经历了那场政变后，朝廷暂时安定了两年，张之洞便把精力集中在干大事上。经过十年时间的经营，湖北各项事业都走在全国的前列，湖北已然成为他的天下，而省府武汉也与上海并驾齐驱，成为东方芝加哥。他的声望和影响力再度提升，绝对是天下第一总督。
回首过去，展望未来，他的心情无比豪迈。但不幸的是，朝廷再起战端！
义和团与慈禧
战争源于西方的洋教会和中国的义和团。
光绪二十六年（1900年）前后，随着帝国列强对中国的进一步侵略以及洋教势力对中国的破坏和干扰，中国民众奋起抗争。特别是在山东、直隶一带，兴起了义和拳、梅花拳、大刀会等民间武术组织，前面提到的大刀王五也参与其中。这些组织统称为义和团，其成员多少会点武功，在民族意识和爱国主义的激发下，他们对外国教堂和传教士发起了进攻。
义和团的爱国举动值得肯定，可是他们的思想却极其封建保守，比如迷信特符念咒、神鬼附体，宣扬“刀枪不入”、“枪炮不伤”，嫉恨一切洋货，大肆拆铁路、断电线、毁大船等。
由于义和团不断在各地制造教案，帝国列强对其恨之入骨，一方面限令清政府将其剿灭，另一方面以保卫驻华使馆为由，派兵进驻北京，意图发起侵略战争。但慈禧却对义和团采取鼓励和放任的态度，她有自己的政治用意。
第一，她发动戊戌政变，缉拿康、梁时，康、梁却在日本、英国驻华使馆的帮助下顺利逃到了日本，她因此仇恨他们。
第二，她囚禁了光绪后，还想废除光绪，另立端王载漪（1856—1922年，爱新觉罗氏，道光帝第五子惇亲王奕誴次子)儿子溥俊（1885—1942年）为大阿哥（皇储），但朝野纷纷阻止，帝国列强驻华公使也拒绝承认其合法地位，最终她没废成光绪，她因此仇恨他们。
第三，帝国列强派兵进京“保护使馆”时，就有消息传出，他们是要派兵逼她退位，扶光绪皇帝归位，她因此仇恨他们。慈禧如此仇恨帝国列强，当然不会派兵剿灭义和团。恰恰相反，她还想利用义和团。
义和团运动刚兴起时，她曾派军机大臣刚毅等人前往京津冀等地考察过，刚毅回京后告诉她，义和团高擎“扶清灭洋”的大旗。她坚信这是一支爱国爱民爱大清的正义之师，于是决定利用他们的仇洋之心，来发泄对帝国列强的不满。
在慈禧的授意下，义和团进入天津和北京，他们到处杀害外国教徒，烧毁教堂、拆断电线、毁损铁路，并进攻天津租界。
此举引起了各国极大愤怒。五月十四日，各国驻天津领事及海军将领召开会议后，决定组成八国（英国、法国、德国、俄国、美国、日本、意大利、奥匈帝国）联军，由英国海军中将西摩尔率领，并决定于次日乘火车进军北京。
十五日，日本驻华使馆书记杉山彬前往迎接入京八国联军，却在永定门外被清兵枪杀，清军杀了他后，还将他开腹剖心。接到消息的西摩尔，当天就率领2000余联军，从天津大沽出发向北京推进。但义和团拆毁了天津到北京的铁路，并会同清军在廊坊设伏，打死打伤联军400余人，史称“廊坊大捷”。
二十日，各国海军将领召开会议，决定占领天津大沽口炮台。慈禧闻讯立即召开御前会议，迫于压力，她表面上宣布解散义和团，实际上仍然在利用义和团。
二十一日，八国联军攻占了天津大沽炮台，意图进军北京。
八国联军侵华战争的序幕从此拉开了。
张之洞的立场
张之洞一直在关注着北方的义和团，他已联络两江总督刘坤一、山东巡抚袁世凯、江苏巡抚鹿传霖、安徽巡抚王之春、湖北巡抚于荫霖、湖北巡抚俞廉三、江西巡抚松寿以及长江水师大臣李秉衡等人，联合上奏朝廷：剿灭义和团！他认为乱民不能保国，邪术不能御敌。
张之洞为什么如此痛恨义和团呢？有这样几个方面的原因：
