各处继续产生分散的农民暴动事件。如崇祯六年三月，四川起义之农民在广元击败明同知张鹏起等，杀守备张应甲，黄朝玺，围城七日。湖南起义军攻破永兴，“自彬至岳，残州县数十”，四月，河南“永宁饥民、卢氏矿徒及太康、鄢陵等为乱者群起”。江北桐城“土贼”王文鼎、汪国华等于第二年农民军到达以前，“谋乱以应之，谋泄，恐败，乘夜斩关入”，发起了暴动。
渡河农民军在六年十一月底从渑池出发以后，与这些起义队伍汇流，立刻战火燎原。
河南各州县的明兵大部分被巡抚元默调到黄河以北地区打仗去了，黄河以南州县陷于空虚。农民军在河南迅速攻入新安，伊阳（伊川）、卢氏、陕州、灵宝、阌乡、雒阳、永宁、汝州、鲁山、叶县、午阳，遂平、确山、信阳，南阳、裕州、泌阳、桐柏、浙川、新乡、内乡等二十几个州县。明官吏守兵望风披靡，农民军到伊阳时，“城颓敝，无正官，贼至不攻而破”，到卢氏时，明“掌印官金如山逃去，贼遂入城”。在内乡，鲁山等地遭到明守城官吏的抵抗，没有占领县城。
明河南巡抚元默十二月移驻雒阳，命陆续过河的明将左良玉汤九洲、邓和李卑等领兵夹击。农民军有些营留在河南地区，大部份分道向外地进发。
在河南继续作战的农民军，“分两股，向南者走合水，欲犯汝、宁，向北者走吴城镇，欲犯开、归”，明汤九洲军在二十日夜间偷袭农民军过天星营于午阳县的吴城镇，过天星误认为是老回回来合营，被明军击败。过天星走遂平的横山镇，与闯将李自成军会合。
左良玉从叶县追击农民军一支至保安驿，擒头目一条龙、上山虎展翅飞、小李广等。农民军至泌阳、信阳，首领陆阎王等与左良玉再战于平山关、黑山，仍然失利。十二月底河南农民军开往豫西，折入内乡，浙川、邓州、卢氏山中。闯王高迎祥十二月在豫西团结矿工为向导，由山道从内乡到达郧阳，扮作香客占领了郧西，一时屯聚于郧阳山区的农民军达到数万人，首领黑蝎子攻破房县，明郧阳抚治蒋元仪因手中无兵，不能抵御农民军，上书明廷请死。
进入湖广的农民军很多，其中有曹操等五营，到达竹山、光化均州，随州等地。崇祯七年正月，明楚抚唐晖移驻承天。农民军从均州进至谷城，被增援郧阳的明澧州兵所击退，转攻宜城县，从随州、枣阳、孝感入黄陂、黄安。
农民军间道向荆州进发，攻克当阳，离荆州五十里处屯驻。明副总兵杨正芳率贵州镇筸兵与农民军激战于当阳。农民军攻占远安县，于七年二月占领保康、兴安、南漳，远至湖南石门境内。万余农民军“黄盖鼓吹攻荆门市”。农民军向东攻进黄冈、麻城地区。
老回回、过天星、闯塌天、射塌天、混世王、满天星等部经过郧阳往四川，在七年正月假作官役攻克竹溪县城。二月进攻四川大宁，由大宁、大昌南取巫山县。十二骑农民军突至夔州城下，狱囚举响应，城破。明夔州署印同知何承先被杀，其余明官吏逃遁。
农民军又连克开县、云阳，到达东江、新宁、仪陇、广元等地。
闯将李自成等部进入陕南汉中地区，攻商县，明官吏拒守，农民军转攻山阳县，破城后连夜袭取了镇安。崇祯七年正月，一部分郧阳地区农民军攻下洵阳、进逼兴安（安康），明分守道王在台据守。西乡“土贼“乘机而起，为明游击唐通所袭破。农民军攻占了紫阳、平利、白河等县。明总督洪承畴领兵驰救，陕抚练国事移兵至商雒。农民军一部分入湖广，攻光化、均州。一部分入河南阌乡、灵宝、卢氏，不久又从这些地方回到商、雒，攻破二邑，汉中震动。
从河南东进的农民军到达皖北，离桐城三十里。明南京兵部尚书吕维祺上书明廷请防守凤阳祖陵。
留在河南的农民军，于崇祯七年正月在泌阳牛蹄村与明京营兵作战失利，又与南下的明山西总兵张应昌交战于灵宝。明左良玉、汤九州等军在豫西进击农民军。八大王张献忠率领农民军进攻信阳、邓州。明廷调镇溪、筸子二土司兵五千和施南土司兵往援，张献忠又领军南赴湖北应山。
山西大旱，起义农民愈众，孝义“土贼”通天柱和豹五（王之臣）
被晋抚戴君恩诱杀。乐平、兴县，临县、岢岚农民军王川子合饥民数万“剽掠”豪绅地主。从山西渡河入陕农民军南走商、雒，结十三营进入洵阳、兴安。
面对农民军的蓬勃发展，明兵部尚书张凤翼在题奏中说：
“（农民军）今则势如燎原……中州、秦、晋事同一体，而楚更为汤沐重地，知皇上必尤垂注而慨发也。嗟呼，寇之祸深矣，自秦而晋，自晋而豫而楚，已半天下矣。到一处焚劫一处，害已不堪，而一处焚劫，即有一处亡命之徒闻风响应，将率天下而尽为流贼，尚有安堵之区乎”？
