收复失地的雅克萨之战，取得了胜利，这是康熙谋求和平解决领土争端与周密的备战反击的胜利。雅克萨守敌，战前侦察员估计为九百人，《八旗通志》说：俄军退离雅克萨时，引六百人而去。总之，雅克萨城防军，数目不会超过千人。中国调用军队四批共三千人，俄国人的记载说中国这次军事行动共投入一万八千人，这显然是一种猜测、夸大，这次收复失地的战争，不论在军队的数量上、武器装备、后勤运输供给，以及士气我们都占着绝对优势。
康熙接到收复雅克萨城的消息，高兴之余，马上于六月十四的谕旨中，对戍卫黑龙江的将帅们告诫：
至雅克萨城虽已克取，防御决不可疏。应于何地永驻官兵弹压，此时应当定议。著大学士勒德洪、学士麻勒吉、图纳、同郎谈、关保，与议政王大臣会议具奏。
朋春和有关几个将领在收复雅克萨之后，并没有遵循康熙的旨意行事，修筑探望敌情的土堡，“堆堆路旁堠，一双复一只”，使人们在“埠鼓夜鸣”中，安适的生活，而是对于敌人的一切，包括城堡、房屋、道路的一切，实行打碎、破坏，一烧了之。雅克萨周围广漠的沃土，庄禾茂盛，丰收在望，也被舍弃了，不待任何命令，擅自撤兵回瑷珲、墨尔根等地。
朋春骑在马上，不屑一顾地回头望了一下火光熊熊的雅克萨城，望着一片竖着十字架的坡地，轻蔑地说：“这种不奏教化的小国，根本不配于我的对手！”
阿列克塞·托尔布津一路狂逃，当他到了尼布楚，惊慌甫定之后，好像从梦中醒来，觉得怎么会这样快地失败了呢？这个侵略成性的远征者，他的父亲伊拉里昂·托尔布津，三十年前被已故的沙皇任命为尼布楚将军，他用铁腕，挥着刀枪在对付和镇压中国边民的时候，给了他的儿子很大的影响，现在他也是将军了，同在为沙皇开拓疆域中，享受着沙皇陛下所赐的荣耀。他怎么会甘心失败呢！他怎么会在投降的议定书上签字呢？他怎么会说出永不再回雅克萨的话语呢……那全是梦魇，是魔鬼一时的迷惑，不是上帝的旨意。我必须重新回到上帝的脚下，为沙皇伊凡彼得——尽管彼得年方十岁，是个白痴——和他们的姐姐索菲娅摄政王效命，再为开拓沙皇的领土立功！
他对雅克萨狼奔豕突，作了总结和反思，他把一切结果归罪于尼布楚方面麻木和动作迟缓，政府方面的责任是未予全力支持和有效的援助。
现在，对雅克萨的增援部队调动来了，政府组织了大量财力的援助到来了……阿利克塞·托尔布津侵略的欲火又在他的身上重新燃烧了起来。
经过短暂的整顿、调配、组建、充实，阿利克塞·托尔布津同增援的普鲁士军官拜顿，从撤回的路上调过屁股又继续东进，卷土重来。这个时间仅距逃降雅克萨两个多月。这一次，仅军士即达上千人，并有几门大炮和粮食以及其他物资，重新占据雅克萨后，他们开始修筑城防，加固城墙，城内筑起新的督军衙门和十座兵营，准备长期固守下去。
“前度督军，今又来！”阿列克塞·托尔布津搂着巴尔布津酒店的肥胖玛达姆，贴着她的脸说：“怎么招待我？”
“我们来自莫斯的科柳鲍英·尤娜，想你都哭过几回啦！”
“是嘛，”阿利克塞·托尔布津捏了一下脸蛋肥嘟嘟的老板娘说，“她还想谁！小婊子……”
雅克萨再次落入沙俄侵略者之手，事过数月，康熙才得知。这时，高级将领早已去了瑷珲，回到北京，接受皇上的犒赏去了。黑龙江将军的衙门也已迁往黑龙江西岸，并正在墨尔根筑城，准备还向南迁移。吓破敌胆的萨布素将军早已不在前线了，此时正呆在卜奎。这些出席阿列克塞·托尔布津受降仪式的将军们，他们相信他指天的誓言：永不再来雅克萨，没有人怀疑一个双手沾满边境各族人民鲜血的吃人生藩，表达的是一片谎言。而将军们自己庆幸的是，从那个“寒苦”的地方终于解脱出来。
