有一士卒两腿浮肿，皮肤透亮，一捏一个水印。恰天色已晚，孙思邈无法处诊，只能请他第二天再来。该士兵回到帐中，行动迟缓，举步乏力。官长看不顺眼，行军走到半路，竟将该士兵推下悬崖摔死。孙思邈听后十分难过，感到该士卒之死有自己一份责任。肾在五行属水，若虚亏，必胀肿。士卒之肿，大多失于肾虚。孙思邈亦无治本良策，只能勉力任之。由此他恨透了战争。
不久又出现棘手之事，即军中药品越来越少，再好的方子也配药不齐，这就大大局限了疗效发挥。孙思邈虽向训练校尉多次提出请求，答复却是供应不上。孙思邈无奈，只能因陋就简，以土法治之。经不断验证，又探索出许多简易办法。
有一土方叫蒲黄酒，主因风虚水气导致的通身浮肿。其法：蒲黄、小豆、大豆各一升，以酒一斗，煮取三升，分二服，其效验。
另一土方专治水肿。以苦瓠穰一枚、水一石，煮一炊久，去滓，煎而为丸。服如大豆。小便利后，作小豆羹，乃饮食之。
还有一法更为简单。以楮皮叶一大束，细切，以水一斗，煮取五升，去滓，服之，不过三四日，面肿乃减。虽得瘥，常服之。上述三方，后皆收入《千金翼方·杂病中·水肿第三》。
他即以上述方法，疗救士卒性命。
孙思邈治得最多的疾病，仍为枪棒所伤，或堕马堕车者。这些患者大都惨不忍睹，恶秽难闻，令常人不敢近身。孙思邈却对他们视同亲人，倾注满腔热情。他以杉木皮做夹板，给骨折患者接合断骨；以磁石、滑石治金疮肠出；以琥珀散治弓弩所中、闷绝无识等症。他虽年近半百，精力却十分旺盛，昼夜奔忙，不知疲倦。军中上下，皆视孙思邈为救命菩萨。他走到哪儿，大家都是一片欢呼。
这年十月，杨坚正式下令对陈总攻。他降旨设置淮南行省，将大帐立于寿春，以晋王杨广为尚书令，统领各路兵马，以高颎为元帅长史，决断行军谋略，又命秦王杨俊、清河公杨素为行军元帅，分头指挥渡江作战。兵力总计五十一万八千，战线长达二千余里。隋军西起永安（今四川奉节），东至东海（今江苏连云港），分列八路大军，同时扑向陈。
孙思邈见杨广无需服药，乃请求随军南渡。他背一木箱，内盛药草，立于小船船头。船到中心，却遇上急流，将孙思邈所乘船只掀翻，全船军士纷纷落水。孙思邈抱一块木板跳入激流，努力将药箱举出水面。其时，江寒水冷，孙思邈不习水性，在水里泡得久了，漂到对岸时，身子几乎冻僵。
六 惜书如命 闯火海抢救陈宫秘籍
隋开皇九年（589）二月，乃中国历史上一极其重要时刻。隋军渡江作战成功，一举攻下陈都建康。自此南北政权合一，国家重归一统。孙思邈有幸参与其事，不仅见识了陈朝都城被焚的可怖情景，还亲睹了后主陈叔宝被俘，由此生出一番感慨。
杨坚统一南北的过程，充分显示出其非凡雄心与杰出才干。他从周主手中接过政权后，即立志完成国家统一。然而限于国力，无绝对获胜把握，乃暂与陈朝佯称友好。每获陈朝间谍，皆给衣马，礼而遣之。陈主于是被杨坚麻痹，以为杨坚真无意南渡。而陈主正好不想打仗，因为作战会妨碍享乐。他便一厢情愿地对杨坚输诚，试图以礼尚往来换得杨坚宽容。最后是陈主疏于防务，江边防务不过是做做样子。自己即游哉悠哉，逍遥终日。
