一、朱元璋统一南方
（一）陈友谅的败亡
至正二十年（1360年）正月，陈友谅杀徐寿辉自称大汉皇帝后，政治上，不仅放弃了反元斗争，还进而与红巾军的敌人、叛徒张士诚相勾结；军事上，他也不再对元残余据点用兵，而集中兵力进攻昔日的友军朱元璋；生活上，也十分腐朽，睡“镂金床”，玩珠宝玉器，妃嫔成群，他已蜕变为一个新生的地主阶级分子。因此，大汉皇帝陈友谅与朱元璋之间所进行的战争，不再只有反封建的性质，已演变为封建统一战争了。
朱元璋与天完红巾军之间的冲突是从至正十七年（1357年）
10月，双方争夺池州（今安徽贵池）开始的，天完大将赵普胜守池州，常遇春来攻，互有胜负。陈友谅杀赵普胜、徐寿辉称帝后，“将土皆离心”，力量有所削弱，但他却野心勃勃，联络张士诚，东攻朱元璋，扩大其势力范围。至正二年（1360年）闰5月，陈友谅自江州率兵东下，直取集庆（今江苏南京），朱元璋用康茂才致书陈友谅假降，设伏兵于集庆城外，大败陈友谅，其将张志雄、梁铉、喻国兴、刘世衍降，士兵战死、溺死者无数，生俘二万多人，获战船数百艘，陈友谅狼狈逃回江州（今江西九江）。朱元璋乘胜攻占安庆、太平、信州（今江西上饶）。
9月，徐寿辉旧将欧普祥以袁州（今江西宜春）降。
至正二十一年（1361年）正月，小明王以战功封朱元璋为吴国公。5月，陈友谅反攻，派其将李明道取信州，7月，张定边攻占安庆。8月，朱元璋反击，夺回安庆，并攻占江州，陈友谅逃奔武昌。朱元璋又占南康（今江西星子）、东流、蕲州（今湖北蕲春）、黄州、广济、饶州（今江西波阳）、建昌（今江西南城），其守将纷纷以城降。至正二十二年（1362年）正月，大汉江西行省左丞相胡廷瑞以龙兴（今江西南昌）降。龙兴是江西重镇，得之可控江西全省，朱元璋异常高兴，亲至龙兴，对胡廷瑞奖勉有加，改龙兴为洪都。8月，陈友谅将熊天瑞攻占吉安，杀守将张本立，11月复为朱文正夺回。陈友谅的将领纷纷以城降，因而其“疆土日蹙”，处境日益困厄。
为了摆脱困境和侥幸打垮朱元璋，陈友谅派使者见张士诚，约其东西夹攻，张士诚虽应允，但“士诚欲守境观变，许使者，卒不行。”至正二十三年（1363年）4月，陈友谅气急败坏，在张士诚未出兵的情况下，率战舰数百艘，兵号六十万，向朱元璋发动了大规模进攻。为了进行这次战役，陈友谅特造了大战舰，“舰高数丈，外饰以丹漆，上下三级，级置走马棚，下设板房为蔽，置橹数十其中，上下人语不相闻，橹箱皆裹以铁”，十分坚固。当时，朱元璋正率领主力北援安丰，应天空虚，陈友谅认为必胜，故“载其家属、百官，空国而来”，要进行战略决战。
但是，陈友凉却没有乘虚直攻应天，而以大军包围洪都（今江西南昌市）。洪都守将是朱元璋的侄子朱文正，他率众死守，陈军猛烈攻城，都被击退，各种攻城战术都用上了，历时八十五天，依然不能破城。这样一来，一方面使陈军锐气大挫，同时也给朱元璋提供了回兵救援的时间。朱元璋由安丰返回，在作好了东防张士诚的安排后，7月，便率冰师十二万西进，救援洪都。
陈友谅获悉后，离洪都入鄱阳湖，迎击朱元璋。由力量对比上看，陈军兵多船大，朱军兵少船小，陈军占绝对优势。但是，陈军也有许多弱点，首先是陈友谅弑主自立，大失人心，许多将士不愿为他卖命，军心离散，而朱军则上下团结一致，人人奋激，争立战功，在士气上大大超过了陈军；再者，陈军战船虽大，但用铁链相连，艰于运转，朱军战船虽小，但机动灵活，进退迅速自如，在实战中反占优势；第三，在战术的运用上，朱元璋一开始就抓住了陈军的弱点，利用了火攻。这样，形势就大变了。
