马士英、阮大铖等阉党余孽所执行的政策，显然是内除忠臣，外谋妥协，以求偏安江左的政策。因此，一切中兴大计，皆置之度外，而日以排除异己，援引私党为务。当时应天府丞郭维经曾上书曰：
圣明御极将二旬，一切雪耻除凶、收拾人心之事，丝毫未举。今伪官纵横于凤、泗，悍卒抢攘于瓜、仪，焚戮剽掠之惨，渐逼江南。而廊庙之上不闻动色相戒，惟以慢不切要之务盈庭而议。乞令内外文武诸臣，洗涤肺肠，尽去刻薄偏私，及恩怨报复故习，一以办贼复仇为事。[12]
给事中陈子龙亦上书曰：
中兴之主，莫不身先士卒，故能光复旧物。今入国门再旬矣，人情泄涾，无异升平。清歌漏舟之中，痛饮焚屋之内，臣不知其所终。其始皆起于姑息一二武臣，以致凡百政令，皆因循遵养，臣甚为之寒心也。[13]
由此看来，当时并非无明达之士，见危知惧；惜官卑职小，其言不足以耸听闻。以当时之形势而论，福王政府之首要任务应该是致全力于军事措置，以准备迎击清兵之攻势。首先应将江北四镇的军队扼河而守，据淮为阵，以进窥河北之势，作退守中原之计。其次应将闽军开赴苏、皖沿江，以扼长江之险，作保卫南都之备。再次，应将左良玉驻屯武汉之三十六营调赴河南，北伐中原，以大张明朝之声势。尽调何腾蛟之湘军出屯武汉，与袁继咸之赣军相为犄角，以巩固长江上游之防守。再次则应调集粤、桂、黔、滇之军，北向中原，以为后续的部队。最后，则应号召沦陷区域的人民，武装起义，从敌人的后部发动战争，以响应明朝的攻守。最好是能进一步招抚李自成、张献忠的农民军，使其卷土西秦，东出关、陕。如此，则敌以倾国来，我亦以倾国赴，天下为清为明，尚未可量也。
但是当时马士英等阉党，正玩弄妥协的阴谋，他们特别强调，国家的仇敌，不是清兵，而是“流寇”，企图以此缓和清兵之进攻。所以左良玉的百万大军始终不令其离武汉一步。而其任务，则为阻止李自成由陕西南窜与张献忠由四川东下。因而在客观上，形成与清兵夹击农民军的形势。《明纪·福王始末》云：“李自成之败于关门也，左良玉得以其间，稍复楚西境之荆州、德安、承天。王进良玉宁南侯，以上流之事专委之。”所谓“上流之事”即堵截李、张之事也。
即因左良玉之军不出，而中原遂空虚无备。即因以“上流之事”专委左良玉，湘、赣之军遂不能前进，西南各省几不知有清兵入关之事。
说到江北四镇，早已骄横放纵，眦睚杀人，拦路劫货如盗贼。应喜臣《青磷屑》（下）有云：“四镇各私设行盐，理饷，总兵，监纪等官，自画分地。商贾裹足，盐壅不行。各私立关税，不系正供。东平（刘泽清）则阳山（山阳）、安东等处，兴平（高杰）则邵伯、江堰等处，多凶横。”由此可以想见一般。
史可法之督师江北，原系马士英之政治阴谋，并非一种有计划的军事布置。但史可法到扬州后，却想把四镇的兵力引用于抵抗外敌。他首先指定四镇的防地，规定其兵额，确定其粮饷。《南明野史》云：“（可法）以总兵刘泽清辖淮、海，驻淮北，海、邳、赣十一州县隶之，经理山东一带。高杰辖徐、泗，驻泗水，徐、泗、宿、亳、丰、砀十四州县隶之，经理开、归一带。刘良佐辖凤、寿，驻临淮，寿、颍等九州县隶之，经理陈、杞一带。靖南伯黄得功辖滁、和，驻庐州，庐、巢、无为十一州县隶之，经理光、固一带。每镇额兵三万人，本色米二十万，折色银四十万，悉听各属自行征取。”[14]同时并奏请政府，晋封黄得功靖南侯，高杰兴平伯，刘泽清东平伯，刘良佐广昌伯，以奖励之。
史可法的分防计划并没有顺利实现。因为高杰以徐州苦寒，欲据扬州。当时扬州富甲天下，有新旧二城，城外列肆，子女瑰宝累万万。但扬州乃系史可法督师所驻之地。而高杰悍然不顾，竟攻入扬州，放手剽掠，屠脍日以百数，并将史可法拘于善庆庵（《续幸存录·南都杂志》谓史困于福缘庵），后可法化装为道士，始得脱险。但以史可法之忠诚，不久高杰亦为感化，由跋扈一变而为忠勇之良将。不幸之事，层出不穷，以后刘良佐亦不愿调庐州，将与高杰争扬州。二镇水火，至演成土桥的火并。好容易高杰之军开赴归德防地，而又为许定国劫杀于睢州。可法闻而大哭曰：“中原不可复图乎？”[15]
至于闽军，除郑鸿逵一部开抵镇江一带，其余大部分皆未出动。至于号召义军，虽史可法曾一度建议，如《明纪·福王始末》所云：“（可法）请颁监国、登极二诏，慰山东、河北军民心；开礼贤馆，召四方才智。”亦未实行。
当时明达之士深感局势危急，无不纷纷上书，切言时弊。刘宗周上书有曰：“言今日大计，舍讨贼复仇，无以表陛下渡江之心。非毅然决策亲征，无以作天下忠义之气。”[16]尤以史可法慷慨陈辞，不仅一次。其一疏有云：
自三月以来，大仇在目，一矢未加。昔晋之东也，其君臣日图中原，而仅保江左；宋之南也，其君臣尽力楚、蜀，而仅保临安；盖偏安者，恢复之退步；未有志在偏安而遽能自立者也。大变之初，黔黎洒泣，士绅悲哀，犹有朝气。今则兵骄饷绌，文恬武嬉，顿成暮气矣。[17]
此外，章正宸亦上疏云：
两月以来，闻大吏锡鞶矣，不闻献俘；武臣私斗矣，不闻公战；老臣引退矣，不闻敌忾；诸生卷堂矣，不闻请缨。如此而曰兴朝气象，臣虽愚，知其未也。臣以进取为第一义……[18]
但是言者谆谆，而听者藐藐。
