失去联络 孤军奋战
1936年秋冬之交。一日，潘汉年在陈文珍家中约见董健吾，若有所思地对董说：“健吾兄，目前上海的地下党组织已遭到严重破坏，中央决定上海地下党暂停运转。组织上决定让你立即离开上海到武汉听从组织分配。你原来与宋庆龄联系的这条线，由我代替，不知兄弟你有什么意见？”董健吾有点不快地回答到：“汉年，对于组织的决定我没什么好说的，完全服从，但是让我去武汉接受组织安排，确有困难。我一家老小十几口人，要我养家活口，我不能丢下不管。”潘汉年回答说：“健吾兄言之有理，那么你就暂留上海，不管从事什么工作，只要是对抗日有利即可，有什么情报，仍可通过关系向组织汇报。”
1937年以后，董健吾征得潘汉年同意，先后参加陆田东领导的国民党上海抗日行动总队以及熊剑东领导的淞沪特遣支队、江苏六县抗日游击队，任情报处长、政训处长、情报室主任等职。在此期间，他所获得的有关抗日情报，一份给抗日部队，一份通过女儿惠芳送宋庆龄处，转交给潘汉年，成为一名肩负抗日使命的双重身份特工。在这段日子里，董健吾广泛收集日寇登陆人数、军需辎重的储备、驻军地点、“扫荡”行动的部署等等。
1937年，淞沪大战前夕，董健吾任上海抗日行动总队情报处长。董健吾与一位跟随中山先生多年的海军将领一起，秘密策划炸沉日寇“出云”舰，成为当时一件轰动上海乃至全国的大事。他们之所以选择“出云”舰，是因为该舰是日寇停泊在浦江及吴淞口的29艘战舰（有鱼雷艇、炮艇、潜水艇等）中指挥作战的旗舰，炸沉它对重创日寇、打击其嚣张气焰有着重要意义。何子玉受董健吾指令，身穿一件红马夹，乔装打扮成清道夫，在外滩一带以打扫清洁为名，观察“出云”舰停泊的精确位置，向董密报。一切准备就绪后，董健吾组织爆破行动。行动人员将小船划到“出云”舰近端，把炸药安放在舰只尾部，引爆后，把巨型舰只的尾部炸成重伤。
1940年秋天，董健吾受日寇追捕，东躲西藏，生活极其贫困。此时，南京汪伪政权在民众反对声中建立。曾经在武汉掩护过董健吾的刘少岩，获悉老同学生活潦倒，无业赋闲，建议由他向周佛海去谋一个差使。后来，刘少岩引荐董健吾见到了周佛海，在周佛海的关照下，董健吾在伪中央警官学校任训育处长之职。未几，周佛海考虑董健吾家庭成员多，开销大，薪金低，又为他谋得一份伪中央储备银行挂名虚职，这样可得双份俸禄。虽然在汪伪政权供职，但董健吾始终没有忘记自己是共产党员的身份，他仍然适时利用职务上的方便，搭救释放十余名被俘的新四军战士，使他们重返新四军中继续抗日斗争。
抗战后期，他凭着多年来地下工作的经验，感到敌人开始对他注意，于是主动辞去了职务。为了养家糊口，董健吾当上了推拿医生。他在圣彼得教堂当牧师时曾学过此道，但只是粗通而已。为当好一名医生，治病救人，他努力学习，刻苦钻研，正像他经营松柏斋古玩店，很快成为一名古文物专家一样，经过一段时间的学习和实践，成为一个群众爱戴的高明的推拿医生。
参加“民革” 策反起义
虽然远离党的工作，董健吾仍关注国内形势发展。当获悉国民党破坏重庆谈判，蒋介石集中兵力挑动内战，但未几我军从防御进入反攻时，他欣喜若狂，就想找到党的关系，继续为党为人民做些有益的事，但一直没有机会。不久，董健吾通过朋友孔如霖与“民革”上海方面的负责人何民魂取得联系，加入了“民革”， 配合、协助中共策反国民党将领起义，营救革命同志，做了一些有利于促进解放事业的工作。
