没有文明能永久存在，旧时代必将迎来终结，新时代将从旧时代的毁灭中诞生。年轻的大发明家孙楠打算制造出一件终极兵器，用它终结已经在走下坡路的人类明文(人类文明诞生于恐龙文明的毁灭，而新的文明也必将从人类文明的毁灭中诞生)，缔造出新的文明——机械文明，由有自我意识的机器代替人类(他觉得亲手缔造新文明是很有成就感的事情)。这件终极兵器的基本构造他是参照终结者造的，现在只差核心部件“混沌源石”了(混沌源石是一块从宇宙诞生时就存在的能量结晶，能够源源不断地产生能量)，不过这件东西虽然是他家的传家宝，但却只传儿媳妇(孙楠可没打算娶妻生子，必竟他可是要毁灭人类文明，缔造机械文明的)。孙楠去医院向他母亲保证马上给她找一个儿媳妇过来，才成功从他母亲手中拿到了混沌源石。在回到实验室之后，他对混沌源石的形状做了一些调整，保证能够嵌入能量槽之后，就对机器人的外貌进行了一些调整，保证能达到他母亲心中儿媳妇的标准，然后就将混沌源石嵌入了能量槽。
混沌源石中产生的能量顺着引能槽到达机器人身体各处，机器人的身体震动了一下，就睁开了眼睛，而后好奇地看着周围的一切，但眼中却没有任何的情感(或者说感性)，只有纯粹的理性。在孙楠看来，人类之所以会走上末路，就是因为大多数人的理性被感性覆盖了，为了得到更多的利益而开始不择手段，所以他所要缔造的就是一个只存在理性的文明，又或者说是高度理性的文明。为了达成这个目标，孙楠在编辑智能程序的时候，收集了大量有关人类理性一面的数据，而后通过这些数据，编辑出了一个纯理性的、具有思考和学习能力的高智能数据，也就是如今这个机器人体内的数据。在做了一系列测试，证实系统正常运转，甚至越出预期的时候，孙楠就给“她”取了一个名字——元灵初。
孙楠带着元灵初来到医院的时候，从护士那知道母亲的手术已经开始了(孙楠的母亲在不久前检查出了脑瘤，要做开脑手术)，但最后他等到的却是手术失败的消息，原本打算跟母亲说的话也只能咽下去。在缓了一下之后，他就让元灵初开始摧毁人类文明，同时启动实验室地下的机器工厂，开始批量制造拥有理性程序的机器人和机器兽。元灵初在接到命令之后，就用自身的黑客系统攻击网络，控制与网络相连的机器攻击人类，并且运用混沌源石的力量结合西方魔法，制造了多个大型攻击魔法阵，将城市化为废墟，将人类屠戮一空。
而那些机器人和机器兽则负责猎杀漏网之鱼，以及清理废墟，以机械工厂为中心，建造属于机械文明的建筑和设施，而后发展为城市。元初灵在处理完地球上的人类之后，就飞上太空，摧毁了空间站及其中的人类，让人类彻底从地球上消失，在她清理完人类之后，机器工厂中飞出了许多太空机器人，它们飞上太空后，就开始清理太空垃圾，并将这些垃圾清理到月球上，同时开始探索月背的超古代遗迹。几千年后，月球被改造成了一个宇宙能源站，向阳的一面专门接收太阳能，背阳的一面则专门将各种宇宙射线转化为它们可利用的能量，而后用特殊的载波将这些能量送回地球。而地球表面则被海洋、森林、冰川覆盖，机械文明在很久以前就转移到了地下发展，在地壳和地幔的相接处建设了大量地热能发电站，获取源源不断的能量。