“雅克萨又被俄军占领了！”
康熙正在运筹帷幄解决噶尔丹问题，却意外惊异雅克萨得而复失，开始他十分怀疑奇勒尔族人带给萨布素这个消息的准确性。他马上谕旨萨布素及理藩院郎中满丕，迁索伦副总管乌木代尔前往雅克萨实地侦察，他们潜伏在城外，捉到一个出城办军需的俄军小头目，从他的口里证实萨布素的上奏情况属实。
康熙作为中华大帝，捍卫领土主权不可动摇的决心，他的眼睛揉不得半点沙子，不容任何侵略者蔑视自己，敢于一而再，再而三骚扰边疆，残害边民，他立即意识到这一事件的严重性，他下令说：罗刹复回雅克萨筑城盘踞，若不速行扑剿，势必积粮坚守，图之不易。其令将军萨布素等……速修船舰，统领乌喇、宁古塔官兵，驰赴黑龙江城（瑗珲）。至日酌留盛京兵镇守，止率所部两千人，攻取雅克萨城。
第二次雅克萨战争，康熙不再启用朋春，而是长期战斗在北疆，卓有功绩，同时也犯了不少过失的萨布素将军先行，又把已撤回的福建藤牌兵召回，令林兴珠前往助战，接着又令兵部再派副都统郎谈、班达尔沙等，赴黑龙江参赞军务。
七月，萨布素指挥水陆大军，再次进抵雅克萨。为了避免第一次恢复雅克萨失而复得，得而复失的教训，康熙在乾清宫特别召见出征将领，告诫他们说：“你们这次去黑龙江，要谨慎从事。出征之前要给罗刹通牒，让其速降。如果他们仍如第一次那样：拒不悔悟，则我大兵必诛之。如果复得雅克萨城，那可命军士直逼尼布楚，但一定不要丢掉雅克萨，要在那里驻兵，分毁其城与田禾。”
萨布素遵着康熙皇帝的布置，进抵雅克萨后，先派俘虏进城给阿列克塞·托尔布津送信，仍然希望他撤走。
“走——”阿列克塞·托尔布津对着萨布素的信，嘲讽地说：“我在为沙皇开拓领土，永驻在这里了——有空进城玩玩，阿尔巴津大酒店的姑娘和玛达姆，床上功夫好得很！”
阿列克塞·托尔布津仗着有上千人的军队，充足的粮食，火器威力大，弹药足，还有重建的坚固的城墙和防御工事等等，在他看来这些都是有利条件，因此，拒不投降，表示顽抗到底。
第二次雅克萨战争就这样打响了……
开始，萨布素将军，有第一次的作战经验，认为很快能拿下雅克萨，但由于俄军有充分准备，战斗每天都在城外激烈地进行，始终不能接近城墙，双方都付出了很大代价，阿列克塞·托尔布津也在战斗中负了重伤，不久死在雅克萨，由拜顿代替他的指挥。
俄军的战术，仍同第一次雅克萨之战一样，分为两步：开始由在城外出击，继而退回城内固守顽抗。
一天，黑龙江畔的大森林，绽出了一片红叶，接着又是一片，渐渐染红了江水。深秋已经迈步来到了这里，一场秋雨过后，由西伯利亚刮来一股冷风，天气变凉了。康熙皇帝在日理万机之中，仍十分挂念北疆前线的消息以及战事进展情况。于八月二十五日传谕萨布素，让他详尽地汇报一下前方情况，比如冬天即将来临，船舰如何收藏，马匹粮草如何储备，如果敌人大批增援，如何扑剿，要“详加筹划，密以奏闻”。
萨布素上奏说：“遵旨，现已于雅克萨周围三面挖壕筑垒，并在壕外设置木桩、鹿砦，分批防御；在城西江对岸，另设一军，遏制增兵沿江而来；船舰已备足，藏于离城六、七里处的上游港口，现已派军守护，并令其阻击尼布楚援军；军中马匹瘦弱不能参战的，一半发往黑龙江，一半发往墨尔根，让驻扎在那里的盛京官兵负责养息。”
康熙皇帝看了萨布素的奏疏，十分满意，提笔在上面批道：“萨布素有丰富的北疆作战经验，他的布置可行，朕只是担心盛京官兵不善喂马，贻误战机，朕已下令改由索伦总管和黑龙江官兵承担。”