7月20月，朱军进入鄱阳湖，21日朱陈两军展开激战，徐达、常遇春、廖永忠率兵奋战，败其前军，杀一千五百多人，首战告捷，军威大振；俞通海又乘风发火炮，焚陈战舰二十多艘，士兵死伤很多，朱军大将韩成、宋贵、陈兆先等亦战死。22日战斗更加激烈，朱元璋命敢死士以小舟载火药、荻苇，点燃后乘风冲入陈军战舰群当中，火乘风势，战舰数百艘被焚，陈友谅之弟友仁、友贵及平章陈普略和许多将领被烧死，数千人被杀，“友仁者，即所谓五王也，眇一目，有智数，枭勇善战，至是死，友谅为之丧气。”又经过23日，24日两天激战，陈军大败，已不能支，乃收集残兵取守势，朱军挑战亦不敢应。陈友谅感到无力再战，欲退兵，但入长江的湖口通道已为朱军封锁。陈军进退失据，朱元璋乘机加强与论攻势，瓦解将士，又接连致书陈友谅，重申约他“同讨夷狄”的主张，并责其既启战端，又不敢决战，“无乃非丈夫乎？”陈得书大怒，“忿恚不能答”。陈军被围困湖中，欲出不能，欲守无粮，军心日益解体连陈友谅的左右金吾二将军也率众投降了朱元璋，“友谅失此二将，自是兵力益衰。”两军相持至8月26日，陈友谅已经绝粮，欲奔武昌，在湖口突围时，中流矢身死，其太子善儿，平章姚天祥等被俘。27日，其平章陈荣、参政鲁某、枢密使李才等率众五万余人投降。太尉张定边乘黑夜以小舟载陈友谅尸及其子陈理奔还武昌，朱元璋取得了鄱阳湖决战的胜利。9月，朱元璋马步舟师水陆并进，10月包围武昌，并分兵攻汉阳、德安诸州县。
至正二十四年（1364年）正月1日，李善长率群臣劝进，朱元璋即吴王位。2月，经过长期围困后，朱元璋对武昌发起总攻。大汉丞相张必先自岳州来援，被常遇春败于洪山，张必先本人亦被俘。武昌城内粮尽援绝，2月6日“陈理衔壁肉袒，率其太尉张定边等出降。”陈友谅大汉政权灭亡。
（二）张士诚的覆灭
至正二十三年，（1363年）2月，张士诚袭击安丰小明王，表明他已经完全倒向元朝统治者一边，坚决与农民军为敌。安丰战役后，朱元璋率军回救洪都，张士诚乘机再占安丰。9月，他自称吴王，要求元廷承认，未被批准，元廷向其索粮，他亦拒绝。
至正二十四年（1364年）8月，为了进一步控制江浙，张士诚还逼迫元江浙行省左丞相达识帖睦迩让位于其弟张士诚。让位后，达识帖睦迩被软禁于嘉兴，不久，被迫饮鸩自杀。张士诚身为左丞相，但昏庸无能，只知寻欢作乐，政事全委黄敬天、蔡颜文、叶德新三名腐儒办理，政治极勾腐败，当地流传着这样的歌谣：“丞相作事业，专用黄菜叶，一朝西风起，干瘪！”人民对他十分痛恨，洗他必亡。张士诚也日益腐朽，他“不理政事”，居深宫享乐，其部下将领，热衷于官爵田宅，凡出兵遣将，当出者或卧不起，邀求官爵、美田宅，即厚肠之，始起任事。
至军则载妓女歌舞，日会游谈之士酣宴博弈，及丧师失地而归，士诚亦不问，或复用为将，其威权不立类如此，因此，随着政治的腐败其军队的战斗力也大大削弱，已日益不能与朱元璋对抗。在朱陈大战期间，至正二十三年（1363年）9月，张士诚曾利用朱元璋的降将谢再兴进攻东阳（今浙江东阳），派大将李伯升率兵六十万攻诸暨（今浙江诸暨），至正二十四年（1364年）
10月，张士诚攻长兴（今浙江长兴），但均未得手。至正二十五年（1365年）2月，李伯升又率兵二十万争夺诸暨，也被李文忠、胡德济击退。
陈友谅灭亡后，朱元璋调兵东下，开始了对张士诚的大规模进攻。在战略上，朱元璋采取了“先取通泰诸郡县，剪士诚肘翼，然后转取浙西”的方针。至正二十五年（1365年）10月，朱元璋发布命令，指责张士诚“假元之命，叛服不常……启衅多端，袭我安丰，寇我诸全，连兵构祸，罪不可逭”，以徐达为总兵官，率常遇春、胡廷瑞、冯国胜、华高等马步舟师，水陆并进，攻取淮东、泰州诸处。11月，张士诚为分江北朱军之势，向宜兴发动进攻，为朱军击败。徐达攻高邮，高邮是张士诚的发祥地，势所必争，宜兴败后，张乃派左丞徐义率水师由海路进援高邮，但“义怨士诚，以为陷已死地，屯昆山之太仓，3月不进。”这就贻误了战机，使徐达得以顺利攻占高邮。至正二十六年（1366年）正月，张以舟师攻江阴等地，也为朱军击败，损失惨重。至4月，朱便全部占领了张士诚原有的苏北及两淮地区，从战略上完成了对张士诚的大包围。这时的平江，“政事纵弛，亲呢奸回，上下蒙蔽，民心离怨而费用无经，士卒困败而征调不息”，已经到了灭亡的前夕。