明统治阶级惊惧不已，认为“寇之祸深矣”，“已半天下矣”，“将率天下而尽为流贼”。这是明廷从来没有发出过的呼叫。
崇祯在六年底下令“四川、郧阳，湖广诸抚臣发兵御贼，河南镇将追杀到底，如有旋兵以楚为壑者立斩军前”。七年正月，明廷任命延绥巡抚陈奇瑜为兵部右侍郎总督陕西，山西，河南、湖广，四川军务，统摄诸道兵协“剿”农民军。这些布署都没有能遏制住农民军的攻势。农民军有的是大队人马行进，有的分作一百多骑或数十骑为一队向各处出动，明军往往感到四面火起，猝不胜防。
明廷在三月加强了对湖广农民军的进攻。明总兵邓、太监孙茂霖等分道进击房、竹、保康地区农民军。明郧抚蒋允仪率兵夹击，这一带农民军很多退往陕西，明副总兵杨正芳，李卑等往攻当阳、远安、金沙和南漳等地农民军，农民军失利离走。四川农民军四万人北入陕南宁羌州，又进攻巴州（巴中）、太平（万源）等地。陕南农民军攻克镇安，杀明游击宋应科。陕北农民军占领保安、安定等城。
陕南和郧阳农民军突破明军的协“剿”，再进入四川。明詹事刘宇亮奏道：“流贼蔓延于陕西、湖广，而河南，郧阳之兵不肯协力剿贼，但事事驱逐，于是汉阴、兴安之贼由东乡，太平，郧阳之贼由大宁。巴东皆入四川”。明廷在四月逮问郧阳抚治蒋允仪，调升大名道卢象升往代。
河南农民军到达陈州，哨马至亳州，屯归德、光山、固始等处。
明川将张尔奇阻击农民军于广元，农民军从阳平关、白水关进至奉节。四川豪绅地主多结村寨拒守，农民军首领老回回，过天星、闯塌天，混世王等率众三万人从四川返回郧阳，合房竹农民军击败明张全昌军于五岭山。又分作三部，一部从均州往河南，一部从郧阳往浙川，一部由金漆坪渡河往商南。
明总督陈奇瑜从南阳驰至均州，“檄四巡抚会讨，陕西练国事驻商南，遏其西北；郧阳卢象升驻房竹遏其西；河南元默驻卢氏遏其东北；湖广唐晖驻南漳遏其东南”。陈奇瑜和卢象升督明邓军及杨化麟、杨世恩、周任凤、杨正芳等军在竹溪至平利的乌林关和洵阳的乜家沟等地与农民军打了十余仗，农民军尽入陕南。
自蜀、陇经凤翔、秦岭东行的农民军到达商州、龙驹寨。河南卢氏等地农民军因明军来攻西赴商、雒。张献忠部从楚入豫西，也到陕南。农民军在四五月间从川、楚、陕、豫各处会聚于汉阴，兴安、平利和商南，雒南等地。
明总督陈奇瑜转“剿”陕南农民军，令游击唐通在汉中护藩，遣贺人龙、杨正芳、杨化麟等将夹击，檄练国事、卢象升和元默各守要害，被明廷诏责为“纵贼入秦”的川抚刘汉儒，奉令阻击汉中农民军。
农民军不能渡汉水入川，东往河南，被明军截还，由镇安北上，在终南山大败明将吴弘器，但受阻于宝鸡、岐山、眉县等地明军。农民军往返作战于陕南地区。
农民军首领闯将李自成六月被明督陈奇瑜军围困于车箱峡。
车箱峡在兴安州。峡中亘四十里，四面绝壁。李自成率农民军误入峡内。附近土豪居民垒石断路，从高崖上投石，纵火焚烧树林。正逢大雨两月，弓解不能控弦，马乏刍食，死亡过半，李自成军大困。顾君恩劝李自成“饵群帅，伪降而狡焉以遁也”。李自成不得已按计进行。明督陈奇瑜有轻敌思想，又因左右受贿怂恿，于是同意受降。李自成军上籍人数达一万七千人。都被解遣归农。
李自成部多数是绥德、米脂，清涧人，诈降后取道凤翔、陇州、平凉、环县、庆阳、靖边等地回归故里。陕抚练国事檄固原镇总兵杨麒自陇州移驻宝鸡，从事戒备。李自成军在七月走出栈道，便攻破凤县，杀死唐三县乡官辛思齐一家。八月，李自成军到达宝鸡城下，持明督府檄告要求进入城内。宝鸡知县李嘉彦不肯开城，要农民军缒城而上。农民军缒上三十六人，李嘉彦马上杀死这些人，将人头掷到城外。李自成部队大怒，立刻反明，尽杀陈奇瑜派遣的押送官参将柳国铭和都司秦守信、方英等五十余人，攻占麟游、永寿、同官等城，与凤翔农民军会合。灵台、崇信、白水、泾州等城一时俱下。李自成和会合的农民军北至庆阳，西至巩昌，东北至邠州，西南至宝鸡、匡，达二十万人。烽火达于三原、泾阳、富平等地。