北风呼啸，纷飞的大雪片，一夜之间把大地、森林、雅克萨城染白了。
一只老鼠疲惫的从城内爬出，它的小爪在雪地上留下一行不规则、细细的图案，它在东张西望，在寻找什么……
八旗大军长期对雅克萨的围困，使俄军遭受很大的打击。在战斗中，俄军每天都有伤亡，城中断水了，弹尽了，粮食也没有多少了；这时在沙俄军中又出现坏血病，死者无数，城内一片死寂，将近千人的大军，如今只剩下一百五十多人，而且这些人也大都是病号，尼布楚的俄军眼巴巴的在东望，但又不敢出城增援，雅克萨一下成了大地上一座孤城、死亡之城……
1686年11月13日（康熙二十五年九月二十八日），几名俄国使臣骑着骏马昼夜兼程向北京飞奔，他们是文纽科夫、法沃罗夫，怀中揣着沙皇呈康熙皇帝的信件，他向皇帝表示，俄国政府愿意拟定边界，请求中国赶快从雅克萨撤围。
为什么主张开拓疆土的沙俄，由武装远征到请求和谈呢？原因是多方面的，但主要原因是老沙皇阿列克塞死了以后，由他的弟弟约翰和彼得并立为沙皇，而彼得当时只有七岁，是一个白痴，又患败血症，视力亦不佳，他的大部分时间用于祈祷、斋戒和朝圣，一切由他们的姐姐索菲娅这个女人秉政，在权力之间他们姐弟相互开始角逐，矛盾重重，政局不稳，为了争夺对波罗的海、黑海的控制权，与瑞典、土耳其战争连年，造成国内饥荒、空耗，没有更多的精力增援雅克萨，但是，如果雅克萨被清政府收回，那么尼布楚呢，勒拿河和外兴安岭的大片肥美土地和资源呢？在这样形势下，沙皇才举起了橄榄枝，要求和谈。
大清国皇帝康熙对此是什么态度呢？我们看一下一个美国历史学家是怎么说的。他说：“康熙不想征服俄国，而是要向俄国证明：自己有力量和俄国进行谈判解决。”
由于俄罗斯国家形成较晚，中俄两国发生联系亦较晚，然而拉开序幕，便是血与火，军事冲突不断，根源在于沙俄向西伯利亚扩张，即沙俄16世纪以来所推行的东进政策。
在沙俄用武力东侵的同时，为了详细调查中国情况，打通通商途径，还在顺治年间两次派遣使节来华：一次是巴依科夫使华；一次是佩尔菲利耶夫和阿布林访华。他们表示希望同中国建立牢固的友谊，和睦相处，互通信函。中国政府和皇帝给予特使的优厚的生活待遇每天有：一只羊、二条鱼、三斤肉、二升大米、500克茶叶及一罐酒……由于对方缺少解决边境的诚意，什么问题都没有解决，就夹起尾巴回去了。
康熙初年，俄国来华使节有三次，一是阿布林率领的使团；一是米洛瓦诺夫使团，一是斯帕法里（即尼果赖）使团。如果说阿布林来华带着毛皮主要从事贸易，经商而来，那么米洛瓦的使团由于沙俄诱迫中国达斡尔族酋长根特木儿叛逃事件引起的，中国政府曾数次与之交涉，交还逃人，为此，康熙皇帝为索还逋北的根特木儿对沙皇致书，说：“先，我捕貂头目等曾报称：黑龙江一带，有罗刹国之宵小，扰我捕貂之朱舍里、达斡尔等，并与我根特木儿叛逃投靠罗刹等情。……今据所奏，愿求永远和好，则应还我逋逃根特木儿，嗣后勿起边衅，以求安宁。”
接着，驻涅尔琴斯克的哥萨克十人长伊·米洛瓦诺夫奉命带领军役人员瓦西卡·米诺瓦诺夫、安东·希列夫、格里戈里·科北亚科夫等人，以使臣身份到了中国。他们不是想来谈判，解决边境纠纷问题，而是要康熙皇帝对沙皇称臣，这真是滑天下之大稽，荒唐、愚蠹至极，请看他们带来的国书：
