清同治元年（1862年）春，陕西关中地区广大回族因不堪忍受官府的压迫和汉族地主团练的欺压，在太平军、捻军和四川农民军蓝大顺等反清斗争的鼓舞下，于渭南地区率先举起反清起义的大旗。不久，甘肃所属的青海、宁夏、河州、陇东等地回民，先后响应，揭竿而起。在宁夏地区，盐茶厅（今海原县）所属平远所（今同心县预旺乡）清军回族把总马兆元首先打起反清旗帜。接着，固原以阿訇纳三为首，盐茶厅以王大桂、田成吉为首，纷纷发动当地回民武装反清。灵州所属的金积堡、吴忠堡同时举事，声势甚大。北部的平罗、宁夏（今银川）等处回民亦响应反清。宁夏南北均告事变，持续10年之久的宁夏回族反清斗争爆发。
宁夏地区的回族反清斗争是由马化龙及其子、侄组织领导的。马化龙，生于嘉庆十年（1805年，另说为嘉庆十五年）十二月二十五日，灵州金积堡（今吴忠市金积镇）人，是伊斯兰教哲赫忍耶门宦第五代教主。其始祖马明心为哲赫忍耶门宦创始人，英勇抗清，于乾隆四十六年被清政府杀害于兰州。其祖父马达天、父亲马以德为该门宦第三、第四代教主。道光二十九年（1849年），马化龙承袭门宦首领位置，在金积堡地区宣传发展教门。在他的领导下，门宦势力迅速发展，家业鼎盛，富甲一郡，在宁、灵地区回民中享有很高的威望，“西宁、河狄、口外之回皆崇奉之”。马化龙不仅直接组织领导金积堡、吴忠堡回民的反清斗争，而且北部宁夏、平罗，南部同心、固原、平凉等地回族举事亦与马化龙有密切联系。
金积堡位于秦、汉两渠之间，旧有城池，十分坚固，是哲赫忍耶门宦的道堂所在地。在反清运动中，这里由宗教中心变为政治中心，马化龙由宗教领导成为回族政治斗争领袖。回民军在金积堡训练军队，制造武器，购买马匹，组织起一支精锐的反清武装。金积堡由于“附和者日众，几不能容”，而且作为反清中心，大规模战事不可避免，金积堡旧城已不能适应新的情况。同治二年（1863年）春，马化龙决定扩建金积堡，将旧城扩大一倍，方圆1.5公里多，筑起坚固的城墙，内设大小碉堡，外筑城郭，挖渠水环绕，以为攻守之用，名堡曰“保生寨”。城外广大地区，亦密布堡寨，沟渠纵横，构成了一个以金积堡为中心、以外围堡寨为骨干的遥相呼应的防御体系。这次扩建，加强了金积堡的防卫能力，对宁夏回族反清斗争起了重大作用。同治二年十月，金积堡回民军与马兆元部联合围攻灵州城。宁夏满营派旗兵支援灵州，被回民军设伏击败。十二月一日，宁夏道员侯云登在甘肃提督安定的配合下，解灵州之围，回民军暂时退往金积堡、同心一带。清军企图乘胜一举歼灭回民军，遂逼近金积堡。十二月八日，当清军进至郭家桥时，回民军突然决堤放湖沟水阻淹清军，又乘势发动反攻，清军败退灵州城。
在灵州回民起义的推动下，宁夏府城北路的通昌、通贵等上下各堡回民纷纷响应。平罗回民军乘胜围攻平罗县城，击伤平罗知县，击毙满营将领佐领、防御各一人和平罗守备等人。与此同时，宁夏府城亦被回民军包围，满、汉两城同时告急。由于陕甘各地守备人员空虚，无兵可援，清廷只得急命阿拉善旗亲王调派鄂尔多斯东西两盟蒙古兵数千，出贺兰山口，赶往平罗、宁夏救援。
