由于对清廷主战，明廷将各地能作战的明军大量东调和北调。
当清军出塞以后，明廷又将洪承畴统领的陕西兵将都调往辽东战场上去，让其他“勤王”军队陆续回归。这样一来，处于低潮时期的农民军就安然渡过最艰难的岁月。孙传庭曾提出把陕兵调到蓟辽“则贼势张，无益于边，是代贼撤兵也”，又疏言：“年来疆事决裂，由于计划差谬”。明廷并不采纳他的意见。吴梅村在《绥寇纪略》中认为时事“决机于十一、十二之两年”。
他说：“朝廷之失在用（熊）文灿，而剿抚垂成之秦督抚又移之办它事，危亡之局，实决于此”。明廷用熊文灿固有所失，也有所得，而将洪承畴统领的陕西兵都调到辽东，改陕抚孙传庭为保督，完全是“计划差谬”，关系到明廷的“危亡”。在这种情况下，以受“抚”形式据地屯守的张献忠、罗汝才同王光恩等营，发生激烈的分化。张献忠“日夜与潘独鳌辈密谋造仗，练兵、立关于河，榷税为饷。反迹大露”。罗汝才与张献忠遥相呼应，这是筹划反明的动向。相反，王光恩的思想在向真投降的道路上发展。李万庆业已当上了明官，和真投降的刘国能同流合污了。明“勤王”军队一回到原地，形势就紧张起来。明将左良玉竭力主张围攻张献忠营，对熊文灿说：“贼利野战，不利守城。出不备击之，人有心，粮无后继，诸部观望，必不齐心。贼寡我众，贼散我合。攻之必拔，袭之必擒。一失此机，后悔无及。”但熊文灿反对，禁止左良玉这么干，认为这是破坏了抚局。崇祯十二年五月，张献忠反明于谷城。农民军毁城，劫库、放囚。明谷城知县阮之钿服毒未死，农民军前去索印，阮之钿不肯给，被杀。巡按林铭球也被杀死。张献忠在墙壁上写着他造反的理由，是明总理熊文灿酷取货财，并具列其他索贿官员的姓名和取赇的月日和数目，说：“襄阳道王瑞旃，不受献忠钱者，此一人耳。”揭露了明大小官吏的丑迹。房县知县郝景春派他的儿子郝鸾去劝说罗汝才不要和张献忠同反，没有结果。他和守备杨道选领兵守城。张献忠和罗汝才合兵进攻房县城。郝景春十四次遣人向熊文灿求援，得不到回音。守城门指挥张三锡开城投降，农民军入城，杀郝景春和郝鸾等。攻克房县后，郧县四营都造反了，均州五营犹疑未动，王光恩说：“丈夫自立门户耳，今献忠反，我辈亦反，是下之也，即公等能，我耻不为。”，他指出血为誓，惠登相，王国宁，常国安，杨友贤也跟着决誓不反。从均州到房、竹有三条路，王国宁守分水岭路，常国安守江庙路，惠登相屯白果树路，王光恩，杨友贤等辅助，共约阻止张献忠和罗汝才率军向均州进发。王光恩还上书给明总理熊文灿，愿为明廷效死。
他“耻不为”反明之事，却“耻”于降明，这是各种消极影响对他长期腐蚀的结果。不久，惠登相、王国宁、常国安，杨友贤发生动摇，随农民军反明去了。王光恩也暂时被卷走。明大学士杨嗣昌上言：“保定总兵议抽饷练兵，今各镇旧兵多压饷，若增新兵之饷，万一呼庚奈何，且新兵易集难散，臣谓宁饷待兵，毋兵待饷，抽饷定额，始有储无患。”六月，明为练兵加派练饷七百三十万两。张献忠据房县后，扬言去汉中。熊文灿以楚抚方孔炤防荆门、当阳，郧抚王鳌永防远安、江陵，陕抚丁启睿和蜀抚邵捷春各严守边境，由陕督郑崇俭率军合击。陕西兵多随洪承畴去辽东，郑崇俭兵马单弱，仅李国奇领兵千人前往，其中“步卒八百噪于略阳，剽瑞王国租”。