第一，他曾派人探得，义和团在京津冀无恶不作，如拆毁铁路、焚烧车站、破坏教堂、屠杀良民等，他认为义和团就是犯上作乱的乱民。
第二，他对乱民或民间起义队伍的仇恨由来已久，这源自他儿时的经历。前面交代过，在他高中解元的第二年，太平天国起义军进攻南京，围攻北京，致使会试推迟了11年，他因此把太平军视作“丑虏狂”，回到家乡，他还和父兄一道镇压起义军。
第三，他的知府爹和其他几位亲属，都惨死于同起义军的作战中，他恨透了所有的起义军。他执政之后，但凡哪里有起义，哪里有犯上作乱的事情，他都会在第一时间派兵镇压，然后将首犯就地正法，毫不手软，毫不留情！
正是有这样的心路历程和封建卫道思想，张之洞才以同样的态度对待义和团，但慈禧并没有采纳他的主张。
五月二十三日，慈禧得到了一个消息：八国联军进京，就是为了逼她退位归政。她愤怒极了，一怒之下，她决定向八国联军宣战，并命军机大臣刚毅、端亲王载漪、庄亲王载勋、贝勒载濂和辅国公载澜统领义和团，其中载勋任步军统领兼九门提督，准备迎敌。
决定宣战后，慈禧立即招安义和团，然后派军队配合义和团攻打各国驻华使馆，并令各省督抚将境内的义和团“招集成团，借御外侮”。
慈禧的决定很二愣，也很冲动。仅凭义和团那样的民间武术组织，就能打败八国联军？难道她不知道中国军队的实力吗？
张之洞拒不执行慈禧的命令，就因为慈禧不自量力，盲目冲动。慈禧决定宣战的当天，他就联合刘坤一上奏：“义和团为邪教、乱民、土匪、劫盗，应该立即剿除。自古以来，从无乱民横行而可以治国的，也从无一国无故同八国开战而可以生存的。这不是在玩酷，而是在玩命。因为那八个国家的军事实力都远比中国强大，一旦开战，中国肯定是一败涂地，结果准是割地赔银，丧权辱国。与其这样，还不如电令我驻八国使臣，向八国赔礼道歉，征得他们的原谅并撤军。”
张之洞的主张很明智，可慈禧就是不为所动。五月二十四日，一件事情的发生，直接导致八国联军大规模侵华战争。这天，德国驻华公使克林德代表各国前去总理衙门要求保护，却被清军虎神营士兵击毙，战争的导火线就此点燃。
克林德被击毙后，慈禧非但没有善后，反在五月二十五日这天，采纳端亲王载漪、庄亲王载勋、大学士徐桐等人的意见，正式发布了对英、美、法、德、意、日、俄、西、比、荷、奥11个国家的宣战令，她是铁了心要“大张挞伐”，并同八国联军“一决雌雄”！
策划东南互保
老太太勇气可嘉，却很糊涂。张之洞没能劝住她，只好抗旨不遵。对此，很多人不解：慈禧待他恩重如山，他也绝对忠诚于慈禧，他又是一个坚定而强硬的主战派，为什么在这次八国联军侵华战争中，他表现得一反常态呢？我想，原因有这样几个方面：
首先，他一贯主张“以夷制夷”的外交策略，认为帝国列强都是豺狼虎豹，名异实同，衰弱的中国要想避免被瓜分的厄运，唯有利用列强之间的矛盾，相互制衡，进而求得生存。
其次，中国同八国开战，不同于以前的中法战争和中日战争，中法战争和中日战争好歹是一国对一国，未必能赢，但尚可一战。如今一国战八国，那等于是拿鸡蛋和石头碰。
第三，他认为慈禧只是一时冲动，她是担心后位不稳才盲目开战的，但当八国联军占了上风，或者当她后位并未受到威胁时，她会立马妥协求和。她准会这么干，因为妥协求和是她的一贯主张。既然如此，那还开什么战啊？
张之洞的观点和看法，合乎道理，可慈禧非但不听他劝，反而继续督令地方督抚招集义和团进京勤王。无奈，张之洞只好在幕僚梁鼎芬等人的建议下，采取自己的行动。在慈禧宣布开战前，他和刘坤一等人就同英、美等帝国策划了东南互保。
英、美等帝国特别担心中国北方的义和团运动，会危及他们在中国的既得利益，于是处心积虑地防止义和团运动进入他们的活动中心——长江流域。