1949年初，中国革命的胜利曙光在即。3、4月间，解放军雄师南下前夕，身在上海的董健吾从一位朋友处得知苏州守敌司令厉百川企图借苏州城进行最后顽抗，心中不禁一震。“苏州可是一座美丽的城市、历史古城！能眼看着它毁于炮火之灾吗？”几天里，董健吾一直在想此事。一天，何民魂（民盟成员）前来找董健吾聊天，二人谈及时局时，谈到了苏州之事。何民魂也有劝说厉百川、争取和平解放苏州之心。二人商议一番后决定，由董健吾和孔如霖前往苏州国民党警备司令部策反厉百川，因为孔如霖是厉百川的好友。
1949年4月间，董健吾对家人声称到苏州经商，与孔如霖启程前往姑苏古城。董、孔抵达苏州后，径直赴厉百川寓所。厉见久未会晤的好友孔如霖等来访，真是喜出望外。主客双方寒暄一番，董健吾自我介绍与孔如霖的关系后，董健吾向厉百川发问道：“听说厉将军想毁掉这美丽的苏州古城？”
“董先生为什么要说这样的话？”厉百川有些丈二和尚摸不着头脑，“苏州是有名的古城，人称世间天堂。我厉某人斗胆也不敢毁灭它呀！”
“果真是这样吗？”董健吾丝毫不放松，“那么现在共产党大军已兵临苏州城下，闻听厉将军要据守古城拼死到底。如果战事一开，苏州古城会安然无损吗？”
“这个……”厉百川语塞了。突然，厉百川声色俱厉地喝道：“董先生是共产党吧！你竟然来到我的司令部里进行劝降活动，你就不怕我枪毙了你？！”
董健吾微微一笑，坦然答道：“我是不是共产党，现在倒并不重要。我这次前来，只是为了使苏州古城免遭枪炮之灾，使百万苏州人免于战火之难。同时，也是为了厉将军你。”董健吾见厉百川愣愣地盯着他看，又说道：“厉将军不会不知道北平傅作义将军的义举吧？”厉百川一时不语，董健吾乘势向他分析战局形势，晓以大义。
由于解放军第三野战军已兵临城下，厉百川思忖再三，最终同意谈判解决苏州事宜。董健吾随即与我军南下部队领导人管文蔚、周文才联系。经过谈判，我军接收了厉百川部两个旅的兵力和大批物资给养。
4月26日，厉百川的旧部按谈判约定地点，开赴嘉善集结，后转至上海接受我军整编。1949年4月27日，中国人民解放军开进苏州城。
淡泊名利 永垂不朽
1949年7月，董健吾写信给当时已是上海市副市长的潘汉年，并去市政府求见，潘汉年因故未予接见。董健吾一气之下要回了写给潘汉年的信，从此不再登门。孰料1955年4月3口，潘汉年在北京参加党的代表大会时突遭逮捕，造成解放后一大冤案。潘汉年事件发生后，董健吾也被株连受审，在上海南市区第一看守所关押了一年多。1957年6月，他被宣布“无罪释放”。为了生存，董健吾继续以私人推拿医术为生。本来他可以这样安安稳稳地度过余生，却因斯诺再次来华访问，从而打破了他生活的平静。
1943年，斯诺回到美国后，对中国人民和中国革命仍十分关注，并为促进中美两国人民之间的了解和友谊，倾注了自己的心血。新中国成立后，他多次申请来中国访问，均未批准。后来他被迫移居瑞士，又几次提出申请来中国，因他拿的是美国护照，美国使馆仍不批准。1960年，斯诺再次以“作家”的身份提出申请，要到中国去旅行，搜集著书的材料，并给美国国务卿赫脱写了信，经过克服了重重困难之后，才得到批准。
斯诺的到来受到了我国政府的隆重欢迎。毛泽东主席亲自在中南海亲切会见了这位对中国革命事业有过卓越贡献的友人，还邀请他登上天安门城楼，一起进行观礼。