张献忠移军山中，熊文灿遣左良玉追击。左良玉认为路险饷缺，不可进山。熊文灿畏罪心重，勉强他成行。左良玉命罗岱为前锋，自随于后。明军离房县八十里，至罗山，粮尽，兵食树叶。罗岱继续深入，伏兵四起，罗岱被农民军执杀。左良玉大败奔还，尽弃军赀，死明兵万人。老回回击淅川。改世王许可变降明。熊文灿由杨嗣昌推荐，张献忠反明后，杨嗣昌怕罪及举主，自请领兵前往镇压农民军，崇祯也盼杨嗣昌立功以塞众口。杨嗣昌荐左良玉为挂印大将，张克俭等为监军。八月，崇祯命杨嗣昌以原官兼兵部尚书督师“讨伐”农民军，赐尚方剑。明太监刘元斌，总兵黄得功：副将周遇吉，刁明忠合陈洪范军进袭淅川农民军老回回等部。安世王（胡可受）降明。老回回失利退走。张献忠和罗汝才等欲入陕西，明陕督郑崇俭派兵防守兴安，张献忠至四川太平（万源），罗汝才和过天星等至大宁。农民军击败明川抚邵捷春军，杀都司何翔明等。傅宗龙八月至北京，任兵部尚书。九月，杨嗣昌到达襄阳，进入熊文灿军中。他在十月大誓三军，方孔炤、左良玉、刘元斌和陈洪范从当阳，郧阳来会。杨嗣昌力言“誓必灭贼”，诛赏必行。杨嗣昌出北京时，崇祯告诉他说：“张献忠罪大，必诛，曹操以下‘返正’
可赦”。这时他发布谕告说：“钦命督师阁部奉宣皇上德意，原抚九营人众能杀张献忠者准抚，能解散胁从难民各回原籍者准抚，能为良民自耕自食者准抚，此谕。”杨嗣昌仍然是“剿”、“抚”并用，以“剿”为主。农民军革里眼、左金玉、撮金王、争世王、邢红狼等攻叶县、沈丘、项城、光山等地，连营百余里，为明将黄得功所袭，败走。明廷逮熊文灿下狱治罪。杨嗣昌十一月荐永州推官万元吉为监纪，明廷任万元吉为大理评事赴杨嗣昌军中。王国宁、常国安降明，隶属左良玉军。曹操，过天星等率军至郧阳，兴安间，袭南漳、谷城，房、竹。十二月，明督师杨嗣昌遣楚将杨世恩和罗安邦会川、沅兵往攻，二人违令深入，进至羊角山的香油坪，被农民军围歼。河南“土寇大起如蝟毛”。农民军老回回、左金王、革里眼、摇天动等合兵屯驻蕲州。崇祯十三年正月初，明漕运总督朱大典遣淮兵进袭。农民军利用山寨险阻抗击明兵。明兵部尚书傅宗龙在十二年十二月下狱，十三年正月，明廷任宣大总督陈新甲为兵部尚书。农民军首领李自成在商洛山中听到张献忠在谷城反明的消息，大喜，出山收集部众，军马渐集。明陕督郑崇俭发觉后领兵围攻，下令说：“围师必缺，宜伏兵武关道中，纵而擒之”。李自成乘机率军从缺口处离开，南走郧阳。一度消沉的农民战争逐渐转向高潮。杨嗣昌以大学士督师，“会兵十万，本折色三百余万”，权势显赫，可是他的实际兵力还不如洪承畴、卢象升和熊文灿协攻时期强。他也不再提什么四正六隅十面网之策，而是采取对张献忠重点进攻的办法。杨嗣昌认为“楚地广衍，贼难制，驱使入蜀”，布置川中对张献忠的围“剿”当时杨嗣昌指挥的军队超过了张献忠和罗汝才的兵力，但杨嗣昌缺乏实际作战经验，又得不到重要将帅们的支持，沿途赋诗饮酒，色厉而内荏。杨嗣昌离京前表荐左良玉挂“平贼将军”印，想收为己用，而左良玉既为大将，不愿用橐礼跪见，仅书面向杨嗣昌致谢。杨嗣昌衔怒之余，又面许贺人龙挂这颗印，待他打胜仗时奏请。左良玉知道这件事后，对杨嗣昌很不满。