现代股份制公司，特别是上市公司，股权高度分散，投资者的所有权、法人财产权和经营管理权是相互分离的。出资者把自己的资本通过委托代理关系，交给管理人员进行经营，这样就形成了股东和管理人员之间的委托代理关系。作为所有者的股东，是公司剩余收入的索取者，但他们并不参加公司的日常经营管理活动。管理人员是公司的经营决策者，掌握着投资者（委托人）所不了解的投资项目信息，而雇佣合同又不可能预见到公司在经营中遇到的所有问题并规定管理人员的处理方法，因此公司决策的剩余控制权是由管理人员掌握的，但他们的薪酬是由固定收入构成的，因而不是公司剩余收入的索取者。这就出现了公司剩余控制权和剩余价值索取权不相匹配的局面。经济学认为，任何理性的经济人的行为都符合效用最大化原则。因而，对拥有公司剩余索取权的股东来说，其投资行为的效用最大化是股东利益最大化。与此同时，对于公司的管理人员而言，其效用的最大化在于谋求自身效用的最大化，而这并不等同于股东利益的最大化。除此之外，由于公司由职业经理人员经营管理，股东一般不参加公司的日常经营管理，对公司的具体状况特别是财务状况，没有经理人员知道得清楚，这就造成了管理人员与股东信息的不对称性。所以管理人员完全有可能通过运用公司剩余控制权来损害投资者的剩余索取权，通过财务舞弊来提高自己的收入和奖励。
我国上市公司的治理结构不合理的另外一个主要的表现是：第一股东拥有的股权比例往往特别大，董事会成员大多同时为公司高层经营管理人员，董事长兼任总经理的现象很普遍，形成了经理人员凌驾于董事会之上、董事会不能对其实行有效的监督的局面。从委托方的利益取向来看，由于国有产权人格化主体虚置，无人真正关心国有企业的财务状况和经营成果。相反，为了谋取政绩，减轻地方财政负担，一些地方政府积极参与谋取上市公司“额度”资源，默认或暗示企业篡改会计信息，甚至不惜采取修改批复文件、营业执照的办法，搞所谓的包装上市。从被审计人的利益取向看，委托人（所有者）缺位，被审计人或代理人的机会主义行为必然失控。而这一切违法违规行为，必将藏匿于会计信息之中，为财务报表使用者设下埋伏。在扭曲的委托代理关系下，由于找不到最终委托人，被审计单位或者说经营管理层成了注册会计师的实际委托人，被审计单位在选用会计师事务所、决定审计收费等方面拥有绝对权力。而他们为了向广大股东隐瞒作假行为，必然向注册会计师施加压力，直至使之妥协或者换为符合其意志的事务所。因此，公司治理结构不完善对我国注册会计师独立性的损害更为严重。
