大乘《大宝积经》卷七三《佛为阿难说处胎会》以“识界”或“神识界”为轮回生死的主因，识界，又译“识大”，为构成生命和世界的基本元素“五大”之一，经中说识界“不依诸根，亦不依界”，虽然无形无质，无聚处、无积贮处，毕竟不可得，如梦如幻，而起着最重要的作用。同经卷一〇九《贤护长者会》比喻从神识界生众生如植物从种子生芽，出生后神识无处可住，亦不离神识有身。即便在猪狗等腹内受胎，神识界也不为臭秽所染，“命终之时，此神识舍身已，成后身种子因”。神识，常被中国佛教徒理解为灵魂一类。
为了更清晰地解释生死轮回现象，大乘法相唯识学依据《阿含经》及一类大乘经，对心识作了更加深入的分析，在眼、耳、鼻、舌、身、意六识底层，又分析出两层或三层潜在心识。
第七末那识，意译“意”，其义为“思量”，其思虑量度有两方面含义：一是“恒审思量”，其思量的功用无时不在发挥，为第六意识生起之本，亦名“意根”（意识之根）；二是思量的对象主要是内自我，思量内心深处有一恒常不变的自我，产生深层的、本能性的自我意识、自我执着，这种思量念念相续，没有停息之时，贯穿于一切表层意识活动中，贯串于无始以来的轮回过程中。这种在意识层下对内自我的思量，产生我痴（不知无实常自我）、我见（认为有实自我）、我慢（自我骄慢）、我爱（对自我的本能性贪爱）四种最根本的烦恼。末那识的思量内自我，既然生前念念相续无有间断，在熟睡、晕绝休克等医学所谓无意识之时也未曾间断，那么死后也应惯性延续，于胎内、婴孩乃至转生为畜类时，犹相续不断，为产生、维系众生生命的本源动力。如果一定要找到一个轮回主体的话，末那识对内自我的恒审思量，可以假名为轮回主体。然而，这种思量，既然有一个所思量的对象内自我，便已堕入二元对立中，属因缘所生法，称不起真常自在的真我，在佛学看来，只不过是一种恒常相续的妄执，是“无量劫来生死本”。
第八阿赖耶识，意译“藏识”（仓库意识）又称“本识”、“种子识”、“一切种”、“阿陀那”、“心（质多）”等。它深藏于末那识层下，其见分，即是末那识所恒审思量的内自我，亦即《大宝积经》所谓“神识界”。此识名“藏”，谓其功能以储藏为主，《成唯识论》卷二解释此识之“藏”有能藏、所藏、执藏三义。能藏，谓此识具有能储藏的功用；所藏，谓此识所收藏储存者，为前七识活动所生的“种子”；执藏，谓此识有执持所藏种子令不消失、错乱的作用，众生执之为内在自我。从唯识学的论述看，阿赖耶识可看做一意识层下的心灵电脑，具有储存信息、按自然的因果律等法则处理信息的功用，实为心识之本，被称为“心体”、“心王”、“本心”，比喻说，藏识犹如大海，前七识就像海面上兴起的波浪，《楞伽经》卷一偈云：藏识海常住，境界风所动，种种诸识浪，腾跃而转生。按唯识学论述，众生的生命活动，是一个阿赖耶识所藏种子与前六识现行的心理活动“种、现互生”的立体延续过程，第七识则在前六识与第八识之间起着不间断的联络作用。每一心理活动及所作善恶等业，除了在横向联系和纵向的时间关系上产生相应果报外，还在自心深层仓库中留下“种子”。种子，系以植物的种子，比喻内心深处能产生心理活动的因、潜在势能，《成唯识论》卷二说种子“谓本识中亲生自果功能差别”，亦称“习气”，即行为所形成的习惯，如世间所言“流氓习气”、“军阀习气”等，喻如装酒的瓶子，虽然酒已喝光，瓶子还留有酒的余味。习气分名言（认知方式）、我执、有支（三界异熟业种）三种。种子分名言种子（认知）、业种子（造业）两类，又分本有（无始以来本自具有）、新熏（现在的业熏习而成）两类，又分有漏、无漏两类。每一现行心理活动的生起，必以阿赖耶识中所藏的种子为因，这叫“种子生现行”，种子生现行，当然得诸缘具足，就像植物种子只有在具备适宜的温度、湿度时才能发芽。现行的心理活动及身口意三业，又不断留下新的种子（新熏种子），储藏于阿赖耶仓库中，这叫“现行生种子”。种子生现行、现行生种子，叫做“种、现互生”。种子虽然也是念念生灭，但“前后自类相生”，不断地生起同类种子，这叫“种子生种子”。种子生现行、现行生种子、种子生种子，相续不断，工作繁忙，由新熏种子的不断成熟，给生命园地中不断增添着新的景观。
