数码世界中央大陆西部地区。
自从上次以战斗暴龙兽为代表的反抗军和皇家骑士团握手言和已经过去三个月了。
在那之后不断有旧世界的数码兽从皇家骑士曾经所在的数据空间来到这片新生的大地。大片的区域开始沦陷，若非靠几位皇骑和仅存于世的数位究极体组成的机动小队火速增援各个地区的话或许世界树清洗数码兽的方舟计划就要成功了。
就是在这样的背景，反世界树联盟（以下称ATA)成立了。然而真正的危机才刚刚开始...
西部戈壁的一个临时帐篷里。众数码兽正联合在一起商量对策，在这里的最弱都是完全体级别的存在。杨思宸正无奈的在边上看着他们。毕竟，这里只有他一个人类。
根据先锋部队提供的情报来看，世界树在某个深谷新开了个传送通道。当时杨思宸就在附近便赶来增援了。
在这个地区镇守的是一位究极体——斩伐兽。牠拥有着丰富的战斗以及作战经验，是一位老牌的强者也是这次作战的指挥官。
当下便在讨论作战的策略。其实杨思宸之前趁夜色突袭过一次，在发现传送口栖息着大量数码兽后便撤退了。这些数码兽双目散发红光，一直环绕着通道。明显背后有人操控。
“对方一直未发动进攻的原因我想大家也能猜出一二，它们是想等传送的数量足够多了再一波横扫我们。”全身隐藏在厚实棉袍中的杨思宸插了一句道，在他的身边站着高大的武天兽。
“如果真是这样，我们应该一鼓作气，直接捣毁那个传送点。”一只数码兽随后发言。
“可是根据探明的情报，对面有三只究极体数码兽，我们根本没办法直接攻入。”另一边人型数码兽发表了自己的看法。
“总不能看着它们数量不断增多吧？”
就像打开话匣一般，这些数码兽开始不断吵起来了。
中间的斩伐兽倒是很沉的住气，一直默不作声。
“如果只是一般的普通究极体的话，我的搭档武天兽完全能抗衡一二（一二只)。”（普通型究极体并没有比战斗型完全体强很多，甚至不乏连完全体攻击力都达不到的究极体）
只是可惜的是，过去世界的残杀日益剧烈。弱小的数码兽早就已经被淘汰光了。所以现实的情况是敌方确实要比我们强大很多。
现在皇家骑士们已经在设法联系其他成员。它们正在准备力量与世界树决一死战。杨思宸在告知公爵兽，艾可萨兽的所在方位后就投入了战场，开始磨炼自身。
虽然不晓得剧情发展为什么会和自己看过的不同，但目前来看情况还没到糟糕透顶的时候。
正在众人一筹莫展之时，远处传来了连绵不绝的震动。
暴走的数码兽大军，入侵了。
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主控室，世界树所在空间。
这里是一片冰封的地域。在这个空间的中心平台上。球型的生命数码核被数道黑色的锁链囚禁。这里的每一条锁链似乎都连接着一个不同的黑色空间。
难以想象的邪恶力量正不断的通过锁链传递到这里。最终形成了一个足以隔绝时空的空间壁垒。
而此时世界树的核心，正在被无数涌入的黑色能量侵蚀。可以看见，它透明的数据核中心已经出现了根系般的细红血管。
“很好，按接下来的计划。我们很快就能改造出一位属于我们自己的神了！”其中一个黑色空间中的紫色身影说道。
“希望如此。为了这次，我可是把万年来积攒的能量全用上了。”绿色的身影回道。她的声音透出些许的慵懒。
“那就等吧，属于我们黑暗系数码宝贝的时刻一定会来到的。”仿佛中年男性般的沉稳声音从中间的红色身影上传来。
“Darkness is coming（黑暗来临)”其他身影同时应道。