除李自成部外，陕南农民军在六月从兴安进攻西安，屯洋县，凤县、沔县、宁羌、略阳等境内。卢象升破农民军于秦岭。陈奇瑜设伏西乡蚋溪，挫败农民军。延安叛兵杨国栋等三千人至西安“乞抚”，被明军袭杀半数。农民军混世王部七月从凤翔东行，逼西安，明陕督洪承畴檄诸路兵合击，恐农民军出潼关，令张全昌、曹变蛟间道走渭南、华阴遏其前，自率兵追击。农民军不能出关，登山走商、雒，与老回回军万余人合营。雒南农民军击溃明总兵尤世成军，入河南，至卢氏、永宁等地。徽州农民军袭破成县，攻西和、礼县。
陕西西部农民军八月从静乐川攻庄浪，进薄平凉、延安、下崇信，农民军三万人攻占白水县。
冀南农民军七月出武安。河南农民军八月连战明军于中牟、洧川、祥符、尉氏、许川、长葛一带，凡十三营。
崇祯对农民军的发展感到忧虑，召谕户兵二部，令淮抚朱大典和明将杨御蕃统兵扼守南畿，保护明凤阳祖陵，调兵四万五千人赴河南。明督洪承畴前往甘肃，防御蒙古部落去了。
闯将李自成在闰八月包围明贺人龙军于陇州。李自成与贺人龙有同乡关系，曾令高杰派人送书信招降，贺人龙不应。高杰久攻陇州不下，李自成派别将代高杰围城，让高杰回老营守纛。明督洪承畴自甘肃回兵，遣副将左光先援陇州，李自成解围去。
河南农民军二十余营九月自潼关以东连屯百余里，另有万余人营于雒南、阌乡。豫中农民军围荥阳、汜水和密县。豫东农民军自光山，罗山进入湖北的黄安、麻城，到达罗田、蕲水。河南农民军首领扫地王等十月向东南进发，自霍山、英山攻入潜山、太湖、宿松等地。
明辽东总兵祖宽领关兵到达灵宝，农民军混世王在涧口，张献忠在万川口，整齐王在水头，各有数万人，与祖宽交战失利。
明廷命总兵邓选蓟镇精兵二千五百人往河南“剿寇”，将延绥，宁夏、甘肃、固原援兵交付陈奇瑜调遣，洪承畴领标兵夹击，陕西、山西、河南、郧阳、四川各巡抚俱分布要害扼截。
农民军突破这种分防扼截计划，信阳农民军进入湖北，自应山，德安攻京山，间道去明显陵，旋入山中。四川农民军尽入汉中。
陕西华阴南原农民军出朱阳关入河南。
十一月，陕西农民军一部从秦徽入汉南，一部由平凉、泾州逼邠、乾。陕西农民军分三道到达河南，闯王高迎祥、过天星自商州到渑池；老回回从雒南往河南府和汝州；横天王从雒南、上津过郧阳至邓州，结成七十二营。
明总督陈奇瑜因车箱峡“抚寇之误”，遭科臣弹劾，被削职听勘，其职务由洪承畴代任。明总兵张应昌、曹文诏、龙世威、吴襄下狱戍边。
明郧抚卢象升袭击农民军于龙驹寨，大败逃归，部将游击奄某等被杀。
农民军将战火燃及南北各地，扩人了农民军的起义队伍。渡河时农民军不过十万人，迅速发展到四五十万人，完全打乱了明廷的军事布署，取得了流动作战的初步胜利。
七年明边烽数起，蒙古部落屡攻宁夏、甘肃和晋北边堡，后金兵越宣府、大同进入晋北地区，虏掠人口和财物。洪承畴五月去甘肃御边，不能兼顾“剿贼”，闰八月始还。北京七月戒严，明廷调汤九州、左良玉入山西御“虏”。闰八月后金军出宣府塞，二人又领兵回河南。
如何对付“东虏”（指后金）和“西虏”（指蒙古部落），成为明廷朝议的中心，而农民军的问题，尽管各督抚奏疏迭至，兵部惊忧不已，仍然没有变作明廷考虑的主要问题。大学士温体仁梦呓道：“流贼，癣疥疾，勿忧也”。这种情况到七年底和八年正月发生了一些变化。
变化与中原的战局有关。农民军在伊、嵩、宛、雒之间结成大小七十二营，达二三十万人，势力日盛。明河南巡抚元默采取的对策是：“密谕各州县严城清野，勿与交锋，又思贼众倏忽，截西则东窜，御北则南窜，檄行守道李春旺督兵遏其西北，巡道戴东旻督兵障其东南，贺人龙兵一支自平阳赴陕州，从西北截杀，左良玉由东南击杀，而以周尔敬、陈永福犄角于嵩、永，以防其奔溃。东南再遣武定功之盐兵，暨孔兴道统家丁驻新安以壮声援”，对农民军实行四面堵击的战术。
十二月二日，明将贺人龙到陕州，左良玉也到陕州的乾濠。夜间，贺人龙军在毛葫芦兵的协助下对农民军发动进攻，左良玉从东迎击，农民军失利而去，四日，农民军隔沟跳，混天王，独眼龙、遶天飞等部欲攻永宁城，与明军相遇于城南三十五里处，明将陈永福及其子陈德等分兵合击，农民军退入山中。
到达汉南的陕西徽州农民军约二十万，前哨进入郧阳。农民军击杀明副总兵杨正芳和镇筸将张上达等。
元默继续进击豫西农民军，陈永福军从鲁山攻入，左良玉军在灵宝伏兵堵袭，经过激烈战斗，农民军退入朱阳大山。左良玉进攻农民军于永宁的挞浪高山和柳泉等地，周尔敬军战于袁家窑。农民军南行，攻汝州。