回民起义后，道员侯云登看到宁夏军队不够用，便让各乡地主士绅举办团练，利用民族矛盾来打击回族斗争，导致了大规模的民族仇杀事件发生。马化龙等回民军领导人认识到团练是得到官府的支持和承认的，便以“恐汉回复仇”为由，迫使官府解散团练。结果主持团练的侯云登被撤职，宁夏地区的团练大部分被官府解散。宁夏地区出现第一次抚局。抚局的出现是由官府和回民军各自策略的需要而形成的。官府企图以抚局安抚回民军，争取时日，以便调军剿洗回民军；回民军则旨在以抚局换得团练的解散，以求集中兵力打击官府。回民军接受抚局后，枪械、马匹并未交给官府，堡寨壁垒亦未拆除，随时都可以进行新的斗争；清政府对回民军的求抚，也怀有戒心，时刻予以监视。不久，陕西部分回民军进入甘肃，聚集董志塬，号称“十八大营”。清军对撤退到甘肃的陕西回民军穷追不舍，调集兵力由陕入甘。马化龙在此形势下，决定策应陕西回民军。他密令在甘肃的大阿訇穆生花与陕西回民军取得联系，利用平凉和宁夏南部山区固原的有利环境，聚众起义，与陕西回民军南北遥相呼应，牵制清军北上。同治二年秋，穆生花率领固原、陇东回民军围困平凉半年之久后，终于攻占了这座陇东重镇。值此时机，马化龙决计打破抚局，歼灭宁夏南北清军。他部署平罗一带回民军围攻宁夏府城，金积堡、吴忠堡一带回民军攻打灵州城。十二月，平罗马万选、郝文典等带领北部回民军猛攻宁夏城，与清军激战2日后，在城内回民的配合下，里应外合，于十二月四日一举攻克府城，卸任道员侯云登、宁夏知府吕际韶被杀，宁夏镇总兵丰登额自杀。因回民军声势浩大，满营虽近在咫尺，却佯作不知而不敢救援。次日，金积堡回民军占领灵州城，知州钟兰、守备叶生莲被击毙。回民军攻占宁夏府城和灵州，标志着宁夏回族反清斗争进入了高潮阶段。回民军摧毁了清政府在宁夏的统治，掌握了宁夏地区的政权。金积堡北以宁夏府城和黄河为凭借，东以灵州为屏障，南以平固为前沿，西以黄河峡口为险要，形成了方圆数百里的统治范围。金积堡基地经过一年多的斗争终于确立了。
在宁夏北部回民军势力壮大的同时，其南部固原、盐茶厅、隆德等处回民反清斗争也迅速发展。他们和陇东平凉、清水、秦安等地的回民军联为一片，极大地支持了宁、灵地区回民军和退入甘肃的陕西回民军。
同治三年（1864年）六月，太平天国都城天京（今南京）失守后，全国农民战争陷入低潮，但陕甘回民反清斗争方兴未艾。清政府除集中兵力围剿北方的捻军外，调动了陕甘两省的反动武装和直隶、山东、四川、湖南、河北、河南等省的清军，企图镇压陕甘回民反清斗争。清廷以长江水师提督杨岳斌为陕甘总督，刘蓉督办陕西军务，西安将军都兴阿督办甘肃军务，调遣楚军将领雷正绾、陶茂林、曹克忠等，分任甘肃提督和总兵等职，集结西北，重点进攻陇东和宁灵回民军。雷正绾、陶茂林、曹克忠等率部入甘后，由于陇东回民军迎战时步调不一致，兵力分散，个别回民军领导人与官军合谋，致使清军先后攻占了平凉、固原、盐茶厅等地。宁夏南路屏障平、固地区，在清军压力下，陷于瓦解状态。另外，南部回民军战斗失利后，又大部北上，庞大的物资供应，给金积堡带来了沉重的负担。雷正绾与曹克忠攻占平凉、固原等地后，又分别率部北上，向金积堡一路杀来，展开了第一次金积堡战役。面对这一严重局势，马化龙为了缓和形势，探听官军虚实，便派人给清军送粮送银，表示不与官军为敌，并呈文约定日期，点名受降，只求官兵毋入堡骚扰。