诸多国家之国君和国王已率其臣民归依于我大君主阿列克谢·米哈伊洛维奇大公，……而我大君主沙皇对彼等来归者亦无不赏赉有加，关怀备至。彼博格德汗（指中国皇帝）亦宜求得我大君主阿列克谢·米哈依洛维奇大公，大俄罗斯、小俄罗斯及白俄罗斯全境之专制君主，众多国家之统治者沙皇陛下恩泽，归依于我沙皇陛下最高统治之下；我大君主……众多国家之统治者沙皇陛下则定将对博格德汗赐以恩典与眷顾，并保护博格德汗不受敌人侵犯。望彼博格德汗本人归顺于我沙皇陛下最高统治之下，永世不渝，向我大君主纳贡；并允许我大君主阿列克谢·米哈依洛维奇大公，大俄罗斯、小俄罗斯及白俄罗斯全境之专制君主沙皇陛下之臣民同彼国臣民在彼之国土及双方境内自由通商。彼博格德汗作何决定，希交由沙皇陛下使者带回，及时放行无阻。
谈判开始，中国代表首先提出逃人根特木儿的问题，他们回答得很干脆，说：“无君主谕旨，军政长官不敢将根特木儿遣返。”
谈到沙俄哥萨克占领我雅克萨问题时，伊·米洛瓦诺夫把他们的侵略说成是合理的。他说，阿尔巴津（即雅克萨）之哥萨克曾向我涅尔琴斯克长官报称：达斡尔人和久契尔人（即女真人）曾未攻打阿尔巴津……遂出兵讨伐之。”同这样无赖的使团和谈，当然不会取得什么结果的。
康熙十五年，又有俄罗斯使节来华，《清圣祖实录》说：
五月丙戌，鄂罗斯察罕汗遣其臣尼果赖罕伯理尔鄂维策贡方物，奏称鄂罗斯僻处远方，从古未通中国，不识中国文义，不谙奏疏仪式，今特向化输诚，愿通贡使。得旨：鄂罗斯国所处甚远，诚心向化，特遣其臣贡献方物，甚属可嘉，所奏之处，议政王大臣等议奏。
同年的《清圣祖实录》还有这样记载：
七月，议政王大臣等遵谕议复：鄂罗斯察罕汗向化入贡，应行赏赉。其使臣尼果赖不娴典礼，不便给与敕书，应令理藩院谕来使云：“尔主欲通和好，应将本朝逋逃根忒木尔遣还，另简使臣遵中国礼行，方许照常贸易。”从之。赐鄂罗斯察罕汗使臣鞍马袍服等物。
康熙皇帝为什么总在寻求外交方式，迅速解决两国边境争端呢？人们会说，保卫祖先发祥之地，还有重要一点，鉴于当时的大环境，为了削弱厄鲁特，以保全外蒙。
大清帝国的背后，就是蒙古各部族，在这里厄鲁特为最强悍，部酋噶尔丹，是个不服“天朝管”的人，常有席卷中亚及外蒙的企图。在八旗大军全力以赴收复雅克萨时，噶尔丹乘蒙古内部矛盾、讧裂，气势汹汹，率兵东进，这使皇帝深感不安，怕的是它脱离清廷，同沙俄进行联合，只有停止战争，甚至作出某些让步求得和平解决争端，才能孤立噶尔丹。
噶尔丹阴谋联合俄罗斯以攻札萨克图汗，让沙皇出兵帮助叛逆者，这是清廷最顾虑的一件事。因为这个噶尔丹存心作乱已久，不能不使皇帝格外担心。清圣祖圣训有这样记述：二十九年五月，俄罗斯使人吉里古里、伊法尼赉等至京，诏谕之曰：“噶尔丹扬言会尔国兵同侵喀尔喀，喀尔喀已归顺本朝，倘误信其言，是负信誓而开兵端也。尔等可疾遣善驰者二人，归告尼布潮头目，令伊遍谕俄罗斯之众。”
1686年九月，沙皇派出信使魏中（即文纽科夫）等人，他们怀揣国书，昼夜不舍的驰往北京，通知清政府，俄国已指派戈济文为大使前来与我举行边界谈判，“乞撤雅克萨之围”。
康熙皇帝接受了俄方的请求，向前线将领萨布素宣谕：
鄂罗斯察汉汗以礼通好，驰使请解雅克萨之围，朕本无屠城之意，欲从宽释，其令萨布素等撤回雅克萨之兵，收集一所，近战舰立营，并晓谕城内罗刹，听其出入毋得妄行攘夺，俟鄂罗斯后使至定议。
萨布素接到康熙的命令，指挥前线将士主动后撤二十里，停止对雅克萨的一切封锁。历时两年多的雅克萨之战终于结束了。
在俄国信使魏中高来华的当口，俄国政府就加紧组织来华使团。