义和团运动爆发后，英国政府就令驻上海总领事和驻汉口总领事，分头联络刘坤一和张之洞，策划东南互保，条件是英国给刘、张提供一切协助，刘、张确保长江流域安定。
此举正合张之洞意，他和刘坤一统一了意见后，又致电美、日驻华使臣，劝说两国政府，仿效英国，参与东南互保。
在他的活动下，美国和日本也参与了进来，东南互保的局面初步形成了。但是慈禧下了宣战令，并令地方招集义和团进京勤王，张之洞策划东南互保岂不是抗旨？
张之洞起初真的有些犹豫，然而他原来最亲密的幕僚赵凤昌，在上海导演了一幕惊世传奇。赵凤昌被革除后，在上海帮张之洞打理通信事业，他的信息非常灵通，多次向张之洞密报朝廷和列强们的动态。
赵凤昌这家伙胆大包天，他不仅临摹张之洞笔迹的能力超强，可以假乱真，而且善于洞悉人心、揣摩上意吗？这一次，他来了一个更绝的，绝得要命！
原来，慈禧令各地督抚调兵勤王，张之洞有些犹豫，但仇恨清政府的赵凤昌，有独到的信息途径和敏锐的判断力，他预感到慈禧要西逃，竟然在上海假造了一份圣旨，通过电报的途径，发给张之洞：两宫西幸，旨令各地督抚力保疆土，留庆亲王奕劻在京与各国议和。
假旨是在传慈禧的话：东南各省督抚们，我要领着光绪西逃了，你们快点搞东南互保吧。
张之洞太了解赵凤昌了，也太了解慈禧了，他当即提出了质疑，可赵凤昌灵机一动，竟然和盛宣怀串通一气。他们决定玩把大的，于是立即把这份假旨发给了东南各督抚。东南各督抚接到假旨不久，果然传来了慈禧西逃的消息。直到这时，张之洞才信以为真。而假造假传圣旨、撒下弥天大谎的赵凤昌，最终瞒天过海，并促成了东南互保。
这简直是一个惊世传奇！赵凤昌太能搞了，他真不愧是一代奇人！
在张之洞的指令下，赵凤昌和盛宣怀等人一道帮着他游说东南各督抚参与东南互保。很快，刘坤一、李鸿章、袁世凯、王之春、于荫霖、俞廉三、松寿、李秉衡等东南督抚大臣纷纷联合起来，抵抗慈禧的宣战令，加入东南互保阵营。但有一个人却打了退堂鼓。这个人便是张之洞的姐夫、江苏巡抚鹿传霖。
姐夫投机发迹
鹿传霖(1836—1910年，河北定兴人)前面提到过，却没介绍他，主要是他为官平平，无可介绍。但这个人官运亨通，做事谨慎，老实听话，忠于皇权。在为官处事方面，他和张之万都深深地影响了张之洞。毕竟，他和张之万都是张之洞的亲人。
鹿传霖是同治元年（1862年）的进士，历任广西兴安知县、桂林知府、广东惠潮嘉道道员、福建按察使、四川布政使。光绪九年（1883年）晋升河南巡抚，光绪十一年（1885年）调任陕西巡抚，次年因病开缺，光绪十五年（1889年）又复任陕西巡抚。
光绪二十年（1894年）甲午战争爆发，朝廷命鹿传霖兼任西安将军，次年又升任四川总督，但他却得罪了恭亲王奕訢而遭罢免。光绪二十四年（1898年）戊戌政变后，他由荣禄推荐任广东巡抚，次年调任江苏巡抚。
这次，张之洞抗旨策划东南互保，他的心里一直很忐忑。最终，他的胆小谨慎占了上风，他认为这是一种掉脑袋的抗旨越权行为，于是决定退出。鹿传霖退出后，自感在东南待不下去了，便为自己谋了一条更好的出路：募兵3个营奔赴山西，护驾西逃的慈禧和光绪至西安。
鹿传霖这是在搞政治投机。事实证明，他的这次政治投机搞得相当成功。刚到山西，慈禧就坐地把他提拔为两广总督，接替李鸿章（已调任为直隶总督兼北洋大臣，负责同联军谈和）。到了西安后，慈禧又升他为户部尚书兼军机大臣，他体验到了坐火箭升官的感觉。
第二年三月，慈禧又令他担任政务大臣，不久充任体仁阁、东阁大学士。至此，他入阁拜相，位极人臣。