崇祯十三年闰正月，左良玉遣降将马进忠等进攻张献忠于枸坪关，张献忠退走。左良玉请从汉阴、西乡入蜀追击，杨嗣昌不许，令陕督郑崇俭率明将贺人龙、李国奇军从西乡进蜀，让左良玉驻兴平、安利发偏师往追。左良玉一看杨嗣昌有意不使自己立功，就违令从汉阴、西乡出兵，杨嗣昌移檄相问，左良玉说：“蜀地饶衍，贼度险，任其奔逸，后将难制……夫兵合则强，分则弱，今已留刘国能、李万庆守郧，若再分三千人入蜀，即驻兴平，兵力已薄，逆贼折回，能遏截之耶？良玉所统，乃剿兵，非守兵，不出战，而战兵又代为守，贼将何时尽乎，今日惟当出其不意，尽锐疾攻，自然瓦解，纵使折回房、竹间，人迹俱断，彼且从何得食”杨嗣昌不能留难。左良玉进驻渔溪渡，郑崇俭已率军来。张献忠驻军于太平的大竹河，看到玛瑙山险峻，从九滚坪移营玛瑙山以抗明军。左良玉二月率兵先登，贺人龙、李国奇夹击，张献忠大败而走。张献忠妻妾九人，被明军俘虏七人。明军在林莽中遍索张献忠，三日不得。
有人误传张献忠已死。这一仗，明军以左良玉为首功，贺人龙居次。杨嗣昌无法夺左良玉的“平贼将军”印给贺人龙，贺人龙对杨嗣昌也有怨望，认为“阁部不足为尽力”。从争礼节问题发端，杨嗣昌与他手下的两员大将都发生了矛盾。以后杨嗣昌屡次调遣左良玉的军队，左良玉都不听命。革里眼、左金王率农民军连营于黄冈、蕲水间。明将黄得功等进袭，农民军由罗田进入大山中，不久出山攻下光山，屯固始，麻、黄等地。出没于兴山、远安、南漳、房县一带的农民军曹操，过天星等部进入四川。河南农民军攻泌阳。农民军首领张献忠收集散走队伍。明楚将张应元、汪之凤和蜀将张令、方国安相继进袭。张献忠率农民军转入柯家坪，明将张令、方国安深入追击，被农民军包围，方国安逃走，张令负隅顽抗。
三月，陕督郑崇俭遣张应元，汪之凤和贺人龙等往救，张献忠解围离去，与贺人龙、李国奇和高杰战于寒溪寺和盐井，不胜，退据兴安山中。杨嗣昌至荆门，步兵立大剿营，骑兵立上将营，骑营很多是农民军投降人员，以猛如虎为骑营大将。明将左良玉屯兵兴安，平利诸山，包围张献忠。明兵将畏惧险阻，围而不攻。明兵劫掠山民，而张献忠却用重价购买山民的米、盐、酪，山民喜近农民军，替张献忠打探明军消息。张献忠休整部队后，走白羊山，即巫山。曹操五月率农民军在大昌巴雾河与明守将刘贵死战，刘贵不能敌，农民军渡河至夔州境，驻营于万顷山苦桃湾，归、巫大震。明监军道万元吉调石柱土司秦良玉军至夔州。革里眼、左金王率农民军攻克罗田。黄梅举人吴卿上书奏道：
今兵不杀逆贼，唯杀良民，搜深山逃难者割首献功，以愚主将，主将以愚监纪，监纪以奏朝廷，此弊久已通行，所当痛惩者也”。曹操、过天星进攻夔州尖山寨。明将郑嘉栋、贺人龙、李国奇合石柱土司兵夹击，遣降将常国安前往招示，过天星欲降，川将张令率军来攻，过天星反击，张令中箭，回营死。过天星向东过夔州，因巴雾河水涨不得渡，又还走，与曹操等营分道入云阳。明将贺人龙、李国奇进袭曹操等五营，曹操等六月走大宁，东趋房、竹。明将郑嘉栋、张应元、汪人凤追击过天星，过天星和花关索二营西走开县、达州。张献忠在白羊山，掩旗息马，寂若无人，令二十骑探巴雾河深浅，转入深山。杨嗣昌遣都司曹进功等领二百骑入山侦察。山中农民刈燕麦，不吐露张献忠踪迹。