明兵部尚书张风翼请勅下风阳，山东抚臣及操江严备要害重地。凤阳巡抚杨一鹏，巡按吴振缨昏庸无能，守陵太监杨泽贪虐暴敛，皇陵卫指挥侯定国恃杨泽势恣横。明兵哗变，杀死侯定国，投书道上说：“上元引流贼”，抚按不以为意。
农民军混十万、老回回等部进入南阳山区过冬。闯王高迎祥，过天星惠登相和八大王张献忠在七年底率军攻克卢氏县。
陕西，山西、郧阳明方都告警，湖北农民军乘船数百艘去湖南常德。
明军在河南虽然一再告捷，“然贼愈杀愈多”，明军“日分日少，不数日而贼复猖狂”。农民军占有明显优势，四出进攻，元默被迫向明廷告急了。
崇祯八年正月，襄阳农民军十六营进入河南，与河南农民军汇合。农民军一支攻克汜水和荥阳，左良玉领兵至，农民军离去；一支自叶、蔡南围汝宁，破固始；一支自怀庆东渡河，攻归德、睢、汝、陈、许等州。明兵科给事中常自裕奏道：“臣乡遍地是贼，贼舍川岩走平原，破汜水、荥阳，攻上蔡、商水，逼陈州、郾城。周、崇二藩皆在燎原之中，非有劲兵数十万不能御之。止有左良玉，陈永福数千之兵，其何以济”。河南巡抚元默说：“荥，汜二县城池尽失，于是新郑，郑州、午阳、郾城、汝、宁、上蔡、唐、邓、桐、泌、裕州、叶县、宝丰、确山，信阳，无之非贼，而开、归将不能守矣。”
郾城、彰德、林县和山西汾州、临县的“土寇”俱起。冀南农民军攻邢台、内丘。
明兵部议调西兵二万五千人，北兵一万八千人，南兵二万一千人，更发关宁铁骑二千，由总兵张外嘉，尤世威统领，真定标兵四五千赴临、洛等处，天津兵三千由徐来朝统领，自临清，济宁赴归德、陈州、又征白杆子罗坝土司兵三千，由川将谭大孝统领， 由夔州赴郧阳，河南，共兵七万二千，备饷七十八万六千，又留湖广新饷十三万，四川新饷二万供军用。
明廷从吴甡荐，令张应昌、曹文诏释罪自效，率兵出太原。
经汝、宁南破固始的一支农民军在闯王高迎祥、张献忠、罗汝才、过天星等统领下自固始攻占皖北霍丘县，杀明官吏和豪绅地主田既庭等。游骑至天长、六合。
农民军首领扫地王（张一川）率众于十一日占领颍州，杀明指挥王廷俊等，知州尹梦鳌受伤坠水死，大乡绅前兵部尚书张鹤鸣被农民军倒吊而死。农民军从颍州分兵攻六安、寿州、风阳、庐州等地。
凤阳城久圮，留守司统四卫所，“承平日久，侵牟催募，同于无人”。农民军包围寿州以后，明守备太监杨泽令留守朱国相准备迎敌，知府颜容瑄领乡兵防守。对杨泽的贪虐事，商民汹汹，诉告于巡按吴振缨，吴惧而不纳，商民拥至太监署鼓噪，吴振缨乘间逃去。
风阳百姓放火烧掉太监署，集队执香往颍州去迎接农民军。
闯王，罗汝才，过天星等西去太和。扫地王、太平王在十五日乘雾前往凤阳，杀留守朱国相和知府颜容瑄等。农民军焚明祖陵享殿和松树三十万株，杀司香太监六十余人，释放高墙罪宗百余人。明卫兵一千五百人跪迎扫地王等，齐呼千岁。
分攻寿州的农民军，旗帜上书写“古元真龙皇帝”。
明淮抚朱大典调徐州总兵马爌，睢州总兵骆举往援风阳，都逗留不敢行。崇祯发关辽兵三千，令祖宽统领进攻农民军。
“土寇”引导农民军围全椒、滁州、和州。明南京兵部尚书吕维棋调兵抵御。
明廷命总督洪承畴出关节制诸抚镇，以“六月廓清”为期。洪承畴到河南后，请令“四川抚镇俱移夔门、达州，进援襄（阳）、汉（中）；
湖广抚镇分驻承天、襄阳，郧抚移驻郧、襄；漕督移驻颇、亳，进援汝宁、归德；山东抚臣移驻曹、濮，进援江北、江南；山西抚臣移蒲州，进援灵、陕；陕西抚臣移商州，调度汉（阴）、兴（安）、汉中；河南抚臣移汝南、南阳间；保定抚臣移驻邯郸、磁州，可南北策应”。明廷进洪承畴为兵部尚书、赐剑、得便宜行事。
洪承畴出关后，阌乡、灵宝，卢氏等地农民军六七万人乘虚进队陕西，过潼关南原时，明潼关道李烨然不敢应战。
闯王高迎祥、曹操、过天星等从太和回到河南，经鹿邑、杞县至密县山中，张献忠攻庐州。扫地王攻亳州，走河南夏邑、围归德。
到凤阳的农民军一部分人攻占了巢县、庐江。从黄梅东来的农民军克无为州，攻桐城。
山西“土贼”显道神（高加讨）攻战于静乐、忻州、定襄一带，能马上运棓三十斤。晋抚吴甡遣参将猛如虎等进“剿”，高加讨受箭伤被擒，遭杀害。与高加讨并称为山西“三大寇”的活地草（贺宗汉），乡里人（刘浩然）不久也被吴甡所杀。