雷正绾认为马化龙软弱无力，又因官军粮饷已尽，急欲就食金积堡，于是拒绝了马化龙的求抚要求。同治四年（1865年）七月二十九日，雷正绾、曹克忠两军联合攻击金积堡附近的强家沙窝等处。强家沙窝回民军顽强坚守阵地，金积堡又派军包抄增援。清军被围后，且战且走，退军10公里，帐篷、粮饷均丢失。后几日，雷正绾部连续进犯，但几乎全败，总兵周有贵等3名悍将被回民军击毙。后雷、曹集中全部兵力攻打金积堡东西两路关卡，各路回民军埋伏马队万余人，由外围绕道包抄；金积堡内回民军也全部出战，使清军腹背受敌，死伤4000余人，清军的军装、火药、器械、旗帜、马匹等丢失殆尽，清军供应军需的粮道也全被阻截。于是，清军纷纷溃逃，回民军跟踪追击至韦州。雷正绾军在败退中，“溃散十余营”，所剩无几。曹克忠部逃至白马寺，沿途也逃散数营，仅余二三百人，全军瓦解。宁灵地区的回民军纵横于灵州、中卫之间，并远赴古浪、平番、武威等地活动。固原州城又被另一部回民军占领。平凉、固原一带大部分地区重新为回民军所有，清军第一次围攻金积堡宣告彻底失败。强家沙窝战役后，清军主力大部瓦解。雷正绾部退至平凉，所剩无几，已不成队伍。陶茂林部溃散尤为严重，陶即离职。清廷以曹克忠为甘肃提督，专抚洮州回民军。清政府在甘肃的统治岌岌可危，而在宁夏的统治则已崩溃。宁夏府城和灵州被回民军占领两年多，这一带的清朝官府早已被回民军扫荡殆尽，只有满营一隅未被回民军夺取。宁夏南部，清军溃散之后，从同心至固原皆为回民军所有。宁夏回民军赢得了空前的胜利。
当此之时，马化龙确定“求抚”方针，希望求得一个太平安定的局面。但清朝督办甘肃军务的西安将军都兴阿反对议抚。清廷昧于形势，一再督令都兴阿、宁夏将军穆图善迅速攻克宁夏府城。陕甘总督杨岳斌和穆图善眼见宁夏残破局面，知道武力收复宁夏府已不可能，便力主议抚。清廷将都兴阿调为盛京将军，由穆图善督办宁夏军务，负责宁夏事务。同治五年（1866年）初，马化龙为达成抚议，同意放弃宁夏府城。回民军撤出府城，缴出武器多件。一月三十一日，清军开进宁夏府城。清军入城后，大开杀戒，火光烛天，回汉居民死者无数。接着。马化龙又允许官府派官员入驻灵州。在马化龙的主持下，宁夏各地回民军及部分陕甘回民军与清政府达成议和协议。宁夏地区进入了第二次抚局时期。穆图善除奏请朝廷授予马化龙副将头衔外，还将马化龙的名字改为马朝清。
抚局反映了回民军反抗清政府是有限度的。一旦清政府在回族地区的统治瓦解，回民军便从斗争转为妥协，以期保持所取得的斗争成果。通过抚局，回族实现了自己的自我管理。清政府十分清楚，抚局只不过是权宜之计，它是官方兵力处于劣势情况下的妥协。因为在抚局中，回民军仍然保持着独立的军事力量，抚局地区的政权完全掌握在回民军手中。所以，在甘肃各地达成抚局的同时，清政府积极部署力量，准备镇压回族反清运动。
同治五年（1866年）九月，清政府调浙闽总督、湘军统帅左宗棠为陕甘总督，不久又加钦差大臣头衔，督办陕甘军务。左宗棠利用捻军与回民军不相联系，陕甘回民军亦因门宦教派区别，虽有时互相支持，但并未形成统一的组织与指挥的弱点，拟定了一个三路进军的计划：湘军刘松山部由绥德西进，直至金积堡，是为北路；周开锡等部由秦州（今天水）进取河州、狄道，是为南路；左宗棠自己率军从平凉北进，是为中路。三路之中，以北路刘松山部为主，也是进攻金、灵地区的主力。