曹进功等还归。过天星、关索七月渡河至大昌。曹操等营至房县，兴山。金翅鹏与曹操不合，降明。左良玉进屯竹溪，扼兴山、远安诸隘，分兵搜捕。张献忠往投曹操，曹操分给他人马军资。左良玉领兵从房、竹、兴山至大宁。明军病死相继，兵丁多夜半逃亡。陕、豫蝗旱大饥，“土贼”群起。畿南宁晋、深州成为“大盗窟穴”。过天星与张献忠不合，知张献忠复出，与曹操合营，他认为不利于己，决计投降。左良玉遣都司李万庆，徐勇、马士秀等袭击花关索，花关索东行。左良玉乘胜移师攻过天星，过天星投降。杨嗣昌命隶左良玉军，将降将扫地王，李晋王拨隶万元吉。张献忠与曹操合兵入川。杨嗣昌令川抚邵捷春驻大昌，万元吉驻巫山县。八月邵捷春调兵防守巴东、巫山诸隘，檄明秦将贺人龙，李国奇，楚将张应元、汪之凤，川将张奏凯等进击农民军。张应元、汪之凤等率兵五千人自达州至夔门，扎营于土地岭。贺人龙在开县借口乏粮不来。曹操率军屯巫山县北摩旗山，张献忠驻军山后。万元吉遣人招抚曹操，不能得见，无结果而返。花关索投降明军。张献忠看到张应元等孤立无援，率农民军进攻，大败张应元、汪之凤军于土地岭。张应元中流矢，突围出，汪之凤回归后因内伤而死。农民军革里眼，左金王部在霍山、太湖间，明太监刘元斌率禁军六千人合皖、豫兵进击，农民军失利，走鄂东，攻占麻城、黄梅。杨嗣昌檄川抚邵春专防大昌外隘，邵春遗兵守大昌渡。游击邵仲光认为上、中、下马渡河水浅涸，难以久守，改派百人守观音岩，在夜义岩、三黄岭、磨子岭、鱼河洞、下涌等处各派兵三百或百人防守。万元吉认为兵力过于分散。明督师杨嗣昌八月从夷陵西进，入川督“剿”张献忠。张献忠得信后，于九月猛攻观音岩，败明将邵仲光，过下马渡、突浄壁、进克大昌，屯驻开县。李自成驻营川、湖边境。杨嗣昌檄令投降，遭到李自成“谩语”拒绝。明军围困李自成于巴西鱼腹诸山中。李自成的辎重在赤甲寒山，不能运进。因此他非常窘困，几乎要自杀。后乘间率轻骑走入河南。革里眼、左金王至英山、霍山，进逼凤阳，明川抚邵春派楚兵守梁山大道，张献忠见梁山河水深，难渡，而达州河浅，与罗汝才自开县西走，奋力渡越达河，明守将方国安不敢截击，农民军渡河后长驱西进，杨嗣昌命万元吉监诸军后追。河南郏县盗李际遇、申靖邦、任辰、张鼎等聚众五万。明河南巡抚李仙风遣游击高谦往击，高谦自禹州至郏县，大破李际遇等。关索和小秦王（王光恩）到巫山去见杨嗣昌，降明。杨嗣昌到夔州后，遣楚将王允成，杨文富东行“剿”老回回、革里眼，左金王等营农民军，这分散了入川明军的一部份兵力。明湖广巡抚宋一鹤自兴山赴蕲、黄协“剿”。十月，杨嗣昌由夔州西行。除张献忠和曹操外，入川农民军各营相继降明。张、曹两营克剑州，往广元，从间道出百丈山，欲入汉中。明署总兵赵光远固守阳平关，贺人龙、李国奇军又至，张献忠和曹操越昭化走西川。明副将张应元会川、楚兵击农民军于梓潼，小胜追击，被农民军包围。