陕西雒南农民军攻咸阳、长安、厔等县。
凤阳明皇陵被焚毁事二月由巡按吴振缨报到北京，明廷大为震动。崇祯“素服避殿，亲祭告太庙”，并颁旨说：“皇陵罹变，实朕不德所致。右春坊右庶子兼翰林院侍读学士倪元璐请崇祯下罪己诏，布告天下，“以广宣德意，除民疾苦，今民最苦无若催科，顾亦未敢容易兴言，冀停加派”。他说：“今日人心所在思乱，贼踞南北之冲，江湖积盗，响应必多”，“及今不图，日蔓一日，必至无地非兵，无民非贼”，主张“以今日之势力殄贼之谋”，强调“剿贼”的重要性。
明廷的战略中心开始从辽东向中原移动，虽然在崇祯的心目中，辽东战场仍然是他最关注的地方，中原战场至多提到与辽东战场并列的地位。
江北农民军连克潜山、太湖、宿松、霍山等城。首领张献忠西入湖广、围麻城，与老回回会合，入河南。农民军布及蕲州，黄梅、潜山，广济，黄陂、黄州等地。
闯王高迎祥、曹操、过天星等由豫西入陕西，出终南山北上。闯将李自成，蝎子块等自庆阳东来。老回回，张献忠也由商州至秦川。河南农民军破新蔡，攻考城、南召等县与明督洪承畴军战于睢州，与明将邓战于罗山，与左良玉战于南阳城下，后来退走。湖广农民军至武昌，明楚抚唐晖移驻汉阳避“贼”。
明军以“剿贼”为名，大肆淫掠，邓援湖广兵“掠麻、黄”，洪承畴兵在河南“掠许州、洧川、尉氏”，汤九州入河南“携妇女六百人，车百余辆，驿骚已甚，下九川台讯”。贺人龙等“过尉氏，以县令闭门，攻城焚其关厢，县令馈数百金而去。各处淫掠”。
江北农民军三月一部分由颍州，霍山入河南光山、固始，一部分由桐城、潜山、太湖入湖广麻、黄、襄阳，会合于南阳，由淅川、内乡、上津进入陕南商、雒一带。
明左良玉军击农民军于镇平、唐县，陈永福军击于嵩县山中。
明兵科给事中常自裕疏言：“皇上赫然震怒，调兵七万，其实不过五万，且分之各处，未足遏贼”。
四月，明总督洪承畴在汝州会集群僚说：“制贼当有长策，我至豫而贼走秦，我走秦而贼又走楚、豫，是自弊于道路，而郡邑皆残破矣。天子严旨刻期六月灭贼，今当分信地扼之，令不得流，吾当自率麾下搏击，使无遗类”。令左良玉、汤九州、尤世威、徐来朝防守豫、陕交界处的北朱阳关，兰草川、瓦屋和吴村；陈永福守卢氏永宁诸隘口；邓、尤翟文、张应昌、许成名分防汉江南北诸隘口并移文山西防河，请敕朱大典防江北，又令张应昌、尤翟文从郧阳入陕南与左光先、赵光远会兵，洪承畴率贺人龙，刘成功与曹文诏入陕西进击农民军。但明兵乏饷鼓噪，法不能行，如徐来朝的兵士哗变，不肯入山，邓标将王允成的家丁索饷焚屋，杀邓二仆，邓在逾墙时坠火中死。张外嘉被部下捆缚。谭大孝所领峒丁半年不到信地。洪承畴无法完成分信地扼守计划，其布署不攻自破。
洪承畴五月到陕西高陵。曹文诏从阌乡进入陕西商州，击农民军于金岭川。农民军老回回、张献忠等部已离商，雒至西安附近，六月与闯王高迎祥等合围凤翔。曹文诏从汉中北驰。邢红狼仍留商，雒一带。满天星、蝎子块从平凉至镇原。闯将李自成从乾州北去。摇天动克西和城。
农民军从西安、凤翔，清水、静宁、秦州直到临洮，达二三十万人，大小头目百十个。洪承畴兵少，但迫于“六月廓清”之期，仍急于进战。在乱马川，明军被农民军击败，前锋中军刘弘烈被执。副总兵艾万年、柳国镇、刘成功领三千明兵进攻闯将李自成于宁州襄乐镇，艾万年和柳国镇被杀，刘成功重伤而回。两日后（六月十六日），明援“剿”总兵官曹文诏追击农民军至真宁湫头镇。在数万农民军的重围之下，曹文诏兵败自杀，明西陲大震。
闯王高迎祥等乘农民军屡胜之势，进至淳化、耀州，欲攻西安，因洪承畴张疑设伏，不知虚实，没有进击。洪承畴七月上疏说：“官兵不能当贼十分之一，合省守剿仅四万余兵，其势不敌明甚”，这时他就不再夸言“使无遗类”了。
后金军攻入晋北，至忻州、代州、崞县，从宣府出塞。混世王、蝎子块等率农民军经过西安境，从大峪山走商、雒，与老回回、闯塌天、整齐王等合营，攻朱阳关，明守将徐来朝逃走，一军尽亡。老回回等八月越卢氏至永宁，农民军不下数十万。闯王高迎祥与闯将李自成留在关中。李自成攻破咸阳，杀知县赵跻昌，东走同官、富平，闯王高迎祥西走扶风、武功，各领农民军七万人。
李自成部将高杰叛降明军。