陈主待察觉隋军意图，巩固江防已来不及。因其防军从不认真训练，只顾侵扰边民。
杨坚先欲以势压人，使陈主慑服，实现“不战而屈人之兵”的战略意图。他乃命将作战船只聚于江渚，黑压压一片。曾有谋士建议遮护，别让陈军见到。杨坚却道：“朕即将替天行道，剿灭暴陈，此乃天经地义，何密之有。若陈主惧而能改，朕复何求。江南庶民皆朕之父母，岂可限一衣带水，而不拯之乎？”于是众人皆服。
杨坚原以为陈主见了隋军阵容，会吓得两股战栗，如梁主那样自动归顺。陈主却置若罔闻，也不遣使与隋军言和。这更让杨坚恼怒无比，发誓武力南征。
陈主看出杨坚作战意图，虽吓得战战兢兢，然却无奈其何。心想，倒不如得过且过，及时行乐的好。他便将国事军务弃之一旁，在刀尖上苟且如旧。
陈朝太子陈胤天性聪敏，喜好文学，于国事多有切谏，陈主却一概不听。太子还对沈皇后深表同情，明知她已处于废黜状态，却还多次瞒着皇上，使人至沈皇后处劝慰安抚。陈主得知后大为恼火，干脆将陈胤废掉，改立张贵妃之子始安王陈深为太子。
张丽华贵妃天生丽质，浓墨般头发长达丈余，柔软如丝，光泽鉴人，兼之媚态百生，故深得宠幸。张丽华自恃有宠，专揭沈皇后及太子短处，于国事则全然不通。及太子更立，亦欲争立为后，却不知朝廷还能存活几日。沈皇后简居俭约，所食皆粗茶淡饭，衣服无锦绣之饰，唯每日披阅经史释典，只偶尔上书委婉劝谏。这使陈叔宝拿不定主意是否废后，直至国亡也没办成。
隋军渡江作战正式打响后，杨坚为勉励出征将士，亲送大军至定城，并就地举行誓师仪式。杨坚着一身戎装，骑高头白马，手举佩剑，激励三军。
隋军之势日逼，边境羽檄频至，陈主却故作从容，宽慰侍臣：“建康自古王气在此，固若金汤。昔齐兵临近，无功而返，今隋师再来，安能撼动？且勿庸人自扰！”众侍臣听了，暗自苦笑。
孔范深知陈主心态，见边军频频来报，干脆编出一套说辞：“长江天堑，自古划地南北，隋军岂能飞渡！此实为边将欲取功名，妄言事急。”陈主一听大喜，忙夸孔范有真知卓见。孔范自此将前方实情全部压下，不再有任何羽檄呈送陈主。
隋之水军日夜兼程，数千舟楫沿江而下，势如排山倒海。陈师见了，畏敌三分，一路败绩，纷纷请降。另一路隋军从陆路直达建康北岸，由此强渡，与沿江而下的水军互为犄角。
那日陈叔宝朝会群臣，本欲鼓舞士气，却忽然大雾弥漫，堵塞鼻孔。陈主昏昏然于朝中入睡，长达三五个时辰。众人皆惊，想这陈朝气数果然将尽。
这时建康甲士尚有十万余人，听得隋军逼近，却皆不愿出阵，只盼陈国早亡。陈主人心丧尽，手无拒敌之策，既临大敌，唯有啼哭。骠骑将军萧摩诃，原本翘勇善战，其美妻竟为陈主逼通，故对陈叔宝早有怨恨。他因不敌皇威，只得反求外放。今建康危在旦夕，陈主乃命萧摩诃率兵拱卫。而当萧摩诃请求出击时，陈主却又担心，萧摩诃会不会因妻子之事报复朝廷，故不肯正式给兵。于是不仅陈军失去出击机会，陈叔宝本人亦断了外逃之路。