降将扫地王（张一川））等被农民军所擒，磔死。川将张世裕、曹志耀、王光启等力战，农民军离去。川抚邵春遣兵追击农民军于绵州，农民军渡绵河而西。明督师杨嗣昌十一月驻军重庆。他下令赦罗汝才“罪”，说投降可以授官，擒斩张献忠者赏银万两，封侯爵。第二天，各处墙壁都写上“有斩督师献者，赉白金三钱”的标语。杨嗣昌大为惊疑促明军进攻。明监军道万元吉因诸将进止不一，在保宁申立军约，用总兵猛如虎为正总统，副将张应元为副总统，分屯要害。张应元与猛如虎相继率军趋绵州。总兵陈可立驻兵潼川。贺勇、李国奇屯江油，赵光远屯昭化、剑州，贺人龙屯安县。农民军到乐至，逼近简州。万元吉督明兵自潼川由间道趋射洪，扼蓬溪，进至遂宁。张献忠在安岳周里场知道明兵从遂宁快来，走往大足、内江，为土司毛文所袭，头目曹四被杀。十二月，张献忠和罗汝才率农民军攻破隆昌，走泸州。万元吉想让前军（猛如虎）追击，后军继进，中军（左良玉）扼农民军归路，对杨嗣昌说：“贼或东突，不可无备，宜分中军间道出梓潼，扼归路”。杨嗣昌“轻虑”，不肯听，令诸将齐进，而贺人龙军在广元不至。泸州三面临水，止立石站一条路可以北走。猛如虎前锋至永川，万元吉打算伏兵玉蟾寺，出泸州背后袭击农民军老营，促使农民军北走永川，然后聚兵合击，但各将进止不齐，万元吉领兵到泸州，农民军已移营离去，杨嗣昌标将陈可立拥兵牛头山，置酒奏乐，不肯截击。农民军自泸州北走，攻克仁寿县，越成都，破德阳，渡绵河东行，这时东面归路空虚，没有阻遏力量。张献忠和罗汝才实际上已经突破了杨嗣昌的围“剿”，打开了出川之路。明军的主力进入四川，湖广和江北的明军又被英、霍、麻、黄一带回、革等营农民军所牵制，留驻河南的明军力量非常薄弱。李自成率农民军进入河南后，顺利地从南阳向北推进。北方诸省严重饥馑，“父子相食，盗贼蜂起”。河南大旱之后，赤地千里，斛谷万钱。李自成军所到之处，饥民群附，“土贼”云合，很快发展到十余万人，势复大振。随着明廷的日益衰敝，一般无封建特权的地主愈加靠近“土寇”
和“流贼”。这些地主土豪大半买充州县衙役。河南自十二年“土寇大起”后，“郡县从事率为其耳目，有司不敢过而诘焉”。十三年，畿南明真定府同知曹亭摄篆深州、宁晋，曹亭的“左右快役无非群盗心腹”。这些“通贼”的从事，快役都是“以衙役护身”的地主土豪子弟。这个阶层的动向引起了一些明官僚们的注意。享有一定封建特权的生员，过去也有参加农民军的，现在增多了，连举人混进农民军也不是个别现象了。十二月，李自成攻克宜阳、永宁，杀万安王朱采，又下偃师。
杞县人李岩前来投附农民军。《国榷》记载：“杞人诸生李岩为（李自成）谋主，以所掠济饥民，故所至咸归，兵益众”。农民军本来就是从散发地主富户粮开始发难的，李岩的建议得到了李自成的赞同。李岩倡言：“行仁义，收人心”。他还遣人扮作商贾，到处宣传闯王是仁义之师，“不杀不掠，又不纳粮”，因此归附李自成的老百姓愈来愈多了。贫苦农民迫切希望分得土地。李岩“教（李）自成以虚誉来群望，伪为均田免粮之说相煽惑”。当时农民军还没有建立农民政权，均田一项不可能立即实行。由于农民军的势力迅速扩大，所向克敌，李自成感到有建立农民政权的必要了。李岩劝李自成“尊贤礼士”，选拔地主阶级知识分子当官吏，向李自成献策：“据河洛取天下”。河洛包括晋南、豫北以及皖西北地区，其中大城市是开封和洛阳，而开封城尤为中原形势之地。继李岩进入李自成军中是牛金星等。牛金星是河南卢氏人（一作宝丰人），中过举人，因磨勘（乡试卷复核）被革去。他喜读风角六壬（占卜）等书籍，与姻家王乡绅不合。儿媳死后，王乡绅嗾使知县把他送进监狱，他还不知其中原故。
