马尔杜克发誓要和两河星众神作对。众神守护苏默人和他们的城邦，马尔杜克就保护游牧的阿摩尔人。阿摩尔人开始不停地侵扰苏默人的七大城邦，此时的拉格什已经在伊尔卡路拉的引领下重建了。阿摩尔人来去如风，当城邦组织军队准备反击时，阿摩尔人已经将掠夺的牲畜、粮食、财物、奴隶带走了。
恩利尔用天命牌下达了对马尔杜克的追杀令，这道命令连恩基都表示支持。七大城邦的保护神难得团结行动，就连伊什塔尔也抱怨马尔杜克想离开两河星就是抛弃她，所以也加入了众神的队列。
马尔杜克虽然实力比七大保护神要强，但也受不了孤军奋斗的苦。后来他找到了两个帮手。一个是恩利尔的助手雷雨神伊西库尔，他再也不能忍受恩利尔的残暴领导了。另一个是涅加尔的助手山神阿淑尔，因为涅加尔抢走了他心爱的女神。
马尔杜克和伊西库尔、阿淑尔合作，让他俩分别成为哈达德人和舒尼人的保护神。阿淑尔向马尔杜克提出一个主意，放大洪水出来。
马尔杜克接受了阿淑尔的提议。马尔杜克、阿淑尔和伊西库尔分别到北边、东边和西边的天地之山上，放大洪水下来。
洪水来势凶猛、浩浩荡荡，希望河和富饶河两岸一片泽国，洪水淹没了埃利都、尼普尔、拉格什、温马、乌尔、乌鲁克和基什七大城邦，淹没良田、民居无数，水中妖魔兴风作浪。安努被吓得躲在天空的最高处。恩利尔、伊什塔尔、伊尔卡路拉、涅加尔、伊南娜和乌图也躲到安努的住所，只有水神恩基还尝试着控制大洪水，但是失败了，只好也跟着众神到安努处避难。
大洪水经历了三年而不退，众神起初是命令，后来是哀求马尔杜克把洪水退去。马尔杜克要众神尊其为神王，才能将洪水退去。众神无奈，只好答应了马尔杜克。
马尔杜克挑选了乌鲁克的君王吉尔伽美什和基什的勇士恩奇都协助退去大洪水。吉尔伽美什和恩奇都成为生死之交，他们也成为苏默人心目中的大英雄。
后来，恩奇都自恃是退去大洪水的大英雄，说出对两河星众神不敬的话，众神取走了恩奇都的性命。吉尔伽美什悲痛欲绝，他向长寿的乌特纳比西丁打听不死的秘密，乌特纳比西丁告诉他在甜海阿普苏和咸海提阿玛特的海底之间生长有不死海草。于是吉尔伽美什出海探险，历经艰难险阻，取得不死海草，以救活恩奇都。但是众神派一只蛇偷吃了不死海草。吉尔伽美什绝望地自杀，自杀前诅咒两河星众神。
两河星接下来的走势是伊西库尔保护的哈达德人占据了希望河上游，在河边修建了扎巴巴城。阿淑尔保护的舒尼人则占据了富饶河上游，先后修筑了阿淑尔城和尼尼微城。再后来，哈达德人和舒尼人向下游扩张，将苏默人的七大城邦全部吞并。
接着哈达德人和舒尼人争霸，舒尼人取得最终胜利，他们在占领的城邦内将其他神的塔庙和神庙全部拆毁，修建阿淑尔的神庙。在尼尼微的中央，舒尼人修筑了空中花园。空中花园放在四层平台之上，由沥青及砖块建成，平台由许多柱子支撑，并且有灌溉系统。园中种植各种花草树木，远看犹如花园悬在半空中，由此得名空中花园。
舒尼人崇尚武力，引起各地被统治人民的不满。马尔杜克看准时机，领导阿摩尔人起义，成功占领原来苏默人的地区，在距离原埃利都和乌鲁克都不远的地方修筑了和平之城。马尔杜克动员阿摩尔人在和平之城内修建通天塔，三年修成。竣工后的通天塔与天同高，真建筑奇迹也。
马尔杜克登上通天塔顶，他以神王身份命令两河星众神向通天塔灌输神力，马尔杜克借助众神能量回到原星球，恢复为宙斯。