至正二十六年（1366年）8月，经过几个月的休整之后，以徐达为大将军，常遇春为副将军，率兵二十万，向平江进发。发兵前，朱元璋在一篇安民文告中，虽然声讨了元朝和历数张士诚的罪行已但却都是站在地主阶级的立场上说话的，文中竟骂红巾军“惟以妖言惑众，不能上顺天意，下悦民心”，表明此时的朱元璋，经背叛农民起义军，蜕变为地主阶级的代表，他所进行的战争，从性质上看，已经变为封建统一战争了。
朱元璋对平江的进攻，也是采取了先剪羽翼后取巢穴的方针。战争进展顺利，至11月，已经攻占了湖州、杭州、绍兴、嘉兴等重要城市，张士诚的重要将领五太子、吕珍、朱暹、王晟、李伯升、张天骐、潘元明等也相继投降，士诚元气大伤，他的地盘也只剩下了平讧、无锡等几座孤城。11月，朱军包围平江城。徐达命各将分兵直抵平江各门下，并占据城外战略要地，四面筑围困之，“又架木塔，与城中浮屠对，筑台三层，下瞰城中，名曰敌楼。每层施弓弩、火铳于上，又设襄阳炮以击之”。
时张士诚外援断绝，城内粮草奇缺，但仍恃平江城固坚守。至正二十七年（1367年）5月，朱元璋作书招降，士诚不理，又派说客入城劝降，亦不答。6月，士诚自率精兵欲突围失败，退回城内，计无所出。24日，张士成督战城上，坐银椅，左右进桃，未及尝，中炮身死。9月，平江城内“资粮尽罄，一鼠至费百钱，鼠尽至煮履下之枯革以食。于时城中士卒登垣以守，多至亡没”，已失去了抵抗能力。八日，徐达等攻破平江，张士诚将全家焚死，又率余众巷战，兵败自尽，未死被俘，解送应天。朱元璋劝其投降，张闭目不答，后自缢而死。不久，无锡等城守将亦投降，张士诚政权灭亡。
（三）方国珍的归服
割据浙东沿海台州、温州、庆元三路的方国珍，在朱元璋对张士诚用兵的几年内，依然靠两面派讨生活，他既接受元朝的官位，又向朱元璋献白金、绢匹，但其内心则是倾向元朝的。因此，方国珍对朱元璋阳奉阴违，暗地里探视应天虚实，设兵把守险隘，以期久据三州之地。对此，朱元璋也是了解的，只是由于他正集中力量攻打张士诚，故未发兵浙东，仅遣使问罪而已。
至正二十七年（1367年）4月，当张士诚的灭亡已成定局时，“方国珍既入贡，复阴泛海，北通扩廓帖木儿，南交陈友定……屡假贡献觇胜败，为叛服计。”其不降之心更加暴露，朱元璋为书斥责，数其有十二大罪，谕其归服。方国珍得书不报。7月，朱元璋再次遣使，谴其“怀奸挟诈，阳降阴叛，数相愚弄”之罪，并令其贡粮二十三万石，否则将加兵三郡。方国珍惶恐不能决，“惟日夜运珍宝，集巨舰，为泛海计”，准备逃往海上。至正二十七年（1367年）9月八日，朱元璋攻灭张士诚，9月28日，即分兵两路攻方国珍，其一路由朱亮祖率金华、衢州（今浙江衢县）等卫马步、舟师等攻台州路，方国瑛败退黄岩，后又逃往海上，朱亮祖克台州，进占仙居诸县。10月二自，朱亮祖自黄岩攻温州路，大败方军于城办，斩首六十级，获马八十余匹。方明善携妻子出逃厂城破，俘其员外郎刘本，分兵取瑞安。11月1日，“朱亮祖率舟师袭败方明善于乐清之盘屿，追至楚门海口。”另一路由征南将军汤和率领常州、长兴、宜兴、江阴诸军，10月10日出发，自绍兴渡曹娥江，攻占上虞、余姚。11月9日，攻破庆元，方国珍驱部下乘海舟入海，汤和率兵追击，败方国珍于海上，俘其副枢密使方惟益，元帅戴廷芳等。汤和回师下定海、慈溪等县，俘二千人，获战舰六十三艘，马二百余匹，粮食三十五万多石。11月17日，朱元璋又命廖永忠为征南副将军，率水师自海上助攻方国珍。24日，方国瑛遣其子向朱亮祖投降。12月9日，方国珍率其弟方国珉等向汤和投降，得步卒水师两万三千余人，海舟四百二十艘，粮十五万石。继而元昌国州达鲁花赤阔里吉思亦降。浙东地区平定。