打个简单的比方说，如有人看到香烟，产生抽的欲望（有人不会有），说明他心识仓库中有某种与抽烟有关的种子为因；他抽烟时对烟味产生贪爱，则会在他心识中形成喜好抽烟的新熏种子，促使他在下一次见到香烟时，便情不自禁地要抽，乃至见不到香烟时也想抽，不抽就不舒服，形成烟瘾。
就生命现象来说，一般人长到十多岁，情窦初开，对异性发生兴趣，这说明他（她）心识中一定有前世爱异性的惯习所形成的异熟种子；这种子遇到合适的人缘，便促使他（她）被对方吸引，然后求偶、恋爱、结婚、生育子女。今生从性 爱中获得幸福，深生贪着，产生依赖性，又在阿赖耶识中埋藏下新的性 爱种子，必然会出生死后再生于欲界，再求偶、再恋爱的异熟果。不难想象：若死后心识真的续存，一个一生几十年每天不能离饮食男女、不能离亲人恩爱已成习惯的人，死后决不会突然不再需求饮食男女、亲属恩爱，在孤独凄凉的中阴境寻求所需，从而再生为人，乃势在必然。
众生的种类，及各自的愚智、性情、爱好等的先天差别、都可解释为阿赖耶识中所藏种子的不同。《唯识三十论》颂说：由诸业习气，二取习气俱，前异熟既尽，复生余异熟。因有漏善恶业，及其根本我、法二执的习气种子潜藏于阿赖耶识中，形成必然出生异熟果的因种，使众生死此生彼，轮回不休。
在无休无止的生死轮回中，阿赖耶识储藏种子、生起七识现行及异熟果的功能贯彻始终，如《密严经》偈所说：藏识持于世，犹如线贯珠。比喻阿赖耶识贯通轮回全程的作用，颇为形象。传为玄奘撰的《八识规矩颂》说阿赖耶识“去后来先作主公”，是死时最后离身、生时最先来投胎的轮回主人公（主体），这应指末那识执为内自我的阿赖耶识见分而言。前六识有时间断，记忆今生多失，隔世全灭，作为生命根本和种子储藏所的阿赖耶识，却一刻也不间断其工作，就是在晕绝、睡眠和生前处胎、生后婴儿期无意识阶段，阿赖耶识也一直在暗中发挥其作用。
具这种贯摄三世功用的阿赖耶识，容易被误解为灵魂一类的东西，指责它的建立，违背了佛学的核心义理“诸法无我”。实际上，只要全面理解法相唯识学所说阿赖耶识的性质，便不难看出它与灵魂及婆罗门教等所说阿特曼不同。阿赖耶识只是分析心识功能时的假设，并非一个真常不变的实体，而是某种深层心识作用的相续，唯识学说此识也是生灭变异、因果相续、依缘而生的因缘所生法，并非实常自我。《解深密经》卷一谓阿赖耶识“一切种子如暴流”，《唯识三十论》也说此识“恒转如暴流”，是一像奔腾直泻的江河一样的流变过程。《成唯识论》卷三说此识“非断非常，以恒转故”，“恒，谓此识无始时来一类相续，常无间断”，“转，谓此识无始时来念念生灭，前后变异”。非断非常，便否定了它非真常自我，又念念相续而贯串轮回全程。非常是真谛，非断是俗谛，真俗二谛，如手心与手背，是为中道。这种意义上的阿赖耶识，较部派佛教建立的穷生死蕴、一味蕴、根边蕴、胜义补特伽罗、有分心等，在理论上的确要圆满得多。
阿赖耶识不仅是众生前七种识及“净色根”（微细的内在感知机制）生起的根本，众生个体生命的根本，而且还是众生所居住的依报“器世间”（客观世界）的根本。法相唯识学把山河大地等（“器世间”）亦摄于阿赖耶识的相分，认为众生六识所分别的境界实体——“本质尘”或“疏所缘缘”，是由阿赖耶识见分“挟带”而生，虽然可以说在六识见分或哲学、心理学所谓“意识”之外，却不在全体心识之外，不离阿赖耶识。所谓客观世界，实际上终归是自己心识变造。《成唯识论》卷二说：谓异熟识由共相种成熟力故，变似色等器世间相，即外大种及所造色。虽诸有情所变各别，而相相似，处所无异，如众灯明，各遍似一。每一众生阿赖耶识所藏异熟种子中由共业所成的“共相种子”（相状相同），成熟生果（增上果）而变为物质世界，虽然每一众生都由自心阿赖耶识相分种子变起各人所受用、各有特色的经验世界，而大家同类共见的客观世界大致相似，同在一个空间。大家共认的客观世界，实际上是各自经验世界的重合，就像千灯一室，光光交迭，成一片光明，而每盏灯还是各放各的光，互相并不妨碍。众生总是把自己的经验世界误认为客观世界，实际上其所认“客观世界”，各人所见未必尽同，人与各种动物及诸天、鬼神等所见，更是明显不同。
唯识古学摄论师等还有依据经言，说阿赖耶识之下还有第九阿摩罗识者，亦译庵摩罗识，意译无垢识、白净识，为解脱成佛之本，是能证真实的心体，不生不灭，清净无染，即是“真心”异称。护法系唯识学不立此识，将其功用摄于阿赖耶识所藏无漏种子或真如理。