明郧抚卢象升在五月调任湖广巡抚，八月又升任兵部右侍郎兼右佥都御史总理直隶、河南、山东、四川，湖广五省军务，与洪承畴合“剿”农民军。洪承畴“剿”西北，卢象升“剿”东南，如农民军复入陕西，卢象升统兵进关合击。监军道河南是戴东旻，湖广是苗祚土，南直是史可法。
兵部奏陕西农民军半至河南，崇祯在原调七万兵以外，增兵两万，一共九万有奇。
河南农民军九月自嵩县趋郏县、禹州，围密县而去。南攻信阳的农民军为明守军击退。农民军首领蝎子块大败明宣府总兵张全昌军于皖北颖州的瓦店集，张全昌被俘投降。闯王高迎祥领数万农民军围扶风一月，克城，明援兵至，走武功、乾州。扫地王至霍山。明援“剿”总兵祖宽到开封。
十月，闯将李自成，过天星围真宁、去三原，与明总兵左光先，王世钦和副将曹变蛟战于高陵。
为了改变对明廷不利的局势，崇祯下罪己诏，说：“虏（后金）乃三入，寇则七年，师徒暴露，黎庶颠连。国帑匮绌而征调未已，闾阎彫攰而加派难停。中夜思惟，业已不胜愧愤。今年正月，复致上干皇陵，祖恫民仇，责实在朕。于是张兵措饷，勒限责成，伫望执讯歼渠，庶几上慰下对，又不期诸臣失算，再令溃决猖狂。甚至大将辱于小丑，兵民敢于无上……若不大加剿除，宇内何时休息，已再留多饷，今再调劲兵，立救元元，务在此举……兹择十月三日避居武英殿，减膳撒乐，除典礼外，余以青衣从事，以示与我行间文武士卒甘苦相同之意，以寇平之日为止”。这篇罪己诏实际上是“剿寇”的动员令，表示明廷要对农民军“大加剿除”。崇祯不管“闾阎彫攰”，还是要征调和加派。他在“再留多饷”之后又“再调劲兵”
这不会“立救元元”，只能增加老百姓的负担和痛苦，因为“官兵不能剿贼，反以殃民”，“民宁见贼而不愿见兵，反因附贼者有之”。至于“减膳撤乐”，不过是做做样子而已，毫无意义。这篇诏谕说“责实在朕”，实际上是在责备“诸臣失算”，对农民军不能“执讯歼渠”，以致“再令溃决猖狂”。
明廷被迫更加重视农民军的问题。过去它调各路军马，妄图“六月廓清”的计划完全化为泡影。
在调援九万名明兵以后，崇祯又增加了一些辽东军队，辽东军队里多“犷悍”的“夷丁”，战斗力较强，但这些明军也改变不了整个战局。卢象升说：“贼横逞八年，狂奔七省，拥众四五十万，分股百十余营，气候成矣”。明廷自从陷入两线作战的泥淖以后，兵力不能集中，在辽东抗击不了后金军，在内地“剿除”不了农民军。
农民军首领闯王高迎祥、老回回、九条龙等在八年十一月分道进入河南。九条龙与张献忠会合于阌乡。闯将李自成迎击明总兵王承恩军于耀州，杀明将王嘉谟，走宜君、同官。
明总理卢象升与辽东总兵祖宽军夹击农民军整齐王部于汝州。整齐王败走，与闯王，闯塌天等合攻雒阳。祖宽率军来救，袭破农民军于龙门、白沙。
闯王高迎祥与摇天动、张妙手、整齐王、闯塌天，九条龙、老回回等前往豫东地区。十二月，围新蔡，突午阳、往遂平、确山、下光山。满天星等从陕南来与闯王合营。明祖宽军击破高迎祥等军于确山。
闯将李自成至韩城。老回回、蝎子块等又回陕西，为洪承畴军击退于临潼，南入商、雒山间，闯王高迎祥、张献忠等从光山、固始东攻庐州，下巢县，含山。明将阎雄领边兵救庐州。农民军自含山乘大风雪攻占和州，杀知州黎弘业等。
卢象升在九年正月初大集牟文绶，祖宽等蓟辽关镇之兵于凤阳。
农民军从和州进攻江浦，明南京兵部尚书范景文派兵守御，农民军稍退，明兵追至板桥，被农民军伏兵包围，大部份歼灭。
闯王、闯塌天，张献忠，摇天动等七家数十万人联营往攻滁州，知州刘大巩固守。城破在旦夕，卢象升遣总兵祖宽统关辽边兵袭击农民军背后，游击罗岱和副将李明辅等前攻，战于城东的五里桥。农民军被明军意外的袭击所战败，退走时又在定远受到明将杨世恩的截杀，高迎祥损失了精骑二千。到池河时，农民军才消灭这里的明守军，渡河西去。
紫微星攻克怀远县，战明刘良佐军于蒙城的陈搏桥，去霍丘、颍州。
闯王高迎样率众渡淮河北行，进克萧县。
明调辽将祖大乐统边兵赴河南。张献忠、扫地主等至永城，被祖大乐军突袭于北村寨，农民军失利，离去。
曹操、一字王、扫地王等五营将由归德往开封。祖大乐在归德城北设伏，以羸师诱战。农民军至谷熟集，明伏兵四出，农民军惊愕散走，说：“何处来此铁帽子羊耶？”祖大乐乘胜追击，农民军损失较大，奔往亳州、永城、鹿邑等处。