当他从狱中逃出后，无处可走，便投奔到李自成军中。李自成对他也很重视，有事就同他商议，他替李自成谋划帐中，不久，他潜回卢氏去取妻子，被宗人抓送明官府。从农民军逃出的车优，到明官府作证，牛金星被判处死刑，后来减死。李自成要建立农民政权组织，结束长期的“流寇主义”生活方式，需要吸收一些有文化的地主阶级知识分子，来计议和参加各级政权工作，完全靠缺乏文化的农民军战士来作是有困难的。李岩、牛金星以及后来许多人都是由于这种需要得到李自成的任用。
这些人进入农民军，除掉解决他们个人的出路问题外，也企图用封建地主阶级的政治观点来影响农民军和农民政权组织。到十二月底，李自成已经拥众数十万人，为进攻豫西重镇洛阳作了各方面的准备。在河南的许多“土寇”中，袁时中是比较重要的一支，他聚众数万人，起义于开州（濮阳），攻破州城。为了区别于安徽寿州袁老山率领的农民军，他将自己的起义队伍称作小袁营。濬县的马金回回在十月领数千人起义，被明兵击走。济源境内有二千多起义农民屯聚，到山西垣曲去打粮。在其他地区，起义农民也到处出击。陕西农民军王老虎部十月抵达庆阳城下，明陕抚丁启睿兵至，王老虎离去。山东曹、濮一带“贼寇屡屡见告”。十一月，有一万多人的起义队伍进攻濮州城，首领号“威行天下都招讨”，遍贴告示。明总兵杨御蕃督兵进“剿”，起义军向西南退散，首领被杀害。明保定总督杨文岳攻畿南交河、武强“土寇”。内丘起义农民数千人据周土寨，真定明兵和乡兵战不能下，杨文岳遣总兵虎大威击灭了这支起义军。明监军职方主事杨卓然十一月督楚、豫、皖明军会“剿”农民军老回回、革里眼和左金王等营。十二月，回、革等首领见明军四集，伪降，被安置于潜山、霍山，太湖等地，实则“劫掠自如”，不受约束。在四川战场上，张献忠和罗汝才率农民军向东行进时，诈称杨嗣昌的军队，智取巴县。十四年正月初，张献忠和罗汝才攻下通江，进至达州，焚断明驿舍七百里，明将贺人龙留驻广元不肯进兵，只有总兵猛如虎领兵追赶。猛如虎能指使的只是宁夏、固原兵六百骑，其余是左良玉的一些军队，这些兵跟从左良玉时优游不战，现在跟从猛如虎日夜奔驰于山谷之中，都有怨言，说：“想煞我左镇，跑煞我猛镇”。从保宁单骑驰至万县的监军万元吉，感到非常忧虑。十三日，猛如虎军追及农民军于开县的黄陵城。日暮有雨，诸将认为人马疲乏，请明日再战，但参将刘士杰说：“自泸州逐贼，驰鹜四旬，今遇贼而纵之，谁执其咎，请为诸君先。”他振甲持矛道：“大丈夫独取献忠耳”。猛如虎挥兵进击，与农民军交战了数合，农民军退据山岭。张献忠凭高瞭望，不见陕兵旗帜，左兵不向前行，猛如虎和刘士杰是孤军备战，没有后继，于是派精骑从箐谷中绕出明军背后，突然猛袭。左光先溃走，刘士杰和游击郭开，猛如虎子猛先都被打死，猛如虎率牙兵苦战，中军马智挟猛如虎突围而出，旗纛军符全丢失了。开县之战完全粉碎了杨嗣昌的川中剿局。农民军获胜后长驱直至云阳，过净堡，从夔州进入湖广。摇天动留在川东一带。这些军事上的发展和胜利，展示着农民军即将进入反攻阶段的前景，农民军与明军的相持阶段已经过去了。