（四）陈友定被俘杀
陈友定，又名有定，福州福清（今属福建）人，后迁居汀州清流（今属福建）。其家境贫寒，曾经商，破产后又为驿卒。至正十三年（1352午）红巾军进入福建后，他组织地主武装镇压农民起义，多次打败进入福建的陈友谅部厂还镇压过福建地区的其他小股农民起义军，以军功被元授为县尹，行省参知政事等。至正二十五年（1365年），元于延平（今福建延平）置福建行省分省，以陈友定为平章政事，于是，实际上“闽中八郡皆其所有”，统治了福建全境。
福建多山，交通不便，更加以农民起义在全国爆发，南北驿路隔绝，元朝政令不能及时到达福建，因此，陈友定实际上成为一个地方割据势力，福建的人事、甲兵、赋税得以独专。但他对元廷十分恭顺，在张士诚、方国珍停止向元朝运粮后，他却从福建运粮至大都。他北抗陈友谅、朱元璋，阻挡红巾军南下福建，他还北攻处州，杀朱元璋大将胡深，一直与农民军为敌。
至正二十七年（1367年）11月，朱元璋命胡廷瑞为征南将军、何文辉为副将军，率兵南下攻陈友定，由杉关进入福建，很快攻占了光泽、邵武、建阳，逼近建宁（今福建建瓯）。12月，朱元璋又命汤和，廖永忠率水师自庆元由海道攻福州。至正二十八年（1368年）正月，胡廷瑞下建宁，破延平，陈友定服毒未死，俘送应天被杀。延平既下，兴化、泉州、漳州等地守将也相继投降，福建平定。
福建平定后，今湖南、广东、广西等地的一些元末割据势力，随后也相继被朱元璋统一。
（五）明升投降
元末割据四川的是明玉珍。明玉珍，随州（今湖北随县）
人，为人刚直，其“家世以农亩为业”，元末红巾军大起义爆发后，被当地富豪推为屯长，组织地主武装，结寨白保。至正十一年（1351年）冬，徐寿辉起义军发展起来，遣使招谕，明玉珍归服，被授为统兵征虏大元帅，率原部军马，镇守沔阳一带，至正十五年（1355年）春，徐寿辉令明玉珍率斗船五十艘入川筹粮，满载而归。至正十七年（1357年）四川行省右丞完者都与左丞哈林秃守重庆，二人不和，12月明玉珍乘机攻占重庆，俘哈林秃，押送汉阳，徐寿辉以其功授陇蜀省右丞。至正二十，年（1360年）4月，明玉珍大败元兵于嘉定，杀完者都，进占蜀中各州县。至正二十年（1360年）5月，陈友谅杀徐寿辉，明玉珍怒曰：“一吾与友谅同事徐氏，今友谅弑主自立，当整兵讨之。遂令莫仁寿领兵守夔关，不与相通。”三军缟素，为宋主发丧。“10月，玉珍自称陇蜀王。至正二十三年（1363年）正月1日，明玉珍称皇帝，改元天统，国号大夏，仿周制，中央设六卿，后改方中书省，枢密院等；地方府置刺史，州设太守，县曰令尹，并开科取士，明玉珍还实行屯田，”以赡国用“又”颇尚节俭赋税十取其一，农无力役之征“蜀中人民”赖以初安获得了一个比较安定的生产、生活环境。明玉珍曾命万胜领兵攻取汉中、云南等地，虽也取得了一些胜利，但其辖地没有扩大。至正二十四年（1364年）以后，明玉珍即转入防守，基本控制了今四川及贵州的北部地区。至正二十六年（1366年）2月，明玉珍病死，死前嘱群臣曰：汝等同心协力，但可自守，慎勿妄窥中原，亦不可与各邻国构隙。其子明升即位，年仅十岁，由其母彭太后垂帘听政，基本上继承了明玉珍的睦邻守疆政策，大夏成为地方性的割据政权。
