小智拿到徽章之后回到PC和大木博士交流了一下巨大快龙的事，之后博士说也有点没搞清楚，不过真新镇附近的一座山那里好像有巨大快龙感兴趣的东西，所以在那里说不定可以查到什么
之后小智就继续上路了，本来在路上遇到了伪装的火箭队三人组赠给他们船票，但是这回有人提醒他这几个是火箭队，所以小智他们反应过来，没有收下船票，伪装的火箭队想强买强卖，顺势被打飞，于是小智一行人觉得可能有什么猫腻，进过2:1的投票决定正常的步行赶路
因为步行的速度慢了许多，所以也没有赶上兰普尔其市的选美大会，当他们到达港口之后，正好看见了巨大毒刺水母带领着一群玛瑙水母在肆虐城市，引发出了海啸般的冲浪绝招，想要淹没这个城市，但是一直在城市上方笼罩着，没有降下来
小智他们反应极快，立马分别拿出比比鸟、超音蝠、巴大蝴等飞行系神奇宝贝，让他们不至于被淹没
“虽然不知道为什么，但是我要去巨大毒刺水母那边”，小智丝毫不犹豫的说出自己的想法
“怎么这样，这也太危险了吧，我们刚来此地，也不知道他为什么会这样啊”，小刚觉得小智的决定有时候都太鲁莽了
“神奇宝贝绝对不会无缘无故的发狂的，一定是有什么理由的，那么这种时候，作为立志成为神奇宝贝大师的人，我怎么能放着不管啊！”
“是啊，小智说的不错，将来要成为水系神奇宝贝大师的人，也没法看着发狂的水系神奇宝贝不管啊”，小霞也紧跟着小智
“真是的！你们两个！”，小刚都无语了
很快，两个人都借助飞行系神奇宝贝的力量来到了巨大毒刺水母身边，并且想要与之交流，但是巨大毒刺水母根本都不理他们两个，继续肆虐，海啸已经来临了
“去吧，MY baby，海星星！，将那些水能量都吸收！”，小霞放出了自己的海星星，海星星因为之前小智给他使用的卡片，似乎变得可以吸收水了，并且是将其作为‘基本水能量’来吸收至自己体内，让自己变得更强大，不过他一只也仅仅是杯水车薪，于是小智直接跳到了毒刺水母身上
“巴大蝴，你去用念力支持海星星，让海啸不要伤害到大家”，把大话稍微担心了一下，然后就飞到海面周围支撑的海星星的吸收速度
“巨大毒刺水母，你能告诉我你发狂是什么原因吗？如果有能用的上我们的地方我们一定会帮你的”
“是啊，我也相信水系神奇宝贝不会就这么作恶的”
“比~”
“巴~”
天空中的比比鸟和海面的巴大蝴都叫出声，表示自己的训练家绝对是可信的，他是一个会无条件帮助宝可梦的人，希望毒刺水母能够相信他
“毒刺~！”，毒刺水母看着那两只精灵坚定的眼神，感知着自己身上那两个人的心意，于是还是做出了解释
“妙蛙种子，就决定是你了，帮我们翻译一下毒刺水母的话”，小智在巨大毒刺水母身上放出了幼小的草系宝可梦
“...”（你们还真一直把我当喵喵用啊）
不过妙蛙种子虽然头上冒汗，但还是耐心用藤鞭绝招给小智他们解释，先是一根藤鞭叠出复数的水母形状，然后将其都放在自己的种子身上，之后另一个藤鞭又叠成复数的小人，这群小人型藤鞭霸占了水母型藤鞭的种子位，然后那群小人型藤鞭又包裹住了种子，将其捆成酒店形状，那群水母型藤鞭又赶来回来，和人形藤鞭战斗起来，之后战斗过程，其中一个水母型突然变得巨大，渐渐压制了人类形藤鞭
“我懂了，种子就是指的玛瑙水母他们的重要栖息地，但是人类要将玛瑙水母重要的栖息地改为酒店，严重的破坏了玛瑙水母的生存空间，所以玛瑙水母他们也要报复人类，想让这座城市的人也尝试一下相同的滋味，并且在战斗中，其中一只玛瑙水母就进化成了这只巨大的毒刺水母，然后实力已经超过这边的人们所能解决的范围了”
“原来如此，真不愧是未来会成为水系神奇宝贝大师的人呢，这么简单的就了解了巨大毒刺水母的事”，小智其实还是有点不理解，但是他之前通过那个灵魂的说法，知道其他人能够懂妙蛙种子的描述，所以只要小霞转述出来他自己也懂了
“哪里，这都是妙蛙种子的功劳了”，小霞很是谦虚
“哒内~”，妙蛙种子昂了昂头
“毒刺水母，你的事情我大致了解了，但是就算如此，这样互相伤害也是不对的啊，你们这样只是不断的往复的互相伤害的事而已，迟早有一天，你们会撑不住的啊。这样吧，我会想办法解决你们生存之地的问题，同时也一定会让这座城市的人理解到你的痛苦，这样可以吗”，小智充满感情的说
“毒刺..”
“呐，我身边的这位是将来要成为水系神奇宝贝大师的人，叫做小霞，家里也是水系道馆，一定可以成为你们新的栖息地的，对吧，小霞”，小智又招了几声小霞
“小智，你..”
“没问题，你不是要成为水系神奇宝贝大师，能有这么多玛瑙水母和毒刺水母不是很好吗”，小智微笑着说
“恩，小智说的没错，我一定会给你们提供新的生存之地，同时也会让这里的人知道你们的痛苦，我有个想法，拜托你了，毒刺水母，借助你的力量，我想不伤害大家的同时，让他们也能知道你的痛苦”
“毒刺…”，毒刺水母犹豫片刻之后答应了
之后毒刺水母使出祈雨，然后由小智的巴大蝴飞到毒刺水母的身体上读取毒刺水母的记忆，然后使出念力绝招覆盖在雨水上，同时由毒刺水母给巴大蝴提供体力，不然以巴大蝴的体力实在不足以让全城人都陷入睡梦中
之后全城人在梦里都变成了玛瑙水母，体会出玛瑙水母他们当初的痛苦，这些梦境也由毒刺水母他们与祈雨的连接看到了，毒刺水母也显得比较满意，然后示意可以跟着小霞一起走
之后小霞丢出精灵球，不过因为毒刺水母太巨大，华蓝道馆可能不足以支撑他，于是将玛瑙水母都传送回去，只留一只毒刺水母在身上，之后巨大毒刺水母在PC外看到生存在华蓝道馆的玛瑙水母们也放下心来，而且也和他说了以后可能只有遇到有大面积水域的地方才会放他出来，所以他有可能会上时间待在精灵球粒，不过毒刺水母好像也不在意
“墨~”，就在小智他们准备离开的时候，一只墨海马跳到了小霞身上，好像是觉得解决了巨大毒刺水母的小霞他们太厉害，有了跟随他们的想法，于是小霞又成功收服了一只墨海马
