神农来到南方，之所以选择南方，是因为南方气候温暖，植物种类丰盛。能积累到更多的药物知识。
神农找到草药，亲自尝试其是否有毒性，辨别寒、热、温、平的药性，体察君、臣、佐、使的关系。神农的肚子是透明的，他可以透过肚子，观看药物进入人体后作用在哪个器官和部位。如果哪个器官或哪个部位变黑了，就说明该药物对该器官或部位有毒性。这是风险极大的事业，神农常常中毒，带来巨大的痛苦，甚至威胁生命。曾经一天就遇到七十种毒。好在神农也发现了许多解毒方法，每当发现一种解毒的方法，他就记录下来。神农发现茶能够解很多种毒，就随身携带在身上。
一次，神农到了一座村庄，村里的许多年轻人都得了一种怪病，当地的巫师没法治疗，神农诊断了发现没有专门救治的药物。他听说天上有许多奇花异草，便想到天上去取些神药。神农顺着建木到了天上，建木是一棵通天的大树，是沟通天地之间的一条通道。天神得知神农的来意，取了几株瑶草送给神农。然后，昊天上帝又送给神农一把赭鞭。只要用赭鞭鞭打一下草药，如果赭鞭变成黑色，这草药就有毒；如果赭鞭没变色，还是红色的话，就说明该草药无毒。如果赭鞭温度上升，则说明该草药性温热；如果赭鞭温度下降，则说明该草药性寒凉。这样，辨识百草的工作效率就大大提高了。
神农回到地上，首先用瑶草治好了病人，然后提着赭鞭又上路了。神农走遍了南方大大小小的山川，积累了大量的药物知识和治病的经验。当他发现一座郁郁葱葱的深山时，他不听随从的劝阻，兴致勃勃地深入这座大山。神农仍然用赭鞭不断地辨识草木，记录药物药性。连山上的石头也被他的执着工作感动，化成石鸡和石狗，给神农开道，帮他工作。
一天，神农发现这座大山最高的悬崖高处还长有草药，决心上去探个究竟。当他攀登陡峭的崖壁时，赭鞭不幸掉落到悬崖深处。神农管不了那么多，继续向上攀登，终于到达山顶，见到了植株。“原来是传说中的断魂草！赭鞭不在，那就由我来亲自尝试。”神农吃下断魂草，很快发现自己的肠子像是被紧紧缩紧，绞痛异常。神农忍不住这痛苦，不慎跌下山崖。最先发现情况的石鸡连忙啼叫，神农的随从听到啼叫声赶忙赶来，终于在山崖脚下发现了神农的尸体。
当神农身亡的噩耗传到中原大地时，从轩辕到普通平民，无不悲痛万分。后人将神农辨识百草的工作总结成最早的药物著作，即《神农本草经》，神农积累下来的药物知识让许多人从疾病的折磨中解救出来。而神农遇难的大山，被人们命名为神农架。
神农有两个女儿。大女儿瑶姬在还未出嫁时就死了，人们把她葬在巫山之阳。从此巫山一带开满了瑶花。瑶姬的灵魂每天早晨化为云彩，傍晚化为云雨。盘古七神之一的昆仑山的主人西王母可怜瑶姬，就让她做巫山神女。
神农的小女儿叫女娃，在去东海看日出的时候，被大浪吞没溺亡了。死后的女娃化作精卫鸟。精卫鸟形状像乌鸦，头部有精美的花纹，嘴是白色的，足是红色的，叫声就像她的名字“精卫”，居住在发鸠山上，每天不停地到西山上衔些木条和石块，飞去东海投入海中，以求填塞东海。