明玉珍时期，大夏与朱元璋已建立通使关系，相互友好。明升即位后，依然与朱元璋保持联系。张士诚，方国珍灭亡后，明升日益孤立，大夏政权内部大臣之间也矛盾重重，国势日益衰落。明王朝建立并北伐灭元后，朱元璋当然也不会再允许这一割据政权的存在，洪武二年（1369年），乃招谕明升归顺，明升不从。洪武四年（1371年）正月，以汤和为征西将军，周德兴为左副将军，廖永忠为右副将军，率水师由瞿塘峡西上攻重庆，傅友德为征虏前将军，顾时为左副将军，何文辉为右副将军，率步骑由秦陇攻成都。东路军汤和受阻于大溪口，北路军则进展顺利，很快攻占阶州（今甘肃武都西北）、文州（今甘肃文县）、绵州（今四川绵阳），汉州（今四川广汉），进逼成都。6月10日，东路军廖永忠绕道背后攻破夔州，18日，逼近重庆，明升大惧，22日投降。大夏灭亡。
二、朱元璋的转化和建立明朝
朱元璋出身于贫苦的佃农家庭，父兄死后，孤苦无依，当了和尚，成为游方僧，过着乞丐式的生活。红巾农民起义爆发后，他投入农民军队伍，由一名战士逐渐升为大将。在反元斗争中，朱元璋叱咤风云，发挥了他的智慧和才能，成为农民起义军的领袖，但后来却又转化为封建皇帝。
朱元璋在元末农民战争中的活动，大体上可以分为前后两个讨期，从至正十二年（1352年）至至正二十三年（1363年）是朱元璋进行反封建斗争和逐渐向地主阶级转化的时期，至正二十四年（1364年）正月朱元璋称吴王，就标志着朱元璋完成了向封建地主阶级的转化，此后他所进行的战争，已经不再是反封建的农民战争，而是以建立一个新王朝为目标的封建统一战争了。
前一时期，朱元璋在阶级压迫和民族压迫的逼迫下，走投无路，参加了郭子兴的起义军。参加起义后，如前所述，他“每遇敌，智勇奋出，身先士卒”，确实与地主阶级和元朝统治者进行了殊死搏斗。对人民群众，朱元璋则采取保护政策，每新占一地，即对贫民进行赈济，抚问疾苦，因此，朱元璋的军队受到广大人民的热烈欢迎，许多农民纷纷参加他的队伍，而一些地主、官绅则骂朱元璋的军队是“淮西寇”。在这一时期内，他尊奉小明王，用龙凤年号，称韩林儿的命令为“圣旨”；他以“复宋”相号召，与韩林儿、刘福通的政治口号是一致的；当安丰受到张士诚的围攻而向他求援时，他能冒陈友谅乘虚进攻应天的风险，不顾李善长等人的反对，亲自带领主力增援，救韩林儿于危难之中。这都说明，在这一时期内，朱元璋不愧为是农民起义军的领袖。
但是，也应当看到，朱元璋在至正十六年（1356年）攻占应天后，也加速了向地主阶级的转化，转化主要表现在：第一，保护封建生产关系，扶植新老地主阶级分子。朱元璋攻下应天后，即“悉召官吏，父老、人民谕之曰‘……汝宜各安职业，毋怀疑惧，贤人君子有能相从立功业者，吾礼用之。居官者慎毋暴横，以殃吾民。旧政有不便者，吾为汝除之。’”让官吏、父老各安职业，就是保持旧的生产关系，允许他们占据原有土地，依旧过剥削生活，对老牌地主采取保护政策。另外，还扶植新生地主阶级分子，朱元璋一谓武官曰：‘听从开垦荒田，以为己业，’文官拨典职田，召佃耕种，送纳子粒，以代俸禄。“对作战有功的将领，朱元璋还经常赐田。这样，就扶植出了一批新权贵，出身于贫苦农民的起义军将领，很快成为新生的地主阶级分子。第二，招降纳叛，重用地主阶级知识分子。攻占应天后，由于朱元璋明确宣布”贤人君子有能相从立功业者，吾礼用之。
因此，许多在元朝统治下失意的知识分子，也纷纷应聘投到朱元璋的门下，特别是刘基、宋濂、章溢、叶琛所谓“四先生”来到应天后，江南地主知识分子来投者更多，为此，朱元璋特设“礼贤馆”接待。对地主阶级知识分子的任用上，最初还比较警惕，不让他们掌握实权，对他们的建议，也不一定采纳，但渡江之后，“所克城池，得元朝官吏及儒士尽用之”，朱元璋的感情便逐渐发生了变化，从而对他们也一个个加以重用，都安排到重要官位上。如李善长、宋思颜担任了江南行中书省的参议，陶安、孙炎、孔克仁、孙宪等充省官。李善长深得信任，“军机进退，赏罚章程，多决于善长。”秦从龙曾任元和林行省左丞、江南行台侍御史，后避兵乱在镇江闲居，徐达破镇江，朱元璋即令其寻访致意，后又以朱文正、李文忠为代表用白金、文绮往聘，秦从龙到应天时，朱元璋亲至龙江迎接，随后事无大小，悉与咨谋，密书漆板问答，左右皆不知。上称先生而不名……