同治八年（1869年）八月，刘松山以收编的陕北流民队伍董福祥团勇为前导，向金积堡进逼；八旗军都统金顺由陕北定边进军花马池，与从北路石嘴子入境的崇武军统领张曜率领的豫军八营会合，进攻平罗和宁夏；屯驻固原、华亭、静宁一带的雷正绾、周兰亭、简敬临等军北上，进驻峡口。企图夺下宁、灵之后，对金积堡采取三面包围之势。各路清军为了挑拨陕回和甘回之间的关系，还大造舆论说：“官军只剿陕回，已抚之甘回安居无忧。”
这年九月，刘松山部进至灵州郭家桥，屯据下桥。马化龙仍想维持抚局，多次致书刘松山，希望清军暂退，由他招抚退到宁夏的陕西回民军。但刘松山却派军队四处攻打回民堡寨，马化龙被迫反击，并派兵杀掉灵州城内清军官员，以断刘松山后路。宁夏抚局宣告破裂。刘松山等部清军在“痛剿以慑服其心”的思想支配下，凭借优势兵力，依仗洋人提供的新式枪炮，对金积堡500多座回民堡寨进行了野蛮的剿杀。马化龙领导金积堡的回民军和留在那里的陕西回民军一道，为了生存的权利，与清军进行了殊死战斗，在逐堡逐寨的争夺战中，回民军付出了巨大的伤亡。
金积堡战役中，东面永宁洞和西面的峡口最为关键。峡口是秦汉两渠之渠口，永宁洞是山水沟与秦汉两渠的会合处。清军抢占了这两个地方，对金积堡构成很大威胁。
同治九年（1870年）二月，回民军组织反击，由河西履冰过河，一举夺回峡口。雷正绾、周兰亭率清军作战数日，伤亡惨重，退往今中宁县一带。回民军乘胜夺占广武营，截断清军河西粮道。在争夺永宁洞战斗中，回民军在永宁洞附近的马五寨，将骄横不可一世的刘松山击成重伤而死。清军先失峡口，又丧统帅，加上军中缺粮，一时军心大乱，各营兵丁纷纷弃甲夜逃。左宗棠曾密议退兵，清廷大为恼火，指责左宗棠“连区区金积堡一隅之地亦久攻不下”，并给予左宗棠降三级的处分。左宗棠只好一面向朝廷请罪，一面任刘松山侄子刘锦棠为老湘军统领，重新布置金积堡战役。刘锦棠除加强永宁洞的防守外，又在黄河两岸夹河筑堡，保护河西运道，逐渐稳住了阵脚。同时，左宗棠奏请金运昌部由东增兵宁夏，攻打定边、花马池，打通东路粮道。在保障粮食供应的情况下，清军再次展开进攻。
清军首先将灵州至吴忠堡之间的堡寨逐一攻毁，进而夺取金积堡北面的蔡家桥水口，放水淹灌回民军堡寨。此时，蜀军统领黄鼎和雷正绾等率军重新夺取了峡口，并由西南向金积堡逼近，前锋达到金积堡西南之洪乐堡。同治九年十月，清军完成了对金积堡的合围。金积堡被锁围之后，清军昼夜发动进攻，并于东门外架设两座炮台，不断轰击城内。回民军拼死战斗，英勇不屈，“倾热汤、青粥、釜盆齐下”。为了不给清军留下东西，不少回民老幼妇孺赴火自焚，军械什物皆成灰烬。回民军视死如归，前赴后继，无一降者。到了十一月中旬，金积堡粮草已绝，加之清军又决黄河之水淹灌金积堡。因此，陕西回军首领陈林、阎兴春不得不率回民“老弱妇女八千余人赴黄鼎、雷正绾营长濠（护城河）跪求收抚”。金积堡内仅余1000多人，回民军陷入绝境。在这种情况下，马化龙为了保存堡内军民的生命，遂于十一月十六日亲赴刘锦棠大营投降，表示以一身抵罪。至此，持续近10年的宁夏回族反清运动失败。
