓前由照壁、墓道、两重桥、牌坊、石人、石马等石像生、墓碑、前门、祭堂、墓门、墓丘等，可以说完全是中西合璧式的。尤其是墓门由两扇大铁门组成，铁门上面镶嵌有墓徽，支撑墓门的石柱、门框，采取西方圆柱形，钢筋水泥浇筑而成，非常坚固，即文化大革命中的红卫兵想破坏也无可奈何，墓丘亦然。从袁世凯后事安排来看，北洋政府极尽对袁世凯的尊崇，全不顾在护国战争中全国人民对袁氏的声讨，这不能不说是违背民心之举。
在为袁世凯办理丧事期间，北洋集团各派人物云集彰德，但这已是北洋集团人物的最后一次聚首了。袁世凯死后，冯国璋与段祺瑞各立山头，渐形成皖、直两大派系，以后又有张作霖奉系三家鼎立。此外北洋系内部的二流派系如卢永祥的江浙系、陈树藩为首的陕西军阀及交通、安福两派均依附于皖系；齐燮元为首的宁系投靠直系，在直系内部后来又分化为保派与洛派；奉系内部则有新旧派、李景林的直派、张宗昌的鲁派、郭松龄等派别。
而在北洋系之外，地方上也形成各派军阀割据局面。如依附于段祺瑞的山西军阀阎锡山，西南地区则有与北洋军阀对立的陆荣廷的桂系、唐继尧的滇系，以及四川、广东、贵州等省利用护国战争乘机发展起来的军阀割据势力。无疑，袁世凯死后，民国陷入到军阀割据、政治纷争的混乱时代了。
新组成的北京政府实际是以段祺瑞为主的皖系军阀的统治，其统治基本延续到1920年的直皖战争爆发。对于这个新政权来说，对内首先是如何解决南北统一问题，而这个问题的焦点就是《约法》与国会问题。南北方虽然都公举黎元洪为总统，但是“关于黎元洪继任总统的法律依据，成了西南各派系及中华革命党人和段祺瑞为首的北洋集团在袁世凯死后继续斗争的一个重要内容。它不但关系着护国运动的成果问题，也是以段祺瑞为首的北洋集团在袁世凯死后对西南方面和中华革命党人发出的新的挑战”。在《约法》、国会问题上，段祺瑞为首的北洋政府与中华革命党、西南各派及其组成的护国军政府是截然对立的，而且后者采取了拥黎反段的态度。这时的北洋各派也在袁世凯死后，四分五裂，各有打算。如段祺瑞组成督军团企图利用手中掌握的军事力量干预政治，对抗国会，威慑总统黎元洪，并欲借督军团树立在北洋集团中的威望，成为袁死后的新领袖。而冯国璋也不甘示弱，笼络一批北洋将领秘密召开南京会议，对督军团与段祺瑞公开对着干，而且不惜在政治上支持黎元洪、国会与段祺瑞抗衡。因此新政府从成立之初，实际处于风雨飘摇之中，蕴藏着巨大危机。
此外，新政府成立后，外交上，首先面对的就是第一次世界大战的参战问题。由于列强对中国参加一战态度不同，加上北洋系与各政治势力在中国应否参战问题上态度也有极大分歧，因此这一问题也加剧了新政府的不稳定性。新政府在内外诸问题的交困下，从一开始就预示着其命运必然是多灾多难，也预示着袁世凯死后，共和道路仍然是无比曲折的。