或亲至其家，与之燕饮，礼遇甚厚。“镇压过农民起义军的刘基也”侍帷幄，预机务“备受重用；在地方上，则任用李习、许瑷、陶安、王宗显、吴去疾等一大批地主阶级知识分子担任知府，掌握地方大权。许多投降的元将领也受到重用，继续带兵。这样，朱元璋的政权便逐渐为地主阶级所掌握，其性质发生急剧的转化。第三，尊孔读经，宣扬封建伦理纲常。在封建儒生的影响下，朱元璋开始提倡尊孔读经，他新到一处，必亲谒孔子庙，又请儒生讲经，如在攻占婺州（今浙江金华）时，即请儒亡许元，叶瓒、胡翰、汪什山等十多人”皆会食省中，日令二人进讲经筵，敷陈治道。“大儒宋濂更是”恒侍左右“不时为他讲解儒经，讲求”帝工人经大法“他还设立儒学提举司，以宋濂为江南儒学提举，令各州县设学校，讲授儒经，培养儒生。对于寺院也采取保护政策，攻下应天后，太平兴国禅寺住持觉原，拜见朱元璋，言租种寺田的佃民参加起义，他担心导致寺田荒芜，还说寺院林木多为樵者砍伐等等，朱元璋即下令禁止，并”封一剑授师，曰‘敢有伐木者斩’“对于那些顽抗到底的元朝将领、官员，朱元璋也大加表彰，誉之为”忠臣义士“或以礼安葬，或建祠纪念，如渡江破太平（今安徽当涂）时，元总管靳义赴水死；朱元璋说：义士也，具棺敛葬之。”攻下应天时，元御史大夫福寿死之，太祖命于城中立祠，每岁祀之。“下处州，元将石抹宜孙死，朱元璋也”嘉其尽忠死事，遣使祭之，复处州民所立生祠。“对于那些已被生俘而不愿投降的元朝文武官员，朱元璋反认为是”为人臣者，各为其主，不加勉强，将他们释放。从这些事例中，我们都可以看出，朱元璋的思想感情在发生急剧变化，封建伦理纲常已在他的思想中占了统治地位。
至正二十四年（1364年）正月，朱元璋在群臣的一再“劝进”下，称吴王，置中书省，以李善长为右相国，徐达为左相国，常遇春、俞通海为平章政事，建立了一套封建官僚制度。朱元璋一登上王位，就对徐达等人说：“建国之初，当先立纪纲，……礼法，国之纪纲。礼法立，则人志定，上下安，建国之初，此为先务。”把建立封建法纪作为建国之初的头等大事，可见这时的朱元璋，早已把小明王的龙凤政权抛到一边，已经以开国皇帝自居了。灭陈友谅之后，至正二十五年（1365年）在罗田县（今属湖北）爆发了兰丑儿起义，至正二十六年（1366年）在酃县（今属湖南）爆发了饶一宁的起义，这些农民起义都遭到镇压，朱元璋对镇压起义的刽于手大加称赞，并“赐以绮帛，仍命中书悬赏格。”
至正二十六年（1366年）8月，朱元璋攻张士诚，发布《平周榜》，公开咒骂红巾军：“聚为烧香之党，根蟠汝、颍，蔓延河、浴，妖言既行，凶谋遂逞，焚荡城郭，杀戮士夫，茶毒生灵，无端万状。”并向地主阶级作出保证：“凡尔百姓，果能安业不动，即我良民，旧有田产房舍，仍前为主，依额纳粮，以供军储，余无科取，使汝等永保乡里，以全室家”。这年12月，朱元璋令廖永忠迎韩林儿归应天，在瓜步将其沉杀于江中，连“龙凤”招牌也抛弃了。这都足以说明，朱元璋已经彻底背叛了红巾农民起义军，完全转化为地主阶级的政治代表，他所进行的战争，也不再为农民战争，而是单纯的封建统一战争了。
至正二十七年12月11日，是时南征北伐进展顺利，李善长等奉表劝进，朱元璋不允，明日李善长等再请，朱元璋令“斟酌礼仪而行”。至正二十八年（1368年）正月四日，朱元璋正式即皇帝位，改元洪武，国号大明，以应天为京师。朱元璋由农民领袖蜕变为开国皇帝。
三、朱元璋北伐和元朝灭亡