当隋军再次逼近，包围圈越来越小时，陈主方召萧摩诃并诸将议事，然众皆推诿，至日明未决。陈主对萧摩诃流涕恳切地道：“盼公为朕一战。”萧摩诃对曰：“往日事陈，为主为身；今日事陈，兼为妻子。”陈主闻言，深自愧疚。
陈主见身边军士皆神情懒散，便于府库掏出大堆金币。但这样也不起作用，军士仍无斗志。萧摩诃亦持消极态度，至阵前才奋起反击。此时军机尽失，只能唐突奔走。萧摩诃后为隋将所获，隋将命牵出斩首。见萧摩诃颜色自若，乃释而礼之。
陈主闻隋军逼近内殿，忙再捧出若干黄金，意欲募人出战，却无有应者。孔范对陈主道：“陛下唯具舟楫，就水路出巡，臣将誓死奉卫。”陈主忙令宫人持械，以待隋军。宫人素来胆怯，不会使枪弄棒，闻隋军将至，皆惧而溃散，孔范亦逃得无踪无影。于是文武百官皆被围于殿中，成了俘虏。
陈叔宝知大势已去，乃领着张贵妃并十余名宫人奔向后殿，自投于一口枯井。陈叔宝先入，张贵妃等继之，还将井口盖上，以掩人耳目。既而隋军拥来，扒开井口，往里喊话，见无应答，欲下巨石。陈主吓得在井下呼喊“救命”，隋军乃用绳子将陈叔宝与张贵妃、孔贵妃一同拉上。张丽华绾着墨玉般的长发，夹在投降者行列中，后被隋军单独拉出，押往他处。
二月江南，春寒未去，陈朝国都在一片腥风血雨中宣告陷落。自东汉末年以来，国家内乱不已，疆土四分五裂，长达三百余年，今日终告结束。陈之州三十、郡一百、县四百尽归隋室。杨坚终于实现了平生最大志愿，成为中国历史上最具影响力的帝王之一。
四月，杨坚于太庙广场举行盛大祝捷典礼，犒劳功臣。晋王杨广着鲜艳朝服，骑大白马率先入场。那坐骑体壮膘肥，黄金宝鞍，甚是耀目。当杨广经过隋帝面前时，杨坚特起立致意，大声呼道：“吾儿辛苦，为国功高。”晋王杨广之后，是战功赫赫的各路将领，昂首挺胸，列阵而入，甚是威风。场上呼声大起，一时地动山摇。
轮着陈叔宝和他的王公大臣上场了。隋帝让陈叔宝仍穿着朝服，只去其皇冠，摇摇摆摆走进广场。在他后面，昔日陈朝王公相随，亦皆着花花绿绿的朝服，腆着肚子，显得十分滑稽。在全场一片嘘声中，陈叔宝如同一只胖鸭，匍匐在隋帝脚下，以额抢地，口呼“万岁”。在他后面，陈之诸王亦跪地不起。从高处望去，只见一片耀眼朝服，把各人面孔全给淹灭。
陈叔宝既然丧国失权，便成了杨坚的戏弄对象，备受凌辱，人格丢尽。
陈叔宝在长安再无宫殿可住，而住进杨坚精心安排的一处民宅。那民宅用土墙围着，倒也干净，只东厢房里关着数头母猪，与陈叔宝昼夜共处。也许是陈叔宝的媚笑让杨坚起了恻隐之心，或是西岳真人之言还有些作用，杨坚到底没将其杀害，反以长城公拜之，让其半生不死地活到五十一岁（死于公元六○四年，即隋仁寿四年）。这在那一时代，可谓难得的仁慈。
陈叔宝在位时，孙思邈无缘一睹他的“丰采”，后在杨坚祝捷大典上见其丑态，不由生出许多感慨。他乃以养生为喻，论人之昨是今非。孙思邈认为，治国犹如治身，疾祸皆有源起。所有疾病，尽皆“身手自造，本非由天”，“但能少时内省身心，则自知见行之中皆长诸疴”。[56]