农民军虽遭到一些挫折，但军势仍很盛，明军遏制不了数十万农民军的流动和袭击，因此明廷臣中又有提出重点攻击的办法。兵种给事中常自裕上疏道：“流寇数十万，最强无过高迎祥，彼多夷汉降丁，坚甲铁骑，兵有纪律……今秦贼在宜君、州，不过李自成，当责秦抚。豫贼在灵宝、阌乡、卢氏、永宁，止马守应等数营，当专责豫抚。而督、理两臣宜令专图迎祥”。卢象升也认为“闯王乃诸贼中最强劲者”。于是“最强劲”而“有纪律”的高迎祥部队成为明军注目和专攻的对象。
农民军二月至太湖，“奸民馈贼羊酒”，渡濠克城。
明辽将祖大乐击走闯王高迎祥军于汝州的杨家楼、孙家口。两日后高迎祥又在汝州与明将祖宽、王进忠，周维墉等交战失利。
明革职总兵汤九州请自効，率兵进攻嵩县农民军，约左良玉夹击，左良玉中道返兵，汤九州孤军深入山崖，被农民军全部歼灭。
闯将李自成与过天星、满天星、混天星等被明督洪承畴率兵追击，从澄城，韩城、合阳、宜川、延安、庆阳、西安所直至兰州。明将左光先和甘肃总兵柳绍宗击败过天星于乾盐池。农民军绕塞东行。
过天星，满天星伪降于陕抚甘学阔，安插于延安。明宁夏饥卒杀巡抚王楫，兵备丁启睿斩为首者七人，洪承畴赶至宁夏。东来的农民军闯将李自成和混天星部击溃明潼关守卒。
闯王高迎祥从密县至禹州、郏县、登封。又自裕州走南阳，屯九臯山。明豫抚陈必谦令陈永福、陈治邦等夜袭农民军营地。卢象升遣总兵祖宽、祖大乐、罗岱等与闯王高迎祥大战于七顶山。高迎祥败走，损失不少精骑。
卢象升至南阳，令祖大乐趋唐县、新野；祖宽趋光化；陈必谦领兵从镇平南下，合围高迎祥等农民军于邓州一带。楚抚王梦尹和郧抚宋祖舜分守襄阳诸隘口。三月初，闯王高迎祥，闯塌天、蝎子块，九条龙、张胖子、扫地王等率农民军突破宋祖舜军防守的隘口，走郧阳。闯王、蝎子块入陕南兴安，九条龙等克竹溪，竹山。张胖子攻南漳、谷城。老回回、张献忠、混世王、兴世王、瓦背出没秦、豫接壤地区。
农民军二三万人在内乡、淅川山中屯聚。明关辽边兵皆骑卒，不便险阻，至党子口不肯进山。卢象升无可奈何，上疏说：“豫、楚大山绵互，林箐深密，马不能行，而贼于榛莽间抵突，出没无端，路皆羊肠，驴不能运，一夫负米二斗，踵兵而行，十日不见贼，兵夫俱饿死”。
永宁矿徒起义。明廷任孙传庭为陕西巡抚。
闯将李自成四月从州至延绥，打算从绥德渡河，受阻于明定边副将张天礼军，西行将去巩昌，与明将左光先，曹变蛟战于固原，又东走。闯塌天等到均州，据武当山。
明吏科都给事中颜继祖五月题称：“灭奴（后金）先灭寇。逆奴负固，义在必讨，但以寇较之，奴尚隔藩篱，寇直逼堂奥矣，奴犹疥癣之疾，寇则膏肓之祟矣……臣以为寇罪等于奴，寇祸更速奴，为今之计，必专心剪寇，而后养全力以制奴”。大学士温体仁认为农民军是“癣疥疾”，而颜继祖则认为后金是“疥癣之疾”，农民军却是“膏肓之祟”，“祸更速于奴”，必须先“灭寇”才能养全力以“制奴。”
明统治区业已百孔千疮，但在崇祯的眼中，仍是“全盛之天下”，他还在作既消灭农民军又灭掉后金的打算，不可能认识到“寇祸更速于奴”的问题。对于颜继祖的建议，崇祯没有答复。
曹操、闯塌天、九条龙、张胖子等进攻荆门。闯将李自成由庆阳又至绥德。过天星复抗明于延安，领兵至吴堡。明廷绥总兵俞霄击走过天星部，追至安定。李自成军大败明追兵，执杀俞翀霄。
李自成率兵至米脂，为明贺人龙伏兵所袭。闯将，刘宗敏，高一功攻邠州。
闯王高迎祥，闯塌天，蝎子块由兴安趋汉中。曹操、九条龙、一丈青等至均州。
河南久荒，无以供饷，关辽边军洶洶流言，思归。洪承畴认为边军骑卒不利山险，可用于关中平旷之地，与卢象升计议上报调动。六月，总兵祖宽等统兵入关。边兵在河南淫掠，不异其他明军，又因不服水土，“多染病”。豫抚陈必谦说：“发祖、李兵入关，既应秦急，又省豫饷”。但明廷想利用边兵来扑灭中原农民军的意图却落空了。
由于无法“剿除”众多农民军，明廷又刮出一股“招抚”风。崇祯在五月十日下诏说：“各抚按大书榜示，从俗（速）开导，如有悔罪投诚，弃邪归正，即称救回难民，逐一查明籍贯，本地编入乡甲，在各省分起护归，各安井里之乐，永消反侧之心”。半月后，兵部尚书张凤翼派遣职方员外郎包凤起赍诏往中原“招抚”。