在消灭陈友谅、张士诚之后，朱元璋即着手北伐。当时的北方，元朝的军队，经过农民军十几年的打击，已经土崩瓦解；在镇压农民起义中崛起的几支地主武装，却发展起来，孛罗帖木儿驻大同，扩廓帖木儿据河南，李思齐，张良弼据陕西，王宜、王信父子在山东，他们分据北方各地。这些军事集团之间，为争夺地盘互相攻杀，战争连年，削弱了自身的力量。
元朝最高统治集团，也更加腐朽。元顺帝“怠于政事，荒于游宴”，日夜在宫中过荒淫腐朽生活；朝臣之间争权夺利，互相倾轧。宫廷内部争夺皇权的斗争也很激烈，右丞相搠思监、宦官朴不花等支持皇太子爱猷识理达腊，欲废顺帝立太子，御史大夫老的沙等则支持顺帝，反对废立，皇太子联络扩廓帖木儿为外援，老的沙则以孛罗帖木儿为后盾，两派斗争达到白热化。至正二十四年（1364年）7月，孛罗帖木儿派秃坚帖木儿带兵攻入大都，杀搠思监与朴不花，皇太子出走。顺帝乃以孛罗帖木儿为右丞相，节制天下军马，老的沙为平章政事，秃坚帖木儿为御史大夫，总揽朝政。至正二十五年（1365年）3月，皇太子令扩廓帖木儿，李思齐等发兵讨孛罗帖木儿，孛罗战败。7月，孛罗被杀于宫中，老的沙、秃坚帖木儿出逃。9月，皇太于、扩廓帖木儿还大都，顺帝又任扩廓为右丞相，10月，加封河南王，代皇太子总制关陕、晋冀、山东等处牢马，便宜行事。至正二十七年（1367年）正月，李思齐、张良弼、脱列伯、孔兴等统兵将领自会于含元殿基，推李恿齐为盟主，与扩廓帖木儿相抗，扩廓发兵讨伐，战火不息，“两家相持一年，前后百战，胜负未决，而国家大事去矣。”总之，由于封建统治阶级内部的相互倾轧、残杀和混战，元朝统治更加腐败不堪，上下解体，已经到了崩溃的前夜。
正当元朝统治者内部互相撕杀、倾轧的时候，至正二十七年（1367年）10月，朱元璋以徐达为征虏大将军，常遇春为副将军，率兵二十五万北伐，行前发布檄文《谕齐鲁河洛燕蓟秦晋之人》，以民族斗争相号召，提出了“驱逐胡虏，恢复中华，立纲陈纪，救济斯民”的口号，强调“自古帝王临御天下，中国居内以制夷狄，夷狄居外以奉中国，未闻以夷狄居中国治天下者也。”
表示要“北逐群虏，拯生民于涂炭，复汉官之威仪”，要赶走蒙古人，重建汉族封建政权。檄文以大汉族主义，民族斗争相号召，这就解除了汉族地主的顾虑，争得他们对北伐的支持；朱元璋在檄文中还表明“蒙古、色日虽非华夏族类，然同生天地之间，有能知礼仪愿为臣民者，与小夏之人抚养无异。”这一政策就把打击范围缩小到仅限于蒙古统治者和投靠蒙古贵族的少数汉族官僚，争取到了更多的人保持中立，起到了瓦解敌人的作用。对北伐军的纪律，朱元璋也很重视，他一再告诫诸将“今命尔诸将各率所部以定中原，汝等师行，非必略地攻城而已，要在削平祸乱，以安民生。凡遇敌则战，若所经之处及城下之口，勿妄杀人，勿夺民财，勿毁民居，勿废农具，勿杀耕牛，勿掠人子女；民间或有遗弃孤幼在营，父母亲戚来求者即还之。”诸将皆表示谨守。
对作战方针，朱元璋也作下了明确规定，他指出：“先取山东，抑其屏蔽；移兵两河，破其藩篱；拔潼关而守之，扼其户槛。天下形胜入我掌握，然后进兵元都，势孤援绝，不战自克，鼓行而西，云中、九原、关陇町席卷山。”其后的整个北伐战争，也是按照这一方针进行的。
