对马鸿逵、马鸿宾等上层集团，中国人民解放军是希望他们放下武器，用和平的方式解决宁夏问题。1949年8月5日，第十九兵团联络部长甄华就派原马鸿逵部少将处长孟宝山前往银川，直接做马鸿逵、马鸿宾及其部将的和平争取工作。8月26日兰州解放后，甄华通过起义的原国民党甘肃省正宁县县长马守礼和民主人士吴鸿业，邀集兰州社会上层人士马锡武、郭南浦、王廷翰、裴建准等人在兵团联络部开会，座谈和平解决宁夏问题。会后，甄华又请马守礼、吴鸿业多方串联，终于从原国民党退休军政官员、回族知名人士以及“宁马”高级官员的亲属中请到马宏道、马凤图、马季康、马元凤、马忠汉、白连升等人，与马守礼、郭南浦一起组成“宁夏和平代表团”，持彭德怀司令员的亲笔信，于9月5日从兰州出发，赴银川开展和平谈判工作。
宁夏和平代表团经过3天行程到达同心县时，适逢解放军与马鸿逵部队在同心地区打了一仗，马鸿逵部队退守长山头，解放军正在追击。代表团在同心会见了解放军十九兵团六十四军军长曾思玉，请示越过防线的办法。曾思玉命令部队暂缓进攻，让代表团过去。至长山头附近，马鸿逵部队用机枪向代表团汽车扫射，经喊话联系，才让代表团过去，到了中宁县城。
9月14日夜11时，宁夏和平代表团到达银川，宁夏当局派出省政府秘书长马廷秀出面接待，代表团住在招待所。此时，马鸿逵早已逃往重庆，宁夏军政事务，一律由他的儿子马敦静代行。代表团向马廷秀探询宁夏当局的态度，马廷秀说：“宁夏现在处境很困难。战无斗志，和则怕蒋介石伤害马鸿逵。”他还说，各方面传言，由于解放军进逼太急，马鸿逵部队军官中有不服气的情绪。贺兰军军长马全良主和，但其他部队将领还有主战的。9月16日下午约4时左右，马鸿宾来到招待所，果然流露出有气的样子。原来解放军进抵中卫时，把他的两个团打垮了。不过，他对代表团的接待还是客气的。在座谈中间，当郭南浦谈到代表团在同心时曾思玉军长讲：解放军战斗力很强，宁夏如果不投降，一定要武力解决时，那只好用武力解决了。马鸿宾生气了，他说：“自从兰州战役开始以来，我们始终摆出和平姿态。你们是讲和的代表，未曾到来，解放军就把我们打成这个样子……不平咋能和哩？”马守礼急忙说：“我们来的时候，解放军首长说得明白，只要宁夏有和平诚意，我们一面由郭老先生给兰州彭总司令去电，一面到前线联系。我们在路上因雨而耽误了时间，双方已经开战。在前线的解放军没有接到停战命令，当然不能停战。你看，现在可不可以由郭老先生给兰州去电，同时我们到前线去接洽？”马鸿宾马上说：“马敦静虽是我的侄子，但我们多年不来往。此刻他不找我，我也不能去找他。只有八十一军马惇靖部我能负责。我给他去电话，叫他在石空渡口和你们见面，研究起义。其余另作商量。”谈话完毕，他给代表团准备了汽车。代表团除留郭南浦在银川外，其余代表连夜冒雨赶往石空。次日早晨，代表团到达石空渡口，国民党八十一军军长马惇靖已在那里等候。当时八十一军处境危机，马惇靖又接到他父亲的电话指示，所以态度比较积极，愿意和谈。他对代表团说：“我们军人的职责是保国卫民。毛主席比蒋介石好，我们就跟随毛主席。”并请代表团过河到中宁请解放军派出代表进行协商，还安排羊皮筏子把他们送过河去。
马惇靖在石空渡口送走代表团后，又急忙赶回中卫，约请当地绅士到军部开会，他声明八十一军决不抵抗解放军，请他们转告中卫县的老百姓，不要惊慌。并请绅士们出城到20公里处的沙坡头欢迎解放军，向解放军说明八十一军决不抵抗解放军，请他们缓进。就在这时，马惇靖接到石空堡驻军的电话，说解放军派代表来了，让他前去商谈和平之事。马惇靖又赶到石空，结果来的不是谈判代表，而是联络人员马成俊（原系马鸿宾部下副官，家住中宁）。当时马惇靖立即派少校参谋杨子俊到中宁与解放军接洽。但杨子俊胆小，做不了主，未能商谈出任何结果就回来了，解放军方面带话让另派人商谈。18日，马惇靖又派八十一军少将师长马培清为代表，前往商谈。马培清到中宁六十四军军部，与六十四军军长曾思玉、副政委傅崇碧、六十四军联络部部长牛连璧，以及兰州来的和谈人士孟宝山等人，共同协商拟订了协议条款。在商定和谈签字地点时发生了争执，最后采取折中方案，签字地点改在黄河中间的一个沙洲上，时间定在19日12时，如果逾期不到，解放军就要开炮。9月19日上午11时许，马惇靖带着马培清和两位亲戚乘羊皮筏子来到黄河中间的沙洲上。不多时，解放军代表傅崇碧也带着牛连璧和作战科长唐皎乘羊皮筏子来到沙洲上。双方见面握手后，傅崇碧说：“几天来，谈判都是诚恳的，顺利的。这里连个落脚的地方都没有，怎么好签字呢？既有诚心和谈，到岸上详细谈谈不是更好吗？”傅崇碧诚恳、热情、爽朗的话语，使马惇靖消除了顾虑，于是一同乘羊皮筏子来到黄河南岸，乘解放军的吉普车到中宁县城。
在六十四军军部，曾思玉军长以北平和平解放为例，耐心地向马惇靖讲解了中国共产党关于《国内和平协定》的八项条款，并当场宣布保护马鸿宾、马惇靖一家及其全体官兵的生命财产安全，如解放军动用了马家在中宁县城的财产，将一律归还。马惇靖非常高兴地表示同意协定条款。当天19时，曾思玉代表中国人民解放军第十九兵团，马惇靖代表国民党第八十一军，分别在《中国人民解放军第十九兵团与国民党第八十一军和平解决协定》上签字。签字完毕，双方代表合影留念，曾思玉设宴招待马惇靖一行。
9月21日，马惇靖集合在中卫驻扎的官兵，宣布八十一军正式起义。官兵听后无不欢呼庆贺。几天后，十九兵团派政工人员300余名参加八十一军的改编工作。八十一军被改编为中国人民解放军西北军区独立第二军，任命马惇靖为军长，十九兵团联络部长甄华为政委。12月19日，宁夏军区司令员王道邦、副司令员曹又参到中卫举行授旗仪式。
1951年3月，马惇靖被调任宁夏军区司令员。独立第二军编为独立第一师。1954年甘宁两省合并，撤消宁夏军区。马惇靖任甘肃省政协副主席，直到“文化大革命”前夕。