在一次招待宴席上，斯诺提出要见一见护送他去陕北苏区的“王牧师”。毛泽东感到愕然，不知道“王牧师”是谁，但答应一定为他找到“王牧师”。后经过周恩来找到了当时任北京外国语学院院长的浦化人，才知道“王牧师”原来就是董健吾，现在上海当推拿医生，穷困潦倒，生活过得十分艰难。后来由于斯诺在华时间紧，没有见到董健吾。
1961年初，曾任副总参谋长、国防科委副主任的陈赓大将要去上海疗养，临行前，周恩来找他谈话，要他到上海后，寻找到董健吾，并帮助他安排好一切。2月2日，董健吾突然收到一份以国防部办公厅的名义发来的通知，让他晚上到锦江饭店对面的那幢小楼去一趟。当时，这幢乳白色的小楼是一个神秘的地方，属于军事禁地。
董健吾刚到不久，门开了，一位佩带大将军衔的军人，在市委书记柯庆施的陪同下走了进来，董健吾眼前顿觉一亮，啊！原来是和自己一起出生入死战斗过的战友陈赓。他疾步上前，二人热烈地握手，然后张开双臂，再次紧紧地拥抱，激动得他眼中含满热泪。陈赓拉着他亲密地挤坐在一起，也感慨万千地说：“我这次是受中央负责同志的委托来看望你的。唉，这么多年过去了，我们都垂垂老矣。”两位阔别十多年的会面，惊喜交集，无话不谈。
陈赓责备道：“你知道我在国防部，为什么不来北京找我？写封信总是可以的嘛！”其实董健吾心中也后悔多年来竟没有动过与在中央工作的领导联系的念头，只得半开玩笑半认真地说道：“不是我不想找你，而是你官做大了，怕找你不睬我，觉得高攀不上！”陈赓笑道：“不应该，不应该，你太过虑了！”
陈赓笑着对柯庆施说：“过去党内有两个怪人，一个怪人上山当和尚，我们把他找了回来（指许世友）；另一个就是他，进教堂当牧师，过了几年牧师瘾，现在又摇身一变，改行做医生，这回才把他找到。”这一席风趣的话，把大家逗笑了。
临行前，陈赓对董健吾说：“中央研究决定，你的生活费用由政府承担，现在安心等候人民政府安排吧。”约一个星期之后，上海市委书记柯庆施告知董健吾：“每月按机关11级标准，发给生活费200元。由市委出面，安排一次家庭会议，让孩子们了解你的过去和现在。再分一处楼房，你妻子郑兰芳已经故去，就同孩子们共同居住，安度晚年。”董健吾表示领受国家11级干部待遇之外，再不要房子了，依然居住于他的小屋里。孩子们早已理解老父，所以也无需召开家庭会议。董健吾还向毛主席和党中央表示，要再以晚年余热，为党的事业再做些力所能及的贡献。
“文革”中，董健吾被强加以“叛徒”、“特务”、“逃亡地主”等莫须有罪名，遭到批斗、抄家和隔离审查，大字报贴到了他的病床前，就医也被限制用药，身心遭到了巨大摧残。
1970年，斯诺再度访华，又一次提出要见“王牧师”。但此时的董健吾已因晚期胃癌而卧于病榻，生命垂危。12月22日，邓颖超直接与上海市委联系，告诉斯诺求见“王牧师”一事。然而，对于已经进入弥留状态的董健吾来说，抢救为时已晚……
1970年12月12日，我党在隐蔽战线上的杰出勇士、红色传奇牧师董健吾，在上海患病故去，终年79岁，安葬于上海龙华烈士陵园。他的英勇业绩光载史册，永远鼓舞着革命后来人奋勇前进。
1979年，胡耀邦同志抽调中央组织部三位同志，以李芳文为组长，组成调查小组。经过一年多的长期、细微、缜密的调查，访问了当事人、证人、当时的地下党领导人，查阅了档案资料，亲自勘察毛氏兄弟曾经居住过的里弄，最后撰写了一份《毛岸英、毛岸青、毛岸龙在上海时的情况》的调查报告，为董健吾彻底平反。