徐达、常遇春率北伐军沿运河北上，11月四日，经淮安至下邳（今江苏邳县南），摆出进攻山东的势态。当时，据守山东的是元淮南，淮北义兵都元帅王宣，徐达派使者至沂州（今山东临沂市），招谕王宣及其子王信，王宣父子表示投降。朱元璋派庸臣至沂州，授信为江淮行省平章政事，但王宣父子首鼠两端，表面虽表示投降，而暗中却募兵备战，并夜袭唐臣。徐达早已有备，11月10日急攻沂州，王宣自度不支，开门降，王信逃往山西。徐达杀王宜，进占海州（今江苏连云港）、莒州（山东莒县）、赣俞（今属江苏）、日照（今属山东）等城。11月29日，徐达破山东军事重镇益都路（今山东青州市），元平章李老保降，杀元宣慰使普颜布花、总管胡浚、知院张俊，进占寿光、临淄、昌乐、高苑（今山东博兴西南）诸县。12月7日，徐达下济南，元平章达多尔济（达朵儿只）降。北伐军的偏师大都督府同知张兴祖出徐州北进，也顺利攻占东平、曲阜、兖州、邹县、东阿等地。徐达攻占益都、济南后，声威大振，各地元军望风瓦解，密州（今属山东诸城）守将邵礼、登州（今山东蓬莱）
守将董卓、莱州（今属山东）守将安然等投降。洪武元年（1368年）2月，常遇春攻克东昌（今山东聊城）。至此，山东全境平定，顺利实现了“先取山东，撒其屏蔽”的战略目标。为牵制元兵，在徐达进兵山东的同时，以邓愈为征戍将军，率偏师由襄阳北进，洪武元年（1368年）3月27日，攻克河南重镇南阳。
徐达平定山东后，按照朱元璋的部署，立即“移兵两河”，向河南进军。洪武元年3月29日攻汴梁，元守将李克彝弃城走，左君弼投降。4月，徐达、常遇春率军攻洛阳，与五万元兵战于洛水之北，常遇春冲入敌阵，大败元兵，梁王阿鲁温以洛阳降，李克彝奔陕西，河南州县相继归服。4月22日，徐达、冯国胜，康茂才攻占陕州（今河南三门峡市），逼近潼关，李思齐走风翔，张良弼奔鄜城（今陕西富县）。26日，冯国胜破潼关，西略华州（今陕西华县）。5月，徐达至陕州，增兵守潼关，李思齐、张良弼受阻于陕西，从而完成了“拔潼关而守之，扼其户槛”的任务。至此，潼关以东，尽为朱元璋所有，大都已完全暴霹在朱军面前。
5月21日，朱元璋至汴梁，改汴梁为开封府，置中书分省于开封，以杨宪署省事，何文辉为河南指挥使，驻守河南。六川初，朱元璋正开封与徐达等议取大都。7月，徐达调凋益都、徐州、济宁之兵会于东昌（今山东聊城），进兵大都。闰7月2日，徐达率北伐上力山开封出发，北渡黄河，攻取河北州县，薛显、傅友德率兵取卫辉（今河南汲县），彰德、磁州、邯郸、广平相继攻下。徐达集诸将于临清（今属山东），12日，沿运河水陆并进。14日，常遇春攻克德州（今届山东）。当时，扩廓帖木儿据太原，李思齐等据关中，正互相攻杀，元顺帝令扩廓出井陉以阻击明军，李思齐出潼关以收复河南，二人皆不理，大都陷于孤立无援的境地。20日，徐达下长芦（今河北沧州西），趋清州（今河北青县），至直沽（今天津市郊），元守将也先望风而逃，大都震动。28日，明军克通州（今北京通县），顺帝大惧，知不能敌，乃携后妃、太子，百官夜半出健德门，由居庸关出长城，奔往上都（今内蒙正蓝旗东）。8月2日，徐达率兵进入大都，元朝灭亡。
元朝虽巳灭亡，但其残余势力还分散各地，扩廓帖木儿据太原，李思齐、张良弼据陕西，纳哈出据辽东，梁王把匝刺瓦尔密据云南，他们拥有相当数量的兵力，元顺帝还想卷土重来，这对新建的明政权是一个很大的威胁。因此，在攻克大都后，朱元璋对各地元朝残余势力继续用兵。洪武元年（1368年）12月1日，徐达克太原，扩廓败逃甘肃，山西平定。洪武二年（1369年）2月，徐达、常遇春进军陕西，3月攻克奉元（今陕西西安）、凤翔，4月徐达克秦州（今甘肃天水）、兰州，李思齐奔临洮（今属甘肃），明将冯胜围临洮，李思齐穷蹙，举城降，张良弼亦为扩廓帖木儿所杀。6月，常遇春、李文忠率步骑九万破上都，元顺帝北逃，次年死于应昌（今内蒙古达里诺尔西南）。随后，扩廓帖木儿仍不断侵扰大同，兰州等地。洪武三年（1370年）徐达、李文忠再征扩廓，4月，大破之，扩廓远逃和林，洪武八年（1375年）死去。洪武十四年（1381年）9月，傅友德、兰玉、沐英攻云南，12月，梁王把匝剌瓦尔密兵败自杀，云南平。洪武二十年（1387年），纳哈出降，辽东平定。至此，全国为大明王朝统一。