针对陈叔宝长期醉生梦死、怡然自得于薪火之上，孙思邈再言：“凡人自觉十日以上康健，即须灸三数穴以泄风气。每日必须调气补泻，按摩导引为佳。勿以康健便为常然，常须安不忘危，预防诸病也。”[57]
孙思邈闻陈叔宝遭杨坚百般奚落，倍觉其可怜可悲，仍以疗疾作比，谈那治国之道：“古之善为医者，上医医国，中医医人，下医医病。”“上医医未病之病，中医医欲病之病，下医医已病之病。”[58]这岂只是谈养生？可惜陈叔宝听不到了。
令孙思邈为之唏嘘者，除了陈叔宝，还有张丽华。
当隋军向建康迅猛推进之际，不幸落水的孙思邈稍得恢复，也紧着往建康赶。他背着药箱，一瘸一拐，来到杨广主帅行营。一路上走得脚板血泡破了又起，起了又破，痛得龇牙咧嘴。到得杨广行营，孙思邈急忙参拜。
杨广乍见到孙思邈，先是吃惊，以为他早已不在人世。后即下令：“快快，快去皇宫，将那值钱之物尽数抢来，运往长安。”
“禀启晋王，您说值钱之物是……”
“混蛋，你是医生，这也不懂？就是那些什么鞭、鞭。”
孙思邈于是明白晋王兴趣所在，连道：“是，是，必尽全力。”
杨广言毕，腾身上马，在众人簇拥下发狂般急驰而去。马蹄卷起冲天烟尘，如一条黄龙滚动，紧追在他们身后。此刻的杨广，心事全在张丽华身上。他要将张丽华掳到手里，带回长安受用。
孙思邈转过身来，遥见皇宫浓烟滚滚，忙朝那大火燃烧方向奔去。原是军士们视陈朝皇宫为亡国之所、不祥之物，要将其一把火烧掉了事。众多军士四面八方点火，将一座豪华绝伦、绵延数里的皇宫烧成一片火海。
孙思邈来到皇宫前，见许多隋军官兵从烟雾弥漫中冲出，抱着大包小包的财宝。还有人强行拖着年轻貌美的宫女，一并往外走。宫女们边走边不住哀号。一些孙思邈熟识的隋军校尉，也抢了许多财宝出来。其中一个校尉见到孙思邈，忙好心提醒：“快快进去，金银财宝不可胜计。”
孙思邈灵机一动，突然问道：“可知御书库所在？”
校尉却答：“对不起，不识字。”
孙思邈说了声“祝你们好运”，犹豫片刻，便冲进烈火浓烟。原来他见皇宫浓烟滚滚，忽然想起里面必有许多藏书，包括医药经典。江南为文化之乡，孕育过许多医药世家。没准其著述善本就藏在皇宫。孙思邈想着这些，早把杨广嘱咐之事忘了，一头扎进浓烟。
皇宫还在燃烧，屋里半明半暗，一根根烧断的梁木直往下掉。孙思邈一手掩鼻，猫腰穿行，处处碰壁。他在烟雾中忽被绊倒，原是一女子被烟雾熏得晕倒在地。孙思邈问她，该女子已说不出话。孙思邈试着搀扶，不成，只能将她背上，冲出危房，径奔墙外空地。
女子离开滚滚烟雾后慢慢苏醒，声音微弱地道：“谢谢您救了我。”
孙思邈忙道：“不用谢。可知御书库位置？”
那女子为内宫侍女，知孙思邈乃读书之人，当即表示愿领他再入皇宫。孙思邈见大火还在燃烧，眼前烟雾弥漫，知无人领路绝难如愿。乃让该宫女靠墙坐着，给她按压穴位。宫女经孙思邈一番按摩，全身轻松，对其更为敬服，于是毫不迟疑地冒险再入火海。这时皇宫火势渐灭，却到处潜伏着危险。因房屋架子已被烧毁，随时可能倒塌，或从房顶掉下一根屋梁、大块楼板。孙思邈担心出现意外，几次让宫女停下。宫女知孙思邈非常喜欢那些珍本，便不顾一切继续往危楼里闯。