根据过去“招抚”的经验，包凤起反对将受抚人员解送原籍，主张就地安插或解散。他说：“抚则当讲抚之地，今日寇党俾回原籍，乡人指目，一言诟詈，彼不甘心，则原籍不可强之使回也”。这个原则被明廷肯定下来。
豫抚陈必谦六月跑到南阳，令知县何腾蛟去招抚淅川山区农民军，碰壁而回。明总兵解进忠到农民军营中去劝降，被农民军杀掉。郧抚苗胙土派通判祝锡范去“招抚”，也被杀。这股“招抚”风不久平息下来。
边兵入关后，河南明军力量顿形单薄。明将陈永福战农民军混十万，老回回、整十万等十家于陕，鄂边境，被农民军重重包围，陈永福突围退走。农民军张献忠等二十余营率众二十余万从各处会集于襄阳，明廷旨责卢象升遣兵袭击，卢象升进战不胜，尾追又无所获，埋怨粮饷不济，七月奏道：“州县库藏如洗，折色万难措处，本色颗粒无资。剿兵所至，率多闭门坚守，惟以身听参孥。臣以功令责之，则曰：“饷银原无，款项从何设处？凡剿寇用兵之地，即兵荒应免之地，偶有一二完邑，所输无几，不足以供防兵，况剿兵乎？”这说明卢象升状至狼狈。
清（后金）军在六月底从喜峰口入塞，明廷于七月三日宣布北京戒严。清军攻破昌平。兵部檄山东总兵刘泽清，山西总兵王忠，猛如虎、大同总兵王朴，保定总兵董用文，山海关总兵祖大寿和援剿总兵祖大乐、祖宽、李重镇、马如龙等领兵入卫。
清军在七八月间连破冀北各州县，明军除在西山，涿州小有斩获外，无法对抗清军的往返攻击。九月初清军从冷口出塞，掳走很多人口、财物。明兵部尚书张凤翼死于军中，据说是畏罪自杀。卢象升奉命入援，被明廷改任为宣大、山西总督。王家祯继任总理。
王家祯认为自己的处境比卢象升还困难，更加对付不了农民军，上任后不久，就向明廷请病假，要求辞去总理的职务。
在清军入塞期间，闯王高迎祥由汉中，石泉出子午谷攻西安。
七月二十一日，同明陕抚孙传庭战于厔的黑水峪，不幸中伏被俘。高迎祥及其部将黄龙，刘哲等都械送北京遇害。
高迎祥是农民军初期首领之一，曾为反封建的农民革命斗争，立下了许多功绩，兵有纪律，能与各营首领团结合作。他被明廷残酷地处以磔刑，是农民军的重大损失。明封建统治阶级曾认为杀害了高迎祥这个最主要首领，农民军就有希望扑灭了。这种希望是没根据的，他的后继者李自成收集了高迎祥留下的部队，更高地举起了高迎祥的旗帜。
这时闯将李自成的实力虽较强。还没有成为各营中“最强劲”的主要首领。自高迎祥死后，许多首领之间的关系比过去更松懈了。
李自成率军走阶州，徽县，八月与过天星等聚会于阳、陇州山中。蝎子块九月由河南入陕北延安，走灵台、长武。张妙手降明。
河南农民军攻登封、尉氏、汝州。
明廷于十月起用守制总督杨嗣昌为兵部尚书。杨嗣昌由田贵妃之父田弘遇“遥唱以入天听，遂得用”。
老回回、整齐王等从内乡、淅川山中至湖广枣阳，随州，围明将杨世恩军，败明楚抚王梦尹援师。张献忠至均州，与老回回、曹操、闯塌天等合营。十二月，农民军至黄陂、黄梅。
崇祯十年正月，罗汝才、老回回、整齐王、闯塌天和张献忠等顺流东下，与江北农民军贺一龙、贺锦等会合。烽火直达淮扬。明南京兵部尚书范景文，操江都御史黄道直，总兵杨御蕃分防守御。安池道兵备副使史可法领兵至江北。
老回回等攻桐城，战明史可法军，走舒城。农民军进攻安庆、滁州。
闯将李自成率农民军攻泾阳、三原。过天星逼西安、蝎子块去临洮。小红狼往来汉南等地，混天星入商，雒山中。陕西长竿子“贼”自镇安，山阳入上津。
明将阎雄二月领边兵屯全椒。农民军顶破天部数万人屯西门外，江南大震，不久农民军走霍山。明将刘良佐袭击庐州，六安等处农民军，左良玉军击败农民军于桐城、舒城，农民军去潜山县天王古寨。明应天巡抚张国维檄左良玉搜山，左良玉不应，移兵六安。
湖广农民军突袭德安、黄州，攻下随州，焚明荆藩陵园。
明兵备副使史可法三月驻安庆。参将程龙、游击陈于王领苏州兵，游击潘可大领安庆兵屯宿松酆家店。
据天王古寨农民军出太湖进攻酆家店，被程龙、潘可大击退。
四月，农民军七营数万人包围酆家店，击杀潘可大、陈于王，程龙自焚死，明军全部覆没。
明总兵牟文绶、刘良佐率马步兵九千人来援，破农民军于挂车河。张献忠领军进入湖广。李自成和过天星回到阶州（武都）、成县。
河南、四川，湖广、山西、冀南和山东等地都处在“流贼”、“土贼”和明军的不断交战之